genome.fa.s667.2.7.7.80.10.50.1000.117.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168492.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_9, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  25814696

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23181345--23181393	17	3.1	15	83	13	62	8	0	4	87	0.65
23181391--23182043	42	15.5	42	82	5	712	48	14	11	25	1.77
23182406--23182467	21	3.0	21	85	0	88	40	14	6	38	1.72
23183409--23183453	18	2.4	19	88	3	65	11	13	0	75	1.05
23183400--23183453	19	2.8	20	85	2	65	11	12	0	75	1.04
23183400--23183447	10	4.9	10	82	12	64	10	10	0	79	0.95
23183796--23183828	9	3.7	9	92	8	50	0	12	0	87	0.53
23183798--23183828	14	2.3	13	94	5	53	0	9	0	90	0.46
23186374--23186425	23	2.3	23	89	0	77	51	5	17	25	1.67
23187457--23187661	57	3.8	54	72	12	154	28	11	7	52	1.65
23187457--23187655	107	1.8	111	85	8	284	29	11	8	51	1.65
23187834--23187859	12	2.2	12	100	0	52	15	0	0	84	0.62
23190748--23190787	16	2.3	18	87	8	57	42	0	0	57	0.98
23191712--23191773	26	2.5	25	84	7	74	61	3	0	35	1.12
23191732--23191846	54	2.1	54	85	3	160	59	4	0	35	1.23
23191732--23191864	54	2.4	54	81	6	153	57	3	0	37	1.22
23191884--23191959	7	10.9	7	76	10	57	52	7	0	39	1.31
23193259--23193318	30	2.0	30	87	6	86	38	1	1	58	1.18
23193315--23193396	19	4.4	19	74	15	73	45	2	1	51	1.22
23193309--23193384	38	2.0	40	82	10	95	43	2	1	52	1.23
23194280--23194321	21	2.0	21	90	0	66	40	2	23	33	1.68
23194360--23194410	17	2.9	16	81	18	57	72	1	0	25	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23194363--23194401	14	2.8	13	88	11	60	74	2	0	23	0.94
23194521--23194562	16	2.8	15	78	7	50	47	0	0	52	1.00
23204969--23205009	20	2.0	20	100	0	82	14	9	24	51	1.72
23212706--23212754	25	1.9	26	91	4	82	46	2	10	40	1.49
23215172--23215234	29	2.2	29	80	5	74	34	4	1	58	1.29
23216503--23216627	18	6.9	18	73	13	96	32	34	4	28	1.78
23216507--23216549	21	2.0	21	95	0	77	25	44	2	27	1.66
23216531--23216628	33	2.9	33	81	4	115	35	30	5	28	1.79
23218596--23218620	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
23220784--23220831	23	2.2	21	85	10	62	64	4	2	29	1.23
23221540--23221626	34	2.6	30	76	20	84	43	2	2	51	1.26
23222220--23222290	13	5.3	13	73	9	54	69	2	2	25	1.16
23222690--23222752	21	2.8	22	83	7	74	46	0	3	50	1.17
23223230--23223274	13	3.5	13	79	14	58	62	0	0	37	0.96
23223231--23223276	18	2.4	19	82	7	58	60	0	0	39	0.97
23223507--23223556	19	2.6	19	83	0	73	42	12	0	46	1.41
23223507--23223555	9	5.2	9	80	9	62	42	10	0	46	1.37
23223664--23223703	20	2.0	20	100	0	80	45	10	0	45	1.37
23224542--23224583	21	2.0	21	90	0	66	40	2	23	33	1.68
23224760--23224807	19	2.5	19	79	0	60	56	0	0	43	0.99
23224757--23224798	17	2.6	16	77	7	57	50	0	0	50	1.00
23230224--23230259	19	1.9	19	88	5	56	41	2	5	50	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23231718--23231820	10	10.9	9	71	14	57	42	5	0	51	1.26
23231718--23231820	19	5.4	19	72	19	65	42	5	0	51	1.26
23231707--23231820	38	3.0	38	75	22	116	42	5	0	51	1.24
23232281--23232319	15	2.5	16	83	4	53	48	0	51	0	1.00
23239287--23239332	24	1.9	24	95	0	83	28	23	10	36	1.89
23243900--23243942	22	2.0	21	86	4	59	46	4	9	39	1.57
23244161--23244203	22	2.0	21	86	4	59	46	4	9	39	1.57
23245824--23246100	153	1.8	153	87	0	419	29	8	15	46	1.74
23246811--23246837	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
23248512--23248550	21	1.9	20	89	5	60	23	0	15	61	1.33
23249828--23249853	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
23249833--23249895	31	1.9	31	84	12	81	46	1	3	49	1.27
23249868--23249965	28	3.7	25	74	18	74	54	1	0	44	1.07
23249932--23250015	40	2.1	39	86	6	114	54	2	0	42	1.13
23249910--23250021	23	5.1	23	72	18	69	56	1	0	41	1.10
23249921--23250000	20	3.9	20	75	15	65	55	2	0	42	1.13
23250028--23250087	29	2.0	30	84	15	81	35	5	0	60	1.19
23251746--23251805	16	3.6	16	85	12	84	41	1	0	56	1.09
23251747--23251821	35	2.1	35	85	4	98	42	4	0	53	1.19
23252245--23253078	383	2.2	385	94	1	1467	36	13	15	34	1.86
23253270--23253323	16	3.3	16	78	12	56	40	3	1	53	1.29
23258741--23259035	126	2.3	127	93	0	511	44	5	8	42	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23259571--23259633	32	2.0	32	93	0	108	34	9	9	46	1.69
23259575--23259650	32	2.4	32	84	2	91	38	9	10	42	1.71
23259694--23259761	34	2.0	35	86	11	97	32	7	4	55	1.47
23261243--23261511	137	2.0	136	90	2	425	42	4	8	44	1.55
23261437--23261488	16	3.4	15	79	10	52	46	0	1	51	1.12
23261519--23261572	21	2.6	21	74	11	56	53	0	0	46	1.00
23262002--23262039	18	2.1	18	90	0	58	44	18	0	36	1.50
23262703--23262757	23	2.5	23	85	5	69	52	0	1	45	1.11
23263195--23263259	29	2.2	30	86	8	89	35	0	6	58	1.23
23263401--23263435	17	2.0	18	88	5	54	37	11	2	48	1.54
23264315--23264347	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
23264643--23264723	39	2.1	39	84	13	105	43	1	8	46	1.42
23264922--23264955	17	2.1	16	88	5	50	55	0	2	41	1.15
23265505--23265561	24	2.3	26	84	6	82	35	3	0	61	1.13
23265632--23265685	26	2.1	26	83	10	67	42	3	3	50	1.38
23265664--23265772	31	3.5	31	79	2	119	40	4	6	48	1.49
23265939--23265978	21	2.0	20	90	5	62	15	7	0	77	0.98
23266276--23266334	31	2.0	28	87	9	82	28	8	11	50	1.68
23267511--23267650	15	9.3	15	72	16	94	50	0	2	47	1.18
23267515--23267650	27	5.2	25	72	15	96	49	0	2	47	1.19
23267524--23267600	24	3.1	24	80	10	91	51	0	2	45	1.14
23267528--23267752	7	32.0	7	63	20	62	47	1	1	50	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23267524--23267729	52	4.2	52	72	15	152	48	0	1	49	1.16
23267511--23267646	39	3.5	39	77	11	122	49	0	2	47	1.19
23267511--23267654	69	2.1	68	84	6	186	50	0	2	47	1.18
23267521--23267753	18	12.7	18	72	17	153	47	1	1	50	1.17
23267524--23267633	51	2.2	51	83	4	127	50	0	1	48	1.11
23267605--23267743	21	6.6	22	75	15	125	46	2	0	51	1.18
23267580--23267749	41	4.2	41	76	12	147	45	1	1	51	1.19
23268235--23268754	59	8.8	59	82	11	561	34	13	6	45	1.70
23268235--23268765	119	4.5	119	88	6	742	33	13	6	46	1.69
23268798--23268853	18	3.2	18	73	12	62	75	3	8	12	1.17
23268783--23268853	35	2.0	34	81	10	81	73	2	9	14	1.20
23270248--23270297	20	2.6	19	81	12	57	76	8	10	6	1.17
23271099--23271162	32	2.1	30	82	5	74	54	1	4	39	1.31
23271275--23271308	17	2.0	17	88	0	50	41	5	2	50	1.42
23273400--23273428	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
23277284--23277333	13	3.9	13	74	12	50	62	0	2	36	1.07
23277283--23277333	24	2.1	25	85	10	70	60	0	1	37	1.08
23277592--23277628	19	1.9	19	88	0	56	35	0	10	54	1.36
23279975--23280081	31	3.4	31	77	3	108	40	5	6	47	1.53
23293098--23293157	27	2.3	26	85	2	75	35	3	1	60	1.23
23296047--23296080	18	1.9	17	88	5	50	52	2	0	44	1.16
23296313--23296368	21	2.7	21	81	13	71	71	0	3	25	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23296341--23296365	12	2.1	12	100	0	50	84	0	0	16	0.63
23298321--23298383	30	2.1	30	84	0	81	53	1	0	44	1.10
23298594--23298626	16	2.0	17	88	5	50	63	0	33	3	1.10
23298816--23298888	30	2.4	30	84	8	87	52	1	2	43	1.24
23299705--23299751	10	4.7	10	81	0	58	55	2	2	40	1.24
23299689--23299736	20	2.4	20	92	0	78	62	6	2	29	1.31
23299936--23299993	30	1.9	30	85	0	80	48	0	3	48	1.18
23308788--23308822	18	2.0	17	88	5	52	42	0	2	54	1.15
23308913--23308958	24	1.9	24	86	0	65	28	6	0	65	1.17
23317616--23317648	14	2.4	14	94	0	57	48	3	0	48	1.17

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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