genome.fa.s667.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168492.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_9, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  25814696

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2176119--2176164	24	1.9	23	86	8	65	52	2	0	45	1.13
2177752--2177782	16	1.9	16	93	0	53	70	0	9	19	1.14
2177846--2177891	24	1.9	24	86	0	65	52	0	0	47	1.00
2178928--2178979	27	1.9	27	84	7	70	44	3	7	44	1.51
2178928--2178985	27	2.1	27	81	12	66	46	5	6	41	1.53
2189624--2189678	25	2.2	24	84	9	67	25	25	9	40	1.85
2192878--2192937	21	3.0	20	76	13	70	36	5	0	58	1.20
2192846--2192910	24	2.7	24	72	9	60	35	6	1	56	1.33
2192862--2192952	18	5.2	18	75	13	75	38	3	0	58	1.15
2198321--2198352	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2210359--2210419	16	4.0	16	74	20	58	59	0	0	40	0.98
2210366--2210418	25	2.2	23	81	15	63	62	0	0	37	0.96
2211293--2211334	14	3.0	14	78	21	52	64	0	0	35	0.94
2211295--2211342	19	2.6	19	78	15	57	66	0	0	33	0.92
2211515--2211554	16	2.5	16	88	8	55	32	0	2	65	1.06
2211517--2211560	16	2.9	15	80	9	54	38	0	4	56	1.20
2211621--2211665	17	2.7	17	82	3	56	57	0	0	42	0.98
2218877--2218921	16	2.8	17	75	18	51	55	13	2	28	1.50
2219497--2219535	2	19.5	2	89	0	60	48	2	0	48	1.15
2222125--2222173	26	1.9	26	88	12	75	44	2	4	48	1.33
2222269--2222337	24	2.9	23	82	6	93	42	1	1	55	1.18
2222890--2222925	14	2.6	14	90	0	54	44	5	0	50	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2223078--2223112	2	17.5	2	87	0	52	51	0	2	45	1.16
2223758--2223783	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2225414--2225465	27	1.9	26	84	7	68	38	0	13	48	1.43
2227422--2227457	18	2.0	18	89	10	56	66	0	8	25	1.19
2228164--2228213	16	3.0	16	81	16	57	44	0	0	56	0.99
2228165--2228230	18	3.7	18	77	15	66	45	0	0	54	0.99
2229903--2229948	23	2.1	21	84	11	58	36	2	0	60	1.09
2231330--2231364	8	4.4	8	92	0	61	62	0	0	37	0.95
2231916--2231940	13	1.9	13	100	0	50	48	0	4	48	1.20
2232416--2232508	34	2.7	34	76	0	96	48	3	5	43	1.42
2234327--2234522	108	1.8	108	98	0	383	43	14	23	18	1.86
2235553--2235591	11	3.5	11	82	10	53	82	2	7	7	0.94
2235547--2235593	21	2.3	21	85	3	69	76	2	6	14	1.08
2236275--2236344	35	2.0	35	97	0	131	41	11	12	34	1.79
2238038--2238066	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2242037--2242105	34	2.1	32	83	5	84	34	4	11	49	1.59
2242131--2242172	20	2.1	20	86	0	57	42	14	4	38	1.66
2242828--2242861	18	1.9	18	88	5	52	67	2	14	14	1.34
2243192--2243234	22	2.0	22	90	4	70	48	2	9	39	1.48
2246189--2246252	25	2.4	26	79	12	67	32	0	1	65	1.02
2246098--2246269	86	2.0	89	81	12	205	29	2	4	64	1.24
2247180--2247262	32	2.6	32	92	3	132	24	1	2	72	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2247173--2247262	28	3.1	28	77	17	110	23	1	3	72	1.06
2247180--2247262	4	19.8	4	81	14	96	24	1	2	72	1.04
2247382--2247894	59	8.8	59	84	8	654	46	6	11	35	1.66
2247362--2247894	116	4.6	114	86	7	676	46	6	11	36	1.65
2247535--2247573	16	2.4	16	86	4	51	48	5	0	46	1.24
2247543--2247573	16	1.9	16	93	0	53	54	0	0	45	0.99
2256273--2256355	16	5.2	16	85	8	109	83	0	6	10	0.81
2256275--2256355	24	3.5	24	83	11	105	82	0	6	11	0.83
2256274--2256351	8	9.8	8	84	9	88	82	0	6	11	0.85
2257415--2257464	25	2.0	25	96	0	91	24	18	20	38	1.93
2257374--2257505	67	2.0	65	94	2	228	21	18	22	37	1.94
2257440--2257565	41	3.0	42	87	5	175	22	18	23	36	1.95
2257574--2257623	10	4.9	10	83	11	66	86	10	0	4	0.71
2257579--2257622	9	4.5	10	89	10	65	86	9	0	4	0.70
2257574--2257629	10	5.5	10	77	10	51	83	8	1	5	0.85
2257892--2257976	34	2.4	38	80	9	99	30	1	3	64	1.17
2258493--2258530	19	2.0	19	89	0	58	42	26	13	18	1.87
2258839--2258886	17	2.7	17	84	15	62	16	0	4	79	0.89
2258842--2258888	20	2.4	19	86	10	67	17	0	4	78	0.90
2258918--2258980	6	10.7	6	73	10	58	12	6	1	79	0.99
2258919--2258975	30	1.9	30	89	7	89	12	7	1	78	1.01
2259013--2259231	59	3.7	59	91	2	341	47	6	12	33	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2259164--2259303	72	1.9	72	100	0	280	45	7	8	38	1.62
2259236--2259787	59	9.2	58	78	12	488	45	6	11	36	1.67
2259236--2259787	117	4.6	118	80	11	566	45	6	11	36	1.67
2259013--2259730	250	2.9	248	86	6	940	46	6	11	35	1.67
2259524--2259555	16	2.0	16	100	0	64	37	12	12	37	1.81
2259467--2259613	75	2.0	74	94	2	260	44	8	11	36	1.71
2259406--2259670	132	2.0	134	91	2	428	45	6	11	36	1.67
2259014--2259789	309	2.5	308	87	3	1093	45	6	11	35	1.68
2259467--2259639	75	2.3	75	87	4	201	45	8	10	35	1.68
2259540--2259787	116	2.1	117	88	5	360	45	6	12	35	1.67
2259441--2259696	132	1.9	132	85	4	356	47	6	10	35	1.65
2264725--2264784	25	2.4	25	81	10	70	28	25	8	38	1.84
2267955--2268010	24	2.6	22	76	17	55	35	0	0	64	0.94
2273351--2273379	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2278322--2278360	16	2.4	16	86	0	51	41	25	2	30	1.69
2278330--2278361	16	2.0	16	93	0	55	43	21	0	34	1.53
2280680--2280713	16	2.1	16	88	0	50	29	2	26	41	1.70
2280674--2280705	16	2.0	16	93	0	55	34	0	21	43	1.53
2290862--2290956	29	3.2	28	73	18	84	57	2	1	38	1.17
2290907--2290958	15	3.4	14	78	19	50	59	1	0	38	1.08
2302638--2302680	22	2.0	22	86	4	61	48	0	2	48	1.14
2303292--2303324	16	2.0	17	88	5	50	21	12	3	63	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2303709--2303756	23	2.0	24	84	4	62	68	6	2	22	1.23
2304316--2304347	5	6.2	5	96	3	55	62	0	0	37	0.95
2305774--2305811	20	1.9	20	89	10	60	76	2	0	21	0.91
2306838--2306877	12	3.4	11	86	13	53	72	2	2	22	1.09
2306890--2306938	19	2.7	18	87	6	71	67	2	0	30	1.02
2306877--2306923	7	7.0	7	81	18	64	70	0	0	29	0.88
2307555--2307641	31	2.8	31	72	16	81	36	11	17	34	1.86
2307555--2307674	62	1.9	63	85	8	165	37	15	15	31	1.89
2307710--2307791	30	2.6	32	74	14	82	40	12	9	37	1.76
2307755--2307849	29	3.1	30	70	13	86	41	16	12	29	1.86
2308631--2309009	196	2.0	194	80	10	422	37	8	5	48	1.58
2315144--2315190	20	2.4	19	82	10	58	21	4	4	70	1.22
2315145--2315190	21	2.2	20	80	3	56	19	4	4	71	1.20
2315481--2315506	11	2.4	11	100	0	52	76	0	0	23	0.78
2316712--2316764	23	2.3	24	87	6	74	47	1	0	50	1.12
2317207--2317254	23	2.1	22	81	11	60	41	0	0	58	0.98
2317224--2317254	16	1.9	16	93	0	53	35	0	0	64	0.94
2317336--2317386	16	3.2	16	85	0	66	31	0	0	68	0.90
2317430--2317473	23	1.9	23	90	9	72	54	0	0	45	0.99
2317419--2317486	22	3.0	22	76	16	68	57	0	0	42	0.98
2318313--2318355	19	2.3	18	88	11	68	44	0	0	55	0.99
2318304--2318354	20	2.5	21	90	9	79	49	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2318324--2318374	15	3.5	15	71	10	52	54	0	0	45	0.99
2318476--2318523	24	2.0	24	91	0	78	70	8	0	20	1.12
2321763--2321798	14	2.7	13	83	8	54	69	0	0	30	0.89
2335332--2335357	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2336471--2336504	18	1.9	17	88	5	50	55	8	17	17	1.66
2336894--2336918	12	2.1	12	100	0	50	44	0	0	56	0.99
2337059--2337113	23	2.4	23	96	0	101	38	9	23	29	1.85
2338296--2338352	27	2.1	27	83	6	71	45	3	1	49	1.29
2342436--2342501	32	2.0	33	85	2	89	40	3	3	53	1.32
2342583--2342630	11	4.2	11	76	10	51	29	2	0	68	1.01

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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