genome.fa.s667.2.7.7.80.10.50.1000.44.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168492.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_9, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  25814696

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8785326--8785398	3	24.3	3	100	0	146	32	0	0	67	0.91
8787918--8787990	19	3.8	17	75	24	58	28	1	1	68	1.06
8787920--8787954	10	3.4	11	88	11	56	31	0	0	68	0.90
8787926--8787990	21	3.4	18	78	18	69	29	1	1	67	1.09
8787941--8787988	8	5.6	8	80	20	53	27	2	2	68	1.11
8788026--8788075	16	3.1	17	80	8	50	26	6	4	64	1.35
8800749--8800782	16	2.1	17	89	10	54	41	2	0	55	1.15
8801170--8801202	17	1.9	17	88	11	50	24	12	3	60	1.46
8804695--8804739	24	1.9	23	81	4	54	46	2	0	51	1.13
8807691--8807724	7	4.7	7	88	3	50	55	0	0	44	0.99
8814942--8814987	3	15.3	3	100	0	92	67	0	0	32	0.91
8822479--8823273	361	2.2	361	80	5	858	42	9	7	40	1.65
8822467--8823273	180	4.5	181	78	7	753	42	9	7	40	1.65
8823472--8824663	181	6.7	180	75	7	889	40	10	8	40	1.70
8824697--8833968	181	51.3	181	71	11	4275	41	9	8	40	1.68
8830304--8830633	165	2.0	163	81	7	382	43	10	6	38	1.66
8834016--8834431	181	2.3	181	81	2	505	38	9	9	43	1.69
8834016--8834854	180	4.7	179	75	5	525	40	9	9	41	1.69
8834875--8836555	180	9.3	180	77	6	1286	42	9	8	40	1.66
8834997--8836555	361	4.3	361	76	7	1309	42	9	8	40	1.67
8836272--8836864	309	1.9	314	79	5	682	40	10	7	41	1.67
8836590--8839306	181	15.2	181	74	8	1747	42	9	7	40	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8837285--8837595	169	1.8	168	84	4	430	42	10	6	40	1.65
8837720--8837774	26	2.1	26	80	12	60	61	1	1	34	1.17
8836651--8838898	893	2.5	879	77	8	2093	42	9	7	39	1.67
8837900--8839302	711	2.0	715	79	6	1522	42	9	7	40	1.65
8841366--8841450	42	2.1	38	89	8	125	30	3	21	44	1.69
8841366--8841433	23	3.1	23	64	30	58	30	4	20	44	1.71
8842036--8842074	21	1.9	20	85	15	53	23	15	28	33	1.95
8842839--8845381	181	14.3	180	76	8	1832	41	9	7	41	1.66
8842859--8859113	361	44.9	360	71	11	6098	41	9	8	40	1.68
8846048--8851661	181	31.5	175	71	12	511	42	9	7	40	1.67
8845772--8847724	181	10.9	181	75	7	1314	42	9	7	39	1.66
8845772--8851987	542	11.6	536	75	9	4193	42	9	7	39	1.67
8847730--8859113	181	62.9	181	71	12	4844	41	9	8	40	1.68
8851158--8851197	18	2.2	18	86	4	53	60	0	5	35	1.19
8851606--8851907	167	1.8	167	83	1	408	40	9	8	41	1.68
8852010--8852934	180	5.1	180	77	5	821	41	8	8	41	1.67
8853442--8853766	177	1.8	177	82	3	420	41	9	8	40	1.68
8853777--8853834	18	3.2	18	76	18	50	44	10	1	43	1.48
8855532--8856288	177	4.3	176	77	8	617	39	10	9	40	1.71
8852943--8859073	538	11.3	538	76	9	3917	41	9	8	40	1.69
8859127--8859571	182	2.5	181	80	5	481	39	8	9	42	1.68
8859676--8862975	181	18.5	180	74	9	2110	39	8	9	42	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8859677--8860176	171	2.9	168	80	9	437	39	6	10	43	1.65
8860604--8860636	16	2.1	16	88	11	50	33	9	6	51	1.58
8861420--8861460	18	2.4	17	88	8	57	46	7	4	41	1.53
8861492--8861521	15	1.9	16	93	6	53	40	0	6	53	1.27
8859676--8875015	543	28.7	536	72	12	4672	40	8	9	41	1.68
8861892--8861920	14	2.0	15	93	6	51	48	6	6	37	1.57
8863375--8864050	180	3.8	180	76	7	562	39	10	8	41	1.70
8863155--8864097	361	2.6	352	75	9	796	39	8	9	42	1.68
8864299--8864611	163	1.9	159	80	5	351	40	7	10	42	1.66
8864462--8865209	181	4.2	178	78	7	640	42	7	8	41	1.63
8864462--8865266	362	2.2	358	80	6	849	42	7	8	41	1.63
8865263--8868689	181	19.0	180	77	7	2622	39	8	10	41	1.69
8868712--8875015	181	35.4	179	74	10	3832	40	8	10	41	1.69
8865329--8875015	718	13.6	703	74	10	4547	40	8	10	41	1.69
8873594--8875015	182	7.9	181	75	7	966	40	8	9	41	1.68
8885335--8886476	180	6.4	179	76	9	779	41	7	8	42	1.64
8885582--8886217	343	1.9	342	83	4	841	41	8	8	41	1.67
8885391--8886342	522	1.8	523	82	3	1245	42	7	8	40	1.65
8886511--8887835	179	7.3	178	75	8	903	39	8	9	42	1.68
8887868--8891423	181	19.9	178	72	10	1068	40	7	10	41	1.68
8887854--8889312	360	4.1	356	74	7	952	41	7	9	41	1.66
8887917--8889405	180	8.3	180	75	6	822	41	7	9	41	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8889261--8889552	161	1.8	161	81	5	367	40	8	9	41	1.67
8889411--8891424	538	3.7	531	78	7	1690	39	8	10	41	1.69
8890290--8890762	177	2.7	175	77	9	420	41	8	10	39	1.70
8889408--8891424	181	11.2	181	78	7	1451	39	8	10	41	1.69
8890569--8892153	854	1.9	856	79	6	1859	40	8	9	40	1.69
8892103--8892153	18	2.9	18	71	14	52	45	7	9	37	1.67
8891426--8895505	361	11.3	357	70	13	1723	40	8	9	41	1.66
8891426--8893672	180	12.6	178	75	10	1503	40	7	9	42	1.65
8892458--8893556	181	6.1	179	76	9	780	41	6	8	43	1.61
8892987--8893019	16	2.0	17	88	5	50	48	3	9	39	1.50
8892551--8893613	536	2.0	533	80	4	1210	40	6	9	43	1.63
8893686--8894172	178	2.7	177	79	6	509	44	8	8	38	1.66
8894105--8894137	18	1.9	17	88	11	50	48	6	6	39	1.53
8894416--8895095	363	1.9	361	79	8	783	38	8	10	42	1.70
8900625--8900657	16	2.1	16	88	5	50	15	0	6	78	0.93
8900657--8900754	22	4.5	22	68	26	66	29	4	1	65	1.18
8900632--8900752	7	16.9	7	71	20	58	28	3	1	66	1.16
8900751--8900780	13	2.2	14	94	5	53	0	13	0	86	0.57
8900793--8900847	26	2.2	25	87	6	76	30	3	1	63	1.22
8900798--8900847	14	3.7	14	72	20	52	28	4	2	66	1.21
8901801--8901873	6	12.2	6	72	21	55	19	1	0	79	0.81
8901804--8901876	27	2.7	27	80	19	91	17	1	0	80	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8901801--8901873	33	2.2	33	85	9	96	19	1	0	79	0.81
8901806--8901877	36	2.0	36	86	10	103	19	1	0	79	0.81
8901801--8901890	42	2.1	42	82	8	103	23	1	0	75	0.87
8913369--8913665	85	3.5	85	77	12	297	25	14	19	41	1.88
8913369--8913612	126	1.9	124	84	9	325	25	13	18	42	1.86
8913514--8913589	37	2.1	37	94	0	134	22	11	19	46	1.82
8913370--8913660	42	6.8	45	76	12	217	24	13	19	42	1.87
8913551--8913660	45	2.4	46	87	6	161	21	14	22	40	1.90
8913844--8913893	18	2.9	18	83	16	54	20	0	4	76	0.95
8913844--8913876	16	2.1	16	88	5	50	15	0	6	78	0.93
8913864--8913898	18	1.9	18	94	0	61	31	0	0	68	0.90
8913915--8913957	7	6.0	7	81	13	52	27	2	2	67	1.15
8913915--8913946	15	2.1	15	94	0	55	25	0	3	71	1.00
8913878--8913992	4	29.0	4	72	11	67	27	4	1	66	1.21
8914028--8914081	26	2.1	25	89	3	81	31	3	1	62	1.23
8914036--8914085	14	3.7	14	72	20	52	28	4	2	66	1.21
8914091--8914128	20	1.9	20	84	10	51	15	13	10	60	1.59
8915055--8915123	6	11.8	6	73	21	58	17	1	0	81	0.77
8915057--8915124	28	2.6	25	86	9	91	17	1	0	80	0.78
8915057--8915124	5	14.0	5	74	22	65	17	1	0	80	0.78
8915143--8915344	59	3.4	58	84	4	262	47	7	9	34	1.66
8923465--8923505	18	2.3	19	83	12	59	48	4	19	26	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8923664--8923729	7	10.0	7	77	12	77	25	0	28	45	1.54
8923651--8923729	19	4.0	21	82	9	67	24	0	29	46	1.53
8923664--8923729	12	5.0	13	76	14	64	25	0	28	45	1.54
8923664--8923734	19	3.6	20	81	12	85	23	1	28	46	1.61
8923757--8923806	18	2.7	18	84	9	66	18	4	34	44	1.68
8923757--8923841	18	5.1	18	70	26	62	18	4	34	42	1.72
8923764--8923845	30	2.7	30	80	14	89	18	4	34	42	1.71
8923757--8923855	49	2.0	49	88	0	144	20	4	33	42	1.71
8923760--8923887	49	2.6	49	82	3	141	21	3	34	41	1.69
8923861--8923957	45	2.2	45	79	3	115	18	0	39	42	1.51

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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