genome.fa.s667.2.7.7.80.10.50.1000.119.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168492.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_9, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  25814696

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  119  of  126  ( 15044 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23601828--23602083	128	2.0	131	87	5	378	35	8	5	50	1.57
23602907--23602932	6	4.3	6	100	0	52	15	0	0	84	0.62
23602941--23602996	22	2.7	20	75	16	51	67	10	5	16	1.37
23603802--23604098	46	6.5	46	80	5	305	37	13	10	38	1.79
23603802--23604098	92	3.2	92	84	0	369	37	13	10	38	1.79
23603802--23604115	138	2.3	138	82	4	361	37	14	9	38	1.79
23603809--23604432	25	26.4	25	72	14	400	38	13	8	38	1.77
23603989--23604442	46	9.5	46	81	9	438	40	14	8	37	1.76
23603858--23604434	92	6.1	94	79	10	424	39	14	8	37	1.76
23604052--23604246	104	1.9	100	88	4	291	40	14	8	36	1.77
23604039--23604433	142	2.7	145	85	6	498	40	14	7	37	1.74
23605370--23605642	58	4.7	57	84	9	322	37	11	5	45	1.63
23605370--23605641	115	2.3	116	85	8	349	37	11	5	45	1.64
23605670--23605702	11	2.8	12	90	4	50	78	0	6	15	0.93
23605722--23605769	12	4.0	12	82	15	55	70	2	0	27	0.98
23606622--23606750	4	31.2	4	71	14	68	68	0	3	27	1.12
23606571--23606635	22	3.0	20	75	16	60	72	1	4	21	1.11
23606599--23606660	17	3.6	17	85	8	72	72	1	4	20	1.12
23606609--23606781	44	4.1	41	70	18	90	71	0	4	24	1.08
23606639--23606763	34	3.7	35	73	12	118	68	0	3	27	1.10
23606624--23606756	40	3.3	39	76	17	121	69	0	3	26	1.11
23606733--23606781	6	8.0	6	95	2	80	79	0	2	18	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23607034--23607419	40	9.2	42	79	10	380	41	18	14	25	1.88
23607032--23607413	87	4.6	86	83	6	412	41	18	14	25	1.88
23607105--23607508	41	9.7	41	78	11	194	40	19	14	25	1.89
23609242--23609280	20	2.0	20	90	10	62	7	20	0	71	1.10
23613233--23613576	58	5.8	59	82	9	391	35	11	8	44	1.71
23614535--23614600	17	3.9	17	78	4	62	72	1	6	19	1.13
23614558--23614673	27	4.3	27	70	12	85	69	1	4	24	1.15
23614570--23614642	13	5.1	14	71	15	51	68	1	5	24	1.19
23614569--23614699	43	3.0	41	77	15	115	70	2	4	22	1.16
23615411--23615469	26	2.3	26	78	0	64	5	18	0	76	0.97
23615412--23615498	11	7.9	10	73	15	50	5	21	0	72	1.05
23615451--23615540	13	7.4	13	70	18	52	7	22	0	70	1.13
23615460--23615540	32	2.7	28	76	22	92	8	23	0	67	1.18
23615440--23615530	35	2.6	33	84	6	101	7	21	0	70	1.12
23615475--23615514	20	2.0	20	85	9	55	7	22	0	70	1.12
23615888--23615921	16	2.2	16	89	5	52	0	17	0	82	0.67
23619528--23619662	67	2.0	65	81	11	157	34	8	6	49	1.60
23619885--23619925	17	2.4	17	95	0	73	14	21	39	24	1.91
23620575--23620655	10	8.4	10	73	22	50	71	2	3	22	1.14
23620581--23620639	28	2.2	27	87	6	84	71	3	5	20	1.20
23620579--23620671	27	3.3	28	77	11	84	73	2	5	19	1.13
23621093--23621122	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23625971--23626242	149	1.8	149	84	3	368	43	8	12	34	1.74
23626932--23626992	22	2.7	22	78	16	63	52	3	8	36	1.48
23626920--23627348	44	9.9	43	68	8	185	49	3	9	37	1.52
23627115--23627227	22	5.1	22	81	6	113	45	0	9	44	1.43
23627150--23627201	11	4.8	10	77	13	50	53	1	5	38	1.36
23627108--23627291	22	8.6	22	72	11	80	48	2	9	39	1.48
23627108--23627340	83	2.7	81	71	19	179	48	3	9	39	1.51
23627516--23627633	22	5.5	22	76	6	125	48	5	8	38	1.56
23627519--23627596	41	1.9	41	86	0	111	47	5	8	38	1.57
23627516--23627649	44	3.1	44	80	5	132	47	5	8	38	1.56
23627582--23627691	52	2.1	52	83	6	134	43	5	10	40	1.61
23627761--23627808	22	2.2	22	92	0	78	50	6	4	39	1.47
23627766--23627825	22	2.7	23	82	5	61	51	5	6	36	1.50
23628164--23628224	11	5.5	11	76	0	59	52	3	6	37	1.44
23628164--23628314	22	6.9	22	75	10	103	47	3	8	40	1.51
23628162--23628314	44	3.5	44	79	12	161	47	3	9	40	1.52
23628362--23628395	16	2.2	15	94	5	59	52	5	5	35	1.50
23628587--23628867	22	12.8	22	75	2	179	47	7	5	39	1.56
23628654--23628851	11	18.0	11	66	0	90	50	6	4	38	1.47
23628654--23628870	44	4.9	44	78	0	200	49	6	4	39	1.49
23628608--23628851	66	3.7	66	80	0	245	49	6	4	38	1.51
23628591--23628867	66	4.2	65	78	2	230	47	7	5	38	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23629178--23629217	21	1.9	21	84	0	53	47	12	5	35	1.63
23629205--23629251	21	2.2	21	84	0	58	55	8	4	31	1.49
23629212--23629294	37	2.2	36	83	8	96	55	9	2	32	1.45
23629299--23629329	3	10.7	3	93	6	55	35	0	0	64	0.94
23629378--23629411	2	17.5	2	93	6	61	52	0	0	47	1.00
23629376--23629412	17	2.2	17	100	0	74	54	0	0	45	1.00
23629380--23629409	15	2.0	15	100	0	60	53	0	0	46	1.00
23631807--23631832	12	2.2	12	100	0	52	53	0	0	46	1.00
23632042--23632077	15	2.4	15	95	0	63	30	0	0	69	0.89
23632031--23632071	19	2.2	19	95	0	73	31	0	0	68	0.90
23632454--23632487	2	18.0	2	88	11	54	0	50	0	50	1.00
23642521--23642614	30	3.3	29	76	19	92	50	2	0	47	1.13
23643115--23643155	3	13.7	3	89	0	64	31	0	4	63	1.15
23643905--23643932	6	4.7	6	100	0	56	17	0	0	82	0.68
23645135--23645178	22	2.0	21	87	12	63	54	0	0	45	0.99
23649683--23649713	16	1.9	16	100	0	62	0	6	0	93	0.35
23653344--23653387	18	2.4	18	76	3	52	50	0	0	50	1.00
23654121--23654181	28	2.2	29	79	8	72	39	19	19	21	1.93
23654886--23655018	32	4.2	32	76	15	125	48	27	0	24	1.57
23654889--23655010	48	2.5	48	86	2	156	50	26	0	22	1.55
23663065--23663372	33	9.5	33	82	7	344	29	20	15	34	1.94
23663998--23664386	111	3.5	110	84	5	448	22	21	17	38	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23664178--23664228	24	2.1	24	85	7	68	27	23	13	35	1.93
23663978--23664445	111	4.3	109	80	6	414	23	21	18	37	1.94
23664397--23664447	22	2.3	22	79	0	66	25	19	19	35	1.95
23664678--23664716	20	2.1	19	82	17	55	46	0	2	51	1.14
23664836--23664872	19	1.9	19	88	0	56	18	54	16	10	1.71
23666244--23666474	16	14.9	15	73	11	101	48	25	0	25	1.57
23666245--23666371	7	16.0	8	72	16	95	47	27	1	23	1.61
23666268--23666353	31	2.7	31	86	10	113	46	30	1	22	1.59
23666247--23666371	32	4.0	31	79	9	128	48	27	1	23	1.60
23666405--23666493	46	1.9	46	81	4	108	47	25	0	26	1.53
23666989--23667018	15	2.0	15	93	0	51	50	0	3	46	1.18
23669179--23669228	14	3.5	14	75	2	55	40	0	2	58	1.10
23670816--23670855	18	2.2	18	100	0	80	40	5	10	45	1.60
23671379--23671465	36	2.4	36	79	11	97	34	12	3	49	1.58
23674029--23674083	22	2.5	22	85	11	69	54	0	1	43	1.10
23677666--23677714	3	16.7	3	82	4	64	61	0	4	34	1.15
23677754--23677808	26	2.1	26	86	0	74	30	23	25	20	1.98
23678000--23678753	119	6.3	120	78	6	653	46	14	18	20	1.84
23677956--23678751	238	3.3	239	79	4	774	46	14	18	19	1.84
23677956--23678779	358	2.3	355	80	6	923	45	14	19	20	1.85
23678911--23679012	41	2.5	41	87	1	143	40	19	9	30	1.84
23690001--23690039	20	2.0	20	89	0	60	25	0	7	66	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23691037--23691071	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
23694178--23694232	22	2.5	22	85	11	69	54	0	1	43	1.10
23695010--23695065	25	2.2	26	78	12	64	48	1	7	42	1.41
23695583--23695677	50	1.9	50	97	0	181	42	2	5	50	1.36
23695698--23695755	25	2.3	26	87	3	82	36	5	1	56	1.32
23698517--23698688	87	2.0	87	88	4	258	19	22	24	33	1.97
23704080--23704125	10	4.3	10	82	15	56	36	2	2	58	1.22
23704072--23704124	23	2.3	23	90	0	79	41	3	1	52	1.30
23706849--23706887	21	1.9	20	84	5	51	12	46	5	35	1.65
23708812--23708846	14	2.4	14	95	4	61	40	8	0	51	1.33

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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