genome.fa.s667.2.7.7.80.10.50.1000.43.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168492.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_9, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  25814696

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  43  of  126  ( 15044 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8635435--8635481	13	3.8	12	83	10	51	17	0	34	48	1.47
8635315--8635490	32	5.5	31	74	18	107	17	0	34	48	1.48
8635267--8635481	19	11.3	18	72	18	104	16	1	33	47	1.56
8640686--8640719	9	3.9	9	88	7	52	55	0	0	44	0.99
8648483--8648520	18	2.1	18	95	0	67	50	15	0	34	1.45
8651498--8651528	15	2.1	15	93	0	53	48	29	6	16	1.70
8651715--8651773	20	3.0	20	79	0	64	23	13	8	54	1.66
8653853--8653898	21	2.2	21	88	7	67	50	21	6	21	1.71
8659362--8659461	28	3.5	27	71	12	74	18	3	37	42	1.65
8659504--8659672	7	26.3	7	73	15	91	18	0	32	49	1.48
8659464--8659583	51	2.3	52	81	12	133	18	1	34	45	1.59
8659496--8659580	33	2.6	32	81	5	100	20	0	35	44	1.51
8659517--8659580	19	3.3	20	85	12	89	20	0	32	46	1.51
8659508--8659675	12	13.2	12	72	12	90	17	0	33	48	1.48
8659510--8659628	45	2.6	44	83	9	141	18	0	31	50	1.47
8659508--8659680	32	5.4	32	74	17	96	17	0	32	49	1.48
8659568--8659668	18	5.5	17	70	18	69	17	0	31	50	1.47
8659516--8659672	19	8.6	18	69	22	80	18	0	31	49	1.48
8660923--8661275	145	2.5	145	80	7	357	39	15	13	31	1.86
8660819--8661278	142	3.2	144	75	9	366	40	14	13	31	1.84
8664864--8664898	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
8667220--8667256	7	5.6	7	84	9	51	43	0	2	54	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8668090--8668158	30	2.3	30	77	2	77	50	4	7	37	1.50
8669532--8669612	42	1.9	43	85	7	112	35	2	9	51	1.48
8688062--8688135	37	2.0	37	89	0	112	29	24	10	35	1.89
8690542--8690873	147	2.3	144	81	5	375	39	13	15	32	1.86
8691359--8691423	16	4.2	16	81	11	64	1	3	12	83	0.84
8691572--8692459	68	13.2	68	75	7	612	48	11	21	18	1.80
8691572--8692754	34	35.4	34	67	12	405	48	11	21	19	1.80
8692686--8692754	35	2.0	35	85	5	95	52	11	18	17	1.74
8692314--8692756	130	3.4	127	74	9	340	47	10	21	20	1.79
8692797--8692919	22	5.6	22	75	7	97	24	21	19	34	1.96
8693157--8693201	18	2.5	18	92	0	72	46	15	17	20	1.84
8693226--8693350	22	5.6	22	80	5	135	21	20	24	33	1.97
8693225--8693350	44	2.8	44	82	1	153	22	20	23	33	1.97
8692797--8693597	430	1.9	424	82	7	1030	27	17	11	43	1.84
8693715--8693778	24	2.6	24	90	2	92	42	14	15	28	1.86
8693988--8694030	20	2.2	20	91	0	68	27	16	13	41	1.86
8695617--8695712	5	18.6	5	70	18	54	4	15	2	78	1.00
8695621--8695714	18	4.6	20	67	20	59	4	14	2	78	0.99
8696529--8696573	23	2.0	23	86	8	65	22	8	0	68	1.16
8699013--8699052	21	1.9	21	85	10	55	32	12	22	32	1.91
8700134--8700183	26	1.9	26	83	0	64	62	10	4	24	1.44
8703094--8703436	145	2.4	144	79	4	386	37	12	16	34	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8703943--8703996	25	2.2	25	83	6	65	53	9	16	20	1.70
8710127--8710271	70	2.1	70	86	0	200	41	7	10	40	1.68
8710198--8710367	62	2.7	61	81	5	173	42	7	10	39	1.68
8710860--8710941	19	3.9	19	70	20	56	50	31	0	18	1.47
8710926--8711023	52	1.9	51	81	6	117	47	29	0	22	1.51
8710958--8711046	19	4.6	18	76	13	70	49	29	0	21	1.50
8714110--8714202	23	3.9	23	73	8	78	50	11	8	29	1.68
8715566--8715699	46	3.0	45	88	5	182	32	8	2	55	1.44
8718788--8718826	20	2.0	20	89	0	60	15	5	30	48	1.66
8723688--8723740	26	2.1	26	92	3	90	39	1	3	54	1.29
8723691--8723751	26	2.4	25	86	8	86	37	1	3	57	1.25
8723703--8723760	26	2.2	26	81	6	64	46	1	5	46	1.35
8724091--8724121	16	1.9	16	93	0	53	9	9	0	80	0.90
8724089--8724142	25	2.3	25	81	18	71	11	11	0	77	0.99
8724668--8724702	16	2.2	17	90	10	56	5	20	0	74	1.02
8725579--8725604	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
8725628--8725678	13	3.4	15	78	15	52	56	1	0	41	1.10
8732967--8733012	24	2.0	24	91	4	76	56	10	2	30	1.46
8732935--8733139	58	3.6	54	79	10	182	52	10	5	31	1.59
8733103--8733142	19	2.1	19	95	0	71	57	7	5	30	1.48
8733045--8733141	32	3.2	31	73	18	96	51	7	7	34	1.57
8733218--8733281	22	3.0	22	84	11	80	51	7	4	35	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8733256--8733311	28	2.0	28	86	6	78	50	12	7	30	1.67
8733401--8733441	13	2.9	14	89	10	66	78	12	0	9	0.98
8733914--8733967	26	2.0	26	86	10	74	16	1	7	74	1.14
8734026--8734071	22	2.1	22	84	8	58	17	8	19	54	1.68
8734563--8734631	6	11.7	6	82	1	59	66	13	1	18	1.32
8736491--8736577	17	5.1	17	73	12	61	35	11	10	42	1.75
8736451--8736571	53	2.3	53	88	0	179	36	10	9	42	1.73
8736469--8736594	53	2.4	53	86	2	164	35	12	7	43	1.72
8737976--8738019	20	2.2	20	83	4	52	56	0	2	40	1.11
8739412--8739465	26	2.0	26	86	10	74	16	1	7	74	1.14
8739524--8739569	22	2.1	22	84	8	58	17	8	19	54	1.68
8740096--8740123	6	4.7	6	100	0	56	67	17	0	14	1.22
8741979--8742046	18	3.8	18	69	18	52	35	11	8	44	1.72
8741960--8742024	17	3.7	17	73	6	58	35	9	10	44	1.71
8741941--8742073	53	2.5	53	83	0	176	36	13	10	39	1.79
8742040--8742072	9	3.8	9	84	8	50	39	18	9	33	1.82
8743465--8743508	20	2.2	20	83	4	52	56	0	2	40	1.11
8745290--8745353	32	2.0	32	87	0	92	32	10	12	43	1.77
8746573--8746946	189	2.0	187	81	1	442	35	11	11	41	1.78
8747799--8747857	9	6.8	9	77	12	54	69	8	1	20	1.23
8747783--8747866	43	2.0	43	83	4	107	72	5	3	17	1.19
8747809--8747863	16	3.3	16	89	5	74	72	5	1	20	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8747768--8747876	25	4.3	25	72	6	76	71	6	3	18	1.22
8748433--8748483	22	2.3	22	83	6	59	33	3	7	54	1.47
8748593--8748650	16	3.4	16	73	26	57	41	1	0	56	1.09
8749475--8749543	27	2.6	27	95	0	120	31	5	10	52	1.59
8755143--8755194	21	2.5	21	84	9	70	21	21	19	38	1.94
8761682--8761712	16	1.9	16	93	0	53	29	3	16	51	1.59
8766405--8766532	40	3.2	40	86	1	166	35	20	10	32	1.87
8767066--8767421	80	4.5	80	82	4	416	37	16	11	34	1.86
8767066--8767421	158	2.2	159	82	4	432	37	16	11	34	1.86
8767299--8767341	22	2.0	22	90	0	68	34	25	16	23	1.95
8767383--8767508	22	5.8	22	73	5	103	31	21	13	33	1.92
8767383--8767481	43	2.3	44	83	1	128	33	22	11	33	1.89
8767383--8767508	65	1.9	66	82	4	157	31	21	13	33	1.92
8767644--8767860	94	2.2	97	83	5	260	35	19	11	33	1.88
8768062--8768108	12	4.1	12	81	8	53	78	0	19	2	0.85
8768064--8768110	15	3.2	15	82	11	62	80	0	17	2	0.80
8768076--8768110	16	2.2	16	90	10	54	82	0	14	2	0.77
8768381--8768492	44	2.5	44	88	2	163	25	11	19	43	1.84
8768504--8768645	44	3.2	44	86	2	178	27	11	14	45	1.80
8768401--8768590	101	1.9	101	86	0	272	24	12	17	45	1.83
8772017--8772143	68	1.9	68	91	0	209	35	7	14	42	1.74
8772669--8772704	15	2.4	15	95	0	63	13	8	13	63	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8772792--8772829	17	2.2	18	85	4	51	5	5	10	78	1.06
8772845--8772891	24	2.0	24	83	8	60	55	0	2	42	1.12
8772982--8773315	55	6.1	56	72	11	162	47	11	12	28	1.77
8774467--8774516	20	2.5	19	81	9	64	36	0	2	62	1.07
8782208--8782241	2	17.0	2	87	0	50	0	44	0	55	0.99
8782208--8782241	12	2.8	12	100	0	68	0	44	0	55	0.99
8784358--8784394	19	1.9	19	89	10	58	27	0	0	72	0.84
8784592--8784668	26	3.0	25	81	5	84	22	2	22	53	1.58
8784804--8784907	50	2.1	48	79	11	120	35	9	4	50	1.57
8784936--8784977	14	2.9	14	80	16	50	28	4	0	66	1.12

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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