genome.fa.s667.2.7.7.80.10.50.1000.114.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168492.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_9, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  25814696

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   

This is table  114  of  126  ( 15044 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22526574--22526656	43	1.9	44	90	2	132	33	3	6	56	1.41
22526733--22526778	22	2.1	22	84	8	58	36	6	2	54	1.39
22526750--22526813	22	2.9	23	81	6	71	40	9	4	45	1.57
22526962--22527030	22	3.2	22	85	6	79	34	10	5	49	1.61
22528717--22528779	27	2.4	25	82	15	74	77	4	0	17	0.93
22528724--22528780	21	2.7	21	80	17	57	75	7	0	17	1.02
22531393--22531429	13	2.8	14	88	8	51	51	0	0	48	1.00
22535993--22536059	33	2.0	34	91	2	109	37	25	13	23	1.92
22537546--22537598	24	2.3	24	84	9	67	64	0	3	32	1.12
22538925--22538955	5	6.2	5	92	0	53	38	0	3	58	1.15
22538924--22538958	15	2.4	14	90	9	61	42	0	2	54	1.15
22540214--22540271	30	1.9	30	82	6	73	50	1	3	44	1.29
22541461--22541516	22	2.4	23	79	5	60	46	0	5	48	1.25
22541658--22541739	15	5.5	15	68	16	53	43	2	1	52	1.22
22541610--22541756	37	4.0	37	69	22	87	42	2	0	54	1.19
22546917--22546964	13	3.8	13	78	13	55	83	0	10	6	0.81
22546916--22546963	18	2.7	17	79	17	53	83	0	10	6	0.81
22546926--22546963	17	2.2	18	85	4	51	81	0	10	7	0.87
22551309--22551342	17	1.9	18	94	5	61	70	2	0	26	1.01
22550676--22551385	356	2.0	356	95	0	1280	48	10	10	30	1.71
22551750--22551780	15	2.1	15	93	0	53	32	0	0	67	0.91
22553618--22553644	2	13.5	2	100	0	54	0	51	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22569268--22569292	13	1.9	13	100	0	50	64	4	0	32	1.12
22570490--22570524	18	1.9	18	88	11	54	28	0	0	71	0.86
22570494--22570531	18	2.1	18	85	9	51	31	2	0	65	1.06
22572643--22572681	20	1.9	21	89	5	62	43	0	0	56	0.99
22575490--22575529	18	2.4	16	84	12	53	40	2	5	52	1.37
22575538--22575607	30	2.3	29	85	7	95	47	0	7	45	1.30
22575551--22575632	30	2.8	30	87	5	105	52	0	7	40	1.29
22575563--22575632	29	2.4	30	85	7	90	51	0	7	41	1.29
22586021--22586067	14	3.6	13	78	16	53	44	0	2	53	1.12
22589746--22589770	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
22590121--22590156	15	2.3	16	85	9	56	33	0	22	44	1.53
22590360--22590402	20	2.2	19	84	12	52	48	25	2	23	1.62
22591232--22591356	66	1.9	66	86	0	178	50	18	5	25	1.68
22592037--22592149	57	2.0	57	94	0	199	26	21	13	38	1.90
22593461--22593726	120	2.2	120	89	1	390	51	12	1	35	1.46
22593481--22593758	120	2.3	120	88	1	387	51	13	1	34	1.49
22593865--22593930	20	3.2	20	79	16	73	71	16	0	12	1.15
22594361--22594389	15	1.9	15	100	0	58	20	0	6	72	1.07
22594361--22594401	15	2.8	15	88	3	57	21	0	9	68	1.18
22606865--22606934	33	2.2	32	84	7	88	47	1	1	50	1.19
22608411--22608482	29	2.4	30	81	4	83	47	5	0	47	1.25
22612544--22612584	21	2.0	21	85	9	57	36	9	17	36	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22619777--22619840	26	2.4	27	81	5	76	23	9	3	64	1.38
22622468--22622503	18	1.9	19	88	5	56	44	0	0	55	0.99
22626864--22626932	29	2.5	27	82	13	79	39	0	5	55	1.24
22627239--22627315	33	2.2	37	84	9	99	57	1	5	36	1.30
22627355--22627409	22	2.5	22	80	16	60	56	3	7	32	1.44
22627470--22627527	23	2.5	24	81	13	68	43	1	6	48	1.40
22628403--22628443	20	2.1	20	95	4	75	51	0	0	48	1.00
22628410--22628449	19	2.0	20	90	4	64	60	0	0	40	0.97
22628476--22628522	23	2.0	23	84	8	60	40	10	2	46	1.50
22629338--22629380	16	2.7	16	77	0	50	60	2	0	37	1.10
22629613--22629651	17	2.3	17	86	0	51	38	5	0	56	1.22
22630343--22630372	5	6.2	5	92	7	53	43	0	0	56	0.99
22630343--22630372	14	2.1	14	93	6	51	43	0	0	56	0.99
22630409--22630557	75	1.9	74	82	9	183	46	4	7	40	1.52
22630901--22630958	27	2.1	28	80	3	64	18	8	0	72	1.10
22631854--22631947	30	3.1	30	80	10	86	40	4	1	54	1.27
22635554--22635590	3	12.3	3	88	0	56	29	2	2	64	1.21
22643128--22643168	3	13.7	3	100	0	82	65	0	0	34	0.93
22643688--22643752	33	2.0	32	90	3	103	49	1	1	47	1.20
22648498--22648531	7	4.7	7	96	3	59	41	14	14	29	1.86
22648885--22648921	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
22649014--22649054	21	2.0	21	85	0	55	70	2	21	4	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22650364--22650857	255	1.9	255	93	0	846	34	20	15	29	1.94
22652742--22652917	84	2.1	84	91	2	282	44	7	13	34	1.73
22653320--22653376	26	2.2	26	90	0	87	8	5	43	42	1.58
22658319--22658361	21	2.0	22	82	13	54	55	20	0	23	1.43
22658993--22659024	15	2.2	14	94	5	55	15	0	25	59	1.36
22658993--22659024	7	4.4	7	92	7	55	15	0	25	59	1.36
22658993--22659038	22	2.1	22	88	8	67	17	0	28	54	1.43
22661145--22661255	35	3.3	34	73	14	104	48	13	17	20	1.80
22661130--22661255	66	1.9	66	86	3	182	50	12	16	19	1.77
22660970--22661235	135	2.0	134	81	10	319	45	14	19	20	1.85
22661290--22661357	36	1.9	34	85	5	91	50	4	20	25	1.67
22661295--22661385	36	2.6	34	76	8	85	49	4	20	25	1.67
22672548--22672586	20	2.0	20	100	0	78	35	25	2	35	1.70
22674100--22674158	22	2.6	23	83	8	75	18	5	25	50	1.67
22674145--22674197	14	3.8	14	75	9	54	15	1	30	52	1.53
22675243--22675272	11	2.7	11	94	0	51	0	6	3	90	0.56
22675802--22675843	21	2.0	21	90	0	66	47	2	0	50	1.14
22675796--22675829	12	2.8	12	95	0	59	47	0	0	52	1.00
22677070--22677110	21	1.9	22	90	5	66	34	0	0	65	0.93
22677065--22677122	28	2.0	29	83	12	75	36	0	0	63	0.94
22677624--22677653	3	9.7	3	92	7	51	66	0	0	33	0.92
22686112--22686151	17	2.4	17	86	0	53	52	5	0	42	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22694237--22694276	17	2.4	17	86	0	53	52	5	0	42	1.23
22705567--22705702	35	3.9	35	83	3	161	38	16	17	27	1.92
22708462--22708562	43	2.3	43	84	5	132	32	12	6	47	1.68
22708489--22708578	43	2.1	43	83	10	112	32	8	6	52	1.59
22708655--22708679	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
22710408--22710470	33	1.9	33	96	0	117	33	3	11	52	1.53
22713856--22713989	59	2.3	59	85	2	189	37	7	6	48	1.58
22713823--22713989	58	2.8	60	80	7	207	37	9	6	46	1.63
22713894--22714085	98	2.0	98	88	4	291	31	9	7	51	1.63
22713952--22714026	38	2.0	38	92	2	125	28	13	6	52	1.65
22713990--22714163	65	2.8	60	86	10	253	31	9	6	52	1.58
22715296--22715320	8	3.1	8	100	0	50	0	12	0	88	0.53
22715388--22715755	44	8.4	43	81	4	310	44	18	11	25	1.84
22715388--22715755	87	4.2	87	82	3	409	44	18	11	25	1.84
22715429--22715761	131	2.5	132	82	5	408	44	18	12	24	1.84
22715388--22715755	174	2.1	175	86	0	513	44	18	11	25	1.84
22716132--22716161	12	2.5	12	88	0	51	50	20	16	13	1.78
22716785--22716831	9	5.3	9	87	5	69	8	4	0	87	0.67
22716786--22716833	17	3.0	16	87	6	53	10	6	0	83	0.81
22716785--22716825	17	2.4	17	95	0	73	9	2	0	87	0.62
22719120--22719163	16	2.8	16	79	3	54	47	0	0	52	1.00
22719135--22719183	22	2.2	23	92	3	82	46	0	0	53	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22724523--22724557	15	2.3	15	90	0	61	51	0	22	25	1.48
22727797--22727913	60	2.0	60	93	3	202	36	6	6	49	1.56
22727991--22728016	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
22729705--22729732	9	3.1	9	100	0	56	53	10	0	35	1.36
22735681--22735722	6	6.5	6	86	13	57	2	4	14	78	1.01
22735974--22736425	18	24.9	18	68	21	148	49	1	0	47	1.17
22735923--22736425	33	15.0	33	69	22	165	49	1	0	47	1.17
22735923--22736016	25	3.6	25	72	16	75	48	1	0	50	1.07
22735988--22736074	17	5.2	15	70	25	59	44	3	0	51	1.18
22735987--22736417	69	6.2	72	72	20	210	49	1	0	47	1.18

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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