genome.fa.s667.2.7.7.80.10.50.1000.109.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168492.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_9, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  25814696

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  109  of  126  ( 15044 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21569328--21569365	19	2.0	19	100	0	76	68	10	0	21	1.19
21569333--21569373	14	2.8	14	85	7	55	75	7	0	17	1.02
21570406--21570477	36	2.0	37	86	2	101	38	15	15	30	1.88
21570535--21570686	41	3.7	41	79	3	155	41	15	14	28	1.86
21570844--21570922	34	2.2	36	84	4	99	41	18	10	29	1.83
21582137--21582171	18	1.9	18	88	0	52	65	0	5	28	1.15
21583665--21583705	19	2.2	19	90	0	64	78	2	4	14	1.03
21583665--21583713	25	2.0	25	84	8	64	77	2	6	14	1.05
21584081--21584117	11	3.3	11	92	3	56	62	5	0	32	1.18
21587467--21587561	33	3.0	30	75	13	84	64	4	1	30	1.19
21587482--21587563	29	2.8	29	82	12	96	65	1	1	31	1.08
21590226--21590372	71	2.1	71	91	5	239	13	9	7	69	1.36
21590226--21590368	33	4.0	36	86	9	204	13	9	7	69	1.37
21590773--21590818	24	1.9	24	91	8	76	50	8	2	39	1.46
21592153--21592181	2	15.0	2	92	7	51	0	48	0	51	1.00
21593194--21593235	3	14.3	3	95	5	77	0	30	0	69	0.89
21595346--21595375	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
21597648--21597686	18	2.3	18	86	8	55	51	17	7	23	1.71
21602838--21602881	17	2.6	17	79	10	54	72	2	0	25	0.96
21602819--21602886	21	3.2	21	78	14	68	69	1	2	26	1.12
21602819--21602886	11	6.4	11	73	16	63	69	1	2	26	1.12
21603019--21603063	3	14.7	3	95	4	81	66	0	2	31	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21610765--21610829	27	2.4	27	80	14	73	16	1	9	72	1.18
21610853--21610887	13	2.8	12	87	8	52	71	0	8	20	1.11
21613187--21613217	15	2.0	16	93	6	55	16	6	6	70	1.29
21613197--21613245	24	2.0	25	92	4	82	26	8	6	59	1.50
21613660--21613707	5	8.8	5	82	17	60	79	0	2	18	0.84
21613660--21613707	18	2.9	17	88	11	73	79	0	2	18	0.84
21614917--21615202	40	7.3	40	76	9	223	44	11	11	32	1.78
21617115--21617301	96	1.9	96	100	0	374	29	14	20	34	1.93
21619620--21619655	16	2.2	16	90	0	54	80	2	0	16	0.83
21620887--21620988	41	2.5	41	80	3	116	31	20	15	32	1.94
21621396--21621546	33	4.6	33	75	7	112	36	13	17	31	1.90
21623626--21623708	29	2.8	28	76	18	71	18	4	3	73	1.16
21627882--21628030	33	4.5	34	75	9	130	33	18	13	34	1.89
21628059--21628134	35	2.3	32	77	18	75	25	10	18	46	1.81
21628070--21628612	267	2.0	264	78	8	557	33	12	13	39	1.83
21628520--21628771	34	7.3	34	71	10	138	32	11	17	38	1.86
21628569--21628698	68	1.9	70	87	3	192	31	11	16	40	1.85
21629313--21629348	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
21630374--21630436	3	21.0	3	100	0	126	66	0	0	33	0.92
21630538--21630562	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
21630727--21630787	22	2.9	21	83	7	63	59	1	0	39	1.08
21642427--21642852	209	2.0	209	97	0	809	36	12	12	38	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21643470--21643542	24	2.9	25	78	10	69	46	10	2	39	1.53
21643547--21643589	19	2.3	18	84	11	59	32	9	0	58	1.30
21644577--21644616	20	2.0	21	90	5	64	75	2	2	20	1.04
21649900--21649940	19	2.2	18	86	4	55	41	0	0	58	0.98
21649993--21650137	78	1.9	79	95	2	267	49	9	2	38	1.47
21650884--21650922	19	2.1	19	90	9	62	61	0	5	33	1.18
21655401--21655451	24	2.0	26	85	7	70	47	0	0	52	1.00
21664530--21664568	6	6.5	6	90	0	51	58	0	30	10	1.31
21669127--21670044	463	2.0	463	97	0	1748	36	17	8	36	1.80
21675389--21675611	112	2.0	112	94	0	392	30	16	25	28	1.96
21678092--21678117	1	26.0	1	100	0	52	0	0	0	100	0.00
21682256--21682412	52	3.0	53	85	5	205	41	8	24	25	1.84
21683198--21683237	11	3.6	11	93	0	71	22	0	27	50	1.50
21683264--21683420	52	3.0	52	88	1	217	39	8	26	26	1.84
21684637--21684713	30	2.6	29	79	6	91	45	0	9	45	1.35
21689846--21689917	32	2.3	31	80	7	81	20	2	5	70	1.20
21690238--21690264	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
21691345--21691409	24	2.7	23	84	11	78	64	0	4	30	1.14
21695173--21695465	157	1.9	155	93	1	505	30	11	15	42	1.82
21695188--21695473	156	1.8	157	90	2	414	32	10	15	41	1.81
21698180--21698225	2	23.0	2	90	0	74	54	0	0	45	0.99
21706353--21706400	25	2.0	23	88	8	69	62	14	20	2	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21707797--21707840	20	2.2	20	88	8	63	38	0	0	61	0.96
21713165--21713196	16	2.0	16	93	0	55	21	0	3	75	0.95
21715088--21715135	24	2.0	25	87	4	71	41	4	8	45	1.53
21716763--21716859	48	2.0	47	81	15	110	46	1	2	50	1.20
21717445--21717485	20	2.1	19	86	4	55	58	0	0	41	0.98
21718497--21718531	17	2.1	17	88	0	52	34	8	0	57	1.29
21720763--21720791	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
21721670--21721973	167	1.8	167	94	1	547	38	9	20	31	1.86
21724958--21724997	2	20.0	2	85	10	55	47	2	2	47	1.29
21726058--21726126	35	2.0	35	91	0	111	44	4	14	36	1.65
21728475--21728517	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
21728655--21728737	30	2.8	29	77	1	94	40	6	3	49	1.45
21730376--21730428	25	2.2	25	86	10	74	45	0	7	47	1.31
21730411--21730447	19	1.9	19	88	0	56	45	2	2	48	1.30
21734014--21734056	20	2.2	20	95	0	77	23	32	9	34	1.87
21736328--21736389	19	3.5	19	72	20	71	56	9	9	24	1.61
21736325--21736396	33	2.1	34	97	2	137	54	8	8	29	1.60
21736512--21736795	18	16.7	18	69	21	152	53	1	2	42	1.23
21736535--21736591	15	4.1	14	80	13	55	61	0	1	36	1.07
21736528--21736582	26	2.1	26	89	3	83	58	0	1	40	1.09
21736512--21736782	49	5.7	47	70	16	179	52	1	2	43	1.24
21736512--21736762	31	7.7	31	70	19	133	51	1	2	43	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21736644--21736778	22	6.1	22	71	18	66	51	1	1	45	1.19
21736654--21736699	14	3.2	14	77	22	51	54	0	0	45	0.99
21736625--21736788	35	4.6	35	70	15	104	53	1	1	43	1.19
21736746--21736795	9	4.9	10	73	22	50	64	0	0	36	0.94
21736540--21736789	38	6.1	38	67	23	114	53	1	2	42	1.23
21736741--21736909	71	2.4	69	78	10	173	47	0	1	50	1.13
21736831--21736900	37	1.9	36	82	8	88	47	0	0	52	1.00
21736797--21736909	16	6.6	16	68	20	50	42	0	0	55	1.12
21736785--21736909	37	3.7	32	68	16	83	44	0	1	52	1.16
21738795--21738867	30	2.5	28	82	6	74	47	1	1	49	1.18
21739187--21739221	4	9.0	4	87	6	54	0	25	2	71	1.00
21740036--21740068	11	3.0	11	91	8	50	18	9	6	66	1.40
21741238--21741288	26	2.0	26	96	0	93	25	17	15	41	1.89
21742709--21742742	18	1.9	18	88	5	52	38	14	11	35	1.83
21753599--21753717	59	2.0	59	96	0	220	36	6	16	39	1.75
21754246--21754509	136	1.9	135	90	2	422	23	17	21	38	1.93
21760394--21760435	18	2.4	18	88	4	59	0	9	9	80	0.89
21765265--21765299	17	2.1	17	94	0	61	40	8	0	51	1.33
21771180--21771241	18	3.0	21	70	18	58	48	1	0	50	1.10
21771181--21771274	41	2.3	41	82	12	113	47	2	0	50	1.13
21771226--21771372	8	18.2	8	65	16	54	50	2	0	46	1.20
21771226--21771275	24	2.1	24	88	0	73	46	4	0	50	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21771206--21771302	29	3.5	28	71	10	90	47	2	0	50	1.12
21771239--21771369	15	8.5	15	67	16	72	51	2	0	45	1.19
21771368--21771396	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
21775230--21775267	2	19.0	2	88	0	58	52	2	0	44	1.14
21779422--21779474	22	2.4	22	75	12	54	18	3	3	73	1.14
21781074--21781124	26	1.9	27	84	11	70	29	0	1	68	1.00
21781074--21781124	12	3.9	13	78	17	52	29	0	1	68	1.00
21781116--21781155	19	2.1	19	95	4	71	50	0	0	50	1.00
21781131--21781187	15	3.8	16	76	23	70	50	0	0	49	1.00
21783036--21783079	22	2.0	23	86	4	63	22	6	2	68	1.25

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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