genome.fa.s667.2.7.7.80.10.50.1000.38.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168492.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_9, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  25814696

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   

This is table  38  of  126  ( 15044 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7715281--7715351	27	2.5	27	86	6	97	53	0	5	40	1.24
7715414--7715461	17	2.9	17	87	3	62	66	6	2	25	1.26
7715459--7715544	19	4.4	20	70	4	61	46	2	5	45	1.40
7715729--7715764	15	2.5	15	86	4	56	36	0	0	63	0.94
7715744--7715791	10	4.7	10	84	5	51	25	2	4	68	1.18
7715757--7715860	9	11.2	9	72	12	77	25	1	8	64	1.32
7715757--7715910	9	16.3	9	70	14	62	27	3	6	62	1.36
7715931--7715994	20	3.4	18	72	17	58	37	3	4	54	1.37
7715757--7716014	19	13.2	19	68	18	88	29	3	6	60	1.41
7715953--7716014	20	3.0	20	86	6	72	32	3	4	59	1.34
7715934--7716014	29	2.7	31	79	11	80	33	3	4	58	1.37
7717783--7717841	21	2.9	22	78	12	63	61	6	3	28	1.38
7717786--7717832	19	2.4	19	78	7	58	68	4	4	23	1.26
7717783--7717841	20	2.9	20	80	7	66	61	6	3	28	1.38
7717925--7717998	26	2.8	27	84	10	91	52	4	2	40	1.34
7717920--7718007	26	3.2	26	79	12	81	55	3	2	38	1.29
7718361--7718425	20	3.3	19	79	12	69	41	7	1	49	1.41
7718361--7718425	21	3.2	20	75	12	62	41	7	1	49	1.41
7724241--7724357	59	2.0	58	83	6	146	30	19	7	41	1.80
7730351--7730394	22	2.0	22	83	16	56	52	4	0	43	1.22
7735468--7735537	35	2.0	35	88	0	104	37	15	11	35	1.84
7737286--7737322	18	2.1	18	89	0	56	72	0	0	27	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7737301--7737382	24	3.2	25	75	14	96	58	0	0	41	0.98
7737291--7737365	21	3.6	20	73	19	64	62	0	0	37	0.95
7738031--7738073	14	3.1	14	79	0	50	65	0	0	34	0.93
7738763--7738845	30	2.8	31	87	7	118	45	0	1	53	1.08
7739003--7739061	30	2.0	29	86	6	82	45	5	1	47	1.34
7739426--7739464	18	2.2	18	90	9	62	69	5	0	25	1.09
7739845--7739874	15	2.0	15	93	0	51	66	0	10	23	1.21
7740332--7741062	385	1.9	382	81	4	887	38	9	11	39	1.75
7740017--7741461	386	3.7	383	75	7	1093	39	9	11	39	1.75
7740113--7741520	388	3.6	383	75	8	1034	39	9	10	39	1.73
7742044--7742133	2	45.0	2	78	4	92	47	4	4	43	1.43
7742047--7742129	16	4.9	16	83	11	103	48	4	4	42	1.45
7752124--7752185	30	2.1	30	82	11	74	56	3	3	37	1.32
7760116--7760143	14	2.0	14	100	0	56	28	21	7	42	1.79
7760549--7760589	21	2.0	21	85	9	57	53	2	4	39	1.35
7760713--7760819	50	2.2	50	82	15	127	55	7	3	33	1.46
7760758--7760876	29	4.2	28	73	13	91	58	5	4	31	1.39
7760717--7760910	38	5.0	38	74	11	135	56	6	4	31	1.46
7760797--7760867	28	2.5	28	82	10	83	61	2	2	32	1.24
7760751--7760924	19	9.1	18	68	16	84	56	5	5	32	1.45
7760746--7760938	10	19.7	10	69	14	66	58	6	4	30	1.43
7761128--7761166	20	2.0	20	90	10	62	41	2	5	51	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7761207--7761251	22	2.0	23	82	4	56	44	0	4	51	1.21
7761356--7761402	9	5.4	9	82	7	62	34	0	8	57	1.29
7761356--7761402	17	2.7	18	87	6	62	34	0	8	57	1.29
7761375--7761408	17	2.0	17	88	0	50	47	0	5	47	1.26
7761407--7761470	23	2.9	22	80	13	60	39	1	4	54	1.31
7761285--7761446	10	16.3	10	70	11	68	41	1	4	51	1.34
7761419--7761470	11	4.6	12	79	11	56	34	1	5	57	1.33
7761419--7761479	22	2.8	22	83	11	72	32	1	6	59	1.33
7761571--7761595	13	1.9	13	100	0	50	64	12	0	24	1.27
7764361--7764401	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
7764401--7764426	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
7767055--7767116	22	2.7	23	80	7	63	50	3	0	46	1.17
7767595--7767626	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
7774970--7775040	34	2.1	34	84	10	92	25	12	15	46	1.81
7777498--7777564	34	1.9	35	84	3	91	32	8	16	41	1.79
7779830--7779858	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
7781500--7781564	26	2.6	26	85	4	89	50	0	3	46	1.17
7781533--7781655	16	7.3	16	68	17	61	50	2	1	45	1.24
7781539--7781630	19	5.2	17	77	12	71	52	1	1	45	1.15
7781543--7781636	18	5.4	18	74	16	65	51	2	1	45	1.20
7781661--7781870	23	9.1	23	69	18	100	39	1	3	55	1.27
7781659--7781869	44	5.2	41	69	23	135	38	1	3	55	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7781683--7781843	15	10.4	15	68	18	89	39	1	3	55	1.26
7781659--7781929	18	13.8	18	69	20	84	40	2	2	54	1.28
7781659--7781804	41	3.3	43	75	15	129	41	1	3	54	1.26
7787665--7787707	18	2.4	19	88	7	63	83	0	11	4	0.78
7787668--7787707	19	2.2	18	86	4	53	85	0	10	5	0.75
7787671--7787732	24	2.6	24	84	5	72	75	0	8	16	1.02
7788382--7788469	34	2.6	35	82	10	110	42	18	14	25	1.88
7788660--7788873	117	1.8	115	83	5	277	42	12	14	31	1.82
7788891--7789023	63	2.1	63	84	4	171	48	12	10	28	1.75
7788891--7789039	62	2.4	63	82	5	169	47	12	12	28	1.76
7791060--7791098	9	4.1	9	84	12	51	0	17	0	82	0.68
7791061--7791099	20	2.0	20	94	0	69	0	20	0	79	0.73
7791065--7791103	16	2.4	16	82	0	51	0	23	0	76	0.78
7796896--7796952	26	2.2	26	87	3	80	50	0	3	45	1.18
7796969--7796998	13	2.3	13	94	0	51	53	0	0	46	1.00
7797205--7797272	13	5.1	13	70	19	50	44	1	1	52	1.19
7797208--7797294	41	2.2	40	85	6	113	43	1	1	54	1.15
7797228--7797290	23	2.8	22	88	9	92	41	1	0	57	1.08
7799122--7799204	28	2.9	28	79	15	82	45	0	1	53	1.08
7799091--7799205	15	7.5	15	69	21	78	44	1	0	53	1.17
7804358--7804398	14	2.9	14	92	3	64	82	0	14	2	0.76
7805366--7805409	19	2.2	20	88	4	63	79	2	6	11	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7805609--7805713	51	2.1	51	81	3	122	51	20	7	20	1.71
7806261--7806304	3	14.7	3	82	0	52	59	0	4	36	1.18
7806343--7806386	13	3.5	13	81	3	54	56	2	0	40	1.11
7806833--7806875	17	2.5	17	82	17	61	39	20	11	27	1.88
7806819--7807080	86	3.1	83	84	6	325	40	16	15	27	1.89
7806922--7806955	17	1.9	18	94	5	61	35	20	14	29	1.93
7807066--7807263	102	1.9	103	88	3	301	36	13	18	31	1.90
7807176--7807354	86	2.1	85	86	1	241	38	11	18	30	1.87
7811009--7811042	12	2.7	13	86	4	52	79	5	5	8	1.05
7811996--7812035	17	2.5	16	88	8	55	75	5	2	17	1.10
7812905--7813011	9	11.8	9	76	13	67	63	8	2	25	1.36
7812961--7813011	3	17.0	3	88	8	77	64	1	0	33	1.05
7812963--7813022	21	2.9	21	80	14	70	61	3	0	35	1.12
7813375--7813428	13	3.9	15	81	13	55	77	0	18	3	0.91
7813389--7813433	19	2.4	18	78	7	54	82	0	15	2	0.77
7813370--7813438	29	2.3	31	76	14	81	78	0	14	7	0.96
7814406--7814645	116	2.1	116	80	6	272	42	18	10	27	1.84
7814955--7815068	39	2.9	39	85	0	147	35	17	15	31	1.92
7815158--7815231	38	1.9	38	86	0	103	33	9	24	32	1.87
7816818--7816881	24	2.9	22	82	13	62	3	20	0	76	0.92
7816894--7816927	12	2.8	12	90	0	59	35	11	5	47	1.65
7819654--7819734	42	1.9	42	83	14	105	28	16	12	43	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7820440--7820478	2	19.5	2	89	0	60	48	2	2	46	1.29
7823460--7823507	3	16.0	3	95	0	87	35	0	0	64	0.94
7824661--7825006	122	3.0	113	80	9	376	49	5	8	36	1.56
7824665--7825021	114	3.1	110	77	13	333	48	6	8	36	1.58
7825118--7825156	12	3.2	12	82	13	53	76	2	0	20	0.90
7828564--7828604	18	2.4	17	87	4	55	70	0	0	29	0.87
7828578--7828805	119	1.9	121	89	3	354	49	6	6	38	1.53
7828826--7828875	26	2.0	25	85	11	68	54	6	2	38	1.37
7828624--7829014	214	1.8	212	83	7	522	50	5	5	37	1.51
7830215--7830264	2	25.0	2	87	0	73	46	2	0	52	1.12

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126