genome.fa.s667.2.7.7.80.10.50.1000.40.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168492.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_9, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  25814696

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8063284--8063334	26	2.0	25	92	3	84	45	9	11	33	1.74
8063462--8063508	21	2.2	21	84	0	58	61	21	2	14	1.43
8067753--8067793	21	2.0	21	85	0	55	39	17	2	41	1.62
8067863--8068051	98	2.0	95	85	5	254	34	8	6	49	1.61
8068443--8068550	3	37.3	3	76	14	75	31	2	6	59	1.37
8069263--8069339	31	2.6	30	84	9	106	23	1	3	71	1.10
8073355--8073412	20	2.9	19	83	16	73	82	0	15	1	0.74
8073354--8073416	27	2.3	27	84	15	78	80	0	17	1	0.78
8074141--8074170	14	2.1	14	100	0	60	30	23	6	40	1.80
8074188--8074295	55	2.0	55	81	3	128	22	20	13	43	1.87
8074402--8074787	121	3.2	121	80	3	384	19	22	15	42	1.89
8074357--8074805	120	3.7	121	79	3	415	19	23	15	41	1.89
8074949--8075165	3	75.3	3	69	17	95	34	1	6	57	1.35
8075012--8075138	8	14.4	8	73	22	87	35	2	4	57	1.33
8074983--8075140	61	2.5	63	74	18	148	36	1	5	55	1.35
8075975--8076012	14	3.1	12	88	11	51	26	0	2	71	1.00
8075988--8076025	14	2.7	15	88	8	53	21	0	7	71	1.11
8075977--8076025	15	3.7	14	82	15	52	22	0	6	71	1.08
8076002--8076070	34	2.0	34	81	10	79	23	1	4	71	1.12
8077436--8077477	12	3.4	12	81	15	50	38	0	0	61	0.96
8079006--8079035	13	2.3	13	94	0	51	13	3	0	83	0.77
8080102--8080143	18	2.3	19	87	4	68	16	4	4	73	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8080154--8080200	11	4.5	10	78	19	51	23	4	0	72	1.02
8080160--8080209	23	2.3	22	90	10	77	20	4	0	76	0.95
8085466--8085685	117	1.9	116	83	6	268	25	15	21	38	1.92
8086179--8086258	32	2.4	32	85	8	97	42	20	3	33	1.70
8086374--8086410	19	1.9	19	94	0	65	48	24	8	18	1.75
8086408--8086443	15	2.5	15	90	4	56	41	22	5	30	1.76
8092015--8092065	9	5.6	9	83	2	57	9	15	0	74	1.06
8092593--8092632	19	2.2	19	90	4	64	45	15	7	32	1.74
8096377--8096411	3	11.7	3	87	0	52	68	5	0	25	1.11
8096733--8096777	14	3.1	15	83	6	65	6	13	0	80	0.91
8097141--8097178	19	2.0	19	89	0	58	31	7	0	60	1.25
8097137--8097186	19	2.5	19	80	6	55	28	6	4	62	1.37
8102079--8102175	17	5.8	15	70	23	61	23	7	1	68	1.21
8103564--8103947	209	1.8	209	90	2	628	40	11	10	38	1.75
8107564--8107588	13	1.9	13	100	0	50	68	0	16	16	1.22
8108788--8108857	29	2.5	28	78	17	81	71	2	2	22	1.13
8108809--8108841	17	1.9	17	88	11	50	78	3	0	18	0.87
8108792--8108856	31	2.1	31	86	11	89	72	3	1	23	1.07
8110816--8110896	35	2.4	34	81	8	92	35	14	16	33	1.89
8110815--8110993	89	2.0	90	85	3	245	37	12	18	30	1.88
8111150--8111342	55	3.5	54	76	10	162	48	13	17	19	1.81
8111150--8111293	56	2.6	56	82	5	150	47	15	18	19	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8115131--8115180	14	3.6	13	78	10	55	74	6	0	20	1.03
8115131--8115187	21	2.6	21	86	5	69	71	5	1	21	1.14
8116677--8116789	51	2.2	51	80	4	129	38	12	5	43	1.65
8117953--8118070	32	3.7	32	82	0	101	15	22	13	49	1.79
8117967--8118133	64	2.6	64	76	1	165	16	25	14	43	1.86
8118186--8118269	32	2.6	32	79	7	91	19	21	16	42	1.89
8118243--8118436	64	3.0	64	75	6	162	20	22	10	45	1.82
8118255--8118436	32	5.7	32	72	5	127	20	21	11	45	1.83
8118554--8118619	32	2.1	32	85	5	89	21	22	10	45	1.82
8118839--8118906	33	2.0	33	85	8	91	19	5	4	70	1.25
8118948--8119024	18	4.5	17	73	20	63	22	6	1	70	1.18
8119710--8119744	2	17.5	2	93	0	61	54	0	45	0	0.99
8121443--8121469	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
8122937--8123013	26	2.9	25	88	3	91	31	1	1	66	1.08
8123065--8123111	21	2.4	19	82	7	58	42	4	6	46	1.48
8123604--8123646	22	1.9	23	85	4	61	46	4	0	48	1.22
8123703--8123844	30	4.9	30	68	17	77	39	6	3	50	1.45
8123837--8123893	19	2.9	20	78	19	66	50	0	1	47	1.11
8123842--8123893	20	2.6	21	79	17	65	55	0	1	42	1.10
8123862--8123934	28	2.5	30	84	10	98	67	0	0	32	0.91
8123881--8123927	10	4.8	10	76	12	53	72	0	0	27	0.85
8123889--8123931	18	2.4	18	81	11	54	72	0	0	27	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8123865--8123956	28	3.0	28	81	10	85	64	1	2	32	1.13
8125458--8125925	125	3.7	124	75	11	407	38	11	11	38	1.77
8125364--8126008	251	2.6	250	78	9	643	38	11	11	38	1.77
8125385--8126050	125	5.3	126	74	10	389	38	11	11	38	1.77
8125867--8126127	63	4.2	63	71	16	161	37	11	12	37	1.80
8126336--8126423	42	2.1	43	86	2	124	39	22	5	31	1.78
8131661--8131781	63	1.9	63	80	6	138	33	12	14	39	1.83
8131964--8132047	44	1.9	44	87	0	123	38	14	13	34	1.85
8132752--8132790	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
8133067--8133120	3	18.0	3	100	0	108	33	0	0	66	0.92
8145128--8145193	32	2.2	32	83	8	84	53	0	0	46	1.00
8145140--8145223	44	1.9	43	82	2	105	48	0	0	51	1.00
8145141--8145255	32	3.8	28	77	17	97	46	0	1	51	1.11
8148973--8149026	11	4.7	11	80	8	63	31	1	3	62	1.23
8148973--8149032	6	10.3	6	83	7	70	30	1	3	65	1.19
8148973--8149032	17	3.5	17	79	6	59	30	1	3	65	1.19
8152343--8152705	182	2.0	182	85	1	485	34	15	17	32	1.91
8154604--8154641	8	4.8	8	87	12	51	81	0	10	7	0.87
8155677--8155845	90	1.9	90	80	4	198	35	7	17	39	1.77
8155827--8155877	22	2.3	22	82	3	57	35	0	15	49	1.45
8155839--8155893	22	2.5	22	81	0	74	29	1	14	54	1.50
8155661--8155953	136	2.2	134	78	9	301	36	6	15	41	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8156109--8156150	18	2.4	18	84	4	50	38	16	7	38	1.76
8156121--8156156	18	2.0	18	94	0	63	36	16	8	38	1.79
8156094--8156268	17	10.2	17	69	7	86	35	17	10	36	1.84
8156233--8156279	17	2.8	17	74	6	51	40	12	12	34	1.82
8156393--8156434	17	2.4	18	80	8	50	30	14	19	35	1.91
8156284--8156450	51	3.2	52	77	10	157	34	10	16	38	1.84
8156444--8156492	17	2.9	17	84	0	62	34	18	12	34	1.88
8156469--8156630	35	4.5	35	66	17	100	35	13	12	38	1.83
8157155--8157186	11	2.9	11	95	0	55	28	0	6	65	1.16
8157590--8157625	10	3.7	10	88	3	56	16	2	27	52	1.57
8162548--8162595	21	2.4	19	80	10	51	39	0	4	56	1.19
8164411--8164438	3	9.3	3	100	0	56	64	0	0	35	0.94
8164593--8164662	3	23.3	3	97	0	131	68	0	0	31	0.90
8167187--8167221	16	2.3	15	90	5	52	82	0	17	0	0.66
8167696--8167805	7	14.9	7	71	15	53	72	0	20	5	1.10
8167697--8167805	19	5.6	19	69	22	66	72	0	21	5	1.10
8167737--8167800	23	2.6	23	79	18	67	75	1	18	4	1.06
8167696--8167814	26	4.7	26	73	7	77	73	1	19	5	1.13
8168735--8168796	22	2.8	22	74	13	65	37	19	17	25	1.94
8168959--8169323	32	11.7	32	66	13	102	36	19	13	29	1.90
8169133--8169219	33	2.6	33	78	7	86	40	18	13	27	1.88
8169455--8169553	31	3.2	31	80	0	90	22	24	16	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8169858--8169958	15	7.2	13	69	20	62	71	2	2	22	1.14
8169879--8169923	6	7.5	6	83	16	58	71	0	0	28	0.87
8169879--8169929	12	4.5	11	79	15	59	72	0	0	27	0.85
8170454--8170772	158	2.0	158	84	3	410	36	16	13	32	1.89
8173284--8173326	20	2.2	19	84	12	52	81	4	9	4	0.97
8177010--8177080	35	2.0	36	86	8	101	52	1	8	38	1.41
8182497--8182551	18	2.8	20	78	10	78	49	12	12	25	1.76
8182500--8182560	18	3.3	18	81	4	68	50	9	13	26	1.72
8182538--8182679	56	2.5	58	84	10	188	46	9	9	34	1.69
8182721--8182785	24	2.9	22	75	8	76	49	12	6	32	1.65

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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