genome.fa.s656.2.7.7.80.10.50.1000.103.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168481.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_8, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  25818110

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  103  of  127  ( 15156 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19235562--19235754	85	2.3	84	77	7	199	23	10	23	41	1.86
19235831--19236087	85	3.0	84	74	6	205	24	15	19	41	1.89
19242018--19242052	16	2.1	17	89	5	54	5	8	2	82	0.91
19243068--19243097	12	2.5	12	88	0	51	20	0	10	70	1.16
19243678--19243741	31	2.1	31	90	0	101	28	6	14	51	1.66
19243708--19243926	20	10.4	20	72	18	128	30	5	10	53	1.58
19243713--19243843	46	2.9	46	87	5	189	31	4	11	52	1.57
19243713--19243786	26	3.1	26	79	16	88	32	4	12	51	1.58
19243848--19243917	24	3.0	22	82	10	86	28	5	7	58	1.48
19243931--19244077	32	4.9	32	72	23	138	27	3	12	55	1.53
19243876--19244093	88	2.5	87	89	5	325	28	4	12	54	1.57
19243866--19244035	56	3.0	55	76	11	143	29	5	11	53	1.59
19244102--19244140	19	2.1	19	85	0	51	30	5	7	56	1.49
19244115--19244169	24	2.3	24	84	9	76	32	3	9	54	1.49
19244293--19244404	19	5.9	20	72	13	94	33	5	11	49	1.62
19253740--19254009	123	2.2	123	80	4	310	37	16	17	29	1.91
19258555--19258651	8	11.4	8	75	16	61	82	6	8	3	0.93
19258549--19258601	27	2.0	26	88	3	79	83	9	1	5	0.89
19258555--19258651	17	5.6	17	75	10	81	82	6	8	3	0.93
19258607--19258645	14	2.7	14	88	4	60	89	0	10	0	0.48
19259606--19259778	49	3.6	48	82	4	188	35	12	12	39	1.81
19259747--19259812	32	2.0	33	88	2	98	39	13	13	33	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19259698--19259859	80	2.0	81	87	1	236	35	14	15	34	1.88
19259779--19259920	48	2.9	48	82	2	158	32	13	14	39	1.85
19260198--19260242	12	3.8	12	82	5	56	80	15	0	4	0.87
19260190--19260249	20	3.3	19	80	20	74	81	11	0	6	0.86
19260183--19260257	13	5.5	14	73	12	66	80	12	0	8	0.92
19260183--19260256	27	2.8	26	83	4	85	81	12	0	6	0.88
19263528--19263571	21	2.0	23	86	8	65	52	2	2	43	1.26
19265550--19265575	13	2.0	13	100	0	52	0	15	53	30	1.42
19267753--19268557	401	2.0	401	92	2	1332	37	12	18	31	1.89
19269896--19269928	9	3.9	9	92	7	52	81	0	0	18	0.68
19270691--19270728	20	1.9	20	94	0	67	52	21	13	13	1.73
19271275--19271332	4	14.8	4	75	13	50	17	5	3	74	1.15
19271275--19271338	12	5.2	13	80	14	57	17	6	3	73	1.17
19272964--19273134	64	2.7	64	77	8	195	42	13	7	36	1.73
19276914--19277036	62	2.0	62	93	0	210	39	13	17	30	1.88
19278316--19278395	38	2.2	36	82	8	90	37	1	1	60	1.13
19280080--19280177	30	3.3	30	75	11	76	34	8	4	53	1.50
19282418--19282442	12	2.1	12	100	0	50	8	24	16	52	1.70
19294548--19294669	43	2.8	43	81	0	145	40	14	13	30	1.85
19294723--19294798	36	2.2	34	88	4	107	42	15	14	27	1.86
19294723--19294828	34	3.1	34	83	8	108	40	16	14	29	1.87
19294995--19295092	34	2.8	34	72	9	81	40	18	15	25	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19295189--19295398	36	5.9	37	74	10	104	37	16	16	30	1.90
19295316--19295431	34	3.4	32	77	7	106	39	14	15	30	1.87
19302401--19302759	178	2.0	177	81	10	423	36	10	7	45	1.67
19305990--19306344	193	1.8	193	81	10	438	35	9	7	47	1.63
19306758--19306795	20	2.0	20	89	5	60	50	13	15	21	1.78
19306844--19306897	26	2.0	27	85	3	74	51	18	1	27	1.56
19307154--19307196	14	3.1	13	86	10	50	76	0	2	20	0.89
19307157--19307260	26	4.0	25	70	15	86	72	2	3	21	1.14
19307222--19307260	5	8.0	5	88	5	62	79	0	0	20	0.73
19311407--19311519	43	2.7	41	82	8	147	43	18	16	21	1.88
19311381--19311517	42	3.3	42	81	8	165	44	19	16	19	1.87
19311968--19312111	78	1.8	78	83	0	189	31	22	10	36	1.88
19312742--19312836	8	11.6	8	76	18	65	2	20	0	77	0.86
19312741--19312839	18	5.4	18	82	8	128	2	20	0	77	0.86
19312787--19312820	11	3.2	11	87	8	52	0	11	0	88	0.52
19312741--19312839	37	2.7	36	84	4	135	2	20	0	77	0.86
19313192--19313229	17	2.3	16	86	13	51	2	10	0	86	0.66
19313192--19313238	22	2.2	21	84	3	58	6	10	0	82	0.82
19317071--19317421	186	1.9	186	85	6	491	35	9	7	47	1.64
19317465--19317496	17	1.9	16	93	6	55	71	6	0	21	1.07
19322130--19322174	3	15.0	3	100	0	90	33	0	0	66	0.92
19322739--19322773	16	2.2	16	90	5	54	40	5	2	51	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19324134--19324176	3	14.3	3	100	0	86	67	0	0	32	0.91
19324604--19324689	38	2.3	38	87	0	118	34	9	8	47	1.65
19324739--19324805	24	2.8	24	84	6	82	40	7	14	37	1.75
19327901--19327998	43	2.3	43	90	1	160	36	17	19	26	1.94
19327969--19328044	17	4.3	18	73	6	57	55	17	9	18	1.68
19328161--19328366	111	1.9	111	90	0	331	53	16	11	18	1.72
19328279--19328353	18	4.3	18	83	6	93	57	16	10	16	1.65
19328280--19328353	35	2.1	34	92	2	121	58	16	10	14	1.64
19330462--19330653	86	2.2	86	78	11	223	34	10	11	42	1.76
19330632--19330868	90	2.6	91	78	10	259	34	10	12	42	1.78
19337522--19337564	13	3.2	13	84	12	52	79	2	13	4	1.00
19339146--19339211	22	3.0	22	76	8	80	34	9	13	42	1.76
19339146--19339262	44	2.6	45	82	9	150	35	9	12	42	1.75
19339151--19339263	22	5.1	22	69	7	68	37	8	12	41	1.74
19339274--19339429	46	3.4	45	73	13	131	33	6	17	42	1.75
19339403--19339452	22	2.3	22	82	6	57	28	4	12	56	1.54
19339225--19339452	92	2.5	91	77	4	217	33	6	16	43	1.74
19339466--19339539	21	3.4	21	70	9	67	33	8	13	44	1.73
19339468--19339573	45	2.4	45	84	7	137	33	9	13	43	1.76
19339470--19339540	23	3.2	23	68	8	65	30	8	14	46	1.74
19340325--19340414	43	2.1	43	85	0	117	30	15	10	44	1.79
19341103--19341146	10	4.7	10	86	11	58	27	0	0	72	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19341103--19341169	4	16.0	4	78	18	50	26	0	1	71	0.94
19345532--19345569	10	3.8	10	89	0	58	36	13	13	36	1.83
19345532--19345569	20	1.9	20	94	0	67	36	13	13	36	1.83
19346605--19346669	21	3.2	20	77	12	71	38	1	1	58	1.17
19347503--19347547	17	2.5	18	85	7	56	28	2	4	64	1.25
19348286--19348317	11	2.8	12	86	13	50	25	0	0	75	0.81
19348758--19348805	21	2.3	21	77	0	51	18	22	10	47	1.79
19349310--19350307	160	6.2	161	77	6	819	42	14	10	32	1.80
19349376--19350307	321	2.9	318	79	8	956	42	14	10	32	1.80
19353227--19353282	22	2.5	22	82	0	67	37	12	17	32	1.88
19353321--19353394	8	8.4	8	72	19	58	36	5	4	54	1.43
19353885--19353922	20	1.9	20	94	0	67	7	7	18	65	1.43
19353885--19353922	11	3.6	11	82	13	53	7	7	18	65	1.43
19356891--19356931	8	5.0	8	88	5	55	85	2	0	12	0.70
19356892--19356931	17	2.4	17	91	0	62	87	2	0	10	0.63
19364179--19364225	25	1.9	24	86	4	67	78	0	17	4	0.90
19364198--19364234	19	1.9	19	88	0	56	81	0	16	2	0.81
19364187--19364258	30	2.4	29	83	6	81	79	0	18	2	0.86
19365999--19366293	42	7.1	41	83	4	274	24	13	21	39	1.90
19365999--19366209	41	5.1	42	86	2	272	25	14	22	37	1.92
19365998--19366312	83	3.8	83	80	8	302	25	13	20	40	1.89
19366199--19366347	42	3.5	42	89	1	219	23	12	18	45	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19376211--19376343	60	2.2	61	83	4	162	61	9	18	10	1.55
19377149--19377494	119	2.9	119	85	3	484	17	23	13	45	1.84
19377061--19377512	119	3.8	119	80	6	470	18	22	13	45	1.84
19377453--19377597	64	2.3	64	80	4	150	17	23	11	47	1.80
19377975--19378048	28	2.7	26	85	8	85	39	8	1	51	1.40
19378007--19378070	3	22.3	3	78	9	71	34	6	0	59	1.23
19380595--19380619	13	1.9	13	100	0	50	12	16	0	72	1.13
19380837--19380873	16	2.3	16	85	0	56	83	5	5	5	0.90
19381741--19381798	21	2.8	20	70	15	55	34	0	5	60	1.19
19381951--19382465	221	2.3	217	77	7	500	31	8	5	53	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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