genome.fa.s656.2.7.7.80.10.50.1000.123.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168481.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_8, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  25818110

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   

This is table  123  of  127  ( 15156 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24225176--24225219	21	2.0	21	82	8	52	34	15	9	40	1.79
24229583--24229634	26	2.0	26	100	0	104	23	11	15	50	1.76
24247135--24247160	8	3.2	8	100	0	52	53	11	0	34	1.37
24247658--24247705	23	2.1	23	85	14	64	50	16	2	31	1.57
24247838--24247869	16	2.0	16	100	0	64	43	18	0	37	1.51
24276653--24276684	13	2.6	12	90	9	55	56	0	0	43	0.99
24276636--24276678	20	2.0	20	86	8	59	51	0	0	48	1.00
24276699--24276752	26	2.2	25	83	6	65	53	0	5	40	1.24
24279600--24279631	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
24281134--24281196	30	2.2	30	88	5	94	33	0	0	66	0.92
24281142--24281190	24	2.0	24	96	0	89	30	0	0	69	0.89
24281131--24281197	28	2.4	26	76	13	71	34	0	0	65	0.93
24281187--24281238	21	2.7	19	80	13	70	50	0	0	50	1.00
24281190--24281235	21	2.2	21	92	3	76	47	0	0	52	1.00
24299455--24299945	247	2.0	247	81	7	586	29	14	17	38	1.89
24301949--24301992	23	2.0	22	82	13	54	18	15	22	43	1.88
24304375--24305204	228	3.6	228	83	0	825	30	23	24	21	1.99
24308437--24308493	29	2.0	27	83	6	69	50	3	1	43	1.29
24310820--24310891	31	2.3	31	97	0	135	37	29	13	19	1.90
24310895--24310946	21	2.5	21	90	6	79	50	0	0	50	1.00
24310895--24310946	22	2.5	22	93	6	90	50	0	0	50	1.00
24316965--24317004	19	2.1	19	100	0	80	37	15	5	42	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24324782--24324846	28	2.3	29	81	2	69	36	3	1	58	1.23
24324832--24324906	38	2.0	38	84	10	100	46	8	1	44	1.41
24326295--24326329	3	11.7	3	87	0	52	0	31	2	65	1.07
24327592--24327639	12	4.2	12	73	24	50	45	0	2	52	1.12
24327600--24327639	21	1.9	21	90	10	64	47	0	0	52	1.00
24327604--24327651	22	2.2	21	85	3	60	56	0	0	43	0.99
24332667--24332737	32	2.3	31	85	7	99	67	7	2	22	1.28
24333774--24333822	23	2.1	23	96	0	89	51	0	0	48	1.00
24333881--24333925	22	2.0	22	100	0	90	46	17	4	31	1.68
24337888--24337934	22	2.2	21	84	3	58	57	6	0	36	1.24
24338118--24338173	21	2.7	21	91	0	94	37	3	0	58	1.15
24338171--24338209	19	2.1	19	90	0	60	25	5	0	69	1.09
24360610--24360634	2	12.5	2	100	0	50	0	52	0	48	1.00
24361633--24361701	30	2.3	30	80	14	79	42	5	1	50	1.35
24362386--24362428	21	2.0	21	82	8	52	51	0	0	48	1.00
24362961--24362992	12	2.6	13	90	9	50	46	3	0	50	1.17
24365949--24366024	31	2.4	30	82	8	89	48	1	2	47	1.24
24365968--24366043	31	2.5	30	83	12	86	50	1	2	46	1.24
24368495--24368520	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
24404532--24404570	20	2.0	20	85	10	53	64	0	5	30	1.15
24404626--24404667	15	2.9	15	76	16	52	54	0	2	42	1.13
24407817--24407842	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24416478--24416517	21	1.9	21	85	10	55	57	0	2	40	1.12
24416621--24416678	27	2.2	26	81	9	64	53	0	5	41	1.23
24416672--24416762	42	2.1	43	87	2	130	50	3	1	45	1.25
24424730--24424759	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
24426349--24426380	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
24432341--24432434	34	2.8	34	81	3	109	42	1	9	46	1.43
24432372--24432418	24	1.9	25	86	4	69	48	0	4	46	1.21
24432394--24432427	9	3.7	9	92	4	50	44	0	5	50	1.26
24433290--24433333	21	2.2	21	84	11	58	45	2	0	52	1.13
24439744--24439785	21	2.0	21	86	9	59	38	2	2	57	1.25
24449808--24449876	20	3.7	19	74	12	63	53	1	0	44	1.09
24474800--24474872	35	2.1	35	89	0	110	38	8	17	35	1.80
24476336--24476385	23	2.3	21	82	6	55	58	0	2	40	1.10
24476354--24476429	29	2.6	29	78	10	84	52	3	2	40	1.34
24480472--24480510	6	6.5	6	81	0	51	17	15	23	43	1.87
24480472--24480510	18	2.2	18	95	0	69	17	15	23	43	1.87
24481270--24481341	16	4.6	16	71	22	64	54	0	0	45	0.99
24481646--24481672	7	3.9	7	100	0	54	55	0	0	44	0.99
24523252--24523309	30	1.9	30	86	13	84	44	5	0	50	1.24
24530534--24530582	10	5.0	10	79	20	59	63	0	0	36	0.95
24530527--24530582	21	2.9	18	80	17	67	66	0	0	33	0.92
24535388--24535452	27	2.4	27	86	0	85	23	30	26	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24545736--24545778	21	2.0	21	86	8	61	46	0	2	51	1.13
24546381--24546441	22	2.6	23	82	7	70	55	9	0	34	1.33
24548388--24548441	25	2.2	24	83	3	63	33	0	7	59	1.25
24550631--24550657	14	1.9	14	100	0	54	62	0	0	37	0.95
24552633--24552691	25	2.4	25	76	15	70	28	0	8	62	1.24
24552617--24552690	24	3.0	25	73	13	73	28	0	9	62	1.26
24552767--24552813	23	2.0	23	84	8	60	53	4	0	42	1.20
24553248--24553288	20	2.1	20	86	4	57	53	2	7	36	1.42
24562943--24562968	1	26.0	1	100	0	52	0	0	0	100	0.00
24563493--24563524	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
24566888--24566941	27	2.0	27	92	0	90	24	20	9	46	1.79
24566933--24567253	166	1.9	169	92	2	540	38	8	16	37	1.78
24573829--24573905	30	2.7	29	82	9	88	53	1	5	40	1.32
24573855--24573921	31	2.2	30	83	2	80	49	1	2	46	1.26
24581577--24581616	2	21.0	2	85	10	57	52	0	0	47	1.00
24590520--24590571	22	2.3	23	83	9	63	61	3	3	30	1.32
24593822--24593879	19	3.0	19	74	2	62	51	0	0	48	1.00
24593832--24593874	22	2.0	22	82	17	54	53	0	0	46	1.00
24593896--24593947	16	3.2	16	80	2	50	57	0	0	42	0.98
24602505--24602571	32	2.1	33	85	2	91	31	1	5	61	1.29
24608696--24608755	23	2.6	23	79	10	59	80	1	6	11	0.98
24609143--24609172	10	3.1	10	90	9	53	60	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24609463--24609507	22	2.0	23	82	4	56	51	0	0	48	1.00
24611497--24611566	21	3.3	20	84	6	68	21	1	12	64	1.35
24612337--24612365	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
24614794--24614842	23	2.1	24	92	3	82	44	2	0	53	1.12
24615635--24615663	13	2.1	14	93	6	51	51	0	0	48	1.00
24621473--24621521	2	25.0	2	79	4	55	46	6	2	44	1.39
24634274--24634310	18	2.1	18	94	0	65	40	0	0	59	0.97
24634278--24634319	14	2.9	14	80	19	50	38	0	0	61	0.96
24634277--24634316	8	4.8	8	85	11	53	37	0	0	62	0.95
24634305--24634356	21	2.4	21	93	3	86	48	0	0	51	1.00
24636477--24636519	13	3.2	13	74	6	50	72	2	6	18	1.19
24636776--24636814	20	2.0	20	85	5	53	53	0	0	46	1.00
24639243--24639274	16	2.1	16	94	5	57	46	6	6	40	1.54
24643831--24643873	22	2.0	22	86	9	61	44	2	0	53	1.13
24643856--24643893	17	2.1	19	90	9	62	50	0	0	50	1.00
24643857--24643953	25	3.9	24	69	18	65	51	0	2	46	1.12
24643908--24643970	27	2.4	26	80	15	60	52	1	0	46	1.10
24647855--24647892	18	2.1	18	90	0	58	65	0	2	31	1.06
24647855--24647904	17	2.9	17	82	5	57	62	0	2	36	1.07
24658418--24658466	20	2.5	20	93	0	80	34	22	8	34	1.84
24671871--24671909	17	2.3	17	100	0	78	43	10	35	10	1.73
24674298--24674331	9	3.8	9	100	0	68	8	0	0	91	0.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24676644--24676691	24	2.0	23	92	4	78	31	6	37	25	1.81
24690134--24690190	21	2.6	21	91	5	87	8	15	28	47	1.75
24692109--24692134	13	2.0	13	100	0	52	30	30	23	15	1.95
24693026--24693063	17	2.3	17	86	13	53	10	2	18	68	1.30
24693174--24693203	15	2.0	15	93	0	51	36	10	6	46	1.64
24695275--24695352	40	2.0	40	92	0	129	15	10	24	50	1.75
24700128--24700173	16	3.1	15	85	14	60	0	19	4	76	0.96
24700135--24700174	21	1.9	21	89	0	62	0	17	2	80	0.83
24700150--24700179	13	2.3	13	94	0	51	0	16	3	80	0.85
24705802--24705827	3	8.7	3	100	0	52	34	65	0	0	0.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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