genome.fa.s656.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168481.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_8, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  25818110

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2723536--2723880	122	2.9	121	86	9	458	46	5	12	35	1.64
2724611--2724651	21	2.0	21	85	0	55	53	0	4	41	1.22
2725853--2725946	44	2.2	43	79	11	102	37	2	18	42	1.62
2734400--2734435	15	2.5	15	86	4	56	52	0	0	47	1.00
2737968--2738012	24	2.0	22	82	8	54	48	11	4	35	1.59
2741981--2742015	14	2.5	14	90	0	52	11	14	0	74	1.08
2745080--2745124	18	2.5	18	82	7	56	64	6	0	28	1.19
2751657--2751699	18	2.4	19	76	11	54	60	0	0	39	0.97
2753362--2753611	122	2.0	124	89	5	380	36	11	18	34	1.86
2757469--2757494	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
2757509--2757648	16	9.3	15	72	19	105	57	2	2	38	1.23
2757531--2757667	36	3.7	36	78	14	170	57	0	2	39	1.16
2757532--2757687	76	2.1	76	96	0	285	59	0	2	37	1.16
2757531--2757683	36	4.1	36	78	11	166	58	0	2	37	1.17
2757717--2757802	34	2.7	31	75	22	88	50	2	2	45	1.27
2757757--2757812	16	3.5	16	85	4	78	48	1	3	46	1.30
2764865--2764910	22	2.1	22	88	8	67	32	0	0	67	0.91
2764865--2764937	12	6.2	12	71	17	55	32	2	0	64	1.08
2767072--2767119	22	2.1	22	82	17	55	39	0	4	56	1.19
2767557--2767615	24	2.4	25	77	5	66	57	1	1	38	1.19
2770547--2770749	59	3.5	57	77	9	216	42	4	16	35	1.69
2770538--2770744	112	1.8	112	91	0	342	42	6	15	35	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2770772--2770957	61	3.0	63	86	7	267	48	6	16	28	1.72
2770917--2771000	44	1.9	43	90	2	132	52	1	15	30	1.51
2774675--2774703	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
2788581--2788648	29	2.3	30	80	14	79	57	0	4	38	1.19
2788736--2788781	23	2.0	23	84	16	60	43	0	2	54	1.12
2799210--2799258	3	16.3	3	95	0	89	0	36	0	63	0.95
2807434--2807507	37	2.0	36	82	7	87	48	0	1	50	1.09
2810851--2810894	20	2.2	20	84	4	54	27	25	15	31	1.96
2811346--2811803	123	3.9	117	89	6	667	44	7	13	34	1.72
2811346--2811803	59	7.7	58	85	8	604	44	7	13	34	1.72
2811346--2811803	241	1.9	233	88	6	681	44	7	13	34	1.72
2816111--2816142	14	2.3	14	100	0	64	59	12	6	21	1.55
2821307--2821363	26	2.2	25	90	3	87	56	3	3	36	1.34
2833083--2833135	17	3.1	17	75	5	52	58	1	7	32	1.37
2833124--2833155	13	2.4	14	90	10	50	65	0	0	34	0.93
2833130--2833179	21	2.3	22	82	6	57	60	0	0	40	0.97
2833224--2833261	16	2.4	16	82	8	51	42	0	5	52	1.24
2835015--2835063	17	2.9	17	78	3	55	38	8	0	53	1.31
2835380--2835537	43	3.9	42	70	21	138	39	20	8	31	1.82
2835380--2835529	78	1.9	76	86	5	212	40	18	8	32	1.81
2836305--2836346	15	2.9	15	80	16	52	61	2	0	35	1.09
2836343--2836367	7	3.6	7	100	0	50	32	0	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2838367--2838422	11	4.8	11	79	16	51	60	1	0	37	1.07
2838373--2838422	25	2.0	25	84	7	66	64	0	0	36	0.94
2848566--2848623	26	2.2	26	93	0	98	56	3	3	36	1.33
2848668--2848727	29	2.1	29	81	3	68	35	13	0	51	1.41
2850550--2850587	16	2.4	16	82	8	51	42	0	5	52	1.24
2851203--2851246	18	2.5	17	81	7	52	61	9	0	29	1.27
2852611--2852658	21	2.2	22	85	3	62	54	0	2	43	1.12
2853407--2853509	46	2.3	47	77	19	119	61	6	2	29	1.36
2854721--2854850	68	1.9	68	87	0	188	19	34	6	40	1.76
2862461--2862522	32	1.9	33	93	3	108	24	6	29	40	1.80
2862493--2862718	46	4.9	46	86	2	319	32	7	21	38	1.81
2869836--2869863	12	2.3	12	100	0	56	7	0	14	78	0.95
2870460--2870515	16	3.4	16	74	11	51	28	0	3	67	1.07
2872133--2872202	29	2.4	30	78	9	81	27	7	47	18	1.75
2872245--2872289	16	2.9	16	93	3	74	13	2	0	84	0.72
2872620--2872665	16	2.8	16	83	9	58	34	2	0	63	1.07
2872787--2872826	20	2.0	20	85	0	53	47	0	0	52	1.00
2872977--2873036	22	2.7	23	73	14	56	50	1	0	48	1.11
2873401--2873522	47	2.6	47	87	2	158	31	6	21	40	1.79
2873449--2873597	78	1.9	75	84	6	192	32	8	19	40	1.81
2875294--2875333	21	1.9	20	85	10	53	50	2	0	47	1.14
2875486--2875555	36	1.9	37	82	8	90	40	1	4	54	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2876376--2876401	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
2877194--2877219	12	2.2	12	100	0	52	42	0	0	57	0.98
2877159--2877244	38	2.4	36	85	11	122	34	2	2	60	1.22
2880335--2880471	72	2.0	71	84	5	181	40	6	35	17	1.76
2881448--2881483	18	2.0	18	88	0	54	61	0	0	38	0.96
2881516--2881592	29	2.7	29	80	7	86	57	0	0	42	0.99
2881548--2881610	22	2.9	22	77	13	60	58	1	0	39	1.07
2883542--2883571	12	2.5	12	88	0	51	46	0	0	53	1.00
2884015--2884059	19	2.3	20	81	14	58	53	0	0	46	1.00
2884646--2884683	16	2.4	16	86	4	51	34	2	0	63	1.09
2894705--2894740	14	2.6	14	91	4	56	36	0	0	63	0.94
2894708--2894746	12	3.1	12	85	10	51	38	0	0	61	0.96
2894881--2894940	22	2.7	23	73	14	56	50	1	0	48	1.11
2895924--2896020	45	2.1	47	86	3	135	29	7	22	40	1.81
2895947--2896096	78	1.9	76	86	5	212	33	8	18	40	1.81
2897376--2897415	21	1.9	20	85	10	53	50	2	0	47	1.14
2898314--2898364	21	2.3	23	80	10	61	41	0	0	58	0.98
2898339--2898370	13	2.4	14	90	10	50	34	0	0	65	0.93
2898359--2898411	17	3.1	17	75	5	52	32	7	1	58	1.37
2910033--2910090	26	2.2	26	93	0	98	36	3	3	56	1.33
2919552--2920008	56	7.7	56	80	14	492	35	12	8	43	1.73
2919554--2920009	118	3.8	117	85	9	611	35	12	7	44	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2920088--2920115	13	2.2	13	100	0	56	78	7	0	14	0.95
2921082--2921117	14	2.6	14	86	0	54	63	5	0	30	1.17
2921143--2921185	16	2.5	17	81	14	52	60	6	0	32	1.23
2925154--2925230	30	2.6	30	78	0	73	37	10	2	49	1.51
2925677--2925744	29	2.4	27	80	7	75	54	0	1	44	1.09
2925801--2925845	12	3.5	12	80	16	54	40	0	0	60	0.97
2926202--2926231	16	1.9	15	93	6	51	6	16	3	73	1.18
2934196--2934220	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2939843--2939890	24	2.0	24	83	0	60	29	4	0	66	1.10
2943280--2943341	29	2.2	29	94	2	108	40	8	12	38	1.73
2947252--2947308	24	2.4	24	77	16	64	36	0	0	63	0.95
2949583--2949615	2	16.5	2	93	0	57	0	48	0	51	1.00
2949615--2949642	2	14.0	2	100	0	56	50	50	0	0	1.00
2953908--2953937	15	2.0	15	93	0	51	23	6	20	50	1.71
2954458--2954528	25	2.9	25	85	6	83	56	2	2	38	1.29
2955542--2955584	17	2.4	18	88	3	61	16	0	13	69	1.19
2958031--2958163	64	2.1	64	88	2	205	39	11	16	32	1.84
2962985--2963018	2	17.0	2	100	0	68	0	50	0	50	1.00
2963018--2963043	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2967018--2967050	15	2.1	17	88	11	52	51	9	0	39	1.34
2968229--2968258	14	2.1	14	93	0	51	26	6	16	50	1.70
2971702--2971735	17	2.0	17	88	0	50	47	2	8	41	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2971775--2971850	29	2.5	29	75	14	73	51	1	1	46	1.17
2973629--2973672	2	22.5	2	86	4	63	56	0	0	43	0.99
2980800--2980845	22	2.1	22	88	8	67	43	0	0	56	0.99
2993376--2993406	16	1.9	16	93	0	53	22	3	6	67	1.28
2995789--2995828	19	2.2	17	86	8	53	47	0	0	52	1.00
2995784--2995885	50	2.2	47	80	16	117	40	1	6	50	1.40
2995893--2995935	16	2.6	16	88	3	68	13	9	0	76	1.01
2997091--2997169	8	9.1	8	72	14	50	25	1	1	72	1.00
2997563--2997593	15	2.1	14	94	5	53	22	0	0	77	0.77
3008440--3008480	13	2.9	14	82	10	57	60	0	2	36	1.10

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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