genome.fa.s656.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168481.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_8, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  25818110

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
671396--671604	110	1.9	110	93	0	364	36	16	16	30	1.92
672850--672886	18	2.2	18	85	9	51	8	5	0	86	0.70
685980--686023	21	2.0	22	82	4	54	9	29	2	59	1.41
688890--688930	21	1.9	22	85	14	59	14	9	24	51	1.72
696846--696889	19	2.2	20	84	4	54	43	4	4	47	1.44
697454--697482	12	2.3	13	94	5	51	62	0	0	37	0.96
700077--700131	24	2.2	24	75	15	58	58	3	1	36	1.26
700155--700201	17	2.9	16	78	12	51	44	0	0	55	0.99
700132--700213	33	2.4	35	81	8	96	42	3	1	52	1.26
700132--700223	33	2.7	31	79	12	76	43	3	1	52	1.24
700855--700906	15	3.6	14	75	17	52	57	1	1	38	1.21
700908--700971	29	2.2	29	78	13	71	53	1	0	45	1.10
700989--701032	13	3.7	12	82	8	54	61	0	0	38	0.96
701013--701037	11	2.3	11	100	0	50	72	0	0	28	0.86
701008--701071	30	2.1	30	82	5	76	57	0	0	42	0.98
701646--701676	11	2.8	11	95	0	53	22	0	3	74	0.96
701783--701830	18	2.6	17	78	12	51	37	0	0	62	0.95
701798--701840	12	3.4	12	78	12	50	39	0	2	58	1.11
701797--701830	14	2.3	14	90	10	50	38	0	0	61	0.96
701788--701849	26	2.4	26	86	5	81	37	0	3	59	1.13
706247--706357	55	2.0	55	92	0	186	20	12	18	47	1.81
707319--707357	13	3.0	13	84	0	60	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
707429--707465	17	2.2	17	90	0	56	48	2	0	48	1.15
715036--715100	31	2.1	31	91	0	103	32	26	6	35	1.81
715958--715992	6	5.8	6	93	0	52	0	42	22	34	1.54
715958--715992	12	2.9	12	91	0	61	0	42	22	34	1.54
724253--724291	2	19.5	2	94	0	69	48	0	48	2	1.15
735109--735138	2	15.0	2	92	0	51	53	0	0	46	1.00
735598--735632	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
737674--737699	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
747253--747588	168	2.0	167	98	0	645	37	20	13	28	1.90
749726--749771	17	2.6	17	82	3	56	65	0	2	32	1.05
762517--762852	168	2.0	167	98	0	645	37	20	13	28	1.90
764986--765031	17	2.6	17	82	3	56	65	0	2	32	1.05
777243--777272	14	2.1	15	93	6	53	53	13	0	33	1.40
779210--779292	34	2.8	28	70	22	78	56	14	6	22	1.60
779231--779293	34	1.9	33	90	6	101	57	14	3	25	1.52
779270--779321	23	2.2	24	86	6	72	55	13	1	28	1.49
779272--779464	97	2.0	95	91	2	314	56	10	6	26	1.56
779354--779418	23	2.8	23	77	9	78	56	9	7	26	1.57
780001--780052	22	2.5	22	93	6	90	50	0	0	50	1.00
780511--780554	20	2.2	20	92	4	72	29	2	0	68	1.02
780675--780725	21	2.3	23	90	6	79	49	9	5	35	1.60
781581--781614	16	2.1	16	88	0	50	38	2	2	55	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
784229--784265	12	3.1	12	100	0	74	40	35	16	8	1.78
787310--787362	27	2.0	27	88	0	79	24	9	9	56	1.60
790011--790068	29	2.0	29	100	0	116	65	10	13	10	1.47
790086--790131	23	2.0	23	86	0	65	52	13	13	21	1.73
791849--791893	20	2.2	20	100	0	90	28	24	8	37	1.86
792426--792466	10	3.9	10	84	9	55	63	0	0	36	0.95
792913--792953	19	2.3	18	80	12	50	58	0	2	39	1.11
793976--794007	16	2.0	16	93	0	55	53	12	0	34	1.39
794003--794041	16	2.4	16	86	0	51	35	2	10	51	1.50
794011--794043	16	2.1	16	94	0	57	33	0	12	54	1.37
794189--794228	16	2.5	16	87	0	53	40	0	2	57	1.12
795130--795167	18	2.2	17	86	9	51	42	0	2	55	1.14
799407--799442	18	2.0	18	100	0	72	27	27	0	44	1.55
805190--805251	32	1.9	32	90	0	97	37	17	17	27	1.93
805682--805751	7	10.3	7	80	18	53	32	1	0	65	1.01
805692--805776	35	2.5	36	83	12	108	30	2	2	64	1.18
806198--806264	33	2.0	33	97	0	125	58	0	41	0	0.98
806538--806566	9	3.0	10	90	10	51	31	0	0	68	0.89
806624--806802	59	3.1	58	84	7	247	46	5	10	38	1.59
806624--806873	116	2.2	116	80	7	267	46	6	11	36	1.66
817360--817409	15	3.3	15	86	8	66	84	0	10	6	0.79
817384--817410	11	2.5	11	100	0	54	88	0	11	0	0.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
817348--817409	14	4.4	14	82	8	54	83	0	9	6	0.79
817355--817396	15	2.9	15	92	3	68	78	0	11	9	0.96
818413--818626	44	4.9	44	88	3	297	22	12	20	44	1.84
818413--818626	87	2.4	88	88	0	313	22	12	20	44	1.84
819752--819798	19	2.5	19	96	0	85	38	12	8	40	1.74
819771--820027	58	4.4	58	79	5	279	45	5	10	38	1.62
820731--820766	2	18.5	2	94	5	65	50	0	0	50	1.00
829206--829407	112	1.8	112	86	2	298	33	8	18	38	1.82
835458--835492	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
836605--836652	23	2.1	23	88	3	71	41	0	2	56	1.11
837112--837179	23	3.0	22	70	21	52	42	5	0	51	1.26
837541--837617	31	2.5	32	83	6	88	27	0	1	71	0.94
837674--837735	23	2.7	23	82	12	65	51	0	0	48	1.00
837698--837746	20	2.5	19	76	6	53	55	0	0	44	0.99
838375--838399	6	4.2	6	100	0	50	0	16	32	52	1.44
840035--840066	16	2.0	16	100	0	64	31	25	18	25	1.98
840675--840760	37	2.5	36	81	12	101	36	0	2	61	1.09
840776--840822	23	2.1	22	84	11	60	51	0	0	48	1.00
840787--840835	22	2.1	23	82	14	57	48	0	0	51	1.00
841987--842016	11	2.7	11	94	0	51	46	10	23	20	1.80
843797--843835	16	2.4	16	83	8	53	58	0	0	41	0.98
843802--843861	18	3.3	18	76	15	52	58	0	0	41	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
844816--846189	748	1.8	751	90	2	2204	40	10	9	39	1.71
848660--848687	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
857829--857908	34	2.5	31	82	13	90	63	1	5	30	1.23
857868--857929	25	2.3	27	81	18	67	67	3	6	22	1.28
860762--860839	38	2.1	37	80	4	86	33	15	12	38	1.85
864928--864977	12	4.3	11	85	12	64	84	2	10	4	0.84
864928--864977	13	4.1	12	87	12	59	84	2	10	4	0.84
864931--864977	18	2.5	19	80	13	53	82	2	10	4	0.88
867046--867090	22	2.0	22	86	0	63	46	20	6	26	1.75
867561--868225	228	2.9	229	84	4	858	39	10	5	43	1.63
868390--868475	43	2.0	43	84	8	113	34	16	9	39	1.80
869620--869680	31	2.0	31	93	0	104	39	11	6	42	1.67
869742--869775	16	2.1	16	88	0	50	52	2	0	44	1.16
870016--870065	21	2.4	21	78	15	52	62	2	4	32	1.25
870027--870068	21	2.1	19	86	13	57	64	0	2	33	1.07
870130--870162	17	1.9	17	88	11	50	42	6	0	51	1.26
871464--871523	24	2.6	23	76	21	63	38	1	0	60	1.07
871471--871524	21	2.4	22	81	12	65	35	1	0	62	1.06
874396--874565	80	2.1	80	90	0	259	42	21	8	27	1.81
877779--877825	12	3.9	12	94	0	76	40	29	10	19	1.85
877794--877840	12	3.9	12	88	0	58	38	25	12	23	1.90
877647--877825	25	7.2	24	64	13	76	41	29	7	21	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
878655--879976	187	7.0	186	77	8	1137	40	10	11	37	1.76
878658--879988	374	3.5	372	81	5	1515	40	10	11	37	1.76
878845--879925	575	1.9	577	82	3	1392	39	10	12	37	1.77
879029--879975	388	2.5	384	84	4	1231	39	10	12	37	1.77
898217--898245	13	2.1	14	93	6	51	48	20	3	27	1.66
898494--898596	52	2.0	51	84	5	136	28	19	5	46	1.73
900765--900800	16	2.2	17	90	5	56	77	0	0	22	0.76
902749--902773	12	2.1	12	100	0	50	0	16	16	68	1.22
907235--907268	6	5.7	6	86	13	52	17	35	14	32	1.91
911365--911436	2	36.0	2	82	0	81	48	8	1	41	1.42

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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