genome.fa.s656.2.7.7.80.10.50.1000.40.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168481.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_8, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  25818110

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  40  of  127  ( 15156 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7996828--7996856	12	2.4	12	100	0	58	68	20	0	10	1.18
8000504--8000557	25	2.2	25	93	0	90	35	9	16	38	1.81
8000753--8000863	32	3.3	32	71	14	105	22	17	29	30	1.96
8000789--8000846	19	3.1	19	94	0	89	27	20	24	27	1.99
8000839--8000934	31	3.3	30	69	19	94	28	21	25	25	1.99
8000824--8001566	50	14.4	50	78	15	702	27	18	24	28	1.98
8000838--8001165	57	6.0	57	90	7	504	26	18	26	28	1.98
8000824--8001167	107	3.2	106	84	11	486	27	18	25	28	1.98
8000969--8001566	201	3.0	203	87	8	806	27	18	24	28	1.98
8001076--8001566	94	5.0	94	89	9	712	28	19	24	28	1.98
8001170--8001366	57	3.6	57	89	9	336	27	18	24	28	1.98
8001334--8001387	18	2.9	18	78	5	63	33	20	16	29	1.95
8001346--8001518	19	9.2	19	70	9	122	29	19	23	27	1.98
8001371--8001592	57	4.0	57	73	17	243	27	19	24	28	1.98
8001425--8001503	37	2.1	37	100	0	158	27	18	21	31	1.97
8003940--8004029	45	2.0	45	86	0	126	40	12	11	36	1.78
8009752--8009786	17	2.1	17	94	0	61	42	8	5	42	1.59
8012939--8012972	17	2.1	17	88	5	52	47	0	2	50	1.16
8016645--8016705	14	4.4	14	76	11	54	40	0	1	57	1.08
8016657--8016718	30	2.1	30	84	0	79	43	0	1	54	1.09
8016691--8016741	21	2.5	21	96	3	95	50	0	0	49	1.00
8017671--8017810	69	2.0	69	95	0	253	29	20	13	36	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8023648--8023705	14	4.1	14	77	4	55	60	3	0	36	1.14
8023550--8023724	96	1.8	95	79	11	205	51	6	1	41	1.35
8023772--8023815	20	2.2	20	84	8	54	2	36	0	61	1.09
8029614--8029739	62	2.0	62	89	0	189	39	4	21	34	1.74
8037619--8037709	27	3.5	24	73	11	67	49	1	0	49	1.08
8039435--8039470	12	3.0	12	87	0	54	33	0	16	50	1.46
8044647--8044690	19	2.3	19	81	11	54	43	18	4	34	1.70
8051266--8051290	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
8052994--8053038	3	15.0	3	100	0	90	33	0	0	66	0.92
8056260--8056319	21	2.9	21	80	11	54	63	0	5	31	1.16
8059814--8059840	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
8061277--8061304	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
8062981--8063043	25	2.5	24	82	7	72	47	6	0	46	1.28
8063251--8063325	26	2.9	26	80	5	82	45	6	1	46	1.37
8063251--8063325	25	2.9	25	80	7	80	45	6	1	46	1.37
8066487--8066550	31	2.1	31	93	0	110	45	7	17	29	1.76
8071874--8071903	3	10.0	3	100	0	60	0	33	0	66	0.92
8075445--8075483	20	2.0	20	94	0	69	30	23	7	38	1.83
8081374--8081761	195	2.0	197	87	1	555	40	16	15	26	1.89
8081998--8082305	154	2.0	154	98	0	589	35	19	18	25	1.95
8085946--8085998	11	4.5	12	84	13	74	66	0	0	33	0.92
8087548--8087599	20	2.6	20	74	17	54	69	0	1	28	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8087554--8087600	21	2.2	21	82	14	53	70	0	2	27	0.99
8087388--8087773	207	1.9	198	79	11	424	49	5	9	34	1.59
8087758--8087787	12	2.5	12	94	0	51	70	3	0	26	1.03
8088029--8088064	16	2.2	17	90	5	56	80	0	0	19	0.71
8089109--8089161	24	2.2	24	89	0	79	52	1	5	39	1.36
8090647--8090671	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
8092865--8093008	72	2.0	72	90	0	225	30	6	18	44	1.75
8093294--8093335	15	2.5	17	81	14	52	35	9	2	52	1.47
8093633--8093674	2	21.0	2	95	0	75	50	2	0	47	1.14
8099060--8099122	26	2.4	26	97	2	117	47	3	0	49	1.17
8102003--8102042	20	2.0	20	100	0	80	30	25	5	40	1.77
8103640--8103678	16	2.5	15	84	8	51	35	12	15	35	1.86
8108063--8108115	22	2.3	22	81	12	54	62	0	0	37	0.96
8109639--8109682	18	2.5	17	82	10	52	61	4	2	31	1.28
8114531--8114573	21	2.0	23	82	13	56	48	2	4	44	1.36
8117492--8117531	19	2.0	20	85	14	55	62	2	7	27	1.35
8118061--8118114	4	13.5	4	92	0	72	42	0	0	57	0.98
8118061--8118114	6	9.0	6	89	0	72	42	0	0	57	0.98
8118133--8118183	27	2.0	26	88	7	77	60	1	19	17	1.45
8120499--8120543	23	1.9	24	90	4	74	35	13	6	44	1.70
8121967--8122020	23	2.2	25	83	6	67	53	3	3	38	1.36
8130581--8130727	18	8.3	18	72	21	91	21	3	1	73	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8130582--8130713	22	5.9	22	68	19	85	21	3	1	74	1.04
8130591--8130724	14	9.2	14	69	26	77	21	3	1	73	1.08
8130587--8130727	26	5.5	26	68	19	82	21	3	1	73	1.07
8130635--8130723	5	17.6	5	71	15	51	19	5	0	75	1.00
8130664--8130725	7	8.7	7	75	15	56	16	4	0	79	0.90
8130725--8130764	20	1.9	22	85	10	57	57	7	0	35	1.27
8130736--8130984	59	4.2	59	88	3	320	43	7	14	34	1.73
8134871--8134952	10	8.3	10	75	15	55	79	0	15	4	0.90
8134880--8134942	10	5.6	11	85	12	76	82	0	14	3	0.79
8134871--8134936	21	3.0	22	85	8	82	81	0	13	4	0.83
8134880--8134944	21	3.0	21	88	4	85	83	0	13	3	0.77
8134885--8134957	17	4.7	17	75	14	52	78	0	16	5	0.94
8136144--8136440	42	7.1	41	88	6	429	23	16	22	37	1.93
8136144--8136440	83	3.6	80	85	9	407	23	16	22	37	1.93
8136144--8136440	125	2.4	124	90	3	456	23	16	22	37	1.93
8136448--8136496	1	49.0	1	79	0	53	89	8	0	2	0.55
8136454--8136496	16	2.7	15	89	10	68	90	6	0	2	0.52
8136448--8136496	9	5.3	9	83	13	64	89	8	0	2	0.55
8136688--8136735	16	2.8	18	81	18	66	29	0	4	66	1.10
8136688--8136754	12	5.1	13	77	15	59	31	0	4	64	1.14
8136688--8136735	3	15.7	3	80	20	55	29	0	4	66	1.10
8137515--8137558	20	2.3	20	80	7	56	47	0	52	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8137771--8137895	8	15.0	8	68	22	55	23	4	1	71	1.12
8137819--8137873	11	4.9	11	74	17	51	16	7	0	76	1.00
8137820--8137861	17	2.5	17	88	0	57	16	7	0	76	1.00
8137819--8137874	17	3.3	17	80	9	53	16	7	0	76	0.99
8137820--8137896	28	2.7	26	79	20	75	18	6	0	75	1.01
8137892--8137940	22	2.3	22	85	3	64	48	8	0	42	1.32
8137927--8138102	59	2.9	59	88	2	226	46	6	14	33	1.69
8140420--8140463	22	2.0	22	100	0	88	40	13	18	27	1.88
8144497--8144526	15	1.9	16	93	6	53	60	10	13	16	1.59
8145340--8145404	26	2.7	23	80	13	76	33	10	7	47	1.67
8145347--8145404	26	2.4	23	88	8	80	36	12	6	44	1.68
8148380--8148428	18	2.7	18	93	6	82	48	0	0	51	1.00
8149786--8149862	26	2.9	27	72	16	72	54	2	3	38	1.33
8149819--8149874	29	2.0	29	83	13	73	53	1	1	42	1.21
8150654--8150708	21	2.6	21	91	0	83	52	1	1	43	1.22
8154761--8154799	2	20.0	2	84	5	53	48	2	48	0	1.15
8155224--8155293	26	2.7	25	82	12	88	55	0	1	42	1.08
8155427--8155473	20	2.3	20	81	0	58	40	0	4	55	1.19
8155356--8155565	114	1.9	112	85	10	297	39	7	3	50	1.46
8157332--8157408	8	9.6	8	75	19	63	72	0	1	25	0.92
8157332--8157368	15	2.3	17	86	13	60	81	0	0	18	0.70
8163434--8163473	10	3.9	10	80	6	53	57	0	2	40	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8163440--8163486	21	2.2	21	88	0	67	46	0	4	48	1.21
8163539--8163572	17	2.0	17	88	11	52	29	0	0	70	0.87
8163547--8163615	9	7.3	9	73	11	50	31	2	0	65	1.08
8163604--8163654	20	2.7	18	77	14	57	37	1	5	54	1.36
8163812--8163922	9	12.4	9	68	17	54	36	3	1	58	1.26
8163833--8163923	36	2.5	38	84	15	131	38	3	0	58	1.15
8163876--8163923	18	2.7	18	76	0	60	41	0	0	58	0.98
8164260--8164313	25	2.0	26	82	13	65	53	0	1	44	1.11
8164971--8165014	22	2.0	22	90	0	70	40	0	0	59	0.98
8171671--8171705	18	2.0	18	88	5	54	42	2	11	42	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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