genome.fa.s656.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168481.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_8, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  25818110

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111476--111509	17	2.1	16	94	5	59	2	5	5	85	0.83
115057--115109	14	3.9	13	78	7	52	35	3	5	54	1.42
115054--115117	28	2.2	28	81	8	67	34	4	4	56	1.41
115253--115294	19	2.2	19	86	0	57	78	2	7	11	1.04
116048--116115	3	23.3	3	94	5	122	67	0	0	32	0.91
116267--116609	177	1.9	177	84	2	456	42	6	8	41	1.61
116858--117277	181	2.3	181	81	2	450	40	7	8	43	1.65
118439--118928	181	2.7	182	76	4	443	42	10	7	40	1.68
119009--121723	181	15.3	179	71	11	1175	41	10	7	40	1.69
119009--120074	538	2.0	537	79	4	1175	41	11	7	39	1.70
120264--120534	134	2.0	134	100	0	542	42	9	5	42	1.61
121787--128665	362	19.4	354	71	12	2457	40	8	10	41	1.68
121787--123200	177	8.0	176	74	10	868	38	7	9	43	1.67
121789--123192	357	3.9	351	75	9	867	39	7	9	43	1.67
123223--128665	181	30.6	181	74	8	3435	40	8	10	41	1.69
125333--125650	171	1.9	172	84	4	437	41	8	8	41	1.67
125348--125694	170	2.0	170	80	4	387	39	8	9	42	1.68
128688--129397	181	4.0	180	78	9	612	40	9	8	41	1.68
129382--133049	181	20.2	180	72	10	1878	41	10	7	39	1.68
128910--129846	504	1.9	502	80	6	1099	40	9	7	41	1.67
129891--129921	15	2.1	15	100	0	62	38	6	12	41	1.69
130436--130736	164	1.8	165	84	4	412	40	11	6	41	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131376--131422	19	2.4	19	80	19	53	38	10	6	44	1.65
130599--137528	361	19.0	360	68	15	1675	42	9	7	40	1.66
131648--131700	25	2.1	26	92	3	90	54	1	7	35	1.40
133078--135760	181	14.7	181	71	10	1200	42	9	7	40	1.66
133078--134436	180	7.5	179	76	4	1074	41	9	7	41	1.66
133077--134437	544	2.5	537	77	6	1278	41	9	7	40	1.66
134382--134498	56	2.1	56	95	0	207	54	6	4	34	1.46
134825--134863	20	2.1	19	85	9	53	58	2	0	38	1.12
135779--137621	180	10.3	180	74	8	1166	41	9	7	41	1.65
136003--137506	540	2.8	536	78	9	1424	42	9	7	41	1.64
135783--137544	540	3.3	532	77	8	1315	42	9	7	41	1.65
137983--138106	57	2.2	57	95	1	221	38	15	8	37	1.77
137814--138286	237	2.0	238	80	4	535	40	10	9	39	1.73
138623--139405	7	108.3	7	73	10	467	44	36	1	17	1.60
139112--139405	29	10.2	28	72	14	154	44	34	1	18	1.60
145546--145700	52	3.0	51	84	1	193	27	20	7	44	1.79
145727--145766	11	3.6	11	79	0	53	50	30	0	20	1.49
146686--146842	52	3.0	51	85	3	179	27	24	7	40	1.82
146867--146906	11	3.6	11	82	0	53	52	30	0	17	1.45
146867--146909	22	2.0	22	95	0	77	48	30	0	20	1.50
148690--148845	75	2.1	76	83	7	192	47	5	5	41	1.49
149390--149430	18	2.3	18	91	4	66	63	0	2	34	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
149816--149866	24	2.1	24	82	13	61	45	11	13	29	1.79
150260--150335	32	2.4	32	91	2	118	31	9	13	46	1.74
151034--151061	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
154116--154161	16	2.9	16	87	3	58	43	13	15	28	1.83
154118--154162	15	2.9	15	86	3	54	44	13	15	26	1.83
154303--154375	36	2.0	36	89	0	110	35	13	13	36	1.85
154423--154634	108	1.9	110	88	1	320	37	18	9	33	1.84
155196--155568	79	4.7	79	82	2	392	31	21	7	38	1.82
155196--155571	158	2.4	157	83	4	436	31	21	7	38	1.82
156136--156160	13	1.9	13	100	0	50	8	12	0	80	0.92
156139--156187	20	2.5	20	83	9	57	6	14	0	79	0.91
156135--156233	14	7.1	14	74	13	62	12	14	0	73	1.09
156137--156233	28	3.5	27	78	12	81	10	14	0	75	1.05
156152--156277	7	18.9	7	71	18	65	11	14	0	73	1.13
156629--156670	16	2.6	16	85	7	50	4	7	4	83	0.91
160620--160658	4	9.8	4	88	0	51	74	5	2	17	1.12
162768--162838	21	3.2	21	67	21	54	11	26	2	59	1.46
169707--169764	28	2.0	29	93	3	100	10	12	24	53	1.68
170143--170171	15	1.9	15	100	0	58	44	0	55	0	0.99
170146--170171	13	2.0	13	100	0	52	46	0	53	0	1.00
172912--172957	22	2.1	22	95	0	83	28	6	4	60	1.40
176057--176103	23	2.0	24	84	16	62	72	0	17	10	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
176421--176462	14	3.0	14	79	10	50	76	0	9	14	1.02
176398--176469	35	2.1	34	84	7	92	72	1	12	13	1.20
177277--177329	15	3.7	15	77	10	65	35	18	7	37	1.80
177277--177349	28	2.6	28	84	0	92	35	19	8	36	1.81
179331--179411	28	3.0	29	77	14	91	34	23	9	32	1.88
179331--179403	25	2.8	25	85	10	85	35	21	10	31	1.88
182568--182628	29	2.1	29	90	0	95	39	3	14	42	1.62
182787--182812	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
185912--185941	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
187457--187503	2	24.5	2	83	16	64	48	2	0	48	1.13
195169--195773	71	8.5	72	75	7	421	43	7	9	39	1.65
195169--195773	143	4.2	144	77	5	509	43	7	9	39	1.65
195137--195784	214	3.0	204	78	9	600	43	6	9	39	1.65
196199--196239	19	2.2	19	90	0	64	29	12	0	58	1.34
196881--198534	550	3.0	551	93	1	2789	40	15	19	24	1.90
199245--199502	71	3.6	71	82	1	293	44	3	10	41	1.56
199885--199943	30	2.1	27	84	9	73	54	13	0	32	1.40
202113--202150	20	1.9	19	89	5	58	60	0	0	39	0.97
204154--204192	18	2.2	18	86	4	53	51	20	5	23	1.67
205296--205330	15	2.4	14	86	9	52	25	5	0	68	1.11
207204--207244	2	20.5	2	94	0	73	48	0	0	51	1.00
219870--220269	185	2.1	186	83	5	495	39	11	13	37	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
240069--240149	42	2.0	41	83	11	103	34	1	2	61	1.17
240069--240128	20	3.0	20	74	16	52	36	1	3	58	1.25
240067--240155	41	2.2	41	80	11	103	35	1	2	60	1.16
241742--241791	12	3.9	13	82	10	59	38	0	2	60	1.09
243085--243114	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
249801--249866	32	2.1	31	83	13	82	34	0	1	63	1.04
250517--250559	3	13.7	3	85	9	59	37	0	2	60	1.10
251667--251730	22	3.0	20	80	13	67	3	9	10	76	1.12
253586--253637	21	2.5	22	93	6	90	48	0	0	51	1.00
253627--253675	18	3.0	16	80	13	55	63	0	0	36	0.95
253627--253669	8	5.1	8	78	10	50	60	0	0	39	0.97
253623--253687	26	2.5	27	80	7	71	61	0	0	38	0.96
255221--255262	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
256182--256264	43	1.9	43	90	4	132	42	8	13	36	1.74
256684--256717	13	2.6	13	86	13	52	47	0	0	52	1.00
256832--256858	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
257983--258012	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
259113--259150	16	2.4	16	82	8	51	44	7	7	39	1.63
259447--259495	6	8.3	6	81	2	55	40	0	6	53	1.26
259447--259495	4	12.5	4	82	4	55	40	0	6	53	1.26
260887--260935	18	2.7	19	81	9	66	20	2	2	75	1.00
260934--261094	7	25.3	6	70	20	66	30	5	1	62	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
260929--261032	53	2.0	53	81	7	122	31	7	0	59	1.32
260994--261048	22	2.7	20	81	13	67	34	7	0	58	1.26
260934--261071	60	2.3	61	80	9	142	31	6	0	60	1.27
261057--261091	5	6.8	5	90	3	52	20	0	2	77	0.90
262004--262043	6	6.7	6	83	11	55	15	0	0	85	0.61
262056--262341	58	4.8	58	81	12	319	43	5	13	37	1.69
265089--265120	3	10.7	3	93	0	55	62	3	0	34	1.11
265230--265271	22	1.9	22	85	0	57	33	42	7	16	1.75
266148--266191	10	4.6	10	77	11	56	15	0	0	84	0.63
266151--266197	18	2.6	18	77	12	60	17	0	0	82	0.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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