genome.fa.s656.2.7.7.80.10.50.1000.117.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168481.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_8, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  25818110

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  117  of  127  ( 15156 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22256063--22256091	13	2.1	14	93	6	51	41	0	0	58	0.98
22256089--22256140	26	2.0	26	85	7	70	36	9	3	50	1.54
22263190--22263252	33	1.9	33	86	0	90	31	17	23	26	1.97
22269869--22269931	33	1.9	33	90	0	99	30	17	25	26	1.97
22278006--22278067	2	31.0	2	83	0	79	46	4	3	45	1.40
22278187--22278260	2	37.0	2	86	0	103	47	4	2	45	1.35
22277903--22278250	181	1.9	182	95	1	635	29	12	11	45	1.78
22284451--22284481	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
22285544--22285568	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
22294778--22294818	21	2.0	21	86	13	59	14	7	9	68	1.39
22295140--22295172	11	2.7	13	86	13	52	33	0	9	57	1.30
22295369--22295405	15	2.3	16	86	13	58	59	0	37	2	1.12
22295760--22295983	57	3.9	57	82	9	244	50	5	8	36	1.55
22299892--22299931	18	2.3	17	84	16	55	85	0	10	5	0.75
22299892--22299931	19	2.2	17	86	8	53	85	0	10	5	0.75
22300935--22300990	23	2.5	23	85	2	78	39	3	14	42	1.63
22301044--22301266	25	9.6	24	71	18	143	39	8	12	39	1.73
22301044--22301266	71	3.2	71	86	5	267	39	8	12	39	1.73
22301034--22301269	117	2.1	113	87	4	330	38	8	13	39	1.75
22301139--22301244	21	4.9	21	74	19	92	41	7	12	38	1.71
22301042--22301266	46	4.9	45	73	17	169	39	8	12	40	1.73
22302082--22302132	5	10.2	5	82	18	54	19	0	0	80	0.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22302082--22302128	21	2.2	22	85	11	62	19	0	0	80	0.70
22302082--22302172	18	4.9	17	79	20	87	17	3	3	75	1.07
22302144--22302181	19	2.0	19	90	10	60	15	5	10	68	1.36
22302208--22302232	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
22303988--22304017	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
22304017--22304045	2	14.5	2	100	0	58	0	0	48	51	1.00
22307829--22307884	28	2.0	28	96	0	103	32	14	19	33	1.92
22314761--22314796	17	2.1	18	90	10	58	83	2	0	13	0.76
22316508--22316539	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
22317368--22317404	19	1.9	19	88	0	56	62	2	5	29	1.31
22318902--22318926	12	2.1	12	100	0	50	64	0	0	36	0.94
22323185--22323216	12	2.4	14	90	10	50	75	6	0	18	1.01
22324989--22325041	8	6.1	8	87	12	70	83	0	0	16	0.66
22324993--22325037	14	3.3	14	79	14	58	84	0	0	15	0.62
22326457--22326514	28	2.1	28	90	6	91	46	0	0	53	1.00
22329956--22329996	7	6.0	7	83	11	50	70	0	0	29	0.87
22336143--22336231	30	3.0	30	75	8	92	39	13	0	47	1.43
22348235--22348271	18	2.0	19	94	5	67	32	0	0	67	0.91
22349086--22349128	10	4.0	10	80	14	50	58	0	0	41	0.98
22349150--22349219	36	1.9	36	83	11	90	54	0	0	45	0.99
22349900--22349956	30	1.9	30	85	0	78	56	1	5	36	1.32
22350315--22350349	2	17.5	2	93	0	61	54	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22353135--22353164	2	15.0	2	100	0	60	0	50	0	50	1.00
22361472--22361525	27	1.9	29	85	7	76	59	0	0	40	0.98
22361589--22361641	16	3.3	16	79	10	63	47	0	1	50	1.12
22363384--22363417	16	2.1	16	88	5	50	55	2	0	41	1.15
22363457--22363486	13	2.2	14	94	5	53	40	0	0	60	0.97
22363455--22363488	14	2.4	15	85	14	54	41	0	0	58	0.98
22364058--22364141	42	2.0	42	100	0	168	38	16	19	26	1.92
22367138--22367173	18	1.9	19	88	5	56	47	8	13	30	1.73
22372991--22373107	58	2.0	58	96	0	216	36	9	12	41	1.76
22375428--22375462	17	2.1	16	89	5	52	85	0	14	0	0.59
22382773--22382807	17	1.9	17	88	11	52	85	2	5	5	0.81
22389599--22389632	18	1.9	17	88	5	50	38	14	5	41	1.70
22398125--22398151	13	2.1	13	100	0	54	40	0	0	59	0.98
22399847--22399876	14	2.1	14	93	0	51	50	0	0	50	1.00
22400183--22400225	21	2.1	21	86	4	61	34	2	0	62	1.08
22404208--22404309	42	2.5	42	82	10	138	41	6	8	43	1.62
22404315--22404595	100	2.8	100	79	4	307	50	11	8	29	1.68
22406212--22406243	2	16.0	2	93	0	55	53	0	0	46	1.00
22415336--22415429	44	2.1	45	86	5	129	23	7	6	62	1.44
22415611--22415652	16	2.6	17	78	21	54	33	0	0	66	0.92
22415719--22415777	26	2.4	23	76	17	64	45	8	3	42	1.51
22416687--22416745	25	2.8	20	73	24	57	72	10	5	11	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22416695--22416752	25	2.3	25	91	5	91	75	10	3	10	1.15
22422578--22422611	5	7.2	5	93	6	54	0	14	0	85	0.60
22426319--22426366	16	3.1	16	72	6	53	45	0	0	54	0.99
22428727--22428769	2	21.5	2	95	0	77	48	0	0	51	1.00
22429767--22429819	18	2.9	19	91	8	92	49	0	0	50	1.00
22429767--22429826	18	3.3	18	88	9	79	50	1	0	48	1.11
22429767--22429834	18	3.8	18	84	5	75	51	1	0	47	1.09
22437572--22437617	23	2.0	22	87	4	65	43	4	2	50	1.34
22437580--22437625	23	2.0	23	86	0	65	43	6	0	50	1.28
22440495--22440525	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
22450631--22450708	28	2.9	28	76	12	74	70	0	5	24	1.07
22450677--22450731	24	2.3	24	87	6	76	72	0	7	20	1.07
22451314--22451422	51	2.1	51	86	0	155	38	12	7	41	1.71
22452432--22452491	19	3.2	19	85	0	75	46	18	8	26	1.77
22452500--22452535	17	2.1	17	90	10	56	33	8	19	38	1.82
22453950--22453997	20	2.3	20	75	10	53	8	12	0	79	0.94
22458216--22458245	15	2.0	15	93	0	51	76	20	3	0	0.92
22460892--22460950	22	2.9	22	75	14	63	49	1	1	47	1.21
22460915--22460956	18	2.4	19	76	15	54	54	0	2	42	1.13
22460959--22460987	6	4.8	6	100	0	58	34	0	0	65	0.93
22461210--22461247	14	2.5	15	83	8	51	65	2	0	31	1.06
22463269--22463298	11	2.7	11	94	0	51	26	0	0	73	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22463273--22463326	18	3.1	17	83	5	54	25	0	1	72	0.95
22463288--22463327	18	2.3	18	87	8	57	27	0	2	70	1.01
22469381--22469405	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
22470899--22470942	11	3.9	11	82	14	54	36	0	0	63	0.95
22470904--22470948	22	2.0	22	83	8	56	35	0	2	62	1.08
22470938--22470982	22	2.0	22	82	0	54	28	0	2	68	1.01
22470947--22470994	22	2.2	22	85	7	62	29	0	2	68	1.01
22475808--22475856	25	2.0	24	84	4	62	48	0	0	51	1.00
22477903--22477946	20	2.2	20	92	4	72	68	0	2	29	1.02
22479287--22479344	22	2.6	22	73	13	64	15	0	34	50	1.45
22479324--22479363	14	2.7	15	80	3	55	10	0	35	55	1.34
22479325--22479395	14	4.9	14	70	6	52	15	1	36	46	1.55
22479379--22479436	17	3.5	17	83	6	75	24	1	32	41	1.65
22479803--22479836	14	2.4	14	90	5	50	26	0	0	73	0.83
22480011--22480048	11	3.5	11	85	7	51	71	0	2	26	1.00
22481265--22481422	38	4.2	37	70	13	117	52	12	18	17	1.74
22481265--22481476	112	1.9	111	81	2	255	50	12	18	18	1.78
22481522--22481615	22	4.2	23	76	4	93	35	13	19	31	1.91
22481537--22481623	45	2.0	44	81	6	104	33	14	20	31	1.93
22481715--22481763	22	2.2	22	92	0	80	30	14	22	32	1.93
22481910--22481951	22	1.9	22	85	9	59	28	9	21	40	1.84
22482188--22482423	97	2.4	95	80	6	251	37	14	14	33	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22482773--22482868	41	2.4	41	82	8	117	39	12	17	30	1.87
22482803--22482880	41	1.9	41	86	5	113	37	12	17	32	1.88
22482805--22482910	41	2.6	41	79	4	97	37	15	17	29	1.91
22484368--22484418	8	5.9	8	80	13	57	15	1	0	82	0.76
22484368--22484416	10	5.4	9	81	15	57	14	2	0	83	0.73
22484368--22484416	17	2.8	17	82	14	64	14	2	0	83	0.73
22489376--22489418	20	2.2	20	84	16	54	39	2	6	51	1.42
22491239--22491337	21	4.6	22	72	19	84	18	0	31	50	1.47
22491263--22491335	14	5.2	13	71	12	56	17	0	28	53	1.44
22491269--22491352	42	2.0	43	86	11	120	17	1	32	48	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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