genome.fa.s656.2.7.7.80.10.50.1000.41.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168481.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_8, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  25818110

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8172271--8172319	19	2.5	20	87	9	66	44	0	6	48	1.27
8178428--8178471	21	2.2	19	84	15	54	45	9	4	40	1.56
8180669--8180701	17	1.9	17	93	0	57	75	0	3	21	0.93
8180672--8180723	24	2.2	24	86	6	70	71	5	3	19	1.22
8180797--8180843	23	2.0	23	83	0	58	19	57	6	17	1.60
8181883--8181938	16	3.4	16	76	11	51	69	1	1	26	1.08
8183992--8184021	7	4.4	7	95	4	53	13	23	0	63	1.29
8185245--8185279	18	2.0	17	88	5	52	62	11	0	25	1.28
8185246--8185287	17	2.4	18	84	4	50	61	16	0	21	1.34
8186773--8186810	2	19.5	2	83	5	51	47	0	2	50	1.15
8191395--8191434	15	2.6	16	84	11	57	70	2	5	22	1.19
8192064--8192105	20	2.2	19	87	12	59	50	23	4	21	1.68
8192322--8192478	42	3.8	41	75	9	131	40	14	12	32	1.84
8192741--8192783	22	2.0	22	86	9	61	37	11	9	41	1.74
8192687--8192812	65	1.9	65	83	0	162	37	10	14	38	1.80
8192851--8192900	22	2.3	22	79	6	57	32	18	14	36	1.90
8193524--8193574	25	2.0	25	81	7	59	41	15	15	27	1.88
8193517--8193695	70	2.5	70	81	9	211	41	16	14	27	1.87
8194312--8194349	17	2.2	17	100	0	76	55	5	13	26	1.59
8194818--8194862	18	2.3	20	85	11	58	8	17	2	71	1.23
8195205--8195237	12	2.8	12	90	0	57	0	9	0	90	0.44
8195205--8195236	6	5.7	6	92	7	50	0	9	0	90	0.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8198213--8198243	16	1.9	16	93	0	53	51	12	12	22	1.74
8199534--8199587	14	3.7	14	79	18	65	72	3	3	20	1.16
8199540--8199589	16	3.2	16	76	21	61	74	4	4	18	1.14
8199525--8199589	30	2.2	30	94	0	112	72	4	4	18	1.20
8199522--8199589	14	4.6	14	75	8	64	72	4	4	19	1.19
8199998--8200056	20	2.9	21	78	12	61	50	32	1	15	1.54
8200004--8200072	20	3.4	19	76	13	59	53	30	1	14	1.50
8200905--8201051	55	2.7	54	74	3	150	40	14	21	23	1.90
8208451--8208983	64	8.3	63	71	12	345	36	14	11	38	1.82
8208431--8208983	126	4.3	126	78	6	515	35	14	11	38	1.82
8208557--8208982	65	6.7	61	70	15	215	35	14	11	38	1.81
8208908--8209104	106	1.9	106	80	8	231	32	16	10	39	1.83
8218477--8218539	27	2.4	26	84	7	74	39	6	0	53	1.26
8220739--8220793	27	2.0	27	92	0	92	38	12	29	20	1.89
8222436--8222483	25	1.9	25	82	0	60	60	4	2	33	1.27
8223458--8223490	2	17.0	2	93	6	59	51	0	0	48	1.00
8230918--8230959	22	1.9	22	85	0	57	38	11	19	30	1.88
8235325--8235368	13	3.3	13	80	3	52	13	0	9	77	0.99
8237485--8237567	27	3.2	26	69	27	61	48	6	1	44	1.35
8238807--8238850	21	2.0	22	82	4	54	47	0	2	50	1.13
8238994--8239027	13	2.6	13	100	0	68	38	0	0	61	0.96
8238992--8239030	12	3.2	12	89	7	60	35	0	0	64	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8239672--8239907	118	2.0	118	98	0	454	33	16	13	36	1.88
8240321--8240365	17	2.7	17	89	3	65	75	15	0	8	1.03
8241007--8241056	19	2.8	18	77	11	50	22	4	2	72	1.12
8241337--8241386	17	2.7	19	78	9	59	58	6	4	32	1.41
8241494--8241568	30	2.5	30	95	2	132	46	32	0	21	1.51
8241490--8241568	16	5.2	15	79	13	90	48	31	0	20	1.50
8252956--8253001	15	2.9	16	87	6	58	82	0	8	8	0.84
8252957--8252993	19	2.0	19	89	5	58	86	0	5	8	0.70
8254043--8254325	104	2.6	108	86	4	371	20	19	13	46	1.83
8254278--8254361	36	2.3	36	86	8	109	23	20	9	46	1.80
8254180--8254489	145	2.1	145	85	1	406	22	18	12	47	1.81
8254085--8254361	109	2.6	108	84	7	284	20	19	12	46	1.82
8254550--8254872	171	1.9	168	83	3	414	21	19	13	45	1.84
8254721--8254968	134	1.9	134	81	3	311	22	19	12	44	1.84
8255319--8255353	17	2.0	18	88	5	54	60	0	0	40	0.97
8255649--8255684	11	3.2	11	88	4	54	80	16	0	2	0.83
8256778--8256850	16	4.8	16	77	9	73	47	32	0	19	1.49
8256779--8256854	30	2.5	30	91	4	116	46	34	0	19	1.51
8262406--8262456	21	2.4	21	80	6	59	49	0	9	41	1.36
8262635--8262664	13	2.3	13	94	0	51	63	3	0	33	1.11
8262613--8262688	32	2.4	33	80	10	95	56	1	3	38	1.26
8262642--8262680	19	2.1	18	90	4	60	69	2	2	25	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8266393--8266460	34	2.0	34	88	0	100	45	7	16	30	1.74
8268528--8268559	16	2.0	16	100	0	64	50	18	6	25	1.70
8268562--8268608	2	24.0	2	91	4	78	46	0	0	53	1.00
8275344--8275415	31	2.3	31	88	7	101	45	4	5	44	1.46
8275360--8275416	16	3.6	16	81	9	73	45	7	5	42	1.53
8279247--8279288	20	2.2	18	84	16	50	42	2	16	38	1.61
8287182--8287224	16	2.6	16	85	10	52	69	0	4	25	1.07
8292699--8292756	21	2.7	22	81	5	66	36	8	6	48	1.61
8292801--8292928	21	6.2	20	72	10	89	34	3	14	48	1.59
8293160--8293356	21	9.4	21	71	13	77	34	6	11	47	1.66
8293181--8293354	62	2.8	62	78	10	165	33	6	13	46	1.68
8293301--8293356	11	5.3	11	76	8	53	32	3	12	51	1.56
8293307--8293356	10	4.8	10	78	7	55	32	2	10	56	1.44
8293460--8293508	20	2.5	20	80	9	57	30	6	16	46	1.71
8293539--8293815	21	13.4	20	70	10	110	32	8	11	48	1.69
8293666--8293778	41	2.7	42	82	5	106	35	3	12	48	1.58
8293679--8293778	41	2.4	42	84	1	121	35	4	13	48	1.61
8293679--8293799	62	2.0	62	82	9	149	35	4	12	47	1.63
8293810--8293860	21	2.5	21	75	12	52	35	1	9	52	1.46
8293976--8294067	21	4.4	21	76	9	73	25	9	18	46	1.79
8294077--8294127	21	2.4	21	74	6	50	31	7	15	45	1.75
8297069--8297107	20	2.0	20	89	0	60	35	15	7	41	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8301013--8301052	16	2.4	16	88	12	55	62	0	7	30	1.23
8301013--8301054	17	2.6	16	78	17	50	61	0	7	30	1.22
8306048--8306105	21	2.7	21	82	10	57	36	8	6	48	1.61
8306150--8306277	21	6.2	20	70	10	80	35	3	14	47	1.59
8306171--8306322	82	1.9	82	79	10	177	33	4	15	46	1.66
8306580--8306659	20	3.9	20	75	8	63	38	6	10	45	1.63
8306670--8306723	20	2.7	21	74	8	58	31	3	14	50	1.61
8306827--8306875	20	2.5	20	80	9	57	30	6	16	46	1.71
8306906--8307179	21	13.4	20	69	15	89	33	8	9	48	1.65
8307023--8307115	20	4.6	20	76	10	75	34	3	12	49	1.57
8307036--8307155	41	2.9	41	80	3	116	35	5	12	47	1.63
8306916--8307171	103	2.5	103	78	10	236	32	8	10	48	1.67
8307166--8307216	21	2.5	22	78	9	54	35	1	11	50	1.50
8307375--8307423	21	2.3	21	86	6	64	24	8	18	48	1.75
8314350--8314392	16	2.6	16	85	10	52	67	0	6	25	1.15
8318879--8318928	19	2.7	19	93	3	84	30	0	12	58	1.34
8319738--8319795	21	2.7	22	81	5	66	36	8	6	48	1.61
8319840--8319910	20	3.5	21	80	7	92	36	0	14	49	1.43
8319840--8319967	21	6.2	20	71	13	82	35	2	14	48	1.56
8320261--8320415	21	7.4	21	75	8	111	34	5	12	47	1.66
8320243--8320415	62	2.8	62	80	10	181	34	6	12	46	1.69
8320362--8320417	11	5.3	10	78	8	58	33	3	12	50	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8320727--8320805	21	3.9	21	75	14	76	34	3	15	46	1.63
8320727--8320781	22	2.5	23	85	11	80	36	3	10	49	1.56
8320801--8320859	21	3.0	20	80	7	75	30	10	8	50	1.66
8321063--8321111	21	2.3	21	86	6	64	24	8	18	48	1.75
8324219--8324263	23	2.0	23	86	0	63	40	15	15	28	1.88
8324350--8324390	20	2.0	20	95	0	73	48	19	12	19	1.80
8327195--8327239	23	2.0	23	82	8	56	73	6	8	11	1.25
8328058--8328089	6	5.7	6	96	3	50	0	0	9	90	0.45
8330350--8330384	18	1.9	18	94	0	61	40	11	20	28	1.87
8330812--8330856	17	2.7	16	86	6	54	73	2	2	22	1.05

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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