genome.fa.s656.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168481.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_8, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  25818110

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2117360--2117409	20	2.5	20	87	3	66	44	0	0	56	0.99
2117384--2117428	21	2.3	19	84	7	54	42	0	0	57	0.98
2120270--2120302	17	1.9	17	93	0	57	48	0	0	51	1.00
2127533--2127574	15	2.6	16	81	11	50	50	0	0	50	1.00
2129411--2129449	7	5.4	7	93	3	60	69	0	0	30	0.89
2129440--2129486	16	2.8	17	83	9	60	48	6	0	44	1.28
2129449--2129484	16	2.2	16	95	0	63	44	8	0	47	1.33
2135702--2135739	16	2.5	15	84	12	51	36	2	0	60	1.11
2135709--2135739	16	2.0	16	93	6	55	32	3	0	64	1.09
2135984--2136037	24	2.2	24	96	3	99	59	1	11	27	1.42
2136646--2136689	12	3.1	14	81	18	56	50	2	0	47	1.13
2136795--2136873	39	2.0	39	100	0	158	46	2	20	30	1.64
2158798--2158840	9	4.9	9	82	5	52	88	0	6	4	0.63
2158798--2158845	21	2.3	21	86	10	64	87	0	8	4	0.66
2158798--2158845	17	2.8	18	84	12	57	87	0	8	4	0.66
2161234--2161379	66	2.2	66	81	7	172	45	5	6	42	1.52
2161305--2161519	71	3.0	71	78	6	184	44	4	9	42	1.56
2161870--2161903	2	17.0	2	87	0	50	44	0	0	55	0.99
2161866--2161912	14	3.4	14	94	5	78	40	0	2	57	1.11
2161861--2161923	8	8.4	8	72	13	53	39	0	1	58	1.07
2164695--2164881	92	2.0	93	95	1	340	37	15	13	32	1.87
2168775--2168809	13	2.6	14	86	4	54	0	11	0	88	0.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2175711--2175830	21	5.4	21	70	13	80	32	8	10	48	1.68
2175801--2175852	21	2.5	21	84	6	61	34	9	13	42	1.77
2176135--2176176	22	1.9	22	90	0	66	35	2	4	57	1.33
2176191--2176306	22	5.3	22	78	0	79	37	9	7	44	1.66
2176385--2176433	22	2.2	22	85	7	64	42	12	0	44	1.41
2176490--2176774	22	12.9	21	68	16	89	37	8	4	48	1.55
2176583--2176745	67	2.5	67	79	13	162	36	9	4	49	1.56
2176629--2176772	11	13.0	11	67	10	60	39	6	3	50	1.46
2176647--2176796	44	3.4	43	70	9	106	39	9	4	47	1.55
2176879--2176961	22	3.8	22	77	3	69	43	4	4	46	1.46
2176900--2176962	22	2.9	22	82	0	72	39	7	4	47	1.54
2177151--2177207	19	2.7	21	76	20	57	35	8	7	49	1.61
2177160--2177199	19	2.1	19	90	9	64	37	10	2	50	1.50
2177427--2177500	22	3.4	22	74	10	62	40	9	2	47	1.50
2177438--2177515	22	3.5	22	77	8	70	37	7	3	51	1.49
2177525--2177575	22	2.3	22	86	0	66	43	9	1	45	1.48
2177525--2177611	44	2.0	44	81	4	104	41	10	3	44	1.55
2177525--2177593	22	3.1	22	79	4	59	40	10	4	44	1.58
2177639--2177691	22	2.4	21	78	6	61	37	5	3	52	1.43
2177655--2177748	44	2.1	45	78	9	104	37	5	8	48	1.56
2177743--2177812	22	3.2	23	81	6	56	38	8	1	51	1.41
2177752--2177812	11	5.5	11	76	0	50	39	9	1	49	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2177752--2177813	22	2.8	22	87	0	88	38	11	1	48	1.49
2189066--2189136	34	2.1	34	97	0	133	36	15	9	38	1.81
2192673--2192705	15	2.1	15	94	5	57	63	6	9	21	1.45
2193603--2193727	66	1.9	66	88	3	189	40	8	14	36	1.75
2196031--2196101	34	2.1	34	97	0	133	36	15	9	38	1.81
2197262--2197308	21	2.2	21	100	0	94	31	6	8	53	1.57
2200725--2200756	2	16.0	2	93	0	55	53	0	0	46	1.00
2200916--2200944	14	2.1	14	100	0	58	55	0	0	44	0.99
2201673--2201779	30	3.6	30	79	14	123	41	7	1	49	1.42
2202641--2202713	30	2.5	30	75	2	76	38	0	1	60	1.06
2202681--2202731	20	2.6	19	87	9	75	47	0	0	52	1.00
2216147--2216172	7	3.7	7	100	0	52	84	0	0	15	0.62
2216124--2216199	36	2.1	37	85	7	102	65	1	5	27	1.22
2216308--2216339	8	4.0	8	100	0	64	37	50	0	12	1.41
2220370--2220406	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
2227443--2227540	48	2.0	48	90	0	151	35	12	9	42	1.74
2254047--2254081	11	3.2	11	87	0	52	51	31	0	17	1.45
2260745--2260783	14	2.8	14	88	7	53	66	2	2	28	1.18
2267120--2267211	46	2.0	46	100	0	184	54	8	8	28	1.61
2282743--2282770	13	2.2	13	100	0	56	14	21	39	25	1.91
2285840--2285889	26	1.9	26	95	0	91	30	8	6	56	1.52
2288882--2289273	118	3.3	118	79	6	312	38	11	4	45	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2288926--2289229	117	2.6	118	81	5	310	38	10	4	45	1.60
2288888--2289273	59	6.5	60	78	8	281	38	11	4	44	1.62
2289070--2289317	121	2.1	116	81	6	275	40	10	2	46	1.52
2289248--2289499	56	4.6	53	75	12	181	37	8	3	50	1.48
2289248--2289499	108	2.3	110	79	9	300	37	8	3	50	1.48
2293235--2293264	16	1.9	15	93	6	51	73	0	0	26	0.84
2293561--2293603	15	2.8	15	76	16	52	62	0	0	37	0.95
2302233--2302263	11	2.8	11	90	0	53	16	0	32	51	1.44
2316630--2316662	15	2.1	16	88	5	50	18	9	12	60	1.57
2321385--2321424	15	2.8	15	88	7	57	45	2	2	50	1.28
2322422--2322484	13	4.5	14	77	11	67	74	4	1	19	1.08
2329865--2329897	15	2.1	16	88	5	50	27	3	9	60	1.42
2329858--2329908	27	2.0	26	85	11	70	29	1	11	56	1.46
2330479--2330621	20	6.8	20	71	17	103	53	0	2	44	1.17
2330488--2330561	16	4.7	16	79	11	82	52	0	2	44	1.15
2330489--2330651	60	2.7	61	71	10	136	50	0	1	47	1.13
2330518--2330652	37	3.5	38	81	11	125	50	0	1	47	1.15
2330618--2330644	14	1.9	14	100	0	54	37	0	0	62	0.95
2330965--2331013	22	2.2	22	88	0	80	36	4	10	48	1.56
2330978--2331103	22	5.7	22	71	6	76	36	9	9	44	1.70
2331111--2331160	22	2.3	22	82	0	64	36	10	8	46	1.67
2331153--2331203	21	2.4	22	81	12	61	37	3	7	50	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2331238--2331312	22	3.4	21	70	7	60	40	14	5	40	1.69
2331252--2331322	22	3.2	22	72	7	72	40	9	7	42	1.65
2331454--2331731	22	12.5	22	70	13	131	38	7	5	48	1.55
2331437--2331689	90	2.8	90	79	6	230	38	8	5	47	1.57
2331437--2331731	44	6.7	44	74	11	219	38	8	5	47	1.57
2332022--2332066	22	2.0	22	82	0	54	37	8	8	44	1.67
2332078--2332151	22	3.4	21	72	7	60	29	8	14	47	1.73
2332240--2332285	22	2.1	22	87	0	65	45	6	2	45	1.41
2332229--2332390	84	1.9	85	81	6	195	34	9	5	50	1.59
2332434--2332550	43	2.7	43	80	6	119	37	7	6	47	1.59
2332416--2332635	65	3.4	66	76	4	169	37	10	5	46	1.60
2332385--2332653	22	12.3	22	69	10	77	37	10	4	47	1.59
2332682--2332730	22	2.2	22	88	0	71	34	8	4	53	1.50
2332244--2332939	44	16.1	44	66	12	142	36	9	5	48	1.59
2332713--2332795	22	3.8	22	73	9	80	31	9	9	49	1.68
2332868--2332938	22	3.2	21	72	16	56	38	11	5	45	1.64
2336100--2336147	25	2.0	24	83	4	60	43	8	6	41	1.60
2336356--2336392	14	2.7	14	87	4	58	21	2	0	75	0.92
2336959--2336992	16	2.1	17	94	5	61	14	5	0	79	0.91
2338866--2338938	37	2.0	37	100	0	146	41	23	5	30	1.77
2343963--2344043	39	2.2	38	86	8	114	23	16	4	55	1.60
2345365--2345413	22	2.3	22	82	3	55	51	10	4	34	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2345377--2345493	22	5.3	21	80	12	119	52	5	7	35	1.52
2345606--2345701	44	2.2	44	84	0	129	51	5	8	35	1.55
2345606--2345701	22	4.4	22	77	0	93	51	5	8	35	1.55
2346021--2346400	22	17.2	22	70	13	111	50	5	8	35	1.57
2346522--2346585	23	2.8	23	90	6	96	50	7	14	28	1.70
2346529--2346599	22	3.2	22	86	6	81	49	5	12	32	1.64
2346570--2346630	22	2.8	22	84	0	86	47	4	9	37	1.58
2346639--2346696	22	2.6	22	73	10	55	51	5	10	32	1.58
2346647--2346709	22	2.9	21	79	13	65	46	3	14	36	1.61
2346744--2346824	11	7.5	11	70	18	62	54	6	2	37	1.39

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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