genome.fa.s656.2.7.7.80.10.50.1000.114.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168481.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_8, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  25818110

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   

This is table  114  of  127  ( 15156 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21410462--21410506	22	2.0	23	82	4	56	64	4	0	31	1.13
21411217--21411253	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
21417298--21417689	153	2.6	153	97	0	730	29	21	12	36	1.90
21422560--21422589	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
21423384--21423417	2	16.5	2	93	6	59	47	2	0	50	1.16
21431155--21431194	16	2.5	16	83	0	53	67	5	0	27	1.11
21431158--21431195	14	2.6	14	88	12	51	65	2	0	31	1.06
21431668--21431714	23	2.0	23	87	4	67	44	2	10	42	1.51
21434323--21434363	20	2.0	20	85	4	55	4	7	4	82	0.93
21435346--21435403	17	3.1	19	76	16	59	43	1	0	55	1.10
21435356--21435403	23	2.1	23	84	0	60	39	0	0	60	0.97
21440043--21440094	21	2.5	22	93	6	90	51	0	0	48	1.00
21440082--21440128	14	3.4	14	81	0	58	59	0	0	40	0.97
21440080--21440142	28	2.3	27	81	13	74	60	0	0	39	0.97
21441503--21441585	21	4.3	19	73	18	55	48	2	0	49	1.14
21442674--21442703	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
21449322--21449346	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
21450267--21450325	31	2.0	29	83	9	75	42	15	15	27	1.86
21451280--21451351	36	2.0	36	97	0	135	43	11	16	29	1.82
21454447--21454521	37	2.0	37	89	0	114	44	17	16	22	1.87
21465340--21465389	19	2.8	18	75	16	50	36	0	8	56	1.29
21466801--21466919	53	2.3	51	75	11	125	64	5	0	28	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21467160--21467193	8	4.5	8	89	10	54	44	0	0	55	0.99
21467458--21467498	20	2.0	20	86	9	57	63	0	0	36	0.95
21468772--21468845	29	2.5	28	74	10	76	59	0	4	36	1.16
21468809--21468876	21	3.3	21	80	11	70	66	0	0	33	0.92
21469880--21469930	22	2.3	22	100	0	102	39	13	15	31	1.87
21474874--21474964	45	2.0	45	93	0	155	31	27	9	30	1.89
21488643--21488686	22	2.0	22	95	0	79	43	13	11	31	1.80
21492129--21492163	18	1.9	18	88	0	52	37	25	14	22	1.92
21492335--21492396	25	2.6	25	89	5	92	37	19	29	14	1.91
21492544--21492587	22	2.0	22	95	0	79	43	13	11	31	1.80
21492770--21492813	22	2.0	22	95	0	79	43	13	11	31	1.80
21492442--21492866	226	1.9	226	100	0	850	40	15	13	30	1.86
21503714--21503782	36	1.9	36	90	0	111	31	14	15	37	1.88
21506524--21506561	3	12.7	3	100	0	76	65	0	0	34	0.93
21506948--21506995	20	2.5	19	77	12	53	60	0	0	39	0.97
21528975--21529020	19	2.4	19	82	7	58	86	6	6	0	0.69
21535772--21535814	22	2.0	22	95	0	77	34	13	9	41	1.77
21540692--21540726	17	2.1	17	89	5	54	54	8	0	37	1.31
21547702--21547747	22	2.0	24	84	16	62	32	8	4	54	1.51
21550745--21550990	55	4.6	55	77	9	190	45	12	12	29	1.78
21550865--21550969	49	2.2	49	84	1	131	42	10	18	28	1.83
21550919--21551042	56	2.2	55	82	1	149	45	12	12	29	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21550940--21551147	55	3.9	55	72	12	153	46	13	13	26	1.81
21562238--21562270	17	1.9	17	93	0	57	24	0	0	75	0.80
21562239--21562272	13	2.7	13	90	4	52	26	0	0	73	0.83
21567565--21567629	19	3.5	19	76	19	82	50	10	1	36	1.47
21567572--21567645	37	2.0	37	100	0	148	51	10	2	35	1.51
21569928--21569958	14	2.1	15	94	5	55	70	0	9	19	1.14
21572451--21572488	15	2.4	16	82	8	51	34	2	2	60	1.24
21577738--21577787	8	6.2	8	92	0	64	38	0	12	50	1.40
21577738--21577796	12	4.9	12	85	4	66	38	0	11	49	1.40
21578727--21578764	19	2.0	19	85	10	51	31	5	5	57	1.43
21579615--21579672	30	2.0	30	86	3	82	50	3	1	44	1.29
21581563--21582701	228	5.0	228	81	2	1124	29	22	24	23	1.99
21581563--21582674	456	2.4	455	82	1	1269	30	21	24	23	1.99
21584831--21584878	24	2.0	24	100	0	96	29	4	20	45	1.70
21585900--21585940	21	2.0	20	85	4	55	41	0	0	58	0.98
21599575--21599615	20	2.0	21	85	4	57	56	14	9	19	1.66
21600904--21601003	34	2.9	34	80	2	103	41	11	12	36	1.78
21602503--21602534	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
21602655--21602690	19	1.9	19	88	5	56	8	8	0	83	0.82
21604399--21604452	18	2.9	18	76	13	56	48	0	1	50	1.11
21606345--21607483	228	5.0	228	82	3	1137	29	22	24	23	1.99
21606345--21607484	456	2.5	456	83	2	1302	29	22	24	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21621501--21621558	28	2.0	28	86	3	80	31	15	18	34	1.93
21623753--21623815	22	2.8	23	80	7	76	50	11	0	38	1.38
21625574--21625647	33	2.2	33	83	4	96	45	14	1	37	1.54
21625594--21625657	33	1.9	33	87	0	92	45	14	1	39	1.54
21625633--21625718	41	2.0	42	88	4	129	51	11	4	32	1.59
21626528--21626572	18	2.3	20	88	7	67	4	4	6	84	0.87
21626577--21626896	160	2.0	157	88	3	471	24	9	14	52	1.70
21626603--21626946	160	2.2	159	81	6	383	25	9	13	52	1.69
21629109--21629387	144	1.9	145	86	2	400	37	15	16	30	1.90
21631282--21631359	41	2.0	41	87	5	115	11	21	2	64	1.39
21633928--21634140	41	5.2	41	85	3	279	42	20	12	24	1.87
21633927--21634222	42	7.2	41	79	9	255	42	18	13	25	1.87
21633927--21634135	83	2.5	84	88	4	302	41	20	13	24	1.88
21633928--21634187	83	3.2	83	82	7	298	41	19	13	25	1.88
21643259--21643363	52	2.1	49	83	5	129	48	0	1	49	1.12
21643334--21643365	15	2.1	16	88	11	50	46	0	0	53	1.00
21643394--21643486	26	3.7	26	91	4	147	48	2	1	48	1.20
21643534--21643594	30	2.0	30	81	6	70	54	1	0	44	1.10
21643967--21644091	53	2.3	55	79	10	139	40	0	0	57	1.10
21644047--21644112	19	3.4	19	79	6	71	30	1	0	68	0.99
21645655--21645704	17	3.3	16	81	15	54	38	0	0	62	0.96
21645664--21645708	15	3.2	15	75	15	51	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21646866--21646948	36	2.3	37	79	8	91	46	1	2	49	1.22
21648288--21648318	16	1.9	16	93	0	53	77	0	0	22	0.77
21649275--21649323	23	2.2	23	85	3	64	63	8	0	28	1.23
21655137--21655164	14	2.0	14	100	0	56	35	21	0	42	1.53
21658872--21658901	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
21666274--21666308	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
21666331--21666373	20	2.2	20	100	0	86	53	4	4	37	1.43
21670255--21670292	9	4.1	9	96	3	67	65	0	0	34	0.93
21670259--21670298	18	2.2	18	86	8	55	70	0	0	30	0.88
21676247--21676281	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
21676597--21676710	2	57.5	2	81	5	61	46	10	3	39	1.55
21676652--21676751	22	4.5	22	77	7	114	46	3	7	44	1.46
21676643--21676751	44	2.5	44	83	8	134	45	3	7	43	1.49
21676694--21676751	28	2.1	28	83	6	73	44	3	8	43	1.51
21676810--21676860	25	2.0	25	92	0	84	31	5	17	45	1.72
21676829--21676933	38	2.8	36	80	15	106	36	7	12	43	1.71
21676866--21676998	6	22.3	6	71	1	61	44	6	7	42	1.57
21676872--21676998	32	4.3	29	80	13	111	44	6	7	41	1.57
21676861--21677001	8	17.5	8	71	7	52	43	6	8	41	1.60
21677050--21677272	2	112.0	2	65	6	69	41	8	7	43	1.63
21677096--21677185	25	3.5	25	70	3	72	37	6	10	45	1.64
21677137--21677186	17	2.9	18	75	19	52	34	6	12	48	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21677098--21677208	50	2.2	50	80	3	125	40	8	8	43	1.64
21678101--21678162	16	3.9	16	76	23	69	17	0	6	75	1.00
21678179--21678208	12	2.5	12	94	0	51	80	6	0	13	0.91
21682730--21682776	19	2.7	17	84	15	53	76	2	12	8	1.09
21683377--21683827	79	5.7	79	84	3	442	38	7	21	33	1.82
21683388--21683813	158	2.7	158	82	0	528	38	7	20	32	1.81
21683385--21683852	237	2.0	237	80	0	533	38	7	20	32	1.82
21684485--21684828	43	8.0	43	77	2	307	27	13	14	44	1.83
21684535--21684778	129	1.9	128	88	0	371	26	12	15	45	1.81
21684746--21684900	71	2.2	71	84	3	195	25	12	14	47	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127