genome.fa.s656.2.7.7.80.10.50.1000.113.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168481.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_8, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  25818110

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   

This is table  113  of  127  ( 15156 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21146139--21146196	14	4.2	14	76	8	57	13	6	1	77	1.05
21146162--21146201	14	2.5	17	73	23	50	15	10	0	75	1.05
21156045--21156131	8	10.6	8	81	14	88	81	0	6	11	0.86
21156045--21156132	33	2.6	34	85	7	119	81	0	6	11	0.86
21156052--21156131	41	1.9	41	92	2	133	82	0	6	11	0.83
21156068--21156141	9	8.3	10	82	17	60	82	0	5	12	0.83
21157156--21157365	42	5.0	42	88	3	284	23	15	21	39	1.91
21157375--21157416	11	3.4	12	80	12	50	88	9	2	0	0.61
21157378--21157416	14	2.7	15	84	8	53	87	10	2	0	0.65
21157614--21157659	3	16.0	3	91	8	78	30	0	0	69	0.89
21157765--21157824	24	2.4	25	81	13	61	21	5	3	70	1.22
21157797--21157841	18	2.4	18	81	3	54	22	8	4	64	1.40
21158279--21158314	11	3.3	11	88	0	54	13	30	27	27	1.94
21158310--21158347	20	1.9	20	88	0	58	42	31	13	13	1.82
21158699--21158732	4	8.5	4	90	0	50	17	0	2	79	0.86
21158741--21158780	17	2.4	16	84	8	53	22	5	0	72	1.04
21158767--21158814	17	2.8	17	78	9	53	12	6	2	79	1.01
21158767--21158825	14	4.3	14	77	8	59	13	6	1	77	1.03
21158853--21159006	56	2.7	57	93	3	265	45	5	12	35	1.67
21159687--21159758	32	2.2	33	83	11	87	47	4	11	37	1.59
21160457--21160514	31	1.9	30	86	10	82	31	3	10	55	1.50
21168068--21168125	14	4.2	14	76	8	57	77	1	6	13	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21168075--21168125	17	2.9	17	76	21	52	78	1	5	13	1.02
21168112--21168151	17	2.4	16	84	8	53	72	0	5	22	1.04
21169136--21169186	15	3.4	16	79	10	56	58	5	0	35	1.22
21169238--21169280	14	3.3	12	87	12	59	79	2	9	9	1.03
21169238--21169280	13	3.2	13	86	3	59	79	2	9	9	1.03
21169222--21169281	12	4.7	13	82	12	63	75	3	6	15	1.15
21169884--21169914	3	10.3	3	100	0	62	64	0	0	35	0.94
21170345--21170410	7	8.9	7	80	12	60	21	1	1	75	0.96
21170345--21170407	15	4.3	15	80	8	67	20	1	1	76	0.96
21170344--21170421	27	2.9	27	82	1	86	26	1	1	70	1.03
21175701--21175735	2	18.5	2	88	11	56	51	0	0	48	1.00
21175701--21175735	11	3.1	12	88	12	56	51	0	0	48	1.00
21177507--21177565	31	1.9	31	86	6	84	55	10	3	30	1.49
21178264--21178335	32	2.2	33	83	11	87	37	11	4	47	1.59
21179015--21179228	58	3.7	57	91	5	333	36	11	6	45	1.65
21179015--21179228	115	1.9	116	92	4	362	36	11	6	45	1.65
21179263--21179313	17	2.9	18	78	21	63	80	1	3	13	0.94
21179300--21179339	17	2.4	16	84	8	53	72	0	5	22	1.04
21179721--21179758	20	1.9	20	88	0	58	13	13	31	42	1.82
21179754--21179789	11	3.3	11	88	0	54	27	27	30	13	1.94
21180404--21180440	16	2.3	16	90	9	58	70	2	0	27	1.01
21180406--21180443	9	4.6	8	84	15	51	71	2	0	26	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21180644--21180693	10	5.0	10	82	7	66	0	0	14	86	0.58
21180700--21180984	40	7.1	41	83	7	338	37	22	17	22	1.94
21181988--21182057	11	6.3	11	74	22	58	10	11	0	78	0.96
21182000--21182073	8	8.8	8	78	21	80	9	12	0	78	0.97
21181997--21182083	16	5.8	15	75	24	78	10	11	0	78	0.98
21182000--21182073	16	4.4	17	84	14	91	9	12	0	78	0.97
21181999--21182081	25	3.6	24	78	18	95	9	10	0	79	0.94
21181988--21182081	44	2.1	45	92	5	156	9	11	0	78	0.96
21181988--21182081	8	10.3	10	75	20	59	9	11	0	78	0.96
21181998--21182081	9	9.6	9	72	13	50	9	10	0	79	0.93
21192605--21192662	14	4.2	14	76	8	57	77	1	6	13	1.05
21192612--21192662	17	2.9	17	76	21	52	78	1	5	13	1.02
21192649--21192688	17	2.4	16	84	15	55	75	0	2	22	0.93
21193673--21193723	15	3.4	16	79	10	56	58	5	0	35	1.22
21193644--21193782	69	2.1	64	83	10	172	64	5	2	28	1.26
21193740--21193779	16	2.6	16	84	15	57	67	5	0	27	1.11
21194430--21194454	3	8.3	3	100	0	50	64	0	0	36	0.94
21194880--21194920	7	5.7	7	88	5	64	26	0	0	73	0.84
21194880--21194929	16	3.3	15	82	15	59	28	0	2	70	0.99
21204130--21204187	28	2.0	29	86	3	82	32	5	13	48	1.65
21208234--21208294	32	1.9	31	87	12	88	39	13	4	42	1.65
21209030--21209063	3	11.3	3	100	0	68	64	0	0	35	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21209492--21209538	21	2.2	22	88	3	69	21	2	0	76	0.89
21209492--21209538	7	6.6	7	82	4	58	21	2	0	76	0.89
21214817--21214845	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
21215989--21216019	15	2.1	15	100	0	62	38	0	6	54	1.26
21216902--21216984	40	2.1	40	100	0	166	32	3	9	54	1.50
21223261--21223285	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
21236964--21237031	35	1.9	35	94	5	120	42	17	8	30	1.80
21241964--21241995	10	3.3	10	95	4	57	34	0	0	65	0.93
21241961--21242003	9	4.7	9	88	8	52	39	2	0	58	1.11
21241961--21242003	19	2.3	18	88	4	59	39	2	0	58	1.11
21242033--21242057	13	1.9	13	100	0	50	32	0	0	68	0.90
21244718--21244777	19	3.1	18	80	9	66	75	3	0	21	0.95
21249768--21249794	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
21249876--21249909	8	4.1	8	85	7	50	11	5	0	82	0.83
21250297--21250335	11	3.5	11	83	13	53	43	5	2	48	1.38
21251433--21251487	23	2.4	23	84	3	67	38	1	3	56	1.28
21252029--21252303	153	1.8	152	85	1	345	42	6	4	46	1.47
21252744--21252795	23	2.2	24	83	12	65	57	5	1	34	1.33
21269304--21269364	2	30.5	2	96	0	113	49	0	1	49	1.10
21279580--21279616	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
21280082--21280133	12	4.2	13	80	7	56	48	1	0	50	1.12
21280169--21280205	13	2.8	13	91	4	56	27	0	2	70	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21282702--21282780	27	3.1	25	80	15	90	54	0	0	45	0.99
21282701--21282780	24	3.2	25	77	19	87	53	0	0	46	1.00
21286227--21286292	34	1.9	34	87	0	96	45	15	10	28	1.79
21288396--21288445	24	2.1	24	92	0	82	58	12	22	8	1.59
21288402--21288445	14	3.4	14	73	23	51	56	13	22	6	1.61
21292173--21292213	14	2.9	14	88	3	55	12	0	31	56	1.36
21292273--21292322	15	3.3	15	77	2	55	26	0	24	50	1.50
21292378--21292426	23	2.1	23	82	14	57	24	4	24	46	1.69
21292401--21292434	16	2.1	16	88	0	50	26	5	17	50	1.69
21292947--21292973	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
21295820--21295876	18	3.1	18	82	2	60	33	1	0	64	1.04
21295982--21296038	26	2.1	28	87	6	82	38	1	5	54	1.33
21297300--21297335	19	1.9	18	88	5	54	50	0	5	44	1.25
21305278--21305461	91	2.0	91	92	0	305	24	13	14	48	1.79
21307074--21307148	30	2.5	30	85	8	100	45	2	8	44	1.47
21308234--21308294	31	1.9	32	83	9	81	59	6	13	21	1.57
21309147--21309195	23	2.3	20	79	10	53	20	4	6	69	1.27
21309270--21309311	7	6.1	7	88	5	52	0	14	0	85	0.59
21315102--21315186	33	2.6	34	83	3	111	49	8	5	36	1.57
21326721--21326753	17	1.9	17	88	11	50	3	33	6	57	1.38
21339266--21339299	13	2.6	13	95	0	59	58	20	0	20	1.39
21339266--21339299	6	5.3	6	86	13	50	58	20	0	20	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21344266--21344322	29	2.0	29	85	0	78	21	17	5	56	1.60
21351925--21351952	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
21352009--21352045	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
21358145--21358171	13	2.1	13	100	0	54	33	7	14	44	1.73
21367699--21367731	3	11.0	3	100	0	66	0	33	0	66	0.92
21388273--21388358	30	2.8	30	82	5	102	39	6	24	29	1.81
21388273--21388358	31	2.8	30	83	1	109	39	6	24	29	1.81
21404228--21404271	22	2.0	22	90	0	70	34	11	11	43	1.77
21407429--21407483	25	2.2	25	93	0	92	30	12	18	38	1.88
21409144--21409172	14	2.0	15	93	6	51	68	13	10	6	1.37

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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