genome.fa.s656.2.7.7.80.10.50.1000.124.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168481.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_8, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  25818110

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   

This is table  124  of  127  ( 15156 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24711556--24711590	6	5.8	6	93	0	61	0	31	17	51	1.45
24715877--24715907	8	3.9	8	95	0	53	67	0	0	32	0.91
24722038--24722073	17	2.1	17	100	0	72	33	11	11	44	1.75
24723028--24723853	371	2.2	371	98	0	1582	23	25	34	16	1.95
24735839--24735920	40	2.0	40	97	0	155	45	13	15	25	1.83
24738974--24739098	27	4.6	27	93	0	196	30	13	40	16	1.87
24747113--24747155	19	2.3	19	91	0	68	67	0	0	32	0.91
24747195--24747233	13	3.0	13	76	0	51	46	12	0	41	1.42
24749580--24749618	20	2.0	20	94	0	69	38	15	7	38	1.76
24758511--24758546	6	5.8	6	90	3	54	0	0	13	86	0.58
24758511--24758546	19	1.9	18	94	5	63	0	0	13	86	0.58
24760202--24760241	5	8.4	5	91	8	50	0	15	0	85	0.61
24760191--24760237	15	3.1	16	82	11	55	0	19	2	78	0.85
24763377--24763463	42	2.1	42	97	0	165	45	19	14	19	1.85
24766018--24766042	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
24766062--24766100	18	2.1	20	86	13	57	48	2	0	48	1.15
24766182--24766215	5	6.8	5	100	0	68	41	17	0	41	1.50
24776181--24776215	15	2.3	15	85	0	52	17	17	2	62	1.44
24778187--24778241	26	2.1	26	96	0	101	25	16	5	52	1.65
24780952--24780985	2	17.0	2	93	0	59	0	52	0	47	1.00
24783035--24783090	24	2.3	24	96	0	103	37	32	7	23	1.82
24784071--24784222	79	1.9	79	93	0	259	30	19	21	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24790308--24790345	18	2.1	18	100	0	76	26	44	5	23	1.74
24790687--24790742	24	2.4	23	84	3	67	67	3	0	28	1.07
24790731--24790769	9	4.2	9	90	6	51	71	0	0	28	0.86
24790755--24790829	26	2.9	27	80	9	75	56	1	0	42	1.08
24791045--24791084	21	2.0	20	85	5	53	47	2	5	45	1.38
24791089--24791132	22	1.9	23	90	9	72	68	4	4	22	1.27
24793973--24794118	75	1.9	75	94	0	256	44	16	10	28	1.81
24796107--24796183	33	2.2	36	84	11	99	15	16	1	66	1.33
24805380--24805414	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
24811444--24811501	25	2.4	25	91	2	91	51	0	6	41	1.28
24812690--24812902	116	1.8	116	91	0	354	25	23	11	38	1.89
24813101--24813544	232	1.9	233	87	2	651	29	23	13	34	1.92
24821617--24821653	19	1.9	19	89	10	58	43	5	48	2	1.40
24864635--24864659	12	2.1	12	100	0	50	36	24	16	24	1.94
24871416--24871458	19	2.3	19	84	8	52	51	0	2	46	1.13
24881854--24881883	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
24881883--24881911	2	14.5	2	100	0	58	51	0	48	0	1.00
24888670--24888713	22	2.0	22	95	0	79	40	4	6	47	1.50
24892731--24892774	22	2.0	22	90	0	70	34	11	9	45	1.72
24907389--24907425	11	3.2	12	82	17	51	29	0	0	70	0.88
24907783--24908729	369	2.6	366	87	2	1313	20	29	20	28	1.98
24910432--24910472	18	2.4	17	88	8	64	41	2	2	53	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24911971--24912005	7	4.9	7	89	3	52	28	40	14	17	1.88
24912331--24912374	19	2.3	19	96	4	79	31	9	40	18	1.81
24918463--24918492	1	30.0	1	100	0	60	0	0	0	100	0.00
24919891--24919935	22	2.0	22	87	8	65	46	13	4	35	1.63
24955311--24955336	6	4.3	6	100	0	52	0	15	34	50	1.45
24957696--24957767	36	2.0	36	100	0	144	27	22	13	36	1.92
24958606--24958658	27	1.9	28	92	3	90	50	9	9	30	1.66
24962277--24962306	3	10.0	3	100	0	60	66	0	33	0	0.92
24969642--24969742	50	2.0	50	94	1	175	23	28	13	33	1.93
24976780--24977225	59	7.6	59	83	7	523	35	14	6	43	1.71
24976778--24977234	119	3.9	117	83	5	571	35	14	6	43	1.71
24976778--24977234	238	1.9	236	86	4	652	35	14	6	43	1.71
24977279--24977411	12	10.8	12	68	18	60	74	3	3	18	1.12
24977367--24977411	4	11.0	4	85	4	63	75	4	0	20	0.97
24977349--24977410	21	3.0	22	83	9	76	70	6	0	22	1.09
24977280--24977424	25	5.8	23	69	18	69	74	4	3	17	1.13
24978240--24978309	28	2.5	27	84	6	95	74	5	12	7	1.21
24978260--24978320	28	2.2	28	82	5	70	72	4	13	9	1.27
24978307--24978373	20	3.3	20	83	6	82	68	4	4	22	1.26
24978365--24978530	4	40.2	4	68	14	61	66	4	3	26	1.25
24978307--24978392	41	2.2	38	82	14	95	70	3	4	20	1.20
24978303--24978543	72	3.2	70	73	17	168	67	4	3	24	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24978299--24978486	71	2.6	70	78	15	172	66	3	4	25	1.26
24978496--24978557	29	2.1	30	81	3	72	74	6	0	19	1.03
24978506--24978545	13	3.4	13	74	25	52	80	5	0	15	0.88
24981943--24981989	16	2.8	17	84	12	62	57	0	0	42	0.98
24984342--24984436	33	2.9	33	88	0	145	32	23	6	37	1.80
24996373--24996409	2	18.5	2	94	0	65	51	2	0	45	1.15
24996410--24996638	115	2.0	115	95	0	413	25	17	25	31	1.97
25002183--25002238	23	2.5	22	88	5	85	1	92	3	1	0.48
25002183--25002238	1	56.0	1	85	0	76	1	92	3	1	0.48
25007836--25007876	14	2.9	15	89	7	59	65	4	0	29	1.13
25007841--25007883	15	2.9	14	89	6	59	62	6	0	30	1.21
25009406--25009462	20	2.9	19	78	17	71	45	0	0	54	0.99
25009400--25009463	18	3.3	18	79	14	74	46	0	1	51	1.10
25009450--25009507	21	2.8	21	75	12	66	56	0	0	43	0.99
25009536--25009585	26	1.9	26	87	0	73	26	20	2	52	1.57
25011728--25011804	29	2.8	28	75	23	81	53	5	0	41	1.23
25013753--25013791	20	2.0	20	85	10	53	56	2	2	38	1.27
25031809--25031838	15	2.0	15	93	0	51	36	13	13	36	1.84
25041054--25041093	21	2.0	20	85	5	53	62	10	2	25	1.39
25042663--25042693	14	2.2	14	100	0	62	12	32	22	32	1.92
25048862--25048886	11	2.3	11	100	0	50	40	8	40	12	1.72
25071459--25071490	16	2.0	16	100	0	64	37	0	37	25	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25082344--25082395	24	2.3	23	83	6	61	46	1	0	51	1.12
25097807--25097994	93	2.0	93	95	0	340	35	24	16	23	1.95
25103612--25103709	30	3.3	31	78	12	91	53	0	7	39	1.29
25103679--25103730	25	2.0	28	85	11	74	59	0	3	36	1.16
25103667--25103730	29	2.2	29	83	10	78	57	0	3	39	1.14
25103625--25103742	30	4.0	28	75	16	91	55	0	5	38	1.25
25105952--25105978	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
25107503--25107533	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
25111533--25111570	16	2.3	17	86	4	51	26	13	5	55	1.59
25122818--25122880	30	2.1	31	87	3	92	44	17	15	22	1.86
25123209--25123239	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
25124778--25124816	2	19.5	2	100	0	78	48	0	51	0	1.00
25127804--25127836	15	2.3	15	89	5	50	33	0	3	63	1.10
25129102--25129150	11	4.5	11	78	0	53	46	4	2	46	1.33
25129247--25129288	18	2.3	19	91	4	68	66	2	0	30	1.04
25134791--25134902	52	2.1	53	91	1	181	25	16	15	43	1.86
25148267--25148303	6	5.4	7	90	9	51	0	10	0	89	0.49
25148267--25148304	15	2.8	13	88	11	51	0	10	0	89	0.49
25169000--25169047	21	2.3	21	88	0	69	22	8	35	33	1.84
25169041--25169083	21	2.0	21	86	0	59	25	18	18	37	1.94
25173322--25173352	15	2.1	15	93	0	53	16	29	35	19	1.93
25172965--25173524	279	2.0	279	98	0	1084	31	17	27	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25176367--25176552	93	2.0	93	93	0	318	33	15	22	29	1.95
25179627--25179672	24	2.0	23	82	4	56	78	4	10	6	1.08
25182472--25182516	23	2.0	23	82	8	56	46	24	0	28	1.53
25183428--25183470	20	2.2	20	95	0	77	30	23	4	41	1.74
25183671--25183704	17	2.0	17	88	11	52	29	5	0	64	1.17
25187578--25187609	16	2.0	16	100	0	64	18	25	0	56	1.42
25188715--25188746	16	2.0	16	93	0	55	59	0	40	0	0.97
25196764--25196788	3	8.3	3	100	0	50	0	0	32	68	0.90
25199579--25199635	29	2.0	29	89	6	89	21	28	10	40	1.86
25202446--25202471	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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