genome.fa.s656.2.7.7.80.10.50.1000.44.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168481.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_8, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  25818110

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  44  of  127  ( 15156 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8819289--8819339	21	2.4	21	83	0	66	54	1	5	37	1.36
8820025--8820057	17	2.0	17	88	5	50	45	12	0	42	1.41
8823541--8823571	16	1.9	16	93	0	53	61	0	12	25	1.32
8824982--8825229	125	2.0	125	91	1	408	32	22	8	35	1.85
8828965--8829235	92	3.0	92	88	7	457	40	27	7	24	1.82
8829057--8829227	85	2.0	85	95	0	306	40	27	6	25	1.80
8836691--8836726	16	2.1	17	90	10	56	47	11	0	41	1.39
8836680--8836769	39	2.3	39	81	11	103	48	7	1	42	1.39
8843890--8843914	12	2.1	12	100	0	50	24	20	0	56	1.43
8856417--8856496	30	2.7	30	88	7	126	50	5	6	38	1.50
8857906--8857952	15	3.1	15	79	8	51	85	2	6	6	0.82
8858157--8858214	28	2.1	27	83	3	71	68	3	1	25	1.14
8858182--8858209	6	4.7	6	100	0	56	71	0	0	28	0.86
8858260--8858295	4	9.2	4	87	6	56	75	2	0	22	0.94
8858257--8858304	12	4.2	12	89	5	64	70	4	0	25	1.04
8858597--8858641	14	3.1	14	81	12	56	0	42	2	55	1.12
8859070--8859119	17	2.9	16	80	11	55	78	4	2	16	1.00
8859095--8859172	6	12.2	6	75	12	59	75	0	2	21	0.92
8859091--8859167	13	5.7	13	69	22	52	75	0	2	22	0.93
8859086--8859150	6	9.6	7	80	11	57	72	1	1	24	1.02
8859734--8859782	23	2.2	21	82	7	53	48	2	4	44	1.33
8860892--8860942	23	2.2	24	86	6	70	54	0	1	43	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8862750--8862809	22	2.7	22	89	0	84	48	8	0	43	1.33
8866602--8866727	63	2.0	63	90	0	198	43	9	16	30	1.80
8878037--8878064	14	2.0	14	100	0	56	35	14	7	42	1.73
8879080--8879106	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
8890033--8890066	14	2.4	14	90	0	50	20	8	23	47	1.78
8891565--8891615	10	5.4	9	77	15	50	84	0	9	5	0.78
8891565--8891608	16	2.7	16	80	16	54	84	0	9	6	0.79
8891749--8891804	11	5.0	11	77	16	53	78	1	14	5	1.00
8891746--8891799	19	2.8	19	85	2	63	75	1	14	7	1.09
8891565--8891943	192	2.0	192	86	6	527	54	11	16	17	1.70
8892892--8892991	44	2.3	44	87	1	139	34	11	17	38	1.84
8892879--8893013	44	3.1	44	79	8	127	31	9	18	40	1.83
8893287--8893368	32	2.6	31	78	5	92	29	6	8	56	1.54
8893312--8893364	19	2.7	19	72	13	54	26	3	9	60	1.45
8893308--8893408	38	2.7	38	78	9	116	25	4	11	57	1.54
8893445--8893486	17	2.3	18	84	8	50	71	7	14	7	1.29
8894241--8894290	23	2.2	23	86	10	68	30	0	10	60	1.30
8894180--8894303	58	2.1	57	81	10	144	29	3	8	58	1.45
8894335--8894389	19	2.8	19	78	10	58	32	1	10	54	1.46
8894356--8894409	19	2.6	22	78	21	55	38	1	5	53	1.35
8894383--8894500	21	5.6	21	67	7	87	32	4	11	52	1.56
8894390--8894521	42	3.1	41	85	4	192	31	3	11	53	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8894374--8894557	21	8.4	21	67	13	86	34	3	9	52	1.53
8894487--8894558	24	3.0	24	77	2	81	36	2	6	54	1.42
8894610--8894643	17	2.0	17	88	11	52	26	5	14	52	1.64
8894587--8894695	42	2.7	41	82	5	114	30	4	10	55	1.53
8896644--8896738	47	2.0	48	85	6	131	31	12	17	37	1.88
8903721--8903989	135	2.0	135	94	0	466	39	20	10	29	1.85
8905933--8906007	35	2.2	33	83	6	96	48	6	14	30	1.70
8909590--8909627	2	19.0	2	94	0	67	50	47	0	2	1.15
8911369--8911868	256	2.0	248	82	6	612	40	17	18	24	1.91
8912875--8912914	21	2.0	20	85	5	53	67	12	10	10	1.42
8913615--8913692	34	2.3	33	88	4	111	34	8	7	48	1.63
8917184--8917274	15	6.0	15	70	6	58	61	18	1	18	1.41
8917187--8917274	30	2.9	31	77	5	90	61	18	1	19	1.41
8917195--8917263	21	3.3	21	74	11	70	60	17	1	20	1.43
8926761--8926789	14	2.1	14	100	0	58	41	24	6	27	1.80
8929114--8929354	114	2.1	111	78	7	254	49	7	9	33	1.64
8935432--8935476	23	2.0	23	81	0	54	35	4	13	46	1.63
8935545--8935577	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
8935466--8935683	111	2.0	111	100	0	436	33	3	8	55	1.47
8935656--8935683	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
8936040--8936078	20	2.0	20	89	0	60	20	5	30	43	1.73
8938219--8938257	5	7.8	5	82	0	51	58	0	33	7	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8938940--8938977	10	3.8	10	92	0	67	10	26	0	63	1.27
8938940--8938977	15	2.5	15	86	0	58	10	26	0	63	1.27
8938944--8938977	5	6.8	5	89	0	50	11	26	0	61	1.30
8942119--8942179	30	2.0	31	84	9	81	73	0	22	3	0.97
8942071--8942163	18	5.3	16	73	11	60	75	3	19	2	1.05
8942117--8942168	23	2.4	21	81	15	61	76	0	21	1	0.87
8942911--8943377	121	3.9	121	80	3	447	22	23	10	43	1.84
8942898--8943498	120	5.0	121	79	2	490	21	22	11	44	1.84
8943864--8943914	6	8.0	6	83	12	50	19	0	0	80	0.71
8943869--8943914	14	3.5	14	80	14	62	19	0	0	80	0.71
8943859--8943912	26	2.2	25	87	12	76	22	0	0	77	0.76
8944239--8944288	20	2.5	20	83	6	66	26	6	26	42	1.78
8944397--8944421	13	1.9	13	100	0	50	32	0	12	56	1.36
8952855--8952997	56	2.6	54	87	4	207	39	16	24	19	1.92
8960798--8960879	38	2.2	38	90	0	128	40	24	7	28	1.82
8964507--8964662	74	2.1	76	84	4	201	51	5	8	33	1.57
8966148--8966257	8	13.9	8	75	11	93	22	0	26	50	1.49
8966150--8966263	16	7.2	16	77	2	104	22	0	25	51	1.48
8967258--8967309	13	3.8	13	80	9	59	1	13	0	84	0.70
8967259--8967335	20	3.7	21	77	16	81	5	14	0	80	0.87
8967258--8967336	30	2.8	28	83	11	65	5	13	0	81	0.86
8967257--8967336	33	2.5	32	82	11	94	5	13	0	81	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8967255--8967310	10	5.2	11	80	20	57	1	16	0	82	0.76
8969399--8969433	18	2.0	18	88	5	54	20	5	5	68	1.31
8970313--8970475	8	20.6	8	71	10	113	23	1	25	49	1.57
8970313--8970468	32	4.9	31	76	9	129	22	1	26	50	1.57
8970428--8970500	38	1.9	38	82	0	92	23	5	21	49	1.70
8973215--8973296	12	6.5	12	87	10	119	7	0	42	50	1.30
8973216--8973292	14	5.8	14	88	11	126	6	0	42	50	1.28
8973215--8973292	26	3.0	26	100	0	156	7	0	42	50	1.31
8973550--8973643	34	2.7	35	79	9	95	41	7	7	43	1.61
8976191--8976244	26	2.0	27	86	10	76	42	24	3	29	1.72
8977375--8977449	30	2.5	31	78	10	82	36	17	6	40	1.76
8977612--8977649	12	3.1	12	85	14	51	68	0	0	31	0.90
8982309--8982349	16	2.4	17	80	19	50	31	4	2	60	1.30
8983053--8983092	11	3.6	11	79	0	53	22	0	27	50	1.50
8983119--8983275	52	3.0	52	90	1	235	39	8	25	26	1.85
8984145--8984214	36	2.0	36	85	2	97	30	11	38	20	1.87
8986703--8986746	15	2.9	15	75	0	52	29	2	6	61	1.34
8987175--8987324	20	7.1	22	75	11	93	30	4	1	64	1.22
8987191--8987248	22	2.6	22	89	5	82	32	6	0	60	1.23
8987222--8987258	16	2.2	18	85	9	51	32	5	0	62	1.18
8987277--8987336	32	1.9	32	86	6	88	21	8	1	68	1.25
8987277--8987331	30	1.9	30	85	10	80	23	7	1	67	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8987723--8987770	26	1.9	24	87	8	69	56	0	43	0	0.99
8988029--8988093	16	4.0	16	84	9	78	26	0	1	72	0.94
8988039--8988093	3	18.0	3	80	17	60	29	0	1	69	0.99
8988034--8988134	10	10.6	10	72	21	67	28	0	3	67	1.09
8988034--8988081	13	3.9	13	79	20	59	27	0	0	72	0.84
8988155--8988490	58	5.8	57	86	4	397	44	6	13	35	1.70
8988157--8988490	115	2.9	114	84	4	436	44	6	13	35	1.70
8988362--8988399	16	2.4	16	82	4	51	42	5	2	50	1.39
8989129--8991639	236	10.8	235	72	12	1268	32	10	5	51	1.59
8989656--8990339	234	3.0	227	76	7	505	33	11	4	50	1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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