genome.fa.s656.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168481.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_8, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  25818110

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14537600--14538277	355	1.9	357	78	4	744	41	7	8	42	1.64
14537360--14539514	537	4.0	535	75	8	1469	40	8	9	41	1.68
14540392--14540459	17	3.9	17	70	1	55	32	8	17	41	1.80
14540659--14540731	22	3.2	22	69	11	58	41	20	6	31	1.79
14540660--14540748	24	3.9	23	71	14	67	41	17	6	33	1.76
14541690--14541759	9	7.8	9	78	13	56	7	8	2	81	0.96
14542054--14542103	22	2.3	20	78	18	55	6	26	0	68	1.13
14547531--14547574	21	2.0	22	83	12	56	9	20	4	65	1.38
14548678--14549672	49	20.1	49	78	7	899	33	18	14	32	1.92
14549681--14549721	12	3.6	12	78	21	52	12	0	7	80	0.90
14549681--14549730	17	3.0	16	77	8	55	12	0	8	80	0.92
14549872--14549913	22	1.9	22	85	0	57	33	14	23	28	1.94
14550263--14550313	22	2.3	22	86	0	66	29	11	23	35	1.90
14550348--14550590	105	2.3	105	82	1	290	32	18	15	33	1.92
14550790--14550823	2	17.0	2	93	0	59	0	47	0	52	1.00
14551112--14551212	41	2.4	41	85	1	130	34	13	14	36	1.86
14551315--14551789	85	5.3	85	67	19	279	29	11	20	38	1.88
14551315--14551626	88	3.5	88	69	18	272	29	11	21	37	1.88
14551317--14551806	179	2.7	180	92	1	786	30	11	20	37	1.88
14552314--14552470	83	1.9	83	85	5	219	33	10	19	36	1.86
14553222--14553480	130	2.0	131	80	6	292	20	20	9	50	1.75
14553992--14554032	22	1.9	21	85	5	55	7	7	4	80	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14554013--14554046	10	3.4	10	87	0	50	8	2	2	85	0.80
14556137--14556202	30	2.2	30	84	7	82	4	7	9	78	1.07
14558056--14558089	17	2.1	16	88	5	50	23	2	11	61	1.43
14563047--14563094	22	2.2	22	81	3	62	43	8	14	33	1.75
14562884--14563149	133	2.0	132	90	2	417	33	8	16	41	1.78
14573037--14573062	9	2.9	9	100	0	52	80	7	0	11	0.89
14573907--14575896	181	11.1	178	73	9	936	40	8	9	42	1.67
14573909--14575293	364	3.8	358	76	8	950	41	7	8	42	1.65
14575414--14576385	491	2.0	491	84	6	1265	38	8	10	42	1.70
14575903--14577289	355	3.9	354	77	9	1092	39	8	10	41	1.69
14576881--14576928	16	2.7	18	78	12	55	45	6	8	39	1.59
14576892--14576924	18	1.9	17	88	11	50	48	6	6	39	1.53
14575903--14577265	534	2.6	522	77	8	1208	39	8	10	41	1.69
14575924--14577298	180	7.7	179	75	9	984	39	8	10	41	1.70
14578071--14578238	71	2.4	71	91	0	282	24	20	20	34	1.96
14579031--14579320	161	1.8	161	79	4	343	42	8	8	40	1.66
14579631--14582876	181	18.0	180	75	7	2224	42	10	8	39	1.69
14583369--14583542	87	2.0	87	90	0	276	39	6	6	47	1.54
14583657--14588018	181	24.2	182	74	8	2092	40	7	10	41	1.68
14583657--14600172	715	22.7	714	68	13	3787	40	8	10	41	1.68
14585520--14585914	205	1.9	202	81	5	472	40	9	10	40	1.72
14585732--14588046	359	6.5	355	75	9	1479	40	7	10	41	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14588491--14589529	176	5.9	173	73	8	566	42	8	9	39	1.68
14588476--14590050	181	9.0	175	71	12	645	40	8	10	40	1.69
14589354--14589986	346	1.8	346	82	4	821	39	8	11	41	1.71
14589520--14589994	165	2.8	164	77	10	388	38	8	11	41	1.71
14589917--14590183	132	2.0	132	87	1	383	39	7	11	41	1.70
14590418--14595780	181	29.7	180	74	8	3348	40	8	9	41	1.68
14590044--14600175	539	18.9	535	74	9	5431	39	8	9	42	1.68
14594124--14594168	24	1.9	23	86	4	63	37	8	2	51	1.46
14590044--14600169	722	14.2	716	74	8	5029	39	8	9	42	1.68
14591628--14595780	358	11.5	358	73	9	1213	40	8	9	41	1.68
14595627--14595916	158	1.8	158	88	0	445	38	10	9	41	1.72
14597351--14597393	20	2.2	20	87	4	61	41	2	2	53	1.26
14597392--14597848	183	2.5	182	78	8	445	38	7	10	42	1.68
14596151--14599501	177	18.8	175	72	13	740	39	7	10	42	1.67
14595792--14600171	181	24.5	180	74	9	2593	39	7	10	42	1.68
14601115--14601147	16	2.0	17	88	5	50	42	12	3	42	1.57
14600386--14604300	181	21.9	176	74	9	1381	41	9	8	40	1.68
14600399--14604300	356	10.9	356	74	9	2685	41	9	8	40	1.68
14600188--14606061	537	11.0	536	74	11	3469	41	9	8	40	1.68
14604176--14604479	143	2.1	145	77	10	311	41	6	9	42	1.64
14604330--14606055	181	9.7	177	74	10	1107	41	10	8	39	1.68
14604006--14604623	323	1.9	325	81	7	756	41	7	8	41	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14603826--14604804	504	1.9	508	81	4	1165	41	7	8	42	1.65
14603711--14604966	685	1.8	689	79	5	1470	41	8	8	41	1.65
14605470--14605511	20	2.1	21	79	16	54	57	2	2	38	1.25
14605444--14606061	177	3.5	178	79	5	522	43	9	8	37	1.69
14606095--14606702	299	2.0	298	81	6	714	43	7	7	41	1.60
14606401--14606983	180	3.2	178	80	9	596	42	8	6	41	1.62
14607082--14607118	17	2.1	18	85	14	51	56	5	0	37	1.22
14607098--14608308	180	6.8	179	76	5	941	41	10	8	40	1.68
14608373--14609170	181	4.4	182	80	4	785	40	9	8	42	1.67
14608504--14609174	359	1.9	361	81	3	823	40	9	8	41	1.68
14609007--14609334	165	2.0	164	83	1	406	40	9	7	42	1.65
14609176--14609706	181	3.0	174	79	4	526	41	9	7	40	1.67
14608857--14609516	346	1.9	343	80	2	768	40	10	6	42	1.65
14612025--14612063	20	2.1	19	85	9	53	58	0	12	28	1.34
14615207--14615233	13	2.1	13	100	0	54	22	7	29	40	1.81
14617946--14620992	539	5.6	533	76	9	1650	42	10	8	39	1.69
14617949--14621666	180	20.6	178	74	9	2406	42	10	8	38	1.69
14618086--14621666	540	6.6	537	77	8	2763	42	10	8	38	1.69
14622174--14622644	174	2.7	174	88	0	638	42	9	8	40	1.67
14621779--14624004	181	12.4	180	76	5	1416	42	9	7	39	1.67
14622515--14624002	360	4.1	355	75	8	1147	43	9	7	38	1.65
14623683--14623720	18	2.2	16	90	9	58	47	2	0	50	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14622522--14625457	537	5.5	534	74	10	1455	42	9	7	40	1.65
14624546--14624578	18	1.9	17	88	11	50	42	6	3	48	1.43
14624054--14625431	358	3.8	363	76	6	1018	42	8	7	41	1.65
14624054--14625480	182	7.9	179	76	6	801	41	8	7	41	1.65
14629853--14631134	180	7.2	175	74	10	792	41	9	8	40	1.68
14631478--14631547	32	2.2	31	82	5	86	54	5	31	8	1.54
14633487--14633870	57	6.6	57	86	6	481	42	6	14	36	1.72
14633667--14633756	27	3.2	27	64	22	67	37	5	17	38	1.74
14633487--14633870	175	2.2	173	86	5	517	42	6	14	36	1.72
14637049--14637087	20	2.0	20	90	10	62	76	0	12	10	1.01
14637815--14637938	63	2.0	63	91	3	205	37	8	24	30	1.84
14638595--14638676	43	1.9	42	85	7	112	37	10	15	35	1.83
14638967--14639262	41	7.1	41	82	11	354	22	18	22	36	1.95
14638994--14639163	90	1.9	91	97	1	324	21	17	22	38	1.93
14639087--14639239	77	2.0	76	92	1	252	23	18	20	37	1.94
14639269--14639316	20	2.3	20	89	10	71	85	4	4	6	0.83
14639265--14639317	24	2.3	23	83	6	63	84	3	3	7	0.84
14639268--14639317	21	2.4	22	83	16	70	86	4	4	6	0.80
14641141--14641348	41	5.0	41	85	4	276	25	18	21	35	1.95
14641141--14641348	83	2.5	82	86	6	287	25	18	21	35	1.95
14641893--14641966	32	2.3	32	77	11	87	55	5	31	8	1.52
14643902--14644469	60	9.7	58	81	9	647	44	7	12	35	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14643901--14644469	117	4.8	117	86	5	751	44	7	12	35	1.70
14643907--14644471	177	3.2	171	84	8	710	44	7	12	35	1.71
14644935--14647033	181	11.8	180	75	9	1492	41	9	7	40	1.67
14646531--14647031	161	3.0	160	77	13	474	42	11	7	38	1.68
14646357--14647031	342	2.0	340	84	4	885	43	10	6	39	1.66
14647039--14648313	181	7.0	178	73	9	629	40	8	9	41	1.70
14648323--14649181	181	4.8	177	74	8	609	41	6	9	41	1.64
14649873--14650242	182	2.0	181	84	0	479	41	8	10	39	1.70
14650083--14650388	146	2.1	149	84	7	405	40	8	10	40	1.71
14650227--14651076	181	4.7	180	77	6	702	41	8	10	39	1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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