genome.fa.s656.2.7.7.80.10.50.1000.37.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168481.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_8, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  25818110

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   

This is table  37  of  127  ( 15156 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7564544--7564628	44	2.0	42	86	4	116	20	1	25	52	1.53
7564637--7564686	22	2.3	22	86	3	66	18	2	24	56	1.52
7564655--7564701	15	3.2	15	82	11	53	19	0	21	59	1.38
7564655--7564741	36	2.4	36	92	0	138	18	0	25	56	1.42
7564864--7564897	14	2.4	14	90	9	52	35	0	0	64	0.94
7565029--7565077	15	3.4	15	71	21	50	20	2	4	73	1.10
7565029--7565070	22	1.9	22	90	0	66	19	2	2	76	1.01
7566353--7566399	9	5.8	8	80	14	60	0	0	17	82	0.66
7566353--7566399	17	2.9	16	81	12	60	0	0	17	82	0.66
7566354--7566396	22	2.0	22	90	0	68	0	0	16	83	0.64
7566532--7566626	37	2.6	37	76	3	111	53	13	17	14	1.73
7566532--7566702	75	2.3	75	80	11	183	52	15	17	14	1.76
7566678--7566802	37	3.4	37	71	8	110	51	14	16	18	1.77
7566757--7566960	110	1.8	111	84	3	277	42	18	18	21	1.89
7566861--7567047	88	2.1	88	83	2	225	43	18	16	21	1.87
7567211--7567253	22	2.0	22	85	0	59	39	20	13	25	1.90
7567255--7567360	37	2.9	36	81	5	122	47	17	19	15	1.83
7567422--7567506	34	2.5	34	90	0	125	34	14	18	32	1.91
7567642--7567831	33	5.8	33	79	5	206	35	18	18	27	1.95
7567642--7567828	66	2.8	65	92	2	311	35	19	18	26	1.95
7568695--7568741	24	2.0	24	83	4	60	6	17	4	72	1.22
7571476--7571513	20	1.9	20	84	10	51	52	2	21	23	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7574964--7575059	30	3.3	29	84	5	113	20	1	29	48	1.56
7574964--7575059	14	6.6	14	75	8	84	20	1	29	48	1.56
7574967--7575080	58	1.9	60	80	7	135	20	1	29	48	1.60
7575086--7575208	36	3.4	36	90	0	192	17	0	25	57	1.39
7575094--7575154	29	2.1	29	82	11	72	14	0	22	62	1.32
7575496--7575555	3	20.0	3	76	19	54	26	1	1	70	1.07
7575499--7575555	14	3.9	14	72	20	53	26	1	1	70	1.07
7575496--7575551	17	3.5	17	78	9	64	25	1	1	71	1.05
7576665--7576701	7	5.4	7	81	18	51	40	0	0	59	0.97
7577515--7577570	24	2.4	23	75	3	58	33	1	3	60	1.24
7583415--7583445	14	2.1	15	94	5	55	29	0	3	67	1.06
7583503--7583548	18	2.6	17	83	6	56	28	0	4	67	1.10
7585951--7585979	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
7586863--7586914	16	3.1	16	80	5	59	59	0	1	38	1.08
7592800--7592850	24	2.0	24	88	7	75	54	7	17	19	1.67
7592993--7593036	22	2.0	22	90	0	70	43	11	11	34	1.77
7597066--7597109	22	2.0	22	95	0	79	43	13	11	31	1.80
7600801--7600997	101	2.0	100	87	1	286	38	4	16	41	1.69
7600967--7601020	26	2.1	26	92	0	90	35	12	7	44	1.71
7607402--7607433	2	16.0	2	100	0	64	0	50	0	50	1.00
7609844--7609871	4	7.0	4	100	0	56	50	25	0	25	1.50
7610423--7610665	123	2.0	122	88	2	362	38	10	9	41	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7617479--7617509	15	2.1	15	93	0	53	29	22	3	45	1.68
7618942--7618971	15	2.0	15	93	0	51	63	0	16	20	1.31
7626866--7627003	75	1.9	74	83	4	179	29	13	12	44	1.81
7627367--7627521	22	7.1	22	72	11	131	30	9	16	43	1.80
7627367--7627597	44	5.2	44	80	8	238	33	9	15	42	1.78
7627664--7627733	36	1.9	36	82	5	88	34	7	12	45	1.70
7627699--7627778	23	3.6	22	68	9	65	31	8	16	43	1.78
7627919--7627978	17	3.5	17	77	4	59	40	11	10	38	1.75
7627919--7628033	51	2.3	51	82	0	131	35	15	12	36	1.85
7627940--7628053	17	6.7	17	72	0	66	29	13	14	42	1.83
7627964--7628050	34	2.6	34	81	0	93	31	13	14	40	1.86
7628144--7628176	17	1.9	17	93	0	57	27	9	24	39	1.85
7628185--7628288	17	6.2	17	70	2	57	34	13	11	40	1.81
7628241--7628300	17	3.6	16	82	6	75	40	10	11	38	1.75
7628505--7628550	23	2.0	22	84	12	58	36	13	8	41	1.75
7633809--7633841	17	1.9	17	88	11	50	63	0	0	36	0.95
7639390--7639432	22	1.9	22	81	13	52	60	2	4	32	1.30
7641822--7641870	22	2.2	22	81	0	62	22	4	14	59	1.52
7642594--7642688	32	3.0	31	76	10	102	38	2	9	49	1.47
7642661--7642708	19	2.5	20	82	3	62	45	0	6	47	1.27
7642745--7642804	20	3.0	20	66	7	50	55	1	0	43	1.10
7642916--7642998	18	4.5	18	78	14	89	50	1	7	40	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7643415--7643443	14	2.1	14	93	6	51	58	0	0	41	0.98
7647752--7647778	10	2.7	10	100	0	54	29	0	0	70	0.88
7648715--7648745	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
7648980--7649055	39	1.9	39	89	0	116	22	11	25	40	1.88
7649710--7649743	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
7650398--7650461	30	2.3	29	82	17	82	35	9	9	45	1.69
7650410--7650461	17	3.3	16	74	20	56	36	11	7	44	1.70
7652744--7652814	34	2.1	34	84	5	90	45	4	15	35	1.66
7652868--7652899	16	2.0	16	93	0	55	34	3	0	62	1.11
7653640--7653704	34	1.9	33	84	9	87	46	12	13	27	1.79
7654460--7654619	60	2.7	60	76	1	160	31	13	12	42	1.81
7654827--7654961	61	2.2	61	85	7	177	28	11	17	43	1.82
7654995--7655287	158	1.9	158	81	1	363	33	13	16	36	1.87
7658989--7659053	33	2.0	33	100	0	130	40	0	41	18	1.51
7659646--7659674	14	2.1	14	93	6	51	75	6	0	17	1.01
7662089--7662126	13	2.8	14	80	8	51	26	7	0	65	1.19
7669631--7669867	125	1.9	125	93	0	411	40	15	7	37	1.74
7672042--7672083	20	2.1	20	91	8	68	45	0	0	54	0.99
7672042--7672101	22	2.8	22	80	7	61	48	0	1	50	1.11
7672541--7672583	9	4.4	10	80	13	54	39	0	0	60	0.97
7672541--7672583	20	2.2	19	91	4	68	39	0	0	60	0.97
7672574--7672614	16	2.6	15	85	11	55	46	0	2	51	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7671943--7672926	253	3.9	254	84	5	1274	34	8	4	52	1.52
7672715--7673040	160	2.0	164	89	5	509	33	6	6	54	1.51
7672964--7672997	9	3.6	9	85	14	50	35	0	0	64	0.94
7678665--7678729	29	2.2	29	88	0	103	46	6	3	44	1.44
7679588--7679643	28	2.1	27	83	12	71	44	3	3	48	1.37
7681771--7681800	10	3.0	10	95	0	51	50	6	0	43	1.28
7686157--7686183	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
7686387--7686415	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
7687554--7687852	153	1.9	154	85	4	415	38	12	16	32	1.86
7688762--7688799	3	12.7	3	88	0	58	5	0	28	65	1.14
7690434--7690559	61	2.1	61	92	0	207	36	15	2	45	1.60
7691094--7691131	17	2.2	17	86	9	51	44	2	2	50	1.30
7701400--7701445	15	3.0	15	87	3	65	82	2	4	10	0.89
7701383--7701435	24	2.2	25	86	3	72	81	5	5	7	1.00
7702538--7702595	17	3.4	17	72	13	55	24	17	6	51	1.69
7702560--7702769	70	3.0	70	69	4	181	22	16	11	50	1.77
7704469--7704776	158	1.9	158	89	2	476	39	12	14	33	1.83
7705665--7705715	3	17.0	3	100	0	102	0	0	33	66	0.92
7706284--7706336	3	17.7	3	96	0	97	66	1	0	32	1.03
7711394--7711475	37	2.2	39	86	4	114	47	4	4	42	1.46
7712552--7712910	188	1.9	188	79	12	398	44	6	10	38	1.65
7716477--7716536	12	4.4	14	73	21	56	80	3	10	6	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7718150--7718236	21	3.9	21	75	14	84	37	11	13	36	1.81
7718152--7718264	46	2.4	47	86	4	158	40	11	15	31	1.83
7718685--7718822	41	3.4	40	88	4	195	23	10	18	47	1.79
7719880--7720011	63	2.1	63	80	2	149	58	3	11	26	1.50
7723191--7723494	72	4.2	72	72	5	202	37	8	5	48	1.56
7723450--7723485	18	1.9	19	88	5	56	47	5	2	44	1.41
7725623--7725848	47	4.7	46	78	10	170	35	6	9	48	1.62
7725618--7725806	96	2.0	95	81	11	224	36	6	10	47	1.63
7727878--7727924	22	2.2	21	88	7	69	57	0	0	42	0.98
7727942--7727969	12	2.3	12	100	0	56	60	0	0	39	0.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127