genome.fa.s656.2.7.7.80.10.50.1000.112.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168481.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_8, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  25818110

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   

This is table  112  of  127  ( 15156 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20977374--20977614	60	4.1	58	81	7	249	38	9	6	46	1.62
20977669--20977709	15	2.6	16	84	7	57	63	4	4	26	1.35
20978497--20978530	10	3.5	10	88	8	52	23	0	0	76	0.79
20982492--20982603	55	2.0	56	92	1	190	31	14	10	43	1.79
20985460--20985504	2	22.0	2	95	4	81	48	2	48	0	1.13
20993501--20993539	20	2.0	20	90	10	62	0	30	0	69	0.89
20993765--20993804	21	2.0	21	90	5	64	67	12	0	20	1.22
20994476--20994660	43	4.3	43	88	2	255	45	18	12	22	1.83
20995664--20995716	18	2.9	18	81	15	65	5	13	0	81	0.86
21006132--21006342	59	3.6	59	86	4	261	38	11	5	44	1.64
21006439--21006467	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
21011221--21011332	55	2.0	56	91	1	181	30	14	10	44	1.79
21015927--21016073	76	1.9	76	86	2	206	40	14	5	39	1.70
21017810--21017864	16	3.4	16	76	2	56	29	3	10	56	1.51
21017802--21017864	32	1.9	33	87	3	92	31	3	9	55	1.48
21017852--21017903	21	2.5	21	90	3	79	32	3	11	51	1.56
21017905--21017943	20	2.0	20	100	0	78	30	10	7	51	1.64
21017953--21018201	20	12.5	19	68	15	137	28	5	12	53	1.60
21017955--21018201	39	6.2	39	82	8	261	27	5	12	53	1.61
21018001--21018138	21	6.9	21	71	14	85	30	5	12	52	1.60
21018056--21018127	18	3.9	18	75	12	74	30	5	12	51	1.62
21018237--21018306	19	3.3	20	83	15	72	30	4	10	55	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21018210--21018271	32	1.9	32	90	0	97	29	1	12	56	1.46
21018248--21018306	19	3.0	20	83	14	77	30	5	8	55	1.51
21018279--21018322	19	2.3	19	84	4	52	31	4	9	54	1.52
21030197--21030234	3	12.3	3	94	5	67	65	0	2	31	1.06
21030963--21031013	10	5.3	10	88	9	79	27	0	0	72	0.85
21030963--21031013	19	2.7	19	93	0	84	27	0	0	72	0.85
21031363--21031542	44	4.1	43	85	3	211	47	16	10	25	1.78
21039025--21039064	16	2.7	14	85	14	62	30	7	22	40	1.81
21042993--21043125	55	2.3	58	85	8	177	39	10	6	44	1.64
21042993--21043128	59	2.4	55	86	7	175	39	11	5	43	1.64
21043101--21043147	19	2.5	19	100	0	94	44	6	8	40	1.60
21043041--21043206	78	2.1	78	88	4	246	40	10	4	43	1.60
21048117--21048229	56	2.0	56	87	3	165	32	13	8	45	1.74
21051233--21051278	22	2.1	22	84	8	58	60	2	2	34	1.21
21051251--21051297	15	3.1	15	84	12	60	59	2	0	38	1.09
21058486--21058517	1	32.0	1	93	0	55	0	3	0	96	0.20
21059356--21059422	29	2.3	31	82	17	81	50	0	2	46	1.16
21059368--21059432	12	4.6	14	77	18	57	53	0	1	44	1.09
21060277--21060301	13	1.9	13	100	0	50	80	0	0	20	0.72
21060275--21060307	7	4.9	7	85	7	50	81	0	0	18	0.68
21060275--21060315	20	2.0	20	90	0	64	80	0	2	17	0.82
21061654--21061887	119	1.9	119	81	6	276	38	7	10	43	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21062575--21062616	21	2.0	21	95	0	75	21	9	9	59	1.57
21063139--21063191	20	2.6	19	79	8	52	39	11	13	35	1.80
21063282--21063536	18	14.2	18	72	11	103	46	11	10	31	1.73
21063261--21063521	36	7.3	36	70	13	114	46	11	10	31	1.74
21063342--21063546	108	1.9	108	81	7	245	48	10	10	30	1.71
21064267--21064306	21	2.0	20	85	5	53	47	12	0	40	1.41
21065279--21065354	9	8.6	9	76	11	50	9	17	1	72	1.17
21065297--21065355	24	2.5	24	84	12	79	6	13	1	77	1.03
21065297--21065355	7	7.6	8	78	16	54	6	13	1	77	1.03
21065316--21065356	9	4.8	9	85	14	52	9	12	0	78	0.98
21069914--21069979	4	16.2	4	78	9	62	71	6	3	19	1.21
21069947--21069984	20	1.9	20	88	0	58	73	7	5	13	1.22
21071108--21071163	26	2.2	26	83	0	67	41	3	14	41	1.63
21071515--21071651	62	2.2	61	81	3	159	35	2	21	40	1.65
21072364--21072402	18	2.1	18	85	4	51	71	10	7	10	1.30
21074276--21074325	20	2.5	20	83	3	55	56	2	2	40	1.22
21074728--21074943	118	1.8	118	96	0	405	36	20	9	32	1.86
21076123--21076174	25	2.1	25	89	7	79	46	0	1	51	1.12
21079924--21079970	24	2.0	24	83	8	60	40	4	0	55	1.19
21087974--21088009	2	18.0	2	94	0	63	0	47	0	52	1.00
21088009--21088052	2	22.0	2	95	0	79	50	47	0	2	1.13
21090582--21090666	44	1.9	44	90	0	134	35	24	12	27	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21093225--21093264	21	1.9	21	84	0	53	42	20	7	30	1.79
21094502--21094554	17	3.1	17	76	10	54	67	0	0	32	0.91
21094476--21094554	35	2.3	36	82	6	92	65	0	0	34	0.93
21096856--21096921	30	2.2	30	83	2	80	51	9	1	37	1.43
21100922--21101033	58	1.9	58	94	0	197	27	21	23	27	1.99
21102101--21102128	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
21104503--21104648	71	2.1	71	96	2	267	33	13	18	34	1.89
21105013--21105041	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
21105491--21105547	26	2.1	28	83	6	73	56	0	0	43	0.99
21105498--21105540	19	2.3	18	88	4	59	58	0	0	41	0.98
21105458--21105562	34	3.2	31	76	18	90	51	1	0	45	1.18
21105574--21105655	42	2.0	42	82	4	103	45	1	3	50	1.27
21105587--21105656	21	3.4	21	78	9	81	45	1	4	48	1.30
21105657--21105699	22	1.9	23	85	4	61	39	4	2	53	1.34
21105830--21105918	41	2.3	38	76	14	90	51	1	2	44	1.21
21105840--21105921	42	2.0	41	87	2	119	50	1	2	46	1.22
21121328--21121382	3	18.3	3	100	0	110	65	0	0	34	0.93
21121811--21121861	16	3.5	15	80	17	54	27	1	1	68	1.11
21121810--21121862	22	2.4	22	78	15	65	30	1	1	66	1.13
21121811--21121862	15	3.6	14	85	12	61	28	1	1	67	1.12
21121811--21121862	7	7.1	7	79	16	61	28	1	1	67	1.12
21121874--21121927	19	2.8	18	76	20	56	50	1	0	48	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21125959--21126036	8	9.5	8	81	15	97	78	0	12	8	0.97
21125959--21126036	16	4.7	17	85	9	108	78	0	12	8	0.97
21125959--21126037	33	2.4	33	87	8	108	78	0	12	8	0.96
21125965--21126046	42	1.9	44	90	9	134	78	0	13	8	0.97
21127059--21127351	42	7.1	42	86	4	384	24	16	21	37	1.93
21127059--21127351	83	3.6	83	86	4	382	24	16	21	37	1.93
21127057--21127351	125	2.4	122	85	5	396	24	16	21	37	1.93
21127359--21127406	11	4.7	10	85	10	62	87	12	0	0	0.54
21127364--21127407	12	3.7	12	82	17	56	86	13	0	0	0.57
21127358--21127407	14	3.5	15	86	2	68	86	14	0	0	0.58
21127608--21127652	3	15.0	3	82	17	58	28	0	2	68	1.01
21127763--21127822	24	2.4	25	81	13	61	21	5	3	70	1.22
21127795--21127839	18	2.4	18	81	3	54	22	8	4	64	1.40
21127891--21128057	86	1.9	86	100	0	334	34	13	25	26	1.93
21128364--21128402	11	3.5	11	89	0	51	17	20	30	30	1.96
21128820--21128859	17	2.4	16	84	8	53	22	5	0	72	1.04
21128846--21128893	17	2.8	17	78	9	53	12	6	2	79	1.01
21128846--21128903	14	4.2	14	76	8	57	13	6	1	77	1.05
21128869--21128908	14	2.5	17	73	23	50	15	10	0	75	1.05
21128930--21129145	58	3.7	58	91	0	335	46	6	11	36	1.64
21133913--21133970	28	2.0	29	90	3	91	50	12	5	32	1.62
21138525--21138553	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21143856--21143908	7	7.6	7	81	12	56	73	1	1	22	1.03
21143864--21143918	28	1.9	29	85	3	76	76	0	1	21	0.88
21143864--21143919	14	3.7	15	76	13	53	75	0	1	23	0.90
21144346--21144373	3	9.3	3	100	0	56	35	0	0	64	0.94
21145018--21145057	16	2.5	17	84	15	59	27	0	5	67	1.11
21145015--21145155	70	2.1	65	82	10	167	28	2	4	65	1.23
21145195--21145239	18	2.4	18	81	3	54	22	8	4	64	1.40
21146059--21146101	14	3.2	12	84	15	50	11	0	4	83	0.78
21146113--21146152	17	2.4	16	84	8	53	22	5	0	72	1.04
21146139--21146186	17	2.8	17	78	9	53	12	6	2	79	1.01

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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