genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42799318

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29--255	114	2.0	114	99	0	445	25	25	29	18	1.98
4978--5041	32	2.0	32	100	0	128	40	15	18	25	1.90
20613--20651	20	1.9	21	89	5	62	43	12	0	43	1.42
27225--27403	84	2.1	83	88	4	261	20	20	25	34	1.97
30463--30487	13	1.9	13	100	0	50	40	28	8	24	1.83
33075--33183	42	2.6	42	82	2	130	22	21	32	23	1.98
38582--38610	14	2.0	15	93	6	51	0	41	0	58	0.98
47310--47398	27	3.3	27	84	9	119	23	38	19	19	1.93
47418--47481	27	2.4	27	78	0	65	32	32	14	20	1.92
49525--49551	14	1.9	14	100	0	54	51	18	7	22	1.70
50982--51051	26	2.7	26	84	6	88	21	18	31	28	1.97
51711--51739	13	2.3	13	94	5	51	44	13	0	41	1.44
56474--56507	15	2.3	15	89	0	50	35	29	32	2	1.73
60246--60307	10	5.9	10	74	10	52	33	32	3	30	1.74
60246--60308	21	3.0	21	88	2	90	33	33	3	30	1.74
66327--66510	41	4.5	41	81	0	206	35	15	27	22	1.94
74537--75314	114	6.9	113	75	10	587	32	19	21	26	1.97
74836--75111	115	2.5	105	80	14	290	30	17	23	28	1.97
74894--75314	115	3.7	113	79	8	401	33	17	20	28	1.95
74560--75225	334	2.0	332	79	7	717	32	19	21	27	1.97
75230--75460	84	2.9	75	79	11	209	33	19	20	26	1.97
75854--75905	7	7.3	7	73	4	50	17	1	40	40	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76846--76967	23	5.3	23	76	11	124	18	40	1	39	1.61
76848--76969	46	2.7	46	92	0	190	19	40	1	38	1.62
77105--77138	12	2.8	12	90	4	50	5	8	20	64	1.43
78141--78180	21	1.9	21	94	0	71	17	2	37	42	1.63
78142--78189	21	2.3	21	85	7	62	18	4	35	41	1.70
78153--78233	29	2.8	30	73	14	80	27	3	33	35	1.75
78985--79052	23	3.0	22	75	16	66	17	41	1	39	1.59
80569--80601	15	2.2	15	94	0	57	39	3	3	54	1.31
80758--81044	9	33.4	9	73	15	189	49	19	2	28	1.61
80795--80839	19	2.3	19	84	3	54	51	20	4	24	1.66
80873--81055	25	7.2	25	87	2	258	47	21	1	29	1.60
80781--81055	16	16.1	17	73	13	158	50	19	2	27	1.59
80877--81055	34	5.3	35	76	12	153	47	21	1	29	1.60
84365--84707	40	8.6	40	88	3	424	26	27	20	25	1.99
84639--84716	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
86156--86224	21	3.3	21	89	0	102	33	21	43	1	1.62
86682--86971	43	6.8	43	84	3	345	24	23	20	32	1.98
87458--87516	21	2.7	22	79	10	59	52	3	1	42	1.28
87508--87564	28	2.0	29	89	3	89	56	0	3	40	1.17
87483--87575	11	8.9	11	75	18	92	54	0	3	41	1.16
87489--87635	51	3.1	51	81	12	145	59	0	2	37	1.12
87510--87635	42	3.1	42	87	5	161	60	0	2	37	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92748--92974	81	2.8	81	97	2	418	35	21	10	33	1.87
94526--94574	2	24.5	2	91	0	80	51	44	0	4	1.20
94525--94586	10	6.3	10	88	1	72	48	41	0	9	1.36
94746--94803	26	2.2	26	87	0	80	22	20	24	32	1.98
96088--96118	15	2.1	15	93	0	53	22	6	9	61	1.50
97257--97359	29	3.6	29	67	10	77	36	31	10	21	1.88
97229--97349	56	2.2	56	89	0	179	38	28	13	19	1.89
105980--106011	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36
106239--106482	50	4.8	50	87	5	357	30	29	15	24	1.95
106229--106479	101	2.5	101	96	0	457	30	29	15	24	1.96
106229--106509	101	2.8	99	91	2	359	29	30	15	24	1.95
116171--116293	50	2.4	50	86	2	174	33	15	13	37	1.87
118447--118502	18	3.0	18	72	15	51	67	1	21	8	1.27
120505--120603	50	1.9	52	90	8	159	31	14	13	41	1.83
122139--122173	18	1.9	18	88	0	52	25	20	5	48	1.71
122323--122389	25	2.6	25	77	17	66	31	22	20	25	1.98
126530--126584	27	2.0	27	96	0	101	20	18	20	41	1.90
126735--126765	15	2.1	15	93	0	53	19	25	6	48	1.72
126986--127382	50	7.9	49	80	4	353	23	27	20	27	1.99
127036--127374	100	3.3	100	84	4	403	23	29	20	26	1.99
127056--127382	150	2.1	154	84	3	419	22	29	21	27	1.99
132992--133051	29	2.1	29	100	0	120	21	20	16	41	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
137142--137181	21	1.9	21	94	0	71	35	15	17	32	1.91
140952--141044	40	2.3	40	81	0	96	18	21	22	37	1.94
146170--146205	6	6.0	6	100	0	72	33	16	33	16	1.92
146854--146908	24	2.2	24	84	9	67	47	0	1	50	1.11
147044--147138	45	2.1	44	86	1	127	33	26	6	33	1.82
147119--147170	16	3.2	16	94	0	86	34	36	0	28	1.58
150136--150172	18	2.0	19	94	5	67	32	8	5	54	1.53
150138--150177	18	2.2	18	86	8	55	35	7	7	50	1.59
151900--151929	11	2.8	11	95	5	53	23	16	0	60	1.36
154540--154569	12	2.4	12	94	5	51	50	20	0	30	1.49
156876--156901	13	2.0	13	100	0	52	38	30	0	30	1.58
158884--159142	29	8.9	29	78	2	205	22	28	13	35	1.92
158884--159157	87	3.1	87	79	5	275	21	28	14	35	1.93
164978--165015	20	1.9	20	100	0	76	18	26	15	39	1.91
165009--165075	20	3.3	20	76	0	71	20	16	22	40	1.91
164986--165123	40	3.5	40	83	6	156	18	18	21	41	1.91
167844--167923	40	2.0	40	87	0	115	25	32	12	30	1.92
170101--170148	25	1.9	25	82	0	60	39	8	4	47	1.53
173130--173253	24	5.2	24	74	3	97	24	20	24	31	1.98
177211--177279	25	2.7	25	88	8	95	28	23	24	23	1.99
177701--177759	29	2.0	29	93	0	100	44	5	8	42	1.57
179752--179869	24	4.9	24	75	0	119	24	21	21	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
179751--179886	24	5.7	24	73	6	98	25	19	21	33	1.97
179752--179901	48	3.1	48	79	1	158	25	21	20	33	1.97
182961--183237	148	1.9	148	87	0	410	32	20	15	31	1.94
187887--187930	19	2.2	20	88	8	72	38	25	9	27	1.86
189751--189775	13	1.9	13	100	0	50	32	24	32	12	1.91
192731--192925	50	3.8	50	80	4	201	26	21	28	23	1.99
193176--193214	12	3.2	12	85	0	51	51	5	23	20	1.67
199206--199284	39	2.0	39	92	0	131	36	2	18	41	1.65
200281--200358	37	2.1	37	92	2	131	29	0	0	70	0.87
200318--200347	14	2.1	14	100	0	60	13	0	0	86	0.57
200330--200378	25	2.0	25	87	0	71	34	0	2	63	1.06
201179--201832	326	2.0	326	100	0	1308	37	15	16	30	1.90
204233--204290	22	2.6	22	86	5	73	51	3	5	39	1.41
210665--210709	23	2.0	23	86	4	65	46	17	2	33	1.61
210662--210719	22	2.6	22	84	7	73	43	18	1	36	1.61
216385--216436	26	1.9	27	92	7	88	19	11	15	53	1.71
218693--218763	26	2.7	26	86	0	97	21	26	23	28	1.99
222926--222987	27	2.3	27	88	0	97	46	11	8	33	1.69
223814--223906	19	5.1	19	70	17	79	32	10	12	44	1.77
223795--223943	54	2.8	54	92	0	253	33	11	13	41	1.80
225251--225284	18	1.9	18	88	5	52	5	14	14	64	1.46
233925--234049	36	3.5	35	79	4	115	12	14	34	39	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
240371--240413	21	2.0	21	100	0	86	34	13	0	51	1.42
243921--243955	18	1.9	18	100	0	70	22	34	14	28	1.93
247540--247590	23	2.2	23	92	0	84	27	9	21	41	1.84
253465--253674	40	5.3	39	89	4	242	25	21	27	25	1.99
253412--253674	120	2.2	120	82	4	309	25	21	27	25	1.99
253413--253709	80	3.7	80	81	6	230	26	21	27	24	1.99
261411--261620	40	5.3	39	89	4	242	25	21	27	25	1.99
261358--261620	120	2.2	120	82	4	309	25	21	27	25	1.99
261359--261655	80	3.7	80	81	6	230	26	21	27	24	1.99
265499--265531	17	1.9	17	93	0	57	42	0	3	54	1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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