genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.85.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42799318

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24293423--24293468	18	2.5	19	75	10	51	26	10	2	60	1.41
24305736--24306659	156	5.9	157	87	5	1266	39	11	14	34	1.82
24305736--24306659	459	2.0	466	86	4	1306	39	11	14	34	1.82
24307073--24307381	157	2.0	155	85	2	422	38	10	14	36	1.80
24307738--24307846	41	2.7	41	92	0	182	18	21	29	31	1.97
24308188--24308265	22	3.7	20	79	8	75	26	1	23	48	1.58
24308212--24308300	7	12.6	7	73	2	61	22	1	29	47	1.59
24308168--24308301	21	6.3	21	73	8	74	25	1	26	46	1.62
24308315--24308378	21	3.0	21	76	19	69	21	0	42	35	1.54
24308486--24308524	17	2.4	17	95	4	71	53	0	0	46	1.00
24308711--24308751	21	1.9	22	85	5	57	21	0	39	39	1.54
24308732--24308760	8	3.8	8	90	9	51	13	0	48	37	1.43
24309161--24309245	39	2.2	39	86	0	116	38	18	21	21	1.93
24309994--24310075	38	2.2	38	86	4	112	20	15	8	54	1.67
24313424--24313688	43	6.2	43	91	0	442	22	18	32	26	1.97
24313424--24313688	86	3.1	86	96	0	487	22	18	32	26	1.97
24313758--24313802	22	2.1	21	87	4	63	42	26	17	13	1.86
24314664--24314688	7	3.6	7	100	0	50	76	0	0	24	0.80
24314794--24314822	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
24321326--24321373	17	2.7	17	87	9	62	58	2	2	37	1.22
24330446--24330680	52	4.5	52	78	0	209	38	27	14	20	1.91
24330495--24330680	78	2.4	78	80	1	212	36	27	15	20	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24330444--24330689	26	9.4	26	73	3	163	38	26	14	21	1.91
24343604--24343633	14	2.2	13	94	5	51	53	0	16	30	1.44
24344680--24344737	19	3.1	19	77	7	64	51	0	3	44	1.18
24344741--24344795	9	5.9	9	75	8	56	63	3	1	30	1.22
24344691--24344796	19	5.7	19	71	11	76	57	2	1	37	1.24
24344981--24345058	10	7.8	10	68	16	54	29	3	1	65	1.18
24344971--24345051	28	2.9	29	75	17	82	32	3	1	62	1.20
24345003--24345044	19	2.2	19	86	0	57	30	4	0	64	1.14
24351748--24351800	26	2.1	24	83	13	63	67	0	1	30	1.01
24358930--24358973	16	2.9	14	80	12	52	52	0	4	43	1.22
24360552--24360596	2	22.5	2	100	0	90	51	0	48	0	1.00
24362979--24363137	21	7.6	21	69	5	97	43	17	22	16	1.88
24362981--24363137	42	3.7	43	80	6	178	43	17	21	17	1.87
24363897--24363931	17	2.0	18	88	5	54	68	8	2	20	1.29
24365369--24365393	11	2.3	11	100	0	50	24	0	0	76	0.80
24365416--24365466	21	2.4	21	75	15	52	29	1	3	64	1.22
24385713--24385749	17	2.1	18	85	14	51	24	2	2	70	1.14
24388842--24388909	28	2.4	28	87	0	91	32	20	29	17	1.96
24389380--24389452	27	2.7	27	73	10	69	31	23	13	31	1.93
24391181--24391400	109	2.0	109	99	0	431	11	32	6	49	1.64
24396173--24396219	20	2.3	20	81	0	58	8	23	19	48	1.75
24397166--24397268	9	11.4	9	83	4	118	27	8	21	42	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24401050--24401082	17	2.1	16	88	11	50	63	0	6	30	1.18
24401757--24401793	9	4.1	9	85	0	56	29	8	13	48	1.71
24405168--24405207	17	2.4	17	86	0	53	32	7	0	60	1.25
24415758--24415785	10	2.8	10	100	0	56	39	28	0	32	1.57
24417286--24417326	22	1.9	21	85	14	57	31	2	12	53	1.51
24428291--24428396	11	10.4	11	69	19	68	38	3	0	57	1.17
24428302--24428359	20	2.8	20	78	19	66	36	3	0	60	1.14
24428281--24428388	49	2.2	47	87	9	146	38	2	0	58	1.13
24428355--24428387	16	2.0	17	94	5	59	39	0	0	60	0.97
24428277--24428406	39	3.3	39	80	5	172	35	3	0	61	1.12
24430785--24430870	40	2.2	40	97	0	163	31	17	15	36	1.91
24438680--24438714	15	2.2	16	90	5	54	42	0	2	54	1.15
24439093--24439160	27	2.5	26	71	15	66	41	10	2	45	1.53
24445547--24445861	41	7.7	41	90	1	488	28	20	27	22	1.99
24456424--24456481	26	2.2	26	88	11	84	60	0	6	32	1.23
24457124--24457181	31	1.9	29	86	6	80	32	1	3	62	1.22
24457123--24457190	31	2.2	32	79	12	79	35	4	2	57	1.34
24461126--24461176	25	2.1	24	82	13	61	58	13	1	25	1.46
24470689--24470728	20	2.0	20	85	0	53	25	10	15	50	1.74
24471377--24472019	321	2.0	321	99	0	1259	39	17	13	29	1.89
24472259--24472292	11	3.1	11	100	0	68	44	8	11	35	1.72
24473161--24473194	16	2.1	16	94	0	59	52	0	35	11	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24493286--24493325	18	2.2	19	86	13	57	57	0	37	5	1.21
24493936--24493997	30	2.1	31	81	6	74	51	4	3	40	1.39
24497100--24497150	22	2.3	22	81	18	61	27	5	5	60	1.43
24502539--24502580	21	2.0	21	90	0	66	40	23	0	35	1.55
24502550--24502582	11	3.1	11	86	8	50	36	33	0	30	1.58
24511158--24511255	25	3.9	25	77	10	92	22	21	20	35	1.96
24511146--24511259	50	2.3	50	84	3	149	24	21	21	33	1.97
24511147--24511279	50	2.7	49	80	4	142	26	22	19	31	1.98
24511438--24511499	31	2.1	30	82	17	76	48	8	14	29	1.72
24519343--24519375	12	2.8	12	95	0	57	36	9	0	54	1.32
24521661--24521703	2	21.5	2	100	0	86	0	51	0	48	1.00
24524048--24524135	44	2.0	44	97	0	167	25	5	29	39	1.78
24529107--24529300	107	1.8	107	90	2	318	32	18	17	31	1.94
24529754--24529779	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
24529898--24529943	3	15.3	3	81	0	56	58	0	0	41	0.98
24529898--24529943	6	7.7	6	97	0	65	58	0	0	41	0.98
24530100--24530149	7	7.1	7	100	0	100	72	0	0	28	0.86
24533605--24533661	20	2.9	21	80	17	61	21	1	7	70	1.20
24536891--24536945	19	3.0	18	74	10	58	76	0	5	18	0.97
24537016--24537047	8	3.9	8	92	8	55	75	0	3	21	0.95
24537016--24537047	17	1.9	16	93	6	55	75	0	3	21	0.95
24537016--24537053	17	2.2	18	86	13	53	73	0	2	23	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24537723--24537756	11	3.1	11	91	0	50	41	38	0	20	1.53
24538168--24538217	26	1.9	26	95	0	91	10	0	30	60	1.30
24539806--24540000	98	2.0	98	95	0	354	36	25	10	27	1.88
24540240--24540276	19	1.9	19	88	0	56	54	8	5	32	1.53
24541614--24541836	44	5.1	44	67	8	121	23	27	21	27	1.99
24541579--24541910	132	2.5	132	97	0	628	22	26	21	29	1.99
24543176--24543223	20	2.4	19	86	10	69	4	0	8	87	0.66
24543784--24543846	32	2.0	32	96	0	117	39	14	19	26	1.90
24547526--24547720	98	2.0	98	95	0	354	36	24	10	28	1.88
24548099--24548414	158	2.0	158	99	0	623	39	16	12	31	1.85
24548556--24548629	19	3.7	21	89	10	120	37	13	9	39	1.77
24548549--24548630	40	2.2	37	84	8	112	37	14	8	39	1.77
24552102--24552236	58	2.3	57	86	5	182	43	0	2	52	1.21
24552404--24552459	16	3.5	16	85	4	78	30	21	5	42	1.75
24553583--24553631	11	4.5	11	85	7	64	22	28	0	48	1.50
24553583--24553631	23	2.2	22	82	10	64	22	28	0	48	1.50
24555760--24555808	21	2.3	22	82	10	66	32	42	22	2	1.65
24555907--24555981	34	2.3	33	77	6	80	41	4	8	46	1.52
24557182--24557506	96	3.4	94	81	6	341	41	17	2	38	1.64
24557505--24557564	27	2.1	29	84	6	79	50	36	0	13	1.42
24558114--24558183	27	2.6	27	83	0	95	24	34	34	7	1.83
24558216--24558270	13	3.9	13	75	15	56	65	0	34	0	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24558236--24558318	20	4.0	20	71	11	67	63	0	36	0	0.94
24558236--24558282	5	9.4	5	77	9	51	65	0	34	0	0.93
24558713--24558982	132	2.1	130	85	5	357	49	10	12	27	1.74
24558845--24559905	157	6.9	155	86	6	1382	51	8	10	29	1.66
24558845--24559905	309	3.5	307	85	6	1388	51	8	10	29	1.66
24558847--24559895	457	2.3	459	87	4	1465	51	8	10	29	1.66
24561529--24561571	12	3.6	12	90	0	59	25	39	27	6	1.81
24565077--24565292	39	5.4	38	70	15	118	50	12	4	32	1.60
24565159--24565205	23	2.0	23	84	8	60	59	14	2	23	1.46
24568992--24569021	15	2.0	15	93	0	51	23	6	6	63	1.43

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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