genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.88.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42799318

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24966793--24966850	19	2.8	20	84	10	64	39	17	6	36	1.76
24968145--24968184	21	1.9	21	89	0	62	42	12	2	42	1.56
24971081--24971149	36	1.9	36	96	0	129	20	18	8	52	1.72
24973593--24973665	30	2.5	30	84	6	96	53	4	1	41	1.28
24974509--24974593	28	3.0	29	74	5	68	31	1	8	58	1.35
24974785--24974811	10	2.7	10	100	0	54	18	37	11	33	1.86
24976431--24976487	22	2.6	22	77	0	69	38	7	1	52	1.39
24976449--24976498	26	2.0	25	84	4	64	32	10	2	56	1.44
24977254--24977456	107	1.9	106	88	3	309	26	15	21	36	1.93
24981469--24981505	12	2.9	13	88	8	58	81	8	0	10	0.89
24981920--24981944	6	4.2	6	100	0	50	68	0	16	16	1.22
24981914--24981952	14	2.9	14	81	18	55	71	0	15	12	1.14
24983184--24983589	89	4.6	87	87	2	485	29	22	24	23	1.99
24983527--24983644	56	2.1	55	93	3	200	33	23	25	17	1.97
24983671--24983852	44	4.2	43	73	4	141	31	21	24	22	1.98
24985519--24985575	22	2.6	22	77	0	69	38	7	1	52	1.39
24985537--24985586	26	2.0	25	84	4	64	32	10	2	56	1.44
24986343--24986545	107	1.9	106	88	3	309	26	15	21	36	1.93
24989777--24989819	21	2.1	21	86	4	61	30	20	2	46	1.63
24991781--24991832	24	2.2	25	79	10	63	53	1	5	38	1.36
24991787--24991842	24	2.4	24	84	3	78	51	1	5	41	1.35
24995838--24995868	3	10.3	3	100	0	62	0	0	32	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25001774--25001840	29	2.3	30	92	5	111	32	2	14	49	1.59
25007331--25007379	14	3.2	14	80	13	53	51	0	2	46	1.12
25007318--25007379	32	1.9	32	87	12	92	53	1	1	43	1.20
25012593--25012649	25	2.2	27	93	6	100	59	3	5	31	1.36
25014201--25014231	16	1.9	16	93	0	53	35	3	0	61	1.12
25016596--25016625	5	6.0	5	100	0	60	20	60	20	0	1.37
25018841--25018889	10	4.7	10	80	9	53	81	2	10	6	0.94
25021765--25021798	13	2.7	13	95	4	61	52	20	0	26	1.46
25022500--25022547	4	11.5	4	82	12	53	75	2	18	4	1.07
25022543--25022595	3	17.7	3	100	0	106	67	0	32	0	0.91
25027176--25027224	25	1.9	26	87	4	73	73	6	16	4	1.19
25033173--25033213	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
25038170--25038194	13	1.9	13	100	0	50	44	16	8	32	1.76
25042891--25043017	30	4.3	30	80	6	132	39	21	3	36	1.69
25042891--25043032	30	4.8	30	79	6	128	38	22	4	34	1.74
25042891--25043035	59	2.4	58	78	6	148	37	22	4	35	1.75
25043385--25043425	20	2.1	19	86	4	55	80	0	19	0	0.71
25043637--25043680	19	2.3	19	88	4	61	52	31	11	4	1.57
25043843--25043875	9	3.7	9	84	15	50	84	0	15	0	0.61
25044032--25044070	5	7.6	5	91	5	51	30	2	0	66	1.05
25044031--25044084	27	2.0	27	82	10	67	35	3	0	61	1.14
25044204--25044243	19	2.1	19	85	0	53	25	10	10	55	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25045926--25046244	107	3.0	107	89	2	471	31	17	19	31	1.95
25048625--25049187	44	13.4	44	78	12	612	22	20	23	33	1.98
25048625--25049183	212	2.7	211	87	5	762	22	20	23	32	1.98
25048650--25049187	84	6.4	84	88	5	713	22	21	23	32	1.98
25048650--25049187	128	4.3	128	83	7	708	22	21	23	32	1.98
25049192--25050044	95	9.0	95	90	0	1266	29	23	17	30	1.97
25049215--25050044	376	2.2	374	90	3	1139	29	22	17	29	1.97
25049850--25050269	231	1.8	229	91	1	687	30	21	17	30	1.96
25049661--25050502	421	2.0	414	89	2	1272	30	22	17	29	1.96
25049754--25050370	326	1.9	324	89	1	966	30	22	16	29	1.96
25050078--25050448	95	4.0	95	86	5	499	30	20	18	30	1.96
25050279--25050460	90	2.0	89	91	2	294	29	22	19	28	1.98
25049792--25050502	326	2.2	324	81	5	754	30	22	17	29	1.97
25050475--25050592	44	2.6	45	81	10	127	24	20	25	29	1.99
25050571--25050712	44	3.2	44	64	16	114	24	22	23	28	1.99
25051626--25051675	13	3.8	13	77	12	50	0	18	4	78	0.91
25051624--25051686	32	2.1	29	85	8	81	0	19	3	77	0.90
25051626--25051685	6	9.8	6	79	15	54	0	16	3	80	0.85
25051640--25051684	19	2.2	21	84	7	58	0	13	4	82	0.82
25052132--25052188	26	2.2	26	84	3	80	5	0	10	84	0.77
25052138--25052184	8	5.6	8	85	9	51	6	0	8	85	0.75
25052127--25052188	6	10.8	6	78	13	51	6	0	9	83	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25053437--25053479	21	2.1	20	83	12	52	53	4	13	27	1.60
25055460--25055484	6	4.2	6	100	0	50	36	0	16	48	1.46
25056324--25056424	52	1.9	53	97	2	195	41	36	1	19	1.63
25057267--25057426	69	2.3	69	87	4	216	47	17	11	23	1.80
25058047--25058083	19	2.0	19	94	5	67	35	21	5	37	1.77
25061919--25061959	6	6.8	6	94	0	64	17	26	0	56	1.41
25063624--25063667	20	2.2	20	87	0	61	34	6	9	50	1.61
25068820--25068883	30	2.1	31	85	2	85	26	4	10	57	1.52
25068966--25069005	18	2.2	18	86	8	55	20	0	12	67	1.22
25069006--25069038	11	2.9	12	86	13	52	66	0	0	33	0.92
25072131--25072165	15	2.3	15	90	0	52	22	17	20	40	1.92
25074209--25074247	21	1.9	20	84	5	51	48	10	17	23	1.78
25074608--25074664	28	2.1	28	83	9	73	33	8	3	54	1.48
25076129--25076265	66	2.0	68	87	4	197	44	10	8	36	1.69
25079087--25079137	20	2.7	20	79	14	63	60	0	0	39	0.97
25079231--25079275	19	2.5	17	79	13	54	64	15	2	17	1.39
25080830--25080937	40	2.7	38	78	13	103	52	0	0	45	1.13
25080830--25080918	38	2.3	39	83	13	103	53	1	1	43	1.15
25081339--25081481	31	4.7	30	78	8	110	27	12	16	43	1.84
25081359--25081502	60	2.4	60	77	9	150	26	10	19	43	1.83
25081739--25081764	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
25086489--25086532	22	2.0	21	87	12	63	38	0	47	13	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25088337--25088385	18	2.7	18	75	12	55	59	0	2	38	1.09
25093181--25093205	4	6.2	4	100	0	50	0	24	0	76	0.80
25095387--25095423	17	2.1	19	90	10	60	70	0	0	29	0.88
25112042--25112162	5	24.4	5	77	14	126	21	2	0	76	0.91
25112053--25112179	25	5.1	25	92	4	204	22	2	0	74	0.93
25113342--25113545	111	1.8	112	86	1	293	30	11	24	34	1.90
25125357--25125630	43	6.3	43	84	5	236	28	21	21	28	1.98
25126072--25126132	21	2.9	21	87	0	77	1	44	19	34	1.61
25130139--25130190	27	1.9	27	84	0	68	48	9	0	42	1.36
25132201--25132380	82	2.2	82	91	2	290	36	23	24	15	1.94
25132201--25132381	41	4.4	41	86	4	258	36	23	24	15	1.94
25132442--25132534	40	2.4	39	80	8	100	16	29	22	32	1.95
25135126--25135192	23	2.8	24	72	9	64	2	28	20	47	1.65
25135320--25135411	47	2.0	47	100	0	184	23	13	8	54	1.66
25139213--25139301	21	4.0	22	70	11	65	34	4	0	60	1.17
25139212--25139273	10	6.1	10	73	17	56	37	3	0	59	1.13
25139244--25139319	37	2.0	38	85	7	102	38	6	0	55	1.26
25145683--25145716	13	2.7	13	90	4	52	0	23	0	76	0.79
25145641--25145717	15	5.1	15	72	17	54	1	28	0	70	0.96
25145739--25145791	15	3.7	14	90	10	81	1	37	0	60	1.08
25146387--25146429	23	1.9	22	85	4	59	27	4	2	65	1.25
25154801--25154837	3	12.3	3	100	0	74	64	0	35	0	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25156144--25156802	110	6.0	110	92	1	1052	33	19	15	30	1.93
25156851--25157065	108	2.0	110	89	1	335	32	19	16	32	1.94
25156586--25157092	263	1.9	265	93	1	885	33	17	16	32	1.92
25157173--25157208	18	2.1	17	89	5	54	72	8	5	13	1.27
25157719--25157762	21	2.2	20	83	4	52	56	0	6	36	1.26
25157556--25157894	180	1.9	181	98	0	662	54	6	11	26	1.60
25159012--25159188	88	2.0	91	94	3	315	44	1	8	45	1.44
25159023--25159208	88	2.1	91	87	5	272	43	3	6	46	1.46
25159884--25159913	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
25160824--25160956	41	3.2	41	93	0	212	24	21	24	29	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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