genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42799318

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23047962--23047988	11	2.5	11	100	0	54	85	0	14	0	0.61
23048160--23048204	3	15.3	3	95	4	83	68	0	0	31	0.89
23048209--23048274	29	2.3	29	76	10	73	57	4	15	22	1.56
23048525--23048566	22	2.0	20	86	9	57	78	2	14	4	1.01
23051672--23051730	31	1.9	31	92	0	100	52	6	13	27	1.65
23053227--23053256	6	5.0	6	91	0	51	83	0	3	13	0.77
23063276--23063339	33	2.0	32	90	3	101	39	25	9	26	1.86
23075413--23075460	25	1.9	25	86	0	69	29	27	27	16	1.97
23075417--23075483	25	2.7	25	78	0	62	28	23	25	22	1.99
23079659--23079758	49	2.0	49	100	0	200	24	20	18	38	1.93
23085349--23085399	26	2.0	26	96	0	93	21	27	11	39	1.88
23087890--23087915	12	2.2	12	100	0	52	26	30	7	34	1.85
23096735--23096776	13	3.5	13	75	18	54	50	11	0	38	1.40
23096735--23096779	23	2.0	23	100	0	90	48	11	0	40	1.39
23100173--23100197	8	3.1	8	100	0	50	84	0	0	16	0.63
23102110--23102134	6	4.2	6	100	0	50	36	48	0	16	1.46
23118005--23118119	11	10.3	11	67	17	67	56	0	1	41	1.09
23118031--23118107	23	3.4	23	78	10	104	59	0	2	37	1.11
23118010--23118119	45	2.4	45	100	0	220	57	0	1	40	1.09
23121122--23121167	18	2.6	18	89	0	65	23	23	8	43	1.82
23125431--23125495	21	3.1	21	80	4	78	38	16	27	16	1.91
23125410--23125548	42	3.3	42	81	6	156	43	17	23	15	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23127432--23127958	126	4.2	126	87	1	696	28	17	15	38	1.91
23127432--23127958	253	2.1	252	87	0	739	28	17	15	38	1.91
23128058--23128175	34	3.5	34	83	2	148	41	17	0	40	1.50
23128689--23128741	28	2.0	26	81	7	61	54	3	5	35	1.42
23128942--23128972	16	1.9	16	93	0	53	54	9	3	32	1.49
23130173--23130205	2	16.5	2	100	0	66	0	51	0	48	1.00
23149716--23149741	13	2.0	13	100	0	52	15	0	0	84	0.62
23150278--23150309	5	6.2	5	96	3	55	18	3	0	78	0.89
23153702--23153842	72	2.0	72	90	2	221	27	14	16	41	1.88
23167192--23167238	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
23173427--23173575	75	2.0	75	98	0	289	32	21	20	24	1.97
23180654--23180693	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
23183539--23183576	16	2.2	17	90	9	60	44	0	2	52	1.14
23195387--23196240	427	2.0	427	100	0	1708	46	9	8	36	1.66
23198479--23198505	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
23201866--23201897	3	10.7	3	93	0	55	37	0	0	62	0.95
23206379--23206415	11	3.4	11	84	0	56	43	16	0	40	1.48
23207656--23207720	32	2.0	32	100	0	130	38	15	18	27	1.91
23212133--23212206	36	2.0	39	82	12	93	35	6	10	47	1.65
23218284--23218310	11	2.5	11	100	0	54	22	7	18	51	1.70
23219711--23219905	93	2.1	92	88	4	286	44	4	4	47	1.41
23219883--23219981	52	2.0	52	80	11	118	45	6	2	46	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23219938--23219971	17	2.0	17	94	0	59	44	5	0	50	1.26
23219943--23219990	17	3.0	16	79	17	55	45	6	2	45	1.40
23220031--23220065	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
23220031--23220072	17	2.5	17	85	14	52	45	0	0	54	0.99
23220011--23220289	143	1.9	143	88	4	380	47	2	3	46	1.34
23220050--23220288	77	3.2	77	64	18	178	46	3	3	46	1.35
23220174--23220208	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
23220370--23220464	45	2.1	44	90	1	145	32	28	5	33	1.80
23220443--23220475	16	2.1	16	94	0	57	30	36	0	33	1.58
23229213--23229264	15	3.2	15	73	19	50	44	0	1	53	1.11
23229298--23229363	16	4.6	14	75	17	64	40	0	1	57	1.08
23235050--23235084	18	1.9	18	94	0	61	25	31	8	34	1.86
23235507--23235593	44	2.0	45	90	2	140	37	0	12	49	1.41
23235649--23235676	6	4.7	6	100	0	56	35	50	0	14	1.43
23235618--23235705	41	2.1	42	95	2	160	43	34	0	22	1.54
23235661--23236097	29	15.4	29	86	6	612	45	26	0	28	1.57
23235661--23236106	117	3.9	115	85	7	601	45	25	0	28	1.57
23235661--23236097	146	3.1	146	86	6	623	45	26	0	28	1.57
23236017--23236059	23	2.0	20	95	4	59	48	18	2	30	1.60
23236076--23236121	22	2.2	20	88	11	67	45	28	0	26	1.54
23236123--23236338	116	1.9	116	93	1	373	39	8	9	43	1.67
23239008--23239485	126	3.8	126	92	1	764	33	21	15	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23241022--23241050	14	2.0	15	93	6	51	17	0	0	82	0.66
23244821--23244855	18	2.0	18	88	5	54	57	0	2	40	1.14
23249464--23249610	11	13.9	11	73	21	104	57	0	2	40	1.13
23249499--23249632	29	4.8	29	71	23	108	59	0	2	37	1.13
23249464--23249658	83	2.4	80	84	12	245	58	0	3	37	1.13
23249553--23249620	22	3.1	21	70	14	57	61	0	1	36	1.05
23249499--23249664	40	4.1	39	84	10	210	61	0	3	35	1.11
23252903--23252941	20	2.0	20	89	0	60	35	17	17	28	1.94
23254304--23254352	21	2.3	21	75	0	53	57	18	16	8	1.63
23255232--23255260	2	14.5	2	100	0	58	51	0	48	0	1.00
23258854--23258891	14	2.8	14	81	18	53	78	0	0	21	0.74
23260258--23260299	19	2.3	19	84	12	52	9	0	30	59	1.29
23262748--23263166	138	3.0	138	91	1	689	21	23	24	30	1.99
23263752--23263780	6	4.8	6	100	0	58	51	0	0	48	1.00
23265095--23265212	61	1.9	61	83	6	150	36	14	8	40	1.76
23267722--23267746	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
23269060--23269103	20	2.2	20	84	8	54	31	0	4	63	1.14
23270352--23270395	9	4.6	10	77	11	56	68	0	2	29	1.02
23270356--23270392	19	1.9	19	88	0	56	70	0	2	27	1.01
23270376--23270430	26	2.2	25	84	15	69	60	0	0	40	0.97
23270375--23270437	23	2.6	25	80	12	67	58	1	0	39	1.07
23270386--23270437	23	2.2	25	86	6	72	57	1	0	40	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23270483--23270532	19	2.5	20	83	3	57	26	4	2	68	1.18
23274343--23274399	27	2.1	27	83	0	69	28	21	21	29	1.98
23276268--23276309	20	2.1	20	86	8	59	57	2	4	35	1.33
23276533--23276577	21	2.2	20	84	11	56	57	4	2	35	1.31
23276543--23276595	20	2.6	21	85	8	65	66	3	1	28	1.20
23280078--23280180	54	1.9	54	84	4	136	16	39	13	30	1.87
23280068--23280182	27	4.3	27	79	2	115	17	37	14	30	1.90
23283025--23283060	18	1.9	18	94	5	63	33	0	0	66	0.92
23283026--23283067	18	2.3	19	87	4	59	33	0	0	66	0.92
23283024--23283067	19	2.3	19	84	7	63	34	0	0	65	0.93
23289257--23289305	17	2.8	18	75	6	55	44	4	2	48	1.33
23289722--23289781	29	2.0	30	84	9	79	48	3	0	48	1.18
23292365--23292410	23	2.0	23	100	0	92	56	17	0	26	1.41
23292375--23292424	23	2.2	23	81	0	55	56	16	2	26	1.51
23296367--23296478	51	2.2	51	80	3	127	46	7	13	33	1.70
23297932--23297984	25	2.2	23	83	12	63	26	11	3	58	1.49
23298052--23298100	23	2.1	23	85	7	64	18	6	10	65	1.43
23302267--23302336	31	2.3	31	84	0	95	28	8	17	45	1.77
23311764--23311905	72	2.0	72	91	0	230	38	15	17	28	1.91
23313280--23313355	38	2.0	38	97	0	143	34	17	26	22	1.96
23314421--23314682	44	5.8	44	74	5	150	28	20	18	32	1.96
23314747--23315009	132	2.0	132	88	0	391	25	25	17	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23314795--23315051	132	1.9	132	81	1	309	26	26	18	29	1.98
23315069--23315189	50	2.4	51	80	1	127	28	21	19	30	1.97
23315176--23316060	50	17.7	50	75	3	587	27	18	20	33	1.96
23315099--23316065	100	9.7	100	81	2	927	27	19	20	33	1.96
23315184--23316060	150	5.8	150	80	4	836	27	19	20	33	1.96
23328036--23328177	72	2.0	72	92	0	239	34	19	17	28	1.95
23328610--23328661	6	8.7	6	95	0	95	50	0	0	50	1.00
23328968--23329012	3	14.7	3	90	4	72	62	0	4	33	1.15
23330853--23331454	65	9.4	64	77	8	466	35	3	25	35	1.73
23331153--23331434	127	2.3	124	87	6	389	36	3	24	34	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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