genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.28.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42799318

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   

This is table  28  of  141  ( 16820 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8568776--8569235	58	8.4	58	76	15	457	46	25	0	28	1.53
8568802--8569016	72	2.8	72	82	11	223	46	23	0	29	1.52
8568877--8569235	87	4.3	86	82	11	460	46	26	0	27	1.53
8568926--8569233	159	1.9	159	95	0	553	46	26	0	27	1.53
8568776--8569235	217	2.1	217	95	0	814	46	25	0	28	1.53
8569230--8569381	55	2.7	55	91	3	234	37	13	6	42	1.70
8570057--8570081	13	1.9	13	100	0	50	8	0	24	68	1.16
8571492--8571642	84	1.8	80	83	8	196	43	0	13	42	1.49
8588018--8588366	123	2.8	124	92	0	592	33	21	16	29	1.95
8591524--8591550	13	2.1	13	100	0	54	44	0	22	33	1.53
8591725--8591785	26	2.3	27	81	16	74	16	6	13	63	1.48
8591725--8591785	27	2.3	26	80	11	70	16	6	13	63	1.48
8591739--8591794	27	2.2	25	81	12	60	19	3	8	67	1.32
8597516--8597552	20	1.9	20	88	5	58	59	0	10	29	1.31
8598711--8598743	16	2.1	16	94	5	59	72	0	3	24	0.98
8598722--8598778	23	2.5	22	82	5	60	71	0	17	10	1.12
8599329--8599357	3	9.7	3	100	0	58	34	31	0	34	1.58
8599356--8599392	3	12.3	3	100	0	74	35	0	0	64	0.94
8599476--8599519	21	2.1	22	83	8	56	13	0	6	79	0.92
8604153--8604177	13	1.9	13	100	0	50	32	0	4	64	1.12
8605714--8605895	94	1.9	93	87	1	265	36	18	6	38	1.76
8612698--8612735	20	1.9	20	89	10	60	0	5	13	81	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8613561--8613906	44	7.8	44	66	13	145	27	20	20	31	1.97
8613751--8613920	88	1.9	89	82	1	216	27	19	21	32	1.97
8614143--8614239	51	1.9	51	84	0	131	28	26	16	27	1.97
8614197--8614628	50	8.7	50	75	1	382	26	21	21	31	1.98
8614197--8614628	100	4.3	100	92	0	679	26	21	21	31	1.98
8615403--8615624	108	2.1	108	86	3	304	49	9	15	25	1.75
8615889--8615939	14	3.9	13	75	17	52	1	19	0	78	0.85
8615891--8615938	25	1.9	25	91	0	78	2	20	0	77	0.88
8621324--8621367	23	2.0	22	86	4	61	79	2	2	15	0.93
8622593--8622781	95	2.0	97	88	4	285	30	27	14	27	1.95
8629717--8629773	26	2.2	26	87	6	80	29	19	8	42	1.81
8640589--8640617	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
8644728--8644755	14	2.0	14	100	0	56	35	21	0	42	1.53
8646747--8646775	14	2.1	14	100	0	58	48	6	20	24	1.74
8657880--8658301	214	2.0	214	97	0	790	36	10	16	37	1.83
8662306--8662367	24	2.5	25	82	7	74	17	24	20	37	1.94
8662322--8662368	25	1.9	24	91	4	76	17	19	21	42	1.89
8662493--8662573	24	3.3	23	78	10	65	17	19	22	40	1.91
8663670--8663850	72	2.5	72	91	0	299	18	26	27	27	1.98
8665691--8665941	27	9.3	27	83	6	253	44	19	18	18	1.87
8665691--8665941	81	3.1	82	81	8	282	44	19	18	18	1.87
8666119--8666192	26	2.8	26	81	0	85	14	18	24	41	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8666298--8666389	28	3.2	28	84	7	130	23	22	23	29	1.99
8666298--8666386	30	3.0	30	86	4	128	24	23	23	28	2.00
8666295--8666422	33	4.1	33	74	18	94	24	22	23	29	1.99
8674603--8674627	11	2.3	11	100	0	50	84	0	16	0	0.63
8685020--8685174	84	1.8	84	84	2	213	49	8	10	31	1.66
8685136--8685414	86	3.2	87	86	3	366	40	12	13	32	1.82
8685360--8685664	79	3.9	79	83	5	368	42	11	14	31	1.82
8685598--8685768	89	2.0	86	82	3	207	41	14	13	30	1.84
8691826--8692123	159	1.9	159	89	0	470	39	17	18	24	1.92
8698948--8699085	43	3.2	43	78	10	165	21	18	25	35	1.95
8698948--8699126	85	2.1	84	90	3	279	21	18	25	34	1.96
8701382--8701419	6	6.5	6	90	6	60	2	13	0	84	0.73
8701382--8701422	11	3.6	11	90	6	64	2	14	0	82	0.76
8701382--8701422	17	2.4	17	92	8	66	2	14	0	82	0.76
8702437--8702486	24	2.1	24	85	7	66	18	8	8	66	1.42
8704358--8704513	58	2.6	58	81	8	165	39	1	4	53	1.32
8716468--8716511	23	1.9	23	85	0	61	43	20	6	29	1.78
8724580--8724647	16	4.2	16	92	0	109	26	0	38	35	1.57
8724628--8724737	45	2.6	43	80	12	131	34	5	28	31	1.80
8724863--8724904	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
8724872--8724913	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
8725764--8725790	13	2.1	13	100	0	54	22	0	29	48	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8729152--8729189	19	2.0	19	94	0	67	18	21	18	42	1.90
8731387--8731794	84	5.0	83	86	7	573	46	11	10	31	1.74
8731387--8731795	160	2.5	162	87	6	571	46	11	10	31	1.74
8731387--8731898	244	2.1	246	83	7	648	45	11	11	31	1.76
8731827--8732109	79	3.6	79	82	3	343	38	12	16	31	1.87
8732358--8732391	18	1.9	18	88	5	52	55	0	8	35	1.31
8734042--8734112	31	2.3	31	90	7	110	42	8	15	33	1.77
8736968--8737020	16	3.2	16	82	12	54	54	1	0	43	1.11
8736942--8737044	44	2.3	45	80	5	120	54	5	2	36	1.40
8737679--8737713	14	2.6	14	90	4	54	62	0	5	31	1.18
8753711--8753781	15	4.6	15	74	10	63	38	1	0	60	1.06
8754013--8754069	16	3.6	16	79	9	62	28	26	3	42	1.72
8755062--8755091	6	5.0	6	100	0	60	50	16	33	0	1.46
8759959--8760087	63	2.0	63	86	0	177	27	19	27	25	1.99
8761837--8761945	31	3.6	30	81	7	130	41	14	11	32	1.83
8761817--8762339	61	8.5	63	70	12	189	43	16	6	32	1.75
8761862--8762410	31	17.9	30	75	11	327	43	15	7	33	1.74
8761873--8762416	184	3.0	184	89	3	792	43	15	7	33	1.75
8761874--8762416	92	5.9	92	83	1	669	43	16	7	33	1.75
8771274--8771411	50	2.8	50	84	0	186	21	26	23	27	1.99
8771511--8771535	13	1.9	13	100	0	50	56	8	0	36	1.29
8771751--8771810	30	2.0	30	86	0	84	31	23	8	36	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8774551--8774755	63	3.3	62	80	3	207	23	20	27	28	1.99
8778278--8778338	32	1.9	31	83	3	77	29	11	22	36	1.90
8779219--8779279	21	2.9	21	73	9	61	21	8	13	57	1.62
8779257--8779310	20	2.7	20	85	0	72	24	9	16	50	1.74
8782151--8782179	13	2.2	13	100	0	58	37	0	10	51	1.36
8786147--8786201	26	2.1	26	96	0	101	56	7	18	18	1.64
8788569--8788624	29	1.9	29	85	7	78	46	7	8	37	1.63
8791838--8791896	29	2.1	29	93	3	102	47	13	6	32	1.69
8795380--8795603	43	5.3	41	74	13	161	35	24	16	23	1.95
8795368--8795604	85	2.8	85	83	3	262	34	24	17	23	1.96
8795580--8795632	26	2.0	26	100	0	106	30	33	18	16	1.94
8805379--8805407	9	3.2	9	100	0	58	41	10	0	48	1.37
8806053--8806082	2	15.5	2	93	6	53	0	0	50	50	1.00
8811852--8811887	8	4.5	8	100	0	72	77	0	0	22	0.76
8812467--8812548	38	2.2	38	100	0	164	46	4	13	35	1.65
8812598--8812670	21	3.5	21	77	7	69	49	1	15	34	1.53
8812608--8812699	28	3.3	28	73	14	73	48	1	18	31	1.55
8822180--8822227	24	2.1	23	88	11	73	60	0	2	37	1.09
8826917--8827060	49	2.9	50	77	9	145	34	19	25	20	1.96
8826979--8827086	25	4.4	25	74	12	82	33	22	25	19	1.97
8827239--8827291	24	2.2	26	80	13	67	35	22	24	16	1.95
8827245--8827291	25	1.9	24	86	4	67	40	19	23	17	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8830643--8830686	18	2.5	17	82	10	52	63	4	4	27	1.33
8834188--8834222	18	2.0	18	88	5	54	22	17	22	37	1.94
8836003--8836102	42	2.4	42	91	3	157	37	12	30	21	1.89
8840667--8840766	42	2.4	42	91	3	157	37	12	30	21	1.89
8844857--8844907	22	2.3	21	80	9	57	54	1	0	43	1.11
8844901--8844955	17	3.1	18	71	10	51	60	5	3	30	1.37
8845909--8845935	12	2.2	12	100	0	54	77	0	7	14	0.97
8845919--8845970	10	5.4	9	88	11	61	75	0	1	23	0.91
8845919--8845987	28	2.5	27	79	13	77	69	0	2	27	1.02
8845918--8845970	20	2.7	20	88	8	74	75	0	1	22	0.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141