genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.91.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42799318

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25671300--25671366	28	2.4	28	82	0	80	28	2	20	47	1.65
25671411--25671462	20	2.6	19	76	8	50	17	0	34	48	1.48
25671738--25672020	148	1.9	148	88	0	424	25	14	21	38	1.91
25671762--25671986	73	3.1	72	65	17	156	26	15	21	36	1.93
25672200--25672291	44	2.1	44	89	4	141	26	41	0	32	1.56
25676467--25676663	42	4.7	42	83	1	243	26	19	20	32	1.97
25676638--25676746	41	2.6	42	80	1	130	33	22	19	24	1.97
25681614--25681650	14	2.6	14	91	0	56	64	10	5	18	1.43
25682733--25682772	21	1.9	21	84	0	53	60	0	2	37	1.11
25694341--25694407	13	5.1	13	80	8	82	31	5	25	37	1.80
25695151--25695277	66	1.9	65	88	1	191	36	14	18	31	1.90
25695210--25695359	79	1.9	79	86	2	212	36	13	19	30	1.90
25695539--25695563	6	4.2	6	100	0	50	16	68	0	16	1.22
25705025--25705540	256	2.0	259	95	1	939	29	16	18	35	1.93
25706157--25706194	13	2.9	13	100	0	76	23	7	28	39	1.83
25707045--25707167	61	2.0	61	95	0	219	40	15	14	29	1.87
25708292--25708460	72	2.4	72	86	6	245	53	13	7	24	1.66
25710876--25712632	879	2.0	878	98	0	3379	42	13	14	30	1.84
25714508--25714551	21	2.1	21	100	0	88	31	27	13	27	1.94
25718566--25718640	39	1.9	39	94	0	132	48	20	4	28	1.67
25720736--25720775	21	1.9	21	84	0	53	65	12	12	10	1.49
25721489--25721534	3	15.3	3	100	0	92	0	32	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25724133--25724203	31	2.3	30	80	2	88	18	39	22	19	1.92
25726808--25726859	21	2.4	21	75	18	52	42	0	5	51	1.25
25727744--25727773	15	2.1	14	93	6	51	70	13	0	16	1.18
25730396--25730456	30	2.0	31	87	12	90	49	11	9	29	1.71
25735429--25735454	5	5.2	5	100	0	52	42	19	19	19	1.90
25736367--25736427	30	2.0	30	84	6	79	47	0	29	22	1.52
25736551--25736581	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
25737451--25737491	16	2.4	18	88	8	59	73	12	4	9	1.24
25740065--25740274	106	2.0	106	94	0	366	32	18	19	30	1.95
25742269--25742573	45	6.8	45	78	6	323	31	24	15	27	1.96
25742269--25742573	90	3.4	90	88	2	418	31	24	15	27	1.96
25744593--25744659	9	7.4	9	86	6	91	25	8	23	41	1.83
25744593--25744659	27	2.5	27	92	0	107	25	8	23	41	1.83
25748735--25748784	16	2.9	17	81	16	59	70	0	2	28	0.99
25748736--25748815	30	2.7	29	73	21	85	66	0	2	31	1.05
25748743--25748797	14	3.4	16	76	20	53	61	0	3	34	1.13
25748752--25748834	40	2.0	42	81	9	100	63	0	2	33	1.07
25760572--25760618	24	1.9	25	86	4	69	34	4	4	57	1.38
25765387--25765431	16	2.8	16	79	3	54	4	4	11	80	1.01
25777419--25777444	7	3.7	7	100	0	52	26	0	0	73	0.84
25778165--25778189	9	2.8	9	100	0	50	24	0	0	76	0.80
25778186--25778215	11	2.8	11	95	5	53	46	0	0	53	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25782235--25782287	22	2.3	23	78	15	65	54	0	0	45	0.99
25783783--25783814	16	2.0	17	88	11	50	56	3	0	40	1.15
25783763--25783818	17	3.5	17	72	18	57	53	1	0	44	1.11
25784380--25784421	22	1.9	22	85	9	59	59	2	2	35	1.23
25784379--25784432	22	2.5	21	77	17	56	57	1	1	38	1.20
25784432--25784471	6	6.7	6	100	0	80	50	0	0	50	1.00
25798982--25799020	15	2.6	15	84	11	53	38	5	0	56	1.22
25805736--25805765	14	2.1	14	93	0	51	56	0	0	43	0.99
25806322--25806360	13	3.0	13	82	10	53	43	0	0	56	0.99
25806342--25806377	18	1.9	18	88	5	54	58	0	0	41	0.98
25813710--25813741	15	2.0	17	88	11	50	25	3	0	71	1.00
25830050--25830078	15	2.0	15	93	6	51	6	6	13	72	1.26
25831083--25831148	13	5.1	13	74	7	71	39	24	4	31	1.75
25831083--25831148	26	2.5	26	78	9	89	39	24	4	31	1.75
25843444--25843480	18	2.1	18	100	0	74	56	0	0	43	0.99
25845705--25845740	12	3.0	12	91	0	63	55	0	44	0	0.99
25845705--25845736	6	5.3	6	92	0	55	53	0	46	0	1.00
25847514--25847764	36	7.0	36	83	3	272	12	22	41	23	1.88
25850777--25850918	41	3.5	41	85	5	198	24	25	22	27	2.00
25851649--25851699	12	4.2	12	76	14	50	43	7	3	45	1.51
25852840--25852875	17	2.1	17	89	0	54	44	11	13	30	1.79
25854060--25854207	76	2.0	75	82	6	183	18	24	20	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25853986--25854206	25	8.9	25	71	13	145	19	24	20	35	1.95
25856295--25856429	41	3.5	41	73	16	151	23	17	26	31	1.97
25856258--25856435	75	2.4	74	94	1	302	22	19	26	31	1.97
25856334--25856536	101	2.0	101	92	3	338	21	20	27	31	1.98
25856236--25856569	176	1.9	176	93	1	580	20	20	26	31	1.98
25856772--25856935	90	1.8	90	92	2	276	32	28	18	20	1.97
25856862--25857039	75	2.4	75	92	1	295	31	27	19	21	1.97
25857542--25857594	27	2.0	26	85	3	70	26	33	20	18	1.96
25857574--25857711	42	3.5	41	69	17	112	31	27	16	23	1.96
25857466--25857650	102	1.8	101	88	1	280	28	26	20	24	1.99
25859495--25859522	11	2.5	11	100	0	56	28	0	17	53	1.44
25872440--25872526	39	2.2	39	91	0	147	33	9	24	33	1.87
25878516--25878548	13	2.5	13	95	0	57	81	0	18	0	0.68
25878510--25878554	6	7.5	6	82	9	56	80	0	20	0	0.72
25884198--25884391	100	1.9	100	91	0	316	22	13	29	34	1.93
25889987--25890159	46	3.7	46	81	2	195	25	19	20	34	1.96
25897186--25897227	9	4.4	9	80	19	50	40	2	0	57	1.12
25898369--25898411	22	1.9	23	85	4	61	65	4	2	27	1.25
25902706--25902765	30	2.0	31	90	9	97	65	3	0	31	1.09
25904524--25904554	13	2.4	13	100	0	62	19	6	32	41	1.77
25907690--25907733	21	2.1	21	100	0	88	43	0	0	56	0.99
25908077--25908172	45	2.1	45	92	3	158	37	13	12	36	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25910399--25910427	12	2.4	12	100	0	58	34	13	34	17	1.89
25910615--25910648	16	2.1	16	100	0	68	44	0	11	44	1.40
25910823--25910926	52	2.0	52	96	0	190	35	12	25	25	1.92
25911090--25911130	16	2.6	16	88	0	64	43	4	4	46	1.46
25911104--25911157	23	2.4	23	84	9	67	37	3	5	53	1.42
25913354--25913420	27	2.5	27	82	0	89	31	16	19	32	1.94
25914793--25914971	89	2.0	89	97	0	340	32	26	9	31	1.88
25918593--25918751	44	3.6	44	74	10	144	31	19	18	30	1.96
25918723--25918832	41	2.7	41	90	5	161	30	21	18	29	1.97
25919105--25919218	44	2.6	43	81	6	113	34	24	12	28	1.92
25919233--25919391	44	3.6	43	73	13	105	29	23	16	29	1.97
25919514--25919723	94	2.2	94	88	3	298	30	22	18	28	1.97
25918913--25919678	363	2.1	363	80	3	829	31	21	16	30	1.95
25919502--25919678	44	3.9	45	75	17	168	29	22	19	28	1.98
25919514--25919718	44	4.4	47	73	19	144	30	23	18	27	1.98
25920563--25920595	12	2.8	12	95	0	57	0	9	3	87	0.63
25926799--25926836	14	2.8	13	88	7	58	39	23	23	13	1.90
25928388--25928433	19	2.4	19	85	10	58	15	2	4	78	1.01
25930732--25930811	39	2.1	39	97	0	151	31	5	11	52	1.58
25932370--25932427	31	1.9	31	89	3	91	32	10	12	44	1.75
25937024--25937103	31	2.7	30	81	11	76	38	6	1	53	1.34
25937036--25937103	31	2.2	31	86	2	93	38	5	0	55	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25942410--25942445	19	2.0	19	89	10	58	58	0	0	41	0.98
25944422--25944455	17	1.9	17	88	5	50	47	0	0	52	1.00
25950157--25950187	3	10.3	3	100	0	62	0	67	0	32	0.91
25961867--25961931	27	2.4	27	82	10	80	33	6	16	43	1.73
25964512--25964550	18	2.2	18	86	9	53	38	2	2	56	1.27
25975881--25975933	27	2.0	26	85	7	72	20	18	15	45	1.85
25984839--25984882	14	3.0	15	75	18	56	65	6	6	20	1.39
26000100--26000176	39	2.0	39	94	0	136	20	16	27	35	1.95
26005024--26005131	32	3.2	32	69	19	103	37	27	4	30	1.77
26005004--26005141	68	2.0	68	100	0	276	35	28	5	30	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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