genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42799318

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1713534--1713588	27	2.2	23	72	22	56	25	25	12	36	1.91
1713544--1713603	27	2.2	27	93	0	102	23	28	11	36	1.90
1713554--1713619	27	2.4	27	85	5	80	24	30	7	37	1.83
1713366--1713667	148	2.0	148	94	0	532	26	25	12	36	1.91
1713628--1713699	27	2.7	27	78	2	83	25	23	11	40	1.87
1713766--1713973	27	7.7	27	78	8	176	32	22	12	32	1.92
1714691--1714715	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
1722660--1722684	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
1723111--1723165	24	2.2	25	78	12	60	18	1	20	60	1.46
1723481--1723535	24	2.2	25	78	12	60	18	1	20	60	1.46
1722879--1723621	370	2.0	370	100	0	1486	30	7	19	42	1.79
1735309--1735460	59	2.6	57	79	7	164	26	25	13	33	1.94
1735609--1735759	53	2.9	52	85	5	189	29	25	13	31	1.94
1741858--1741932	33	2.3	33	88	0	105	10	29	8	52	1.65
1741884--1741942	15	3.7	15	77	20	66	8	27	6	57	1.53
1741875--1741927	18	3.1	17	75	25	58	11	30	5	52	1.60
1741875--1741943	33	2.1	33	94	0	120	11	28	7	52	1.64
1743040--1743081	16	2.5	17	88	7	59	19	11	4	64	1.44
1743037--1743081	17	2.5	19	82	13	60	20	13	4	62	1.48
1746961--1747030	22	3.3	21	80	9	72	72	1	11	14	1.18
1748332--1748383	6	8.7	6	93	0	77	3	1	11	82	0.88
1748321--1748383	18	3.6	18	84	2	74	6	1	9	82	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1754989--1755143	26	6.0	26	79	5	145	47	21	10	20	1.81
1755012--1755137	51	2.5	51	84	1	162	47	21	10	20	1.79
1760467--1760581	41	2.8	41	77	1	113	23	21	26	28	1.99
1761540--1761857	148	2.1	150	89	4	475	40	14	13	31	1.85
1766435--1766791	43	8.3	43	87	0	462	23	17	31	27	1.97
1767972--1768020	19	2.6	19	84	9	57	53	4	2	40	1.32
1768320--1768365	18	2.5	19	73	16	51	65	4	4	26	1.30
1768509--1768535	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
1768580--1768613	17	1.9	18	88	5	52	73	8	5	11	1.24
1770097--1770309	99	2.1	100	98	0	410	35	17	14	32	1.90
1769867--1770461	249	2.4	248	94	2	1036	35	15	13	35	1.87
1770308--1772062	178	9.9	177	87	3	2326	35	13	12	38	1.83
1772186--1772249	24	2.4	25	85	12	76	42	0	3	54	1.16
1778103--1778184	30	2.7	29	94	3	137	31	21	25	20	1.98
1778072--1778184	60	1.9	60	83	7	149	29	21	27	22	1.99
1778296--1778397	26	3.9	26	74	5	107	39	21	20	18	1.93
1778593--1778951	54	6.7	53	79	9	304	25	17	17	38	1.92
1778578--1778951	81	4.6	81	76	8	323	25	17	18	37	1.93
1778593--1778965	27	13.9	27	78	6	220	25	17	18	38	1.92
1785117--1785159	10	4.1	10	77	11	50	39	0	0	60	0.97
1788750--1788792	16	2.6	17	82	7	54	46	0	2	51	1.13
1791970--1792090	60	2.0	60	98	0	233	35	44	8	11	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1794848--1794881	3	11.3	3	93	0	59	32	0	2	64	1.08
1801983--1802421	44	10.0	44	73	5	343	25	23	19	31	1.98
1801983--1802423	88	5.0	88	92	0	641	25	23	19	31	1.98
1813675--1813768	44	2.1	44	82	3	109	25	25	14	34	1.94
1813454--1813927	220	2.2	220	98	0	921	27	24	18	29	1.98
1818782--1818817	7	5.1	7	100	0	72	41	0	58	0	0.98
1819025--1819053	14	2.0	15	93	6	51	65	6	0	27	1.18
1819095--1819151	29	2.0	29	89	0	87	38	26	0	35	1.57
1819469--1819505	18	2.0	19	89	5	58	24	0	13	62	1.31
1828189--1828223	13	2.6	13	90	4	52	68	0	0	31	0.90
1830875--1830902	14	2.0	14	100	0	56	7	28	0	64	1.20
1830855--1830899	19	2.5	18	83	16	58	6	26	0	66	1.16
1833859--1833968	58	1.9	56	80	14	125	43	1	4	50	1.33
1833863--1833991	57	2.2	57	81	9	136	44	1	4	48	1.32
1833946--1834022	35	2.2	37	79	11	90	45	1	2	50	1.23
1843706--1844207	175	2.9	175	93	0	846	32	18	19	28	1.96
1843707--1844859	44	26.6	44	68	11	342	32	18	20	28	1.96
1844057--1844391	129	2.6	127	80	7	390	32	18	20	28	1.96
1844186--1844509	173	1.9	174	90	2	517	32	18	20	28	1.96
1843882--1844971	302	3.6	302	97	0	2029	33	18	20	28	1.96
1844359--1844641	129	2.2	127	89	2	433	32	18	20	28	1.96
1844189--1844553	173	2.1	173	85	4	486	32	18	20	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1844488--1844811	173	1.9	174	90	2	517	32	18	20	28	1.96
1844359--1844693	129	2.6	127	80	7	390	32	18	20	28	1.96
1844661--1844943	129	2.2	127	89	2	433	32	18	20	28	1.96
1844491--1844855	173	2.1	173	85	4	486	32	18	20	27	1.96
1845385--1845414	11	2.7	11	89	0	51	70	0	0	30	0.88
1853008--1853041	14	2.2	16	90	10	54	79	2	0	17	0.86
1854110--1854149	21	2.0	20	85	14	55	40	2	10	47	1.50
1862185--1862233	25	2.0	25	83	0	62	38	0	16	44	1.48
1862564--1862604	18	2.3	18	87	8	57	9	24	29	36	1.87
1863597--1863625	13	2.2	13	100	0	58	34	31	27	6	1.83
1866681--1866759	25	3.2	25	73	5	63	37	18	22	20	1.94
1871527--1871572	19	2.6	18	83	10	58	32	4	13	50	1.61
1876983--1877019	15	2.6	15	83	8	51	72	0	13	13	1.11
1877066--1877194	33	3.9	33	77	8	127	55	7	26	10	1.61
1877065--1877188	17	7.7	15	70	18	70	54	6	28	10	1.59
1877066--1877190	66	1.9	67	81	8	157	54	7	27	11	1.62
1879489--1879534	19	2.6	18	83	10	58	32	4	13	50	1.61
1887999--1888106	55	2.0	55	96	0	198	22	12	36	29	1.90
1890511--1890630	60	2.0	60	98	0	231	50	10	15	23	1.74
1898066--1898111	19	2.4	19	85	3	56	76	10	0	13	1.03
1902580--1902648	30	2.3	30	97	0	129	26	18	13	42	1.87
1902961--1903414	227	2.0	227	100	0	908	31	18	10	40	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1903479--1903677	105	1.9	104	88	3	301	31	18	8	41	1.80
1905913--1905959	23	2.0	23	100	0	94	27	12	25	34	1.92
1909611--1909645	16	2.2	16	94	0	61	37	8	8	45	1.65
1910564--1910597	17	2.0	17	100	0	68	35	5	35	23	1.79
1911946--1912238	51	5.8	51	81	2	295	29	25	15	29	1.96
1911950--1912238	102	2.9	100	89	3	402	29	25	15	29	1.96
1929977--1930250	94	2.9	94	100	0	548	27	10	22	39	1.88
1932219--1932439	110	2.0	110	97	0	415	30	20	13	35	1.91
1942434--1942491	26	2.2	26	90	0	89	25	15	13	44	1.83
1944502--1944587	10	8.4	10	73	8	75	33	3	2	60	1.26
1944502--1944586	31	2.8	30	77	13	93	34	3	2	60	1.27
1946518--1946554	17	2.2	17	100	0	74	43	40	5	10	1.63
1949364--1949391	14	2.0	14	100	0	56	78	7	0	14	0.95
1951535--1951616	43	1.9	43	87	0	119	20	20	30	28	1.98
1951644--1951848	43	4.8	42	77	9	193	26	30	17	25	1.97
1951644--1951848	85	2.4	87	78	11	219	26	30	17	25	1.97
1952204--1952295	21	4.4	21	85	0	94	4	42	17	35	1.69
1952266--1952412	66	2.2	66	86	4	199	12	29	17	40	1.87
1952287--1952435	66	2.3	66	84	4	185	14	26	18	40	1.89
1961496--1961679	92	2.0	92	100	0	368	38	10	17	33	1.85
1965542--1965683	41	3.4	42	77	9	132	30	27	19	21	1.98
1979283--1979427	49	2.9	49	85	6	193	21	27	23	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2019207--2019448	43	5.7	43	82	4	283	31	24	16	27	1.96
2022070--2022094	12	2.1	12	100	0	50	44	0	16	40	1.47
2022330--2022435	40	2.7	40	82	2	124	32	23	16	27	1.96
2022505--2022651	40	3.7	38	81	7	150	23	16	23	36	1.94
2022285--2022576	155	1.9	155	88	2	444	29	19	18	31	1.96
2022481--2022651	80	2.1	80	86	2	236	23	17	23	35	1.95
2025421--2025465	18	2.6	17	80	13	56	73	0	11	15	1.10
2026843--2026880	19	2.0	20	89	5	60	63	7	0	28	1.23
2051426--2051577	40	3.8	40	87	2	162	26	26	22	24	2.00
2051426--2051577	80	1.9	80	82	2	189	26	26	22	24	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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