genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42799318

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19674282--19674337	27	2.0	28	89	3	87	44	1	8	44	1.45
19674373--19674405	10	3.1	11	86	8	50	36	21	9	33	1.85
19675461--19675491	12	2.6	12	94	0	53	67	16	9	6	1.39
19675699--19676010	157	2.0	157	98	0	597	33	18	15	33	1.92
19676063--19676123	16	3.8	16	82	4	86	59	13	4	22	1.53
19676062--19676126	33	2.0	33	100	0	130	58	12	6	23	1.56
19676445--19676483	14	2.8	14	80	0	51	5	10	7	76	1.13
19677772--19677909	72	1.9	72	98	0	267	39	30	3	26	1.73
19677772--19677941	72	2.4	71	87	5	200	41	30	2	25	1.70
19678466--19678586	42	2.9	42	85	3	156	33	29	18	19	1.95
19678617--19678731	40	2.9	38	84	7	140	20	21	19	38	1.94
19678617--19678771	40	3.9	38	79	9	132	20	21	18	39	1.93
19681724--19682265	42	12.9	42	98	0	1039	33	21	21	24	1.97
19682333--19682366	14	2.4	14	95	0	59	52	20	8	17	1.71
19682590--19682660	21	3.4	21	80	0	79	2	45	18	33	1.64
19687855--19688154	150	2.0	150	99	0	591	35	22	14	28	1.93
19688258--19688747	7	57.0	9	62	33	96	34	0	19	45	1.54
19688303--19688757	51	9.0	51	91	6	725	33	0	19	46	1.54
19688673--19688753	19	4.5	19	71	22	84	34	0	18	46	1.49
19689017--19689061	13	3.5	13	87	0	72	51	2	6	40	1.41
19689017--19689075	26	2.4	25	86	8	77	50	3	6	38	1.45
19689066--19689109	17	2.6	17	100	0	88	36	0	15	47	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19689017--19689116	13	7.3	13	77	14	53	45	2	10	43	1.49
19691181--19691270	45	2.0	45	95	4	164	42	16	13	27	1.86
19692451--19692501	23	2.2	24	82	10	61	43	3	0	52	1.19
19692466--19692501	16	2.3	17	86	13	51	41	2	0	55	1.14
19693434--19693794	190	1.9	190	93	1	616	29	20	18	31	1.96
19693609--19693941	114	2.9	112	80	6	352	26	22	18	31	1.97
19696148--19696193	24	2.0	23	83	12	58	30	17	4	47	1.67
19696892--19696938	3	16.0	3	95	4	87	68	0	0	31	0.90
19701923--19702046	27	4.6	27	87	0	149	20	17	22	39	1.92
19701932--19702046	54	2.1	54	91	0	185	19	19	20	40	1.91
19702957--19702996	15	2.7	15	88	3	55	20	2	12	65	1.38
19703214--19703278	28	2.3	28	91	0	112	33	23	12	30	1.91
19709276--19709361	24	3.6	23	69	22	61	47	1	15	36	1.53
19711280--19711441	87	1.9	87	84	2	218	25	24	20	29	1.99
19711241--19711708	214	2.2	214	87	3	672	26	22	20	30	1.98
19711292--19711704	44	9.5	44	72	12	248	27	22	20	30	1.98
19713260--19713393	67	2.0	67	94	0	232	23	24	15	35	1.94
19718582--19718644	31	2.0	31	100	0	126	19	25	12	42	1.86
19726537--19726623	43	2.0	43	86	0	120	25	19	22	32	1.98
19726537--19726650	43	2.7	43	80	5	106	25	19	23	31	1.98
19729301--19729340	20	2.0	20	95	0	71	47	15	17	20	1.83
19731560--19731597	19	2.0	19	100	0	76	26	10	31	31	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19740239--19740307	20	3.2	20	77	18	84	43	14	5	36	1.70
19740220--19740307	45	2.0	45	97	0	167	43	17	5	34	1.72
19740220--19740292	25	3.1	25	75	18	93	43	17	6	31	1.75
19740656--19740764	41	2.7	41	88	0	146	29	23	20	26	1.99
19744305--19744362	22	2.6	22	83	0	80	46	25	17	10	1.79
19744331--19744461	38	3.4	38	84	0	172	41	28	16	12	1.86
19757808--19757870	28	2.2	28	83	5	74	61	4	1	31	1.26
19761065--19761128	29	2.2	29	91	0	101	21	26	34	17	1.95
19764909--19764939	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
19765223--19765281	30	2.0	30	86	6	84	20	38	0	40	1.53
19765940--19765975	5	7.2	5	100	0	72	22	19	19	38	1.93
19766874--19766970	20	4.8	20	68	22	67	44	4	2	49	1.33
19766902--19767020	49	2.4	49	78	12	120	44	5	4	46	1.44
19777707--19777737	14	2.1	15	94	5	55	35	6	6	51	1.53
19795333--19795387	20	2.8	20	88	0	83	25	29	16	29	1.97
19795720--19795913	45	4.3	45	91	0	289	41	15	18	24	1.89
19798297--19798439	45	3.2	45	92	0	232	39	15	20	24	1.91
19813480--19813536	2	28.5	2	96	0	105	1	0	47	50	1.11
19825883--19825915	17	1.9	17	93	0	57	33	24	21	21	1.97
19829432--19829491	17	3.5	17	76	13	61	33	33	15	18	1.92
19839368--19839412	22	2.0	23	91	4	74	42	4	11	42	1.60
19844615--19844673	29	2.1	29	83	3	75	64	10	13	11	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19857711--19857765	8	6.5	8	78	12	56	27	3	0	69	1.05
19857706--19857756	19	2.9	18	76	23	56	25	5	0	68	1.12
19857697--19857764	27	2.5	26	76	6	73	29	4	0	66	1.11
19857813--19857907	29	3.3	28	76	15	81	36	6	1	55	1.32
19857891--19857982	33	2.8	31	80	9	94	30	6	3	59	1.38
19857917--19857989	34	2.1	34	82	12	87	31	8	2	57	1.42
19865240--19865281	11	3.7	12	78	12	52	66	7	0	26	1.17
19865512--19865554	21	2.0	21	82	8	52	20	37	0	41	1.53
19866663--19866955	154	1.9	154	92	0	489	27	15	17	40	1.89
19877289--19877354	28	2.3	29	82	10	82	62	0	3	34	1.11
19877285--19877355	10	7.4	10	71	6	58	59	0	2	38	1.12
19877560--19877596	10	3.8	10	89	3	58	29	0	0	70	0.88
19877640--19877709	18	3.7	18	72	10	68	24	4	4	67	1.27
19877805--19878010	89	2.3	90	80	4	229	32	10	20	36	1.86
19878741--19878791	21	2.4	21	86	0	75	27	7	33	31	1.85
19881832--19881871	18	2.3	18	91	4	64	32	5	0	62	1.17
19883010--19883039	12	2.5	12	94	0	51	63	3	0	33	1.11
19883577--19883723	43	3.4	43	95	0	258	29	14	15	40	1.87
19885113--19885172	16	3.8	16	76	6	59	38	20	10	31	1.85
19885115--19885177	32	2.0	32	84	6	83	36	19	12	31	1.89
19887093--19887137	20	2.2	21	84	7	58	66	0	2	31	1.04
19887102--19887149	19	2.6	18	80	9	60	66	0	4	29	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19887206--19887254	10	5.2	10	78	14	50	22	0	4	73	1.00
19887359--19887595	85	2.8	85	81	8	268	34	12	16	37	1.85
19888144--19888273	28	4.6	28	71	17	99	61	0	3	33	1.19
19888203--19888272	19	3.6	19	80	3	77	67	0	5	27	1.13
19888194--19888272	10	8.3	9	74	12	52	67	0	6	26	1.15
19888146--19888273	29	4.5	27	71	18	100	61	0	3	33	1.20
19888221--19888283	29	2.2	29	80	2	74	65	3	6	25	1.32
19888441--19888497	19	2.9	19	79	10	62	24	3	5	66	1.28
19896385--19896419	18	1.9	18	88	11	54	31	2	2	62	1.24
19896480--19896524	24	1.9	23	81	4	54	35	2	6	55	1.38
19896854--19896901	22	2.1	23	88	3	71	50	2	0	47	1.12
19902939--19902991	25	2.1	25	82	0	61	24	3	3	67	1.23
19909862--19910209	51	6.9	51	77	5	323	30	13	25	30	1.94
19909844--19910209	102	3.6	102	85	2	461	30	13	25	30	1.94
19913179--19913257	27	2.9	27	81	3	97	25	32	22	18	1.97
19913335--19913361	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
19917958--19917986	7	4.3	7	91	8	51	0	13	0	86	0.58
19917959--19917984	13	2.0	13	100	0	52	0	7	0	92	0.39
19925018--19925066	24	2.0	24	100	0	98	28	30	8	32	1.86
19925249--19925279	16	1.9	16	93	0	53	9	9	9	70	1.33
19926381--19926409	14	2.0	15	93	6	51	44	0	13	41	1.44
19926867--19926938	32	2.2	33	78	9	78	45	1	4	48	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19929680--19929711	8	4.0	8	95	0	55	12	0	15	71	1.14
19931699--19931886	59	3.2	59	66	11	150	41	3	3	51	1.35
19931688--19931976	119	2.4	120	93	2	492	43	2	4	50	1.34
19931808--19931863	15	3.5	18	75	24	63	42	0	0	57	0.99
19931762--19931944	56	3.1	58	66	23	146	42	2	6	49	1.39
19931928--19931962	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
19931916--19932190	147	1.9	149	95	1	500	47	2	3	46	1.35
19932075--19932109	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
19932271--19932365	45	2.1	45	86	1	129	33	25	5	35	1.78
19932346--19932413	16	4.2	16	90	0	100	38	33	0	27	1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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