genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.26.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42799318

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
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This is table  26  of  141  ( 16820 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8004818--8004871	9	5.8	9	78	4	54	33	3	0	62	1.12
8006881--8006972	43	2.2	43	84	7	125	26	1	26	46	1.60
8007138--8007409	126	2.2	126	87	1	393	34	16	18	30	1.93
8009110--8009166	25	2.3	23	81	18	71	52	3	0	43	1.18
8009541--8009583	18	2.4	18	88	0	59	41	11	25	20	1.86
8011315--8011373	30	2.0	30	93	0	100	40	3	23	32	1.71
8011815--8012192	104	3.6	103	81	9	413	31	19	17	31	1.95
8011821--8012192	105	3.5	104	82	9	358	31	20	17	30	1.96
8012776--8012828	27	2.0	27	88	3	81	24	0	3	71	1.02
8020084--8020149	31	2.1	31	94	0	114	36	21	9	33	1.85
8020372--8020464	41	2.3	41	87	7	127	29	21	20	29	1.98
8020397--8020474	41	1.9	41	91	0	129	29	20	20	29	1.98
8027573--8027769	41	4.8	41	92	5	317	27	22	20	28	1.99
8036357--8036381	13	1.9	13	100	0	50	68	24	0	8	1.16
8039882--8039958	39	2.0	39	94	0	136	49	14	7	28	1.71
8039896--8039960	22	3.2	22	66	20	68	47	13	7	30	1.71
8041937--8042051	35	3.3	35	88	0	176	15	14	28	40	1.87
8045292--8045369	36	2.2	36	81	4	95	58	17	7	15	1.59
8047245--8047282	17	2.2	17	90	0	58	26	2	2	68	1.16
8048946--8049342	41	9.5	41	80	4	398	21	17	25	35	1.96
8048982--8049303	84	3.8	84	96	0	581	21	17	25	36	1.95
8054029--8054058	2	15.0	2	100	0	60	50	50	0	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8054740--8054818	4	19.0	4	75	11	61	2	21	3	72	1.13
8055346--8055398	26	2.0	26	89	7	81	60	0	0	39	0.97
8055388--8055430	18	2.4	18	88	0	59	72	2	2	23	1.08
8055662--8055734	38	1.9	38	83	5	94	30	4	2	63	1.27
8055728--8055780	27	2.0	27	88	0	79	30	1	0	67	1.01
8055743--8055800	20	2.9	19	78	16	64	27	3	0	68	1.05
8055751--8055799	18	2.6	19	78	12	57	26	4	0	69	1.06
8055833--8056046	89	2.5	86	82	5	243	31	7	21	40	1.80
8060833--8061060	111	2.1	111	99	0	447	19	24	17	39	1.92
8063508--8063550	23	2.0	22	86	9	61	34	6	4	53	1.49
8065716--8065844	56	2.3	56	80	9	145	51	4	0	42	1.28
8072365--8072418	19	2.8	19	94	0	99	37	9	16	37	1.81
8072354--8072425	38	2.0	34	82	15	83	36	9	18	36	1.83
8072365--8072441	38	1.9	40	87	10	113	36	7	16	38	1.78
8072734--8073010	139	2.0	139	97	0	518	24	17	15	42	1.87
8077217--8077260	19	2.4	19	85	7	56	36	15	13	34	1.87
8077228--8077285	19	2.7	22	84	10	68	36	8	17	37	1.80
8080510--8083582	218	14.2	218	86	3	3838	27	23	19	29	1.98
8082074--8082571	44	11.4	44	68	14	174	27	24	19	28	1.98
8082579--8082698	44	2.7	45	79	3	136	25	25	20	27	1.99
8083247--8083529	44	6.5	44	69	14	138	27	23	18	30	1.98
8116813--8116871	24	2.4	25	83	11	77	74	0	25	0	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8116813--8116858	13	3.7	12	88	8	65	78	0	21	0	0.76
8116820--8116872	19	2.8	20	85	5	65	73	0	26	0	0.83
8116813--8116858	6	7.3	6	87	7	65	78	0	21	0	0.76
8118225--8118389	44	4.0	44	80	14	215	26	18	24	30	1.98
8118313--8118379	34	2.0	34	93	0	116	23	20	25	29	1.99
8118541--8118607	34	2.0	34	85	5	91	29	28	17	23	1.97
8118440--8118724	151	1.9	151	82	0	354	28	20	23	27	1.99
8118714--8119099	201	1.9	201	86	4	546	30	21	22	25	1.98
8118714--8119099	101	3.8	101	86	2	528	30	21	22	25	1.98
8119664--8119755	19	4.8	19	87	0	139	36	7	16	39	1.77
8119664--8119778	38	2.9	38	87	5	158	36	6	15	40	1.74
8122004--8122050	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
8126369--8126532	68	2.4	68	81	3	177	56	2	10	29	1.47
8127992--8128107	45	2.6	43	75	14	110	33	18	18	28	1.95
8128287--8128951	44	14.1	45	64	15	175	27	23	19	29	1.98
8128117--8128955	143	5.9	143	88	1	1123	27	22	19	30	1.98
8132471--8132508	7	5.4	7	87	0	58	18	2	34	44	1.64
8133330--8133373	20	2.0	23	87	12	67	25	4	11	59	1.51
8138911--8139250	168	2.0	168	92	0	563	33	13	21	31	1.92
8141877--8142206	165	2.0	165	92	0	543	31	16	21	30	1.95
8148415--8148476	22	2.8	22	74	18	65	64	9	8	17	1.47
8148685--8148731	17	2.8	17	86	0	67	74	10	2	12	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8151265--8151331	27	2.4	27	76	16	66	35	13	23	26	1.92
8154592--8154740	42	3.6	42	83	4	167	17	22	18	41	1.90
8154650--8154743	21	4.5	21	73	0	62	13	23	20	42	1.88
8155722--8155763	20	2.0	22	86	9	61	38	2	16	42	1.61
8156378--8156411	17	1.9	18	88	5	52	67	0	8	23	1.18
8156371--8156414	24	2.0	24	86	13	67	65	0	9	25	1.21
8157579--8157664	43	2.0	43	95	0	154	50	2	24	23	1.61
8157584--8157648	16	4.4	16	67	25	52	50	3	26	20	1.62
8158960--8159056	49	2.0	49	93	0	167	42	6	25	25	1.78
8160308--8160558	88	2.9	87	93	1	425	30	13	26	29	1.94
8160886--8160918	17	2.0	17	88	5	50	6	0	24	69	1.10
8161411--8161477	31	2.2	30	81	5	80	32	11	14	40	1.83
8161610--8161655	22	2.0	24	83	8	60	30	10	4	54	1.55
8162777--8162824	18	2.6	19	80	12	55	35	2	4	58	1.29
8165209--8165241	13	2.6	13	90	4	50	54	0	0	45	0.99
8180500--8180525	7	3.7	7	100	0	52	61	26	0	11	1.30
8183579--8183624	19	2.4	19	88	0	74	54	0	19	26	1.44
8192098--8192178	42	1.9	42	92	0	135	34	9	19	35	1.85
8197947--8198259	33	8.7	33	69	24	156	32	26	19	21	1.97
8197983--8198185	103	2.0	103	94	1	354	32	28	20	19	1.97
8198088--8198226	43	3.5	42	74	18	143	34	25	17	22	1.95
8198086--8198265	76	2.4	76	89	2	283	33	26	18	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8207186--8207498	33	8.7	33	68	24	156	31	26	20	21	1.98
8207222--8207424	103	2.0	103	93	1	345	32	28	20	19	1.97
8207327--8207465	43	3.5	42	73	18	143	33	25	18	22	1.97
8207325--8207504	76	2.4	76	91	0	290	33	26	19	21	1.97
8207648--8207814	84	2.0	84	98	0	325	35	19	8	35	1.82
8207911--8207971	30	2.1	30	84	3	79	29	27	6	36	1.82
8211186--8211229	18	2.5	18	92	3	72	47	2	2	47	1.27
8211510--8211539	7	4.3	7	100	0	60	73	0	13	13	1.10
8216068--8216093	8	3.2	8	100	0	52	50	0	0	50	1.00
8217185--8217220	16	2.3	16	90	4	56	33	5	13	47	1.67
8217353--8217388	17	2.1	17	89	0	54	47	13	5	33	1.67
8219355--8219406	28	1.9	27	84	7	70	50	17	11	21	1.77
8222192--8222231	21	1.9	21	89	0	62	17	7	22	52	1.69
8222200--8222241	21	2.0	21	81	9	50	23	7	21	47	1.75
8229233--8229267	13	2.7	13	100	0	70	25	42	17	14	1.86
8237585--8237664	39	2.1	39	100	0	160	27	15	5	52	1.63
8246491--8246547	26	2.1	27	93	3	98	73	0	0	26	0.83
8255961--8256341	117	3.3	117	98	0	726	41	2	3	51	1.32
8256054--8256087	17	2.0	17	100	0	68	41	0	0	58	0.98
8256054--8256101	15	3.0	15	81	9	51	41	2	0	56	1.11
8256171--8256204	17	2.0	17	100	0	68	41	0	0	58	0.98
8256171--8256218	15	3.0	15	81	9	51	41	2	0	56	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8256288--8256321	17	2.0	17	100	0	68	41	0	0	58	0.98
8256288--8256335	15	3.0	15	81	9	51	41	2	0	56	1.11
8256175--8256361	61	3.3	53	70	14	167	42	1	3	52	1.29
8256469--8256573	44	2.5	41	78	18	133	36	30	3	29	1.75
8256485--8256575	46	2.0	46	93	4	159	38	30	4	26	1.76
8261604--8261637	17	2.0	17	100	0	68	41	0	0	58	0.98
8261604--8261651	15	3.0	15	81	9	51	41	2	0	56	1.11
8261784--8261889	44	2.5	41	77	18	135	36	31	2	29	1.72
8261801--8261891	46	2.0	46	91	4	150	39	30	3	26	1.72
8261879--8261923	16	2.8	16	93	0	72	22	31	4	42	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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