genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42799318

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   

This is table  68  of  141  ( 16820 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19932346--19932413	32	2.1	32	94	0	118	38	33	0	27	1.57
19932785--19932851	29	2.3	27	80	14	64	49	17	1	31	1.56
19933346--19933632	42	6.8	42	77	3	263	24	24	25	26	2.00
19933352--19933632	126	2.2	126	82	2	332	24	24	24	26	2.00
19942661--19942734	20	3.7	20	81	0	94	40	21	28	9	1.84
19955192--19955237	22	2.1	22	100	0	92	36	15	17	30	1.91
19964464--19964549	26	3.4	26	82	6	88	17	29	23	30	1.97
19964481--19964552	26	2.8	26	87	6	112	15	29	25	30	1.96
19970844--19970970	41	3.1	40	78	7	137	29	14	25	30	1.95
19976902--19976949	22	2.2	22	100	0	96	16	8	20	54	1.68
19977665--19977749	26	3.4	25	73	11	75	18	25	21	34	1.96
19977676--19977743	26	2.7	26	81	4	86	16	27	23	32	1.96
19977665--19977825	24	6.6	24	72	12	89	17	26	22	34	1.96
19981606--19981666	30	2.0	31	90	3	97	39	0	4	55	1.21
19981633--19981740	29	3.7	29	75	10	94	36	3	4	55	1.38
19986962--19987030	11	5.9	13	79	17	57	23	28	1	46	1.61
19986966--19987022	11	5.0	11	86	4	69	22	29	1	45	1.63
19986966--19987030	22	2.9	23	81	9	80	24	27	1	46	1.62
19988184--19988223	7	5.7	7	100	0	80	27	0	15	57	1.38
19991488--19991906	125	3.4	125	93	0	678	30	22	17	30	1.96
19997359--19997383	4	6.2	4	100	0	50	76	24	0	0	0.80
19999190--19999228	13	3.0	13	82	10	53	30	0	0	69	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19999372--19999406	17	1.9	19	88	11	56	65	11	2	20	1.37
20007511--20007549	13	3.1	13	85	3	53	51	15	17	15	1.77
20012881--20013087	85	2.4	84	86	1	270	33	19	22	24	1.97
20012862--20013132	42	6.4	42	82	5	287	31	19	22	25	1.98
20012881--20013124	85	2.9	81	81	6	265	33	19	22	25	1.97
20012883--20013131	127	2.0	127	81	7	301	31	19	22	25	1.98
20013580--20013648	21	3.3	21	89	0	102	1	43	20	34	1.61
20018424--20018976	9	64.2	9	69	21	180	39	0	13	45	1.48
20018429--20018548	16	7.9	16	69	19	96	35	1	17	45	1.58
20018443--20018597	25	6.2	25	77	11	129	38	1	15	45	1.55
20018469--20019006	34	15.2	35	67	21	136	40	0	13	45	1.46
20018604--20018636	16	2.1	16	100	0	66	30	0	24	45	1.53
20018571--20018844	62	4.9	50	74	17	136	41	0	13	44	1.44
20018500--20018641	25	5.6	25	71	17	89	39	0	16	42	1.54
20018660--20018759	22	4.8	21	70	25	68	39	0	12	49	1.40
20018620--20018986	31	12.0	31	80	11	413	40	0	12	47	1.41
20018620--20018986	62	6.0	62	85	10	533	40	0	12	47	1.41
20018553--20018968	177	2.4	177	95	2	743	41	0	12	45	1.42
20018781--20018813	16	2.1	16	100	0	66	30	0	24	45	1.53
20018839--20018936	22	4.6	22	66	19	73	39	0	12	47	1.41
20019221--20019263	18	2.4	18	76	0	50	65	6	0	27	1.18
20019563--20019651	18	4.8	18	81	14	110	42	0	12	44	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20019546--20019651	39	2.8	37	86	12	144	44	0	11	44	1.40
20019534--20019660	22	6.0	22	68	23	85	44	0	11	44	1.41
20019538--20019698	57	2.8	56	71	17	143	42	1	12	43	1.50
20020272--20020314	18	2.4	18	76	0	50	65	6	0	27	1.18
20022422--20022469	24	2.0	24	87	0	69	37	39	0	22	1.55
20022672--20022908	114	2.1	114	86	0	330	28	27	18	24	1.98
20022814--20022979	73	2.3	73	83	0	215	29	27	18	24	1.98
20022874--20023183	114	2.7	114	88	0	442	26	26	20	26	1.99
20022687--20023095	187	2.2	188	85	1	581	27	27	19	24	1.99
20026439--20026492	26	2.1	26	85	0	72	35	9	14	40	1.78
20030854--20030916	26	2.5	25	81	2	81	23	19	23	33	1.97
20031446--20031634	56	3.2	56	63	19	132	21	6	23	48	1.73
20031394--20031640	120	2.1	120	98	0	476	21	7	22	48	1.75
20032134--20032170	15	2.5	15	90	0	65	32	24	27	16	1.96
20034086--20034124	21	2.0	20	85	10	53	28	12	7	51	1.67
20034512--20034575	31	2.1	31	91	2	103	59	14	3	23	1.49
20036132--20036166	18	1.9	19	88	11	56	54	11	0	34	1.37
20036388--20036451	22	3.0	22	76	4	58	62	12	6	18	1.50
20036794--20036836	3	14.3	3	100	0	86	65	0	0	34	0.93
20037331--20037407	16	4.3	17	71	19	59	49	2	5	42	1.39
20038091--20038131	16	2.7	14	82	17	55	19	2	24	53	1.57
20038677--20038776	22	4.5	21	70	18	78	53	4	2	41	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20038645--20038817	67	2.9	57	78	18	192	53	4	2	39	1.35
20038678--20038823	67	2.1	67	94	2	256	53	4	2	40	1.32
20039265--20039301	19	1.9	19	89	10	58	37	0	2	59	1.12
20039266--20039306	5	8.4	5	81	13	50	36	0	2	60	1.10
20039265--20039305	9	4.3	9	84	9	55	39	0	2	58	1.11
20047208--20047234	14	1.9	14	100	0	54	48	14	7	29	1.71
20047824--20047869	24	1.9	24	86	0	65	34	8	43	13	1.74
20051740--20051935	50	3.9	50	80	0	221	27	22	29	20	1.99
20054130--20054188	29	2.0	31	83	6	77	40	0	38	20	1.53
20054324--20054364	21	2.0	21	85	9	57	39	0	39	21	1.54
20054402--20054438	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
20054492--20054522	9	3.4	9	90	0	53	41	19	12	25	1.87
20054699--20054744	4	11.2	4	90	4	74	52	21	0	26	1.47
20054815--20054861	18	2.6	19	77	12	55	59	12	4	23	1.51
20054764--20054849	18	4.4	18	67	25	59	53	13	4	27	1.60
20054817--20054905	43	2.0	43	87	10	128	59	13	1	25	1.41
20054836--20054919	25	3.6	24	73	16	79	58	16	0	25	1.38
20054766--20054919	60	2.5	60	78	7	134	55	14	2	27	1.53
20055618--20055677	21	2.8	21	75	12	59	13	5	30	51	1.62
20055685--20055736	22	2.4	22	80	6	61	11	7	46	34	1.69
20055735--20055797	23	2.8	22	77	17	67	19	0	31	49	1.48
20055757--20055790	16	2.2	15	89	5	50	14	0	32	52	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20055762--20055999	14	17.0	14	68	13	71	25	2	28	43	1.67
20055645--20055816	7	23.6	7	71	10	51	18	2	36	42	1.66
20055945--20055999	22	2.5	21	82	8	65	25	3	30	40	1.73
20056173--20056583	115	3.6	116	83	1	513	25	13	21	40	1.89
20056811--20056867	24	2.4	24	77	11	64	26	38	0	35	1.57
20056847--20056876	8	3.6	8	95	4	51	33	40	0	26	1.57
20059930--20060024	21	4.6	20	82	8	77	38	21	36	3	1.69
20060358--20060517	84	1.9	85	85	3	225	28	20	26	24	1.99
20060342--20060563	43	5.2	43	80	6	227	25	18	28	27	1.98
20060695--20061018	49	6.6	49	87	3	422	53	18	6	21	1.66
20060702--20060971	146	1.8	147	91	0	443	53	19	5	20	1.66
20060702--20061018	146	2.2	146	86	4	433	53	18	5	21	1.66
20063259--20063304	24	2.0	22	87	12	65	41	6	4	47	1.49
20063895--20063941	24	1.9	25	82	4	60	65	10	10	12	1.46
20064243--20064283	18	2.3	18	80	16	50	70	4	0	24	1.06
20068437--20068514	24	3.2	24	87	3	104	35	16	16	30	1.92
20071629--20072179	275	2.0	271	96	1	1012	36	14	7	40	1.75
20073065--20073099	12	2.8	12	86	4	52	62	0	8	28	1.24
20085857--20085921	34	1.9	34	93	0	112	36	3	21	38	1.69
20088122--20088170	25	2.0	25	83	0	62	22	22	16	38	1.92
20095178--20095214	17	2.2	17	95	0	65	48	5	18	27	1.70
20100624--20101047	229	1.8	230	91	0	697	36	19	14	29	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20104751--20104777	13	2.1	13	100	0	54	55	0	29	14	1.40
20109621--20109824	93	2.2	94	80	7	220	35	17	17	29	1.93
20109741--20110224	186	2.6	185	87	1	655	35	15	20	28	1.93
20110145--20110702	237	2.4	237	87	0	801	36	17	19	25	1.94
20112729--20112767	12	3.4	11	89	7	51	33	10	0	56	1.33
20114087--20114149	31	2.1	30	82	8	74	53	1	1	42	1.19
20114584--20114685	51	2.0	51	98	0	195	37	6	7	48	1.59
20122926--20122959	6	5.7	6	100	0	68	29	0	0	70	0.87
20124612--20124731	60	2.0	60	100	0	240	28	11	11	48	1.75
20124690--20124773	42	2.0	42	92	0	141	35	11	9	42	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141