genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.100.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42799318

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28512329--28512387	9	6.6	9	80	7	66	83	0	16	0	0.66
28512904--28513012	17	6.5	17	67	23	63	34	10	9	45	1.70
28512885--28512967	34	2.4	36	86	8	109	34	9	7	48	1.64
28512891--28512967	18	4.5	17	73	15	68	35	10	7	46	1.67
28517232--28517280	24	2.0	25	88	4	73	44	6	8	40	1.59
28517240--28517303	24	2.7	23	80	9	65	43	4	10	40	1.61
28520835--28520864	8	3.8	8	95	0	51	90	3	0	6	0.56
28521738--28522489	75	9.9	75	83	7	858	27	18	19	34	1.95
28521754--28522481	382	1.9	372	85	5	996	27	18	20	34	1.95
28522919--28522986	30	2.3	29	80	12	75	33	16	8	41	1.79
28523329--28523408	13	5.8	13	73	8	61	75	6	15	3	1.15
28523341--28523406	20	3.2	21	74	8	64	77	4	13	4	1.08
28523840--28523906	16	4.1	16	72	12	64	80	0	17	1	0.79
28523838--28523910	29	2.5	29	80	8	87	78	0	20	1	0.83
28523838--28523886	7	7.3	7	73	17	50	79	0	18	2	0.83
28524404--28524529	18	7.3	18	75	12	86	33	10	11	45	1.74
28524403--28524528	53	2.4	52	79	11	141	33	10	11	45	1.74
28524403--28524530	35	3.7	34	80	12	127	34	10	10	44	1.73
28524404--28524529	17	7.3	16	70	18	67	33	10	11	45	1.74
28524466--28524531	34	1.9	35	84	9	91	36	9	12	42	1.74
28528751--28528799	24	2.0	25	88	4	73	44	6	8	40	1.59
28528759--28528822	24	2.7	23	80	9	65	43	4	10	40	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28532354--28532383	8	3.8	8	95	0	51	90	3	0	6	0.56
28533658--28533752	29	3.2	29	82	4	111	35	17	4	42	1.69
28534251--28534311	19	3.2	19	86	13	81	73	0	26	0	0.83
28534250--28534300	4	13.2	4	84	15	72	72	0	27	0	0.85
28534573--28534616	23	1.9	23	85	0	61	81	0	18	0	0.68
28535076--28535201	18	7.3	18	75	12	86	33	10	11	45	1.74
28535075--28535200	53	2.4	52	79	11	141	33	10	11	45	1.74
28535075--28535202	35	3.7	34	80	12	127	34	10	10	44	1.73
28535076--28535201	17	7.3	16	70	18	67	33	10	11	45	1.74
28535138--28535203	34	1.9	35	84	9	91	36	9	12	42	1.74
28536522--28536561	19	2.0	20	90	4	64	45	2	0	52	1.14
28540561--28540602	22	1.9	22	85	9	59	33	33	9	23	1.87
28544582--28544645	30	2.1	30	100	0	128	29	12	6	51	1.64
28545674--28546068	97	4.1	96	90	2	605	40	1	17	39	1.61
28545674--28546074	193	2.1	193	90	1	635	40	1	18	39	1.61
28547537--28547604	30	2.3	30	86	0	91	10	13	41	35	1.78
28548144--28548176	7	4.7	7	100	0	66	57	15	0	27	1.38
28549331--28549362	11	2.9	11	95	0	55	40	0	31	28	1.57
28549743--28549774	16	2.0	16	100	0	64	31	0	0	68	0.90
28552389--28552421	12	2.6	13	90	4	50	42	3	0	54	1.15
28571487--28571551	27	2.3	29	84	13	98	46	3	1	49	1.27
28571493--28571547	27	2.0	27	96	0	101	45	3	1	49	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28571493--28571536	13	3.3	13	75	6	52	45	2	0	52	1.13
28572557--28572998	226	2.0	217	81	6	512	30	22	8	37	1.85
28578766--28578869	49	2.1	49	92	0	172	50	9	8	30	1.65
28579363--28579575	71	3.0	71	99	0	417	30	22	19	27	1.98
28581923--28581956	12	2.8	12	100	0	68	61	26	5	5	1.42
28582005--28582063	12	4.9	12	91	0	100	62	23	5	8	1.43
28582005--28582063	24	2.5	24	100	0	118	62	23	5	8	1.43
28582005--28582154	23	6.5	23	80	8	135	58	20	6	14	1.58
28582030--28582154	45	2.7	46	79	10	148	57	20	7	15	1.61
28583235--28583283	21	2.7	18	77	22	57	65	10	8	16	1.46
28585705--28585739	14	2.5	14	90	0	52	34	17	5	42	1.73
28586376--28586448	6	12.2	6	92	0	110	19	45	32	2	1.64
28586985--28587150	62	2.7	62	93	0	269	50	8	5	35	1.56
28591072--28591242	43	4.0	43	74	11	138	32	26	17	22	1.96
28607827--28607874	25	1.9	25	83	8	62	20	16	16	45	1.85
28608239--28608273	17	2.1	16	89	5	52	45	0	14	40	1.45
28615986--28616018	16	2.1	16	100	0	66	24	18	15	42	1.88
28619475--28619499	11	2.3	11	100	0	50	24	16	0	60	1.36
28626298--28626334	17	2.2	16	90	4	56	59	5	0	35	1.20
28631725--28631828	32	3.3	32	72	8	115	42	5	19	32	1.75
28631700--28631849	61	2.5	61	100	0	300	38	4	24	34	1.74
28631896--28631951	23	2.4	23	90	0	94	26	1	25	46	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28632139--28632206	29	2.7	23	72	23	64	38	0	20	41	1.53
28631839--28633199	80	16.6	80	91	4	1999	32	0	23	43	1.57
28635308--28635341	15	2.3	15	90	5	52	67	5	0	26	1.13
28635442--28635504	30	2.2	29	86	8	85	50	1	4	42	1.32
28635539--28635580	22	1.9	22	90	0	66	33	0	33	33	1.58
28635552--28635610	30	2.0	30	96	0	109	32	0	35	32	1.58
28635581--28635651	22	3.2	22	86	7	99	35	1	29	33	1.67
28638699--28638747	20	2.3	20	86	6	62	81	0	18	0	0.69
28638699--28638745	11	4.6	10	79	10	51	82	0	17	0	0.66
28638694--28638746	12	4.5	11	81	9	61	83	1	15	0	0.74
28640057--28640196	45	3.2	45	66	15	119	26	22	28	22	1.99
28640190--28640801	132	4.6	132	86	5	750	28	17	23	29	1.97
28640541--28640733	44	4.4	44	65	14	110	30	17	25	26	1.97
28640629--28640801	44	3.9	44	67	18	108	30	17	23	28	1.97
28641042--28641073	12	2.7	12	95	0	55	50	12	31	6	1.65
28643760--28643868	41	2.6	41	89	1	164	26	20	29	23	1.99
28645111--28645173	9	7.2	9	72	13	51	23	1	3	71	1.09
28645673--28645985	108	2.9	108	90	2	479	31	16	18	34	1.93
28648279--28648318	22	1.9	21	85	10	55	42	20	7	30	1.79
28649817--28649861	18	2.5	19	79	17	51	48	4	2	44	1.35
28656481--28656531	19	2.6	20	73	17	61	49	5	19	25	1.71
28663324--28663357	17	2.0	17	88	0	50	55	5	11	26	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28664956--28665485	44	11.9	44	78	6	521	27	23	17	31	1.97
28664954--28665485	89	6.0	89	92	0	859	27	23	17	31	1.97
28673565--28673604	20	2.0	20	100	0	80	30	15	25	30	1.95
28677346--28677379	17	2.0	17	88	0	50	55	5	11	26	1.58
28690741--28690765	12	2.1	12	100	0	50	24	36	24	16	1.94
28690924--28690982	9	6.6	9	76	7	57	44	20	8	27	1.80
28690924--28690982	27	2.2	27	84	0	73	44	20	8	27	1.80
28690924--28690982	18	3.3	18	82	0	73	44	20	8	27	1.80
28691097--28691131	18	1.9	18	100	0	70	8	0	51	40	1.33
28691641--28691687	21	2.3	21	92	3	78	34	23	25	17	1.96
28692138--28692185	24	2.0	24	100	0	96	33	8	25	33	1.86
28698193--28698273	27	3.1	27	75	10	80	0	51	2	45	1.14
28698202--28698292	21	4.7	20	78	15	75	1	49	2	47	1.21
28698270--28698331	28	2.1	30	82	5	74	4	41	0	51	1.23
28700860--28701107	73	3.4	70	72	12	164	37	14	12	35	1.85
28705377--28705460	29	2.9	29	89	0	123	15	20	27	36	1.93
28707743--28707805	31	2.0	32	96	3	119	42	12	9	34	1.76
28710090--28710178	35	2.4	37	76	10	94	71	0	16	11	1.13
28710695--28710739	19	2.4	18	86	13	65	17	2	13	66	1.34
28716496--28716816	41	7.8	41	74	5	236	16	23	23	36	1.94
28716495--28716799	82	3.7	82	86	2	380	16	23	22	38	1.93
28719194--28719230	10	3.7	10	92	0	65	43	0	13	43	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28721057--28721093	11	3.4	11	96	0	65	37	5	2	54	1.38
28721280--28721344	34	1.9	34	96	0	121	47	9	0	43	1.35
28721306--28721359	22	2.3	22	87	9	72	48	11	0	40	1.39
28721316--28721366	22	2.4	22	90	3	86	49	9	0	41	1.36
28721287--28721456	56	3.0	56	96	0	313	47	10	1	40	1.49
28721362--28721415	22	2.3	22	87	9	72	48	11	1	38	1.50
28721377--28721422	22	2.1	22	95	0	83	47	10	0	41	1.38
28721297--28721660	9	42.2	9	66	21	95	45	14	2	38	1.57
28721448--28721480	16	2.1	16	100	0	66	45	24	0	30	1.53
28721443--28721584	34	4.2	34	68	13	89	42	18	2	37	1.62

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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