genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.99.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42799318

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28126289--28126461	47	3.7	47	91	1	267	24	19	10	45	1.82
28147885--28148021	72	1.9	73	87	3	204	37	2	24	35	1.71
28149655--28149824	54	3.1	54	83	0	205	20	27	24	27	1.99
28157608--28157648	22	1.9	21	85	5	55	73	4	2	19	1.13
28174245--28174357	28	3.6	28	66	26	75	32	7	4	54	1.49
28174247--28174346	32	3.0	32	72	18	105	32	8	4	56	1.47
28174344--28174372	15	1.9	15	100	0	58	20	10	6	62	1.50
28179313--28179511	100	2.0	100	94	0	353	32	9	19	39	1.84
28180624--28180713	22	4.0	22	73	4	72	23	21	31	24	1.98
28206790--28206945	46	3.5	46	89	2	228	34	15	23	26	1.94
28212439--28212486	24	2.0	24	84	8	62	45	0	14	39	1.45
28213864--28214152	147	2.0	147	96	0	533	29	16	20	32	1.95
28216982--28217228	46	5.5	46	91	2	385	34	16	22	27	1.95
28216982--28217228	91	2.7	91	91	1	399	34	16	22	27	1.95
28223758--28223803	17	2.7	17	96	0	83	41	34	13	10	1.79
28225111--28225525	208	2.0	208	95	0	740	28	25	20	25	1.99
28225423--28225664	43	5.7	43	88	2	319	30	26	19	24	1.98
28227244--28227283	17	2.3	18	80	20	50	12	2	2	82	0.87
28239498--28239624	41	3.1	41	79	5	141	27	23	18	30	1.97
28239552--28239646	42	2.3	41	87	1	127	30	21	18	29	1.97
28249044--28249149	41	2.5	42	84	1	124	28	23	18	29	1.98
28253067--28253110	18	2.4	19	81	7	56	59	4	0	36	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28253068--28253125	18	3.2	18	78	4	55	53	5	0	41	1.23
28254751--28254790	20	2.0	21	95	5	73	37	2	0	60	1.11
28254801--28254850	20	2.4	21	83	12	68	32	0	8	60	1.26
28254972--28255000	14	2.1	14	100	0	58	31	13	13	41	1.84
28263898--28264085	104	1.8	104	89	0	295	25	29	19	25	1.98
28274629--28274677	18	2.7	19	84	6	66	46	16	12	24	1.81
28274623--28274685	18	3.4	18	78	8	56	47	12	11	28	1.76
28276093--28276186	46	2.0	46	85	6	127	37	24	7	30	1.83
28276534--28276579	24	1.9	24	100	0	92	45	21	10	21	1.82
28277015--28277079	30	2.2	28	84	10	78	46	3	0	50	1.17
28277027--28277079	28	1.9	28	85	11	74	47	3	0	49	1.19
28284418--28284454	15	2.6	14	87	8	56	37	5	10	45	1.62
28286390--28286431	20	2.1	20	86	0	57	30	9	0	59	1.29
28288865--28289021	37	4.2	37	90	0	197	20	19	26	34	1.96
28288896--28289038	37	3.9	36	85	1	142	18	18	28	34	1.95
28299914--28300070	51	3.1	51	60	24	114	41	22	3	33	1.70
28299883--28300139	50	5.1	50	59	25	110	42	22	5	30	1.75
28299866--28300166	101	3.0	101	99	0	593	41	22	4	31	1.74
28300671--28300747	33	2.3	32	80	10	84	23	22	20	33	1.97
28310603--28310772	45	3.8	45	82	3	209	34	25	14	25	1.94
28312255--28312530	144	1.9	144	85	2	385	22	19	19	38	1.94
28312261--28312485	75	3.1	75	67	8	185	22	20	19	38	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28317442--28317480	5	7.8	5	83	11	53	17	0	2	79	0.84
28320028--28320067	21	1.9	21	84	0	53	37	37	7	17	1.78
28322438--28322488	23	2.2	23	85	0	66	27	9	21	41	1.84
28323481--28323533	14	3.6	13	77	22	52	0	26	1	71	0.96
28323473--28323538	17	4.1	16	74	16	64	1	25	1	71	1.04
28325656--28325713	22	2.7	21	84	7	80	32	3	18	44	1.67
28325666--28325710	23	2.0	22	91	4	72	31	4	17	46	1.68
28326086--28326112	13	2.1	13	100	0	54	22	7	14	55	1.64
28326747--28326785	18	2.2	18	100	0	78	43	0	10	46	1.37
28326752--28326791	18	2.2	18	90	0	62	50	0	10	40	1.36
28327147--28327223	14	5.0	15	71	20	52	42	15	9	32	1.78
28327163--28327202	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
28327151--28327217	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
28327186--28327225	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
28335886--28335926	19	2.2	19	100	0	82	36	4	14	43	1.67
28338758--28338972	42	5.2	42	88	3	276	27	22	19	29	1.98
28339502--28339526	2	12.5	2	100	0	50	52	48	0	0	1.00
28342931--28343025	41	2.3	41	89	3	138	31	5	13	49	1.64
28359225--28359288	33	1.9	33	90	0	101	51	0	4	43	1.22
28365738--28365809	25	3.0	25	77	4	76	36	19	22	22	1.95
28381063--28381096	14	2.4	14	80	0	50	35	0	17	47	1.48
28381919--28382009	47	1.9	47	93	0	155	29	6	24	39	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28390519--28390543	13	1.9	13	100	0	50	56	8	24	12	1.62
28394232--28394266	16	2.2	16	100	0	70	42	17	17	22	1.88
28397594--28398040	222	2.0	222	99	0	876	26	16	25	31	1.96
28397816--28399607	915	2.0	915	99	0	3566	27	16	25	30	1.97
28403081--28403113	2	17.5	2	87	12	52	45	0	0	54	0.99
28408434--28408516	28	2.8	30	76	12	100	30	13	9	46	1.75
28408434--28408521	30	3.0	28	71	21	74	31	12	10	45	1.75
28408518--28408648	64	2.1	63	94	1	226	54	9	7	28	1.61
28408530--28408663	64	2.1	64	89	6	195	54	11	7	26	1.62
28410928--28410987	28	2.2	28	87	3	86	15	3	41	40	1.63
28410932--28411005	34	2.2	34	80	4	87	16	4	39	40	1.67
28410994--28411040	21	2.1	23	84	7	62	27	8	29	34	1.87
28426352--28426464	58	1.9	58	83	0	145	25	10	7	56	1.58
28433762--28433864	54	1.9	54	86	4	145	33	27	6	33	1.83
28433813--28434063	139	1.8	139	85	1	360	35	25	8	30	1.85
28438477--28438533	18	3.2	18	77	5	62	50	10	14	24	1.73
28438558--28438662	20	5.5	19	72	12	58	40	10	9	39	1.72
28438598--28438662	21	3.1	21	88	4	96	35	9	12	43	1.74
28439404--28439442	17	2.4	17	86	4	53	0	25	0	74	0.82
28439396--28439442	23	2.1	23	81	18	55	2	21	0	76	0.89
28439551--28439592	14	2.9	14	82	10	50	0	35	0	64	0.94
28439560--28439606	18	2.8	17	78	15	53	0	38	0	61	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28439579--28439628	21	2.4	19	81	15	55	0	44	0	56	0.99
28440180--28440295	30	3.9	29	76	8	108	33	3	25	37	1.73
28451799--28452313	132	4.0	131	89	2	774	30	20	24	24	1.99
28453062--28453086	11	2.3	11	100	0	50	8	8	24	60	1.52
28454340--28454536	98	2.0	98	96	0	367	28	9	24	37	1.87
28467900--28468123	107	2.1	107	87	1	324	39	14	15	30	1.87
28468007--28468252	134	1.8	132	81	5	305	41	13	15	30	1.85
28468147--28468368	120	1.9	120	83	0	291	42	12	13	31	1.82
28468029--28468710	254	2.6	258	81	4	773	40	12	16	30	1.84
28468263--28468709	134	3.3	134	82	1	529	40	11	16	31	1.84
28468589--28468776	99	1.9	98	91	1	304	38	13	18	29	1.89
28468567--28468779	99	2.2	98	87	2	302	39	13	17	29	1.87
28470717--28471284	292	1.9	292	98	0	1109	34	18	20	26	1.95
28479607--28479632	13	2.0	13	100	0	52	23	0	23	53	1.46
28480668--28480765	42	2.3	42	83	0	115	24	26	30	18	1.98
28484676--28484705	14	2.1	14	93	0	51	10	43	10	36	1.72
28487715--28487754	20	2.0	20	90	0	62	50	10	10	30	1.69
28488729--28488767	10	3.8	11	83	16	57	38	0	0	61	0.96
28488957--28489022	30	2.2	30	84	10	91	69	0	1	28	0.97
28488964--28489023	30	2.1	29	90	6	95	70	0	1	28	0.97
28492314--28492400	36	2.2	42	82	13	107	33	20	1	44	1.59
28498835--28499061	114	2.0	114	99	0	445	33	13	17	35	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28499344--28499541	109	1.8	107	85	2	279	30	19	20	30	1.97
28500434--28500537	52	2.0	52	98	0	199	26	33	23	16	1.95
28509545--28509627	33	2.5	33	76	11	87	39	3	4	51	1.40
28509877--28509920	22	2.0	23	86	4	63	40	0	2	56	1.11
28511539--28511594	27	2.1	26	87	9	78	57	14	0	28	1.38
28511840--28511910	14	5.2	13	74	12	61	77	8	12	1	1.05
28511989--28512022	17	2.0	17	88	11	52	70	0	29	0	0.87
28512320--28512392	13	5.3	13	76	16	67	82	0	17	0	0.68
28512320--28512387	20	3.4	19	80	13	75	82	0	17	0	0.67
28512320--28512395	29	2.6	30	83	6	102	81	0	18	0	0.69

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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