genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.97.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42799318

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27582945--27582985	18	2.3	18	91	0	64	36	0	9	53	1.34
27583388--27583442	17	3.3	17	69	23	53	30	7	0	61	1.23
27595386--27595569	44	4.2	44	71	9	151	28	17	25	29	1.97
27595346--27595679	131	2.5	131	87	0	479	28	18	25	26	1.98
27598850--27598889	18	2.1	20	90	9	66	47	0	0	52	1.00
27599187--27599214	14	2.0	14	100	0	56	28	0	14	57	1.38
27604440--27604492	28	1.9	28	84	3	72	32	3	1	62	1.24
27604404--27604605	101	2.0	101	97	0	377	31	5	5	56	1.47
27604682--27604725	22	2.0	22	91	8	72	34	0	4	61	1.16
27604812--27604872	20	3.2	20	80	19	69	36	1	0	62	1.05
27604841--27604892	19	2.8	20	80	11	65	44	0	0	55	0.99
27604841--27604900	19	3.2	19	77	11	61	45	0	0	55	0.99
27619300--27619326	13	2.1	13	100	0	54	55	7	0	37	1.28
27620963--27621007	23	2.0	23	82	8	56	44	6	2	46	1.42
27624156--27624363	91	2.3	91	92	0	335	45	3	4	46	1.39
27624278--27624338	28	2.2	28	85	5	81	45	0	3	50	1.17
27624196--27624338	44	3.2	43	69	20	121	46	2	3	48	1.31
27624390--27624578	59	3.2	57	68	19	152	42	3	4	50	1.37
27624379--27624676	120	2.5	120	92	2	501	43	2	5	49	1.37
27624504--27624555	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
27624453--27624636	59	3.1	59	66	21	157	42	2	7	48	1.42
27624620--27624654	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27625300--27625339	16	2.3	18	87	8	57	50	2	15	32	1.57
27627360--27627426	35	1.9	35	93	0	116	16	14	29	38	1.89
27636342--27636517	50	3.4	53	76	11	141	28	20	27	23	1.99
27638194--27638243	26	1.9	26	84	8	66	60	0	6	34	1.21
27638656--27638716	27	2.3	27	88	2	88	60	3	4	31	1.34
27638736--27638775	21	1.9	21	84	0	53	57	2	7	32	1.40
27640353--27641221	50	17.6	48	68	10	301	23	18	23	34	1.96
27640320--27641299	100	9.9	100	86	3	1268	23	18	23	34	1.96
27640620--27641269	50	13.0	50	71	8	455	24	18	23	34	1.96
27641366--27641516	44	3.4	44	78	11	132	30	23	18	27	1.98
27641395--27641516	45	2.7	45	79	3	122	28	26	19	25	1.99
27641658--27641903	44	5.7	43	83	6	295	22	27	21	28	1.99
27643171--27643206	16	2.2	17	95	5	65	11	8	0	80	0.90
27644087--27644127	20	2.0	20	86	9	57	4	19	0	75	0.98
27649363--27649423	27	2.3	27	88	2	88	60	3	4	31	1.34
27649443--27649482	21	1.9	21	84	0	53	57	2	7	32	1.40
27654850--27654885	15	2.4	15	95	0	63	55	5	22	16	1.62
27654994--27655031	14	2.7	14	100	0	76	15	5	57	21	1.57
27656608--27656636	3	9.7	3	100	0	58	68	31	0	0	0.89
27658018--27658045	14	2.0	14	100	0	56	28	7	0	64	1.20
27667368--27667437	19	3.8	19	71	19	51	21	32	0	45	1.52
27669448--27669516	28	2.6	26	75	8	75	24	15	14	44	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27673409--27673477	27	2.7	25	82	8	93	11	52	8	27	1.67
27676007--27676053	11	4.2	11	91	2	76	17	34	0	48	1.47
27676033--27676156	51	2.4	51	87	2	178	30	25	0	43	1.60
27677267--27677298	7	4.6	7	96	0	55	25	0	12	62	1.30
27677270--27677304	14	2.5	13	86	13	52	25	0	14	60	1.35
27678500--27679155	29	22.7	29	82	7	773	46	29	0	24	1.56
27678500--27679155	117	5.7	116	83	8	845	46	29	0	24	1.56
27678531--27679155	88	7.2	87	82	8	747	46	28	0	24	1.57
27679149--27679271	57	2.2	55	84	8	151	36	13	6	43	1.69
27679694--27679724	12	2.6	12	94	0	53	74	0	19	6	1.03
27686527--27686555	13	2.2	13	100	0	58	44	6	0	48	1.29
27686919--27686961	3	14.3	3	100	0	86	67	0	0	32	0.91
27687242--27687272	6	5.2	6	96	0	53	12	16	70	0	1.16
27688559--27688624	3	22.0	3	100	0	132	66	0	0	33	0.92
27688747--27688793	12	4.1	11	86	13	60	65	0	0	34	0.93
27688881--27688927	8	5.8	8	90	10	69	74	0	2	23	0.93
27689259--27689292	17	2.0	17	88	0	50	41	0	2	55	1.15
27693941--27693978	15	2.4	16	86	8	51	26	31	23	18	1.97
27694821--27694908	35	2.5	35	77	3	106	40	32	10	15	1.81
27698744--27698806	33	1.9	33	87	3	92	14	38	20	26	1.91
27707072--27707215	40	3.6	40	79	12	145	25	23	27	24	2.00
27707124--27707222	39	2.5	39	86	4	110	25	22	28	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27707071--27707221	79	1.9	80	81	6	182	25	23	27	23	2.00
27717619--27717643	10	2.5	10	100	0	50	68	16	8	8	1.38
27726470--27726512	22	2.0	22	86	9	61	41	0	0	58	0.98
27726469--27726511	7	6.1	7	81	7	52	44	0	0	55	0.99
27726554--27726619	32	2.1	32	97	0	123	48	12	7	31	1.68
27730343--27730385	21	2.0	23	81	9	54	44	9	13	32	1.76
27733269--27733341	34	2.1	34	94	0	128	39	13	26	20	1.90
27733578--27733614	14	2.8	13	92	8	65	35	10	5	48	1.61
27737092--27737124	17	1.9	17	93	0	57	48	0	12	39	1.40
27739359--27739411	26	2.0	26	100	0	106	30	0	35	33	1.58
27740935--27740991	26	2.2	26	84	3	71	29	15	14	40	1.87
27742980--27743035	21	2.8	20	83	5	67	33	14	16	35	1.88
27743067--27743101	18	1.9	18	88	0	52	42	8	20	28	1.81
27743265--27743307	20	2.2	20	83	8	52	34	6	13	44	1.72
27772776--27772810	16	2.2	16	89	0	52	14	20	8	57	1.63
27773377--27773402	12	2.2	12	100	0	52	42	0	7	50	1.31
27776102--27776560	44	10.5	44	75	11	333	32	17	18	31	1.95
27776102--27776530	132	3.3	127	79	11	438	31	17	19	31	1.95
27776369--27776442	38	1.9	38	94	0	130	27	13	22	36	1.92
27778150--27778180	3	10.0	3	93	6	53	32	0	0	67	0.91
27778418--27778450	14	2.4	14	94	0	57	45	0	0	54	0.99
27779007--27779166	80	2.0	80	96	0	293	31	16	13	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27780455--27780509	17	3.1	17	78	14	65	23	18	10	47	1.80
27780450--27780514	20	3.4	20	75	12	73	21	23	9	46	1.80
27780579--27780632	21	2.6	21	84	0	72	14	11	9	64	1.48
27780546--27780631	21	4.2	20	72	5	64	17	13	10	58	1.63
27781134--27781216	20	4.3	19	71	17	55	63	4	13	18	1.46
27781172--27781235	20	3.3	18	80	10	65	56	4	20	18	1.59
27781193--27781242	20	2.5	20	83	6	66	54	6	20	20	1.65
27782362--27782427	3	21.3	3	73	17	55	34	0	0	65	0.93
27782362--27782425	18	3.7	17	81	10	85	34	0	0	65	0.93
27782385--27782427	10	4.5	10	80	11	54	32	0	0	67	0.91
27782362--27782425	34	2.0	32	82	14	78	34	0	0	65	0.93
27782571--27782630	20	3.0	20	81	11	61	30	5	1	63	1.25
27785099--27785177	36	2.1	37	93	6	133	21	22	20	35	1.96
27788287--27789740	133	10.8	133	79	8	1190	29	20	23	27	1.99
27788314--27789760	278	5.4	265	87	3	1532	29	19	23	27	1.98
27791243--27791308	3	21.3	3	73	17	55	36	0	0	63	0.95
27791243--27791306	18	3.7	17	77	10	76	35	0	0	64	0.94
27791243--27791305	21	3.0	21	79	6	65	36	0	0	63	0.95
27791243--27791306	34	2.0	32	85	14	87	35	0	0	64	0.94
27791325--27791400	32	2.3	32	80	8	82	36	5	9	48	1.58
27791465--27791509	18	2.5	17	80	19	56	26	4	2	66	1.22
27791465--27791515	18	2.8	17	73	21	50	31	3	1	62	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27791465--27791515	20	2.7	20	81	6	61	31	3	1	62	1.24
27792786--27792837	20	2.6	19	81	9	59	61	5	17	15	1.52
27792810--27792881	20	3.5	20	76	14	67	65	5	18	11	1.43
27792947--27792992	18	2.6	19	80	13	62	28	13	0	58	1.35
27792976--27793050	38	2.0	38	89	5	118	48	12	6	33	1.66
27795871--27795910	22	1.9	20	90	10	62	30	7	15	47	1.72
27801563--27801623	22	2.8	22	85	5	79	40	1	29	27	1.66
27801563--27801627	11	5.8	11	77	15	62	41	1	30	26	1.65
27803351--27803387	6	6.2	6	90	0	56	54	2	13	29	1.53
27803640--27803706	34	1.9	35	87	3	100	31	8	14	44	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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