genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.102.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42799318

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  102  of  141  ( 16820 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28937411--28937478	21	3.3	20	71	16	59	38	1	0	60	1.06
28938655--28938740	40	2.2	40	85	4	111	34	2	1	61	1.16
28938694--28938757	31	2.1	31	94	5	112	42	0	0	57	0.98
28940016--28940181	83	2.0	83	90	2	262	19	10	9	60	1.56
28951844--28951886	18	2.4	18	88	0	59	41	44	2	11	1.53
28951991--28952041	9	5.7	9	90	0	75	23	7	19	49	1.74
28952204--28952228	12	2.1	12	100	0	50	16	24	36	24	1.94
28966875--28966956	33	2.4	33	81	4	101	43	34	8	13	1.74
28974155--28974209	25	2.2	26	83	3	67	16	10	1	70	1.23
28982473--28982528	24	2.3	23	80	14	60	37	21	25	16	1.93
28982532--28982583	24	2.1	25	89	3	79	36	25	21	17	1.94
28982538--28982599	24	2.5	24	84	5	70	38	20	19	20	1.93
28986386--28986507	44	2.8	44	81	5	131	21	29	22	26	1.99
28986653--28986931	44	6.1	43	75	13	218	27	21	18	32	1.96
28986841--28987029	98	1.9	98	81	2	227	28	20	18	32	1.96
28986512--28987033	142	3.7	142	88	1	701	28	21	18	32	1.96
28987149--28987360	43	4.9	43	71	9	169	24	24	22	29	1.99
28988533--28988580	6	7.1	7	92	7	66	16	16	0	66	1.25
28988536--28988574	13	3.1	13	92	7	71	15	15	0	69	1.20
28989483--28989519	18	2.1	18	90	10	58	10	21	0	67	1.21
28989485--28989597	45	2.4	47	76	20	110	10	13	5	70	1.31
28989563--28989623	6	9.7	6	84	7	59	14	4	9	70	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28989554--28989599	21	2.2	21	88	0	65	10	4	6	78	1.08
28996012--28996065	15	3.5	15	75	12	56	29	1	0	68	1.00
28996854--28996943	9	9.7	9	72	14	67	65	0	5	28	1.15
28996864--28996942	28	2.8	28	79	7	79	67	0	5	27	1.12
28996853--28996943	19	4.8	20	75	12	70	65	0	5	28	1.14
28998394--28998461	33	2.1	33	100	0	136	30	2	27	38	1.72
29011218--29011268	21	2.4	21	83	6	59	33	1	27	37	1.68
29012693--29012731	20	2.0	20	85	10	53	20	53	15	10	1.70
29015808--29015914	56	1.9	55	92	1	178	39	8	11	41	1.71
29018661--29018725	30	2.2	29	81	8	76	30	27	6	35	1.81
29018668--29018725	30	1.9	30	85	0	80	31	24	6	37	1.82
29020723--29020758	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
29021281--29021672	111	3.5	111	92	0	626	28	16	20	34	1.94
29027491--29027526	3	12.0	3	93	0	63	33	2	0	63	1.08
29028048--29028452	111	3.7	110	92	2	656	28	17	20	33	1.95
29030104--29030148	19	2.5	17	89	7	63	68	0	2	28	1.01
29030104--29030148	3	15.0	3	81	9	56	68	0	2	28	1.01
29048059--29048093	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
29047952--29048350	120	3.3	120	99	0	782	43	2	4	49	1.36
29048179--29048213	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
29048299--29048333	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
29048498--29048588	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29048569--29048637	16	4.2	16	92	3	120	37	36	1	24	1.65
29048569--29048637	33	2.1	32	94	2	120	37	36	1	24	1.65
29048967--29049093	65	2.0	65	93	3	220	34	17	20	27	1.95
29050615--29050672	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
29051056--29051174	44	2.7	44	82	2	150	27	22	21	28	1.99
29053927--29053963	18	2.0	19	89	5	58	59	5	0	35	1.20
29063615--29063782	51	3.2	51	75	15	162	29	16	6	47	1.72
29067504--29067768	103	2.6	104	90	3	417	29	29	20	19	1.97
29068096--29068160	30	2.2	29	81	8	76	30	27	6	35	1.81
29068103--29068160	30	1.9	30	85	0	80	31	24	6	37	1.82
29074996--29075260	103	2.6	104	91	0	424	29	30	20	19	1.97
29075588--29075652	30	2.2	29	81	8	76	30	27	6	35	1.81
29075595--29075652	30	1.9	30	85	0	80	31	24	6	37	1.82
29076760--29076803	21	2.0	22	86	4	63	68	6	25	0	1.14
29077392--29077510	60	2.0	61	98	1	231	36	1	16	44	1.58
29079767--29079797	14	2.2	14	100	0	62	38	29	6	25	1.81
29082728--29082785	28	2.2	27	78	9	66	27	3	3	65	1.25
29084620--29084667	19	2.5	20	76	6	55	29	16	6	47	1.71
29086549--29086594	18	2.6	19	83	12	55	13	15	4	67	1.38
29088830--29090122	132	9.8	132	87	1	1648	28	19	23	28	1.98
29090099--29090196	44	2.2	45	88	1	144	31	15	26	26	1.96
29091741--29091814	3	25.7	3	72	13	57	29	4	2	63	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29098832--29098890	16	3.7	16	97	0	109	40	5	33	20	1.74
29098827--29098897	32	2.2	32	84	0	106	38	4	32	25	1.75
29099099--29099140	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
29099108--29099149	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
29099102--29099784	120	5.7	121	96	1	1198	49	5	1	42	1.36
29099218--29099269	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
29099338--29099394	15	3.9	15	77	15	57	52	1	0	45	1.11
29099454--29099500	16	3.0	16	78	12	53	51	2	0	46	1.13
29099588--29099629	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
29099699--29099753	15	3.5	15	80	14	58	49	1	1	47	1.23
29102763--29102822	22	2.7	23	86	5	86	45	10	36	8	1.68
29103866--29103890	12	2.1	12	100	0	50	24	36	24	16	1.94
29104051--29104187	9	14.6	9	90	6	202	37	31	9	21	1.86
29104194--29104254	17	3.4	17	68	12	50	52	13	1	32	1.50
29104211--29104274	20	3.3	20	68	12	62	45	15	4	34	1.67
29104188--29104300	37	3.1	37	94	1	192	47	15	4	32	1.65
29104341--29104399	24	2.5	24	88	0	91	30	25	0	44	1.55
29107465--29107498	16	2.1	16	94	0	59	50	8	0	41	1.34
29108402--29108442	17	2.5	17	88	4	57	24	2	34	39	1.69
29110798--29110948	53	2.8	53	89	4	214	29	27	16	25	1.97
29113051--29113144	39	2.4	39	80	5	102	26	29	23	20	1.99
29113118--29113204	39	2.2	39	87	0	120	27	28	20	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29113176--29113230	26	2.1	26	96	0	101	25	27	25	21	2.00
29122503--29122613	56	2.0	56	98	0	213	36	1	22	38	1.65
29123421--29123458	19	2.0	19	100	0	76	26	0	31	42	1.56
29124250--29124357	40	2.7	40	89	0	180	22	18	29	29	1.97
29133615--29133672	27	2.1	27	83	0	71	20	37	25	15	1.92
29134969--29135011	17	2.5	17	81	7	52	44	2	4	48	1.36
29136105--29136160	19	2.7	20	76	21	53	44	16	1	37	1.58
29147143--29147196	20	2.7	20	82	0	63	44	7	11	37	1.68
29152848--29152877	16	1.9	16	93	6	53	50	20	0	30	1.49
29157015--29157061	24	2.1	24	84	11	64	27	10	21	40	1.86
29163871--29164005	43	3.2	43	77	6	148	28	22	17	31	1.97
29165504--29165658	70	2.2	70	100	0	310	34	25	12	28	1.92
29165618--29165715	27	3.5	28	88	5	128	32	28	13	25	1.93
29185681--29185733	25	2.1	25	89	6	81	41	9	13	35	1.76
29186291--29186389	45	2.2	45	87	5	137	21	5	20	53	1.64
29187204--29187316	56	2.0	56	89	0	172	26	8	13	51	1.70
29191412--29191453	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
29191421--29191462	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
29191410--29191707	120	2.5	120	98	0	569	50	4	1	42	1.33
29191527--29191573	16	3.0	16	78	12	53	51	2	0	46	1.13
29191460--29191647	61	3.1	61	71	17	201	49	6	2	41	1.42
29191647--29191693	16	3.0	16	78	12	53	51	2	0	46	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29192796--29192847	25	2.1	25	100	0	104	42	15	26	15	1.87
29192948--29193218	137	2.0	138	91	2	438	46	14	13	25	1.81
29196665--29196731	32	2.1	32	83	10	84	55	4	26	13	1.57
29200799--29200845	20	2.3	20	88	0	76	25	27	31	14	1.95
29205278--29205325	20	2.4	20	92	0	78	29	29	29	12	1.93
29206860--29206916	21	2.6	22	86	8	73	31	1	3	63	1.22
29209937--29209966	8	3.8	8	95	0	51	10	40	0	50	1.36
29209936--29209973	16	2.4	17	82	13	53	15	36	0	47	1.46
29212920--29212956	5	7.6	5	88	11	51	40	0	2	56	1.13
29220780--29220818	5	7.6	5	91	5	60	79	15	2	2	0.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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