genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42799318

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19168190--19168349	47	3.4	47	86	1	223	30	12	21	35	1.90
19169496--19169537	21	2.0	21	90	0	66	30	4	19	45	1.71
19169747--19169790	22	1.9	24	86	9	65	40	13	2	43	1.57
19173500--19173558	3	20.0	3	89	3	93	3	30	0	66	1.08
19173819--19173984	56	2.9	56	79	6	183	39	5	33	21	1.76
19173998--19174055	30	1.9	30	92	0	98	39	1	29	29	1.67
19174620--19174649	15	2.0	15	100	0	60	46	13	20	20	1.83
19179524--19179569	22	2.1	22	100	0	92	21	36	8	32	1.84
19182001--19182044	17	2.6	17	85	3	54	45	0	6	47	1.29
19182934--19183148	102	2.2	99	88	5	317	40	13	16	30	1.87
19183089--19183200	51	2.2	52	93	1	190	49	9	10	30	1.70
19185661--19186113	97	4.5	98	81	9	504	29	16	15	37	1.90
19189098--19189128	16	1.9	16	93	0	53	48	6	6	38	1.55
19190080--19190120	21	1.9	22	95	5	75	29	0	0	70	0.87
19191728--19191767	15	2.7	15	88	7	55	27	20	12	40	1.88
19193939--19193999	8	7.5	8	80	8	70	3	21	0	75	0.94
19193943--19193999	25	2.3	24	80	14	62	3	22	0	73	0.98
19195927--19195974	13	3.7	13	80	0	51	50	0	4	45	1.21
19210335--19210458	43	2.9	43	80	9	153	19	16	29	33	1.94
19228080--19228171	37	2.4	38	85	1	141	33	32	16	17	1.92
19229778--19229848	26	2.8	26	89	2	108	36	7	22	33	1.81
19247347--19247382	19	1.9	19	88	5	56	58	2	2	36	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19256145--19256197	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
19266828--19266901	9	8.3	9	93	1	105	41	25	10	21	1.85
19271723--19271747	7	3.6	7	100	0	50	28	0	16	56	1.41
19274050--19274468	125	3.3	127	90	2	675	27	20	16	35	1.94
19274507--19274940	97	4.4	97	84	5	498	38	18	1	41	1.59
19274497--19274940	196	2.2	198	81	7	544	38	18	1	40	1.60
19275517--19275584	10	6.3	11	75	24	56	30	30	0	38	1.58
19275527--19275584	22	2.6	22	94	2	98	32	29	0	37	1.58
19275554--19275669	51	2.3	52	89	3	166	29	24	0	46	1.53
19277047--19277115	23	3.1	23	75	14	81	44	26	2	26	1.68
19277079--19277126	23	2.0	23	84	4	60	43	27	2	27	1.66
19279292--19279642	125	2.8	124	81	3	420	34	20	15	29	1.94
19282695--19282759	22	2.9	22	80	14	71	33	4	4	56	1.40
19282931--19282974	18	2.5	17	82	10	52	22	2	0	75	0.92
19286500--19286545	25	1.9	24	82	8	58	21	17	4	56	1.58
19287333--19287375	13	3.4	13	83	3	52	79	4	9	6	1.06
19289609--19289739	45	2.9	45	87	4	192	29	15	23	32	1.95
19289578--19289880	88	3.4	87	72	5	259	29	17	24	29	1.97
19289846--19289952	44	2.4	44	100	0	214	28	17	23	29	1.97
19289886--19290489	132	4.6	132	89	0	895	30	19	23	25	1.98
19293573--19293856	89	3.2	89	84	2	338	27	23	22	26	1.99
19294056--19294305	85	2.9	84	74	8	250	29	20	22	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19294102--19294224	44	2.8	45	72	1	113	30	17	23	27	1.97
19294013--19294481	173	2.7	170	81	6	507	31	20	20	28	1.97
19295871--19296017	23	6.5	22	70	18	79	34	7	4	54	1.48
19295948--19296009	21	2.8	23	81	11	76	35	6	1	56	1.35
19295899--19296112	115	1.9	116	79	10	251	34	7	4	53	1.48
19296066--19296124	24	2.4	23	77	22	59	35	1	3	59	1.24
19296255--19296281	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
19296713--19296750	20	1.9	20	100	0	76	36	10	10	42	1.74
19301457--19301484	14	2.0	14	100	0	56	35	21	0	42	1.53
19308134--19308185	18	2.8	18	91	2	77	46	0	3	50	1.20
19309171--19309203	17	1.9	17	88	11	50	57	0	18	24	1.40
19313821--19313885	33	2.0	33	93	0	112	35	13	6	44	1.69
19314074--19314109	16	2.2	16	90	0	54	77	13	0	8	0.98
19329152--19329212	32	1.9	32	83	12	81	44	4	1	49	1.33
19329332--19329392	32	1.9	32	83	12	81	49	1	4	44	1.33
19329351--19329392	20	2.1	20	86	0	57	47	0	7	45	1.30
19329490--19329542	25	2.1	25	100	0	106	49	28	3	18	1.65
19333583--19333952	27	13.7	27	80	5	185	21	17	20	40	1.91
19333591--19333952	54	6.7	54	81	2	406	20	17	20	40	1.91
19333593--19333940	81	4.3	81	84	6	429	20	18	20	40	1.91
19338039--19338082	23	1.9	22	82	17	54	36	27	0	36	1.57
19338226--19338412	51	3.7	50	76	4	196	30	26	17	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19341005--19341046	20	2.1	20	86	0	57	47	0	7	45	1.30
19342548--19342782	32	7.4	32	87	2	269	39	19	20	21	1.93
19342773--19342829	26	2.2	26	83	0	69	33	28	24	14	1.94
19342954--19343011	24	2.4	24	88	5	82	48	24	8	18	1.76
19343071--19343209	27	5.1	27	84	3	181	25	22	18	33	1.97
19343071--19343213	54	2.6	54	89	4	218	25	21	18	34	1.96
19343153--19343273	27	4.5	27	80	6	93	20	20	20	38	1.94
19350900--19350936	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
19350948--19351022	26	2.9	25	70	16	64	53	2	1	42	1.23
19351075--19351099	6	4.2	6	100	0	50	80	0	0	20	0.72
19363516--19363555	15	2.3	19	80	20	52	25	10	7	57	1.57
19363544--19363589	23	2.0	23	82	0	56	17	6	13	63	1.50
19367601--19367645	15	3.1	14	78	12	54	22	4	0	73	1.01
19376754--19376861	23	4.4	23	68	17	65	38	20	11	29	1.87
19376874--19377375	23	21.5	23	71	4	351	41	17	14	26	1.88
19376737--19376930	75	2.7	71	88	7	300	39	20	11	28	1.88
19376923--19377377	70	6.5	71	87	1	614	41	17	14	25	1.88
19376923--19377377	141	3.2	140	89	1	662	41	17	14	25	1.88
19376924--19377377	211	2.2	211	91	1	750	41	17	14	25	1.88
19378101--19378198	28	3.5	28	94	0	160	30	25	12	31	1.92
19403946--19404068	34	3.7	31	75	13	95	29	12	13	44	1.80
19404064--19404096	17	1.9	17	100	0	66	24	15	18	42	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19406350--19406378	14	2.0	15	93	6	51	72	0	13	13	1.13
19407111--19407242	28	4.7	28	89	1	192	31	11	25	32	1.91
19407111--19407242	57	2.3	56	89	3	203	31	11	25	32	1.91
19408003--19408287	23	12.0	22	68	18	137	25	12	18	42	1.86
19408013--19408383	94	3.9	95	93	2	577	26	12	18	41	1.87
19407968--19408294	23	14.0	22	68	17	110	25	13	18	41	1.88
19408072--19408311	46	5.1	46	73	11	245	24	12	20	42	1.87
19411395--19411739	171	2.0	171	98	0	672	28	15	24	32	1.95
19414699--19414830	28	4.7	28	89	1	192	31	11	25	32	1.91
19414699--19414830	57	2.3	56	89	3	203	31	11	25	32	1.91
19415565--19415623	23	2.6	23	84	7	68	27	20	15	37	1.92
19415599--19415977	23	16.0	22	67	18	176	25	12	18	42	1.86
19415609--19416073	94	4.9	94	94	1	761	26	12	18	41	1.87
19441184--19441222	20	2.0	20	85	10	53	35	10	15	38	1.81
19442790--19442825	18	2.0	18	100	0	72	11	16	38	33	1.84
19447193--19447228	9	4.0	9	92	0	63	55	2	0	41	1.14
19450146--19450204	16	3.7	16	80	8	66	49	1	0	49	1.11
19450158--19450198	21	2.0	20	85	4	55	48	2	0	48	1.14
19450147--19450260	32	3.7	32	68	20	98	49	3	1	45	1.29
19450145--19450202	5	10.7	6	72	20	56	48	1	0	50	1.11
19450149--19450278	58	2.2	58	87	5	192	50	3	1	44	1.29
19462194--19462347	57	2.7	56	83	13	181	43	11	10	34	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19462251--19462364	35	3.1	38	77	15	105	41	10	10	37	1.74
19462231--19462363	18	7.3	18	74	18	107	43	10	9	36	1.72
19462862--19462903	7	6.0	7	81	10	50	0	28	0	71	0.86
19462867--19462909	20	2.1	20	87	12	61	0	25	0	74	0.82
19463193--19463230	15	2.5	15	86	0	58	0	23	0	76	0.79
19463186--19463256	21	3.5	20	72	18	56	2	19	0	77	0.89
19463196--19463267	18	4.1	18	78	16	64	2	23	0	73	0.96
19463195--19463247	27	2.0	27	88	7	81	0	24	0	75	0.80
19463815--19463971	59	2.6	60	77	4	147	46	5	19	28	1.73
19463787--19463978	30	6.4	30	74	8	142	45	5	19	29	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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