genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.96.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42799318

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27314087--27314174	9	9.7	9	69	16	56	29	2	0	68	1.02
27321191--27321232	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
27326473--27326560	26	3.3	26	82	7	124	36	7	19	36	1.81
27331115--27331143	9	3.3	9	95	4	51	0	10	6	82	0.83
27333859--27333895	3	12.3	3	100	0	74	64	0	0	35	0.94
27336717--27337283	285	2.0	285	92	1	938	35	15	15	32	1.89
27341755--27341831	24	3.2	24	79	1	73	18	29	15	36	1.92
27341864--27341960	27	3.8	25	77	9	74	18	26	21	32	1.97
27341862--27341960	52	2.0	49	82	9	119	19	26	21	33	1.97
27342036--27342074	19	2.2	18	86	9	53	41	5	17	35	1.72
27342219--27342320	48	2.1	48	96	0	186	38	6	26	28	1.82
27345978--27346005	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
27365878--27366042	39	4.2	39	83	0	195	16	18	29	35	1.93
27367274--27367431	39	4.1	39	90	0	244	14	20	31	34	1.92
27368663--27368702	12	3.8	11	81	18	50	37	0	17	45	1.49
27374713--27374763	23	2.2	23	92	0	84	27	9	21	41	1.84
27376986--27377134	39	3.8	39	84	3	201	17	18	28	35	1.93
27379157--27379196	3	13.3	3	83	0	53	57	0	40	2	1.12
27380182--27380258	40	1.9	39	82	10	93	33	25	19	20	1.96
27380673--27380698	13	2.0	13	100	0	52	7	38	30	23	1.83
27391606--27391734	46	2.8	43	74	17	118	50	2	11	35	1.52
27393386--27393542	44	3.7	43	78	5	131	29	22	17	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27393512--27393811	128	2.3	127	89	3	458	25	19	21	33	1.97
27393924--27394238	44	7.2	44	65	15	143	27	21	20	30	1.98
27393815--27394281	131	3.6	131	92	0	702	26	23	20	29	1.99
27394274--27394653	131	2.9	130	83	3	352	25	23	21	30	1.99
27394234--27394398	88	1.9	87	86	3	235	26	24	21	27	1.99
27393989--27394980	351	2.8	349	89	2	1490	26	23	20	29	1.99
27394120--27394522	220	1.8	219	87	2	594	25	23	21	29	1.99
27394420--27394982	44	12.8	44	66	9	202	26	24	19	29	1.99
27394322--27394653	131	2.5	132	88	1	479	24	23	20	31	1.98
27394638--27394982	131	2.6	132	85	5	360	27	24	19	28	1.99
27394230--27394765	88	6.1	87	70	9	196	26	23	20	29	1.99
27394454--27394873	220	1.9	219	88	2	628	26	24	20	29	1.99
27394673--27394985	131	2.4	132	89	2	452	27	24	19	29	1.98
27395516--27395618	45	2.3	45	76	8	109	52	8	13	25	1.69
27395890--27395930	6	6.8	6	83	10	57	2	14	0	82	0.76
27395897--27395932	11	3.1	11	92	8	54	2	11	0	86	0.68
27397581--27397700	62	1.9	62	94	0	213	30	5	21	42	1.74
27398664--27399040	43	8.8	43	75	4	296	32	28	16	23	1.96
27398746--27399034	129	2.2	129	80	1	346	34	29	14	21	1.94
27399953--27400010	21	2.8	21	86	0	80	6	44	13	34	1.71
27399992--27400163	66	2.6	66	86	1	229	15	27	17	39	1.90
27401882--27401932	12	4.4	12	73	9	52	54	7	11	25	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27402300--27402338	17	2.4	17	87	12	55	35	10	2	51	1.50
27402367--27402391	12	2.1	12	100	0	50	60	8	8	24	1.52
27404289--27404410	7	16.7	7	73	17	79	34	44	0	21	1.53
27404289--27404423	22	6.2	22	77	13	127	33	45	0	21	1.52
27404291--27404391	46	2.2	44	83	8	132	34	43	0	21	1.53
27404330--27404407	29	2.7	29	88	2	104	33	46	0	20	1.51
27405191--27405242	23	2.3	23	83	12	63	23	5	7	63	1.43
27405367--27405524	82	1.9	83	82	8	198	36	22	17	23	1.95
27405690--27405721	16	2.0	16	93	0	55	37	28	18	15	1.92
27410214--27410341	42	3.0	41	85	3	157	13	18	16	51	1.76
27410914--27410959	22	2.1	22	84	8	58	50	6	10	32	1.63
27413034--27413064	12	2.6	12	94	0	53	70	0	9	19	1.14
27413086--27413112	12	2.2	12	100	0	54	44	0	7	48	1.31
27413746--27413792	18	2.6	19	73	10	53	8	14	0	76	1.01
27414518--27414575	3	19.7	3	82	7	57	34	3	1	60	1.24
27415758--27415811	26	2.0	28	85	7	76	61	0	0	38	0.96
27415777--27415808	15	2.0	17	88	11	50	62	0	0	37	0.95
27421643--27421675	17	1.9	17	100	0	66	36	12	12	39	1.80
27426654--27426745	46	2.0	46	100	0	184	26	15	21	36	1.93
27428538--27428602	31	2.1	31	85	5	87	41	6	4	47	1.49
27428637--27428672	17	2.1	17	100	0	72	36	11	22	30	1.89
27429375--27429407	17	1.9	17	93	0	57	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27429942--27430315	185	2.0	185	95	1	678	26	14	12	46	1.80
27432015--27432051	18	2.0	18	89	5	56	18	8	5	67	1.36
27433739--27434098	179	2.0	180	87	1	526	38	15	17	28	1.90
27434493--27434545	20	2.5	21	85	11	65	43	1	3	50	1.30
27434554--27434607	24	2.2	24	75	18	58	42	1	1	53	1.22
27439081--27439116	18	1.9	18	88	5	54	33	2	0	63	1.08
27439761--27439800	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
27439746--27439812	34	1.9	35	90	3	109	31	8	13	46	1.74
27439740--27439816	14	5.0	15	71	20	52	33	9	14	42	1.77
27441149--27441218	27	2.6	27	80	8	79	51	20	2	25	1.61
27441320--27441378	29	2.0	29	93	0	100	33	22	6	37	1.80
27441320--27441365	14	3.2	14	72	27	51	32	19	6	41	1.77
27448682--27448731	26	2.0	26	92	4	84	38	16	6	40	1.73
27450721--27451018	114	2.6	114	83	0	335	36	30	19	14	1.91
27450714--27451020	38	8.1	38	79	0	299	36	30	18	13	1.90
27457675--27457713	12	3.2	12	85	7	51	35	0	2	61	1.10
27459248--27459283	13	2.8	13	91	0	54	25	11	25	38	1.88
27467602--27467838	117	2.0	117	96	0	438	37	13	15	32	1.87
27489475--27489761	44	6.6	44	82	6	345	32	28	18	20	1.96
27489567--27489939	41	8.9	40	75	10	257	33	26	17	22	1.96
27489474--27489845	171	2.2	172	94	0	638	34	27	17	20	1.95
27490729--27490754	8	3.2	8	100	0	52	53	23	0	23	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27497617--27497687	13	5.5	13	72	0	61	32	19	2	45	1.65
27498187--27498241	22	2.5	22	93	0	92	27	23	29	20	1.99
27504695--27504761	21	3.1	20	80	8	62	68	16	5	8	1.35
27504714--27504761	24	2.0	24	88	4	71	70	16	6	6	1.28
27513735--27513766	15	2.0	17	88	11	50	43	0	3	53	1.16
27514842--27514875	16	2.2	15	94	5	59	70	0	0	29	0.87
27514856--27514925	9	7.2	10	78	15	67	64	2	0	32	1.08
27514857--27514925	19	3.5	21	75	16	67	63	2	0	33	1.09
27514857--27514927	21	3.6	19	79	11	63	63	2	0	33	1.09
27521095--27521261	69	2.4	69	85	2	219	29	25	23	20	1.99
27524222--27524265	16	2.8	16	89	6	63	43	4	27	25	1.74
27524448--27524595	57	2.6	58	82	11	182	54	2	0	41	1.19
27524568--27524614	24	2.0	24	84	8	62	68	0	2	29	1.02
27534587--27534636	25	2.0	25	100	0	100	52	8	4	36	1.50
27535099--27535134	18	1.9	19	88	5	56	66	13	13	5	1.41
27549860--27549928	30	2.2	31	87	7	95	39	2	7	50	1.45
27552615--27552674	19	3.0	20	71	9	50	33	0	6	60	1.23
27553460--27553501	22	1.9	22	85	9	59	26	26	28	19	1.98
27554126--27554217	46	2.0	46	100	0	184	54	10	15	19	1.70
27562566--27562617	21	2.5	21	79	14	63	28	1	1	67	1.12
27565175--27565210	16	2.2	16	90	9	56	66	2	11	19	1.35
27567174--27567488	128	2.4	129	84	5	375	30	20	19	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27567282--27567828	44	12.7	42	71	7	258	31	21	17	29	1.96
27567276--27567570	85	3.4	86	76	7	328	30	22	17	29	1.97
27567287--27567617	175	1.9	175	94	0	581	31	22	18	28	1.97
27567281--27567788	129	3.9	127	82	7	411	31	21	17	28	1.96
27567458--27567847	129	3.0	129	86	3	536	32	21	16	29	1.96
27567755--27567932	98	1.8	98	90	4	288	31	19	16	33	1.94
27580324--27580359	16	2.2	16	90	9	56	66	2	11	19	1.35
27580701--27580737	17	2.2	17	95	0	65	32	24	21	21	1.98
27582906--27583013	3	36.0	3	71	3	56	35	2	6	55	1.40
27582945--27582985	12	3.4	12	93	0	64	36	0	9	53	1.34

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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