genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.98.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42799318

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27813005--27813072	16	4.2	16	96	0	127	26	0	35	38	1.57
27813288--27813342	15	3.4	16	80	16	53	50	1	0	47	1.11
27813308--27813342	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
27813428--27813462	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
27813291--27813761	120	3.9	120	96	0	861	48	5	2	43	1.39
27815949--27815978	15	2.0	15	93	0	51	50	20	23	6	1.71
27818266--27818353	28	3.1	28	66	0	86	13	38	19	28	1.90
27818244--27818430	56	3.2	56	85	11	266	13	40	19	27	1.89
27818289--27818417	64	2.0	64	95	0	231	13	39	20	26	1.89
27818353--27818432	28	2.9	28	78	0	97	13	38	20	27	1.90
27818353--27818457	28	3.8	28	78	1	86	15	35	20	29	1.93
27823556--27823652	21	4.7	21	84	5	92	48	16	18	16	1.82
27824149--27824196	18	2.8	16	75	12	51	43	14	0	41	1.45
27828396--27828449	21	2.7	19	78	10	63	29	5	3	61	1.36
27828426--27828508	9	8.8	9	69	19	53	28	2	3	65	1.22
27828397--27828458	19	3.2	19	78	13	63	27	4	4	62	1.36
27828378--27828498	40	3.1	40	73	12	99	33	3	2	61	1.26
27829245--27829284	19	2.0	20	90	4	64	32	0	0	67	0.91
27829257--27829315	27	2.2	27	84	3	75	25	0	5	69	1.09
27831692--27831719	10	2.8	10	100	0	56	28	0	28	42	1.56
27838146--27838242	29	3.4	29	70	18	94	40	11	16	31	1.84
27846960--27847018	26	2.3	26	84	0	82	33	6	25	33	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27846953--27847016	13	4.9	13	78	0	74	29	7	25	37	1.84
27849577--27849639	33	2.0	33	87	6	94	50	19	28	1	1.56
27849591--27849639	26	1.9	25	91	4	80	53	16	30	0	1.43
27854282--27854326	20	2.1	22	84	12	58	13	11	8	66	1.44
27854986--27855085	32	3.0	34	85	7	141	40	18	23	19	1.92
27858611--27858655	21	2.1	22	84	12	58	66	8	11	13	1.44
27861456--27861694	35	7.1	33	83	7	277	41	17	23	17	1.90
27861456--27861693	67	3.6	67	96	0	422	41	17	23	18	1.90
27862382--27862439	18	3.2	17	85	9	71	41	22	10	25	1.85
27862382--27862439	27	2.1	27	87	6	82	41	22	10	25	1.85
27862391--27862439	9	5.5	8	81	18	53	38	22	12	26	1.89
27862438--27862512	37	2.0	37	92	0	123	46	13	5	34	1.66
27862438--27862529	37	2.5	37	85	7	107	47	11	6	33	1.66
27862623--27862670	24	2.0	23	84	4	60	29	0	2	68	1.01
27862675--27862728	18	2.9	18	86	2	72	12	1	46	38	1.53
27862975--27863100	32	3.8	32	83	5	146	34	25	14	26	1.94
27863375--27863603	51	4.5	51	85	0	287	37	21	7	32	1.82
27863375--27863598	102	2.2	102	88	0	322	37	21	8	32	1.83
27872525--27872606	36	2.3	36	85	4	103	42	18	7	31	1.77
27874879--27874913	18	2.0	18	88	5	54	14	25	40	20	1.90
27877110--27877166	15	3.8	15	73	13	55	36	3	0	59	1.14
27877114--27877180	32	2.1	31	83	8	82	38	4	0	56	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27878349--27878405	29	1.9	30	85	3	80	40	1	5	52	1.34
27885728--27885867	66	2.1	66	89	2	219	34	7	17	40	1.79
27889140--27889193	24	2.2	24	96	0	99	38	3	5	51	1.43
27900639--27900691	18	2.9	17	74	20	54	37	15	1	45	1.57
27907185--27907557	187	2.0	187	98	0	728	27	13	21	36	1.92
27907880--27907991	44	2.6	44	94	1	190	29	16	24	30	1.96
27907974--27907999	7	3.7	7	100	0	52	42	11	30	15	1.82
27910037--27910148	44	2.6	44	94	1	190	29	16	24	30	1.96
27910131--27910156	7	3.7	7	100	0	52	42	11	30	15	1.82
27915420--27915538	51	2.4	50	91	1	193	31	15	26	27	1.95
27915514--27915539	7	3.7	7	100	0	52	42	11	30	15	1.82
27920747--27921121	4	93.8	4	99	0	741	50	24	0	25	1.50
27923124--27923185	32	1.9	32	93	0	106	46	3	25	24	1.67
27923126--27923182	16	3.6	16	74	9	62	47	3	24	24	1.68
27923429--27923491	18	3.4	17	73	23	56	50	1	1	46	1.20
27923373--27923591	100	2.2	100	82	12	256	53	4	1	40	1.31
27932286--27932579	146	2.0	148	95	1	538	30	17	13	38	1.88
27952306--27952371	20	3.2	20	65	4	51	18	30	15	36	1.91
27952290--27952436	41	3.6	41	83	1	161	22	26	13	37	1.91
27954820--27954846	9	3.0	9	100	0	54	33	11	22	33	1.89
27955236--27955314	29	2.6	30	82	15	108	43	11	27	17	1.84
27955183--27955465	120	2.4	120	86	2	381	38	13	26	21	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27955211--27955432	60	3.7	60	71	12	188	40	13	24	21	1.88
27964832--27964871	21	1.9	21	85	10	55	45	10	0	45	1.37
27970865--27971012	41	3.6	41	83	0	170	21	28	16	33	1.95
27973070--27973143	24	3.3	23	70	14	64	51	6	4	37	1.47
27973996--27974033	11	3.5	11	82	7	51	68	7	2	21	1.28
27973998--27974038	21	2.0	21	90	0	64	60	7	2	29	1.36
27975405--27975438	8	4.2	8	96	0	59	73	17	0	8	1.08
27981613--27981847	78	3.0	78	99	0	461	28	27	16	27	1.97
27983822--27983908	37	2.4	35	88	7	138	35	3	18	42	1.67
27983832--27983908	37	2.1	37	97	0	145	37	3	18	40	1.69
27987120--27987151	16	1.9	17	93	6	57	43	18	6	31	1.75
27987122--27987376	39	6.5	39	88	0	357	45	20	3	30	1.68
27993994--27994242	137	1.8	138	86	0	365	31	26	20	21	1.98
28001593--28001929	27	12.5	27	79	3	320	43	21	16	18	1.89
28004977--28005010	14	2.4	14	90	0	59	44	17	2	35	1.64
28027678--28027705	6	4.7	6	100	0	56	50	0	17	32	1.47
28029604--28029696	46	2.0	46	97	0	177	31	21	3	44	1.68
28037116--28037141	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
28037547--28037633	43	2.0	44	84	2	113	34	5	3	56	1.40
28037552--28037663	43	2.5	43	77	14	109	36	6	3	53	1.43
28045642--28045705	27	2.4	27	91	0	101	40	10	0	48	1.38
28046382--28046465	18	4.7	18	72	10	64	34	14	1	50	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28046374--28046458	35	2.4	37	86	8	129	37	14	1	47	1.52
28046615--28046680	19	3.5	19	79	4	89	51	1	9	37	1.43
28047098--28047162	28	2.4	28	92	2	105	46	0	10	43	1.38
28054912--28054974	29	2.1	30	83	13	78	33	7	14	44	1.74
28055445--28055507	30	2.1	30	84	0	81	39	12	4	42	1.64
28057011--28057048	20	1.9	19	89	5	58	31	2	2	63	1.22
28058683--28059207	41	12.6	40	77	8	217	22	16	25	36	1.94
28058723--28059295	84	6.8	84	93	0	932	21	16	24	36	1.94
28058723--28059293	251	2.3	252	92	0	948	22	16	24	36	1.94
28060234--28060467	117	2.0	117	98	0	450	30	8	24	37	1.84
28061602--28061665	33	1.9	33	87	0	92	23	10	0	65	1.24
28062977--28063004	14	2.0	14	100	0	56	35	14	7	42	1.73
28065252--28065279	14	2.0	14	100	0	56	35	14	7	42	1.73
28069842--28069889	16	3.0	16	87	0	78	35	4	37	22	1.74
28069869--28069959	45	2.0	44	87	6	130	31	6	28	32	1.83
28070103--28070144	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
28070112--28070153	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
28070138--28070328	61	3.2	61	71	12	196	49	5	2	42	1.38
28070101--28070332	120	1.9	121	93	2	405	50	5	1	42	1.36
28070141--28070324	59	3.1	58	67	21	155	49	5	2	42	1.39
28070307--28070347	21	2.0	21	100	0	82	56	9	0	34	1.32
28079311--28079366	25	2.2	25	84	9	69	42	0	35	21	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28090054--28090083	12	2.5	12	94	0	51	10	26	36	26	1.88
28094663--28094706	11	3.9	11	88	5	61	36	0	0	63	0.95
28094669--28094709	3	14.3	3	80	10	50	36	0	0	63	0.95
28096932--28096982	12	4.1	12	72	18	50	50	1	1	45	1.24
28096936--28096977	21	2.0	21	85	0	57	52	2	2	42	1.27
28102050--28102079	4	7.5	4	100	0	60	0	23	0	76	0.78
28104787--28104837	26	1.9	26	84	11	68	19	15	29	35	1.93
28105328--28105378	22	2.3	23	80	16	63	43	23	1	31	1.65
28105612--28105672	28	2.2	28	93	0	104	31	16	21	31	1.95
28123281--28123307	14	1.9	14	100	0	54	33	7	29	29	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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