genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.27.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42799318

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8285487--8285524	20	1.9	20	88	0	58	44	13	2	39	1.57
8286811--8286869	21	2.8	21	89	0	91	16	23	15	44	1.86
8287598--8287626	12	2.3	13	94	5	51	20	0	20	58	1.39
8298707--8298737	15	2.1	15	100	0	62	45	6	25	22	1.76
8303023--8303051	15	1.9	15	100	0	58	41	10	34	13	1.79
8309018--8309162	43	3.4	43	93	4	233	40	4	4	51	1.40
8310062--8310110	16	3.1	15	78	18	55	69	2	10	18	1.27
8310057--8310098	15	2.8	15	79	10	50	69	0	11	19	1.19
8311365--8311427	32	2.0	32	96	0	117	44	9	15	30	1.79
8314686--8314719	14	2.4	14	90	0	50	17	2	55	23	1.55
8319879--8320121	50	4.8	50	90	0	369	25	22	31	20	1.98
8321850--8321917	27	2.5	27	95	0	118	32	13	27	26	1.93
8332607--8332784	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
8332608--8332763	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
8332604--8332784	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
8347747--8347841	42	2.2	42	83	5	111	33	25	14	26	1.94
8349803--8349948	27	5.4	27	89	0	211	16	15	22	45	1.85
8359243--8359446	103	2.0	103	91	1	329	26	29	16	27	1.97
8360927--8360992	32	2.1	32	97	0	123	36	10	18	34	1.85
8362345--8362396	27	1.9	27	88	0	77	36	17	15	30	1.91
8362353--8362406	27	2.0	27	85	0	72	38	11	16	33	1.84
8367996--8368269	27	10.2	26	86	4	280	41	20	18	18	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8367996--8368269	81	3.4	81	83	5	340	41	20	18	18	1.90
8368016--8368269	54	4.7	53	84	4	312	42	19	19	18	1.89
8368607--8368693	28	3.0	29	77	9	90	28	22	20	27	1.99
8368603--8368691	30	3.0	30	77	4	92	28	23	21	26	1.99
8369925--8370149	43	5.3	43	91	0	335	23	27	20	28	1.99
8370866--8370896	8	3.9	8	95	0	53	48	25	22	3	1.66
8374097--8374152	17	3.4	16	80	9	69	33	44	0	21	1.52
8374138--8374194	21	2.7	21	83	0	78	35	40	5	19	1.74
8374704--8374944	41	5.9	40	88	3	331	29	29	21	19	1.98
8374704--8374931	81	2.8	81	86	4	332	29	28	22	19	1.98
8374704--8374928	122	1.8	122	90	3	364	29	28	22	19	1.98
8374979--8375054	39	1.9	39	84	5	100	25	21	17	36	1.94
8374993--8375104	40	2.8	39	76	6	100	26	19	17	35	1.94
8376230--8376449	69	3.2	69	80	6	241	24	25	14	35	1.93
8376147--8376449	138	2.2	138	79	8	314	24	25	14	34	1.94
8381213--8381462	29	8.6	29	80	6	249	37	12	25	25	1.90
8381241--8381491	116	2.2	116	85	2	335	38	12	25	24	1.90
8381213--8381548	145	2.3	145	89	0	492	37	12	25	24	1.91
8381444--8381564	59	2.1	58	87	1	170	38	16	24	20	1.93
8381305--8381563	29	8.9	29	82	2	191	38	15	24	22	1.92
8394974--8395029	24	2.4	25	90	6	82	42	17	14	25	1.87
8400139--8400174	13	2.8	13	91	8	56	33	0	22	44	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8403398--8403437	14	2.9	14	82	17	57	57	0	0	42	0.98
8408375--8408418	22	2.0	22	90	0	70	34	29	6	29	1.83
8410761--8410814	17	3.5	17	66	23	55	44	16	20	18	1.87
8410762--8410821	29	2.1	29	96	0	111	46	15	16	21	1.83
8411706--8412494	158	5.0	158	93	0	1330	22	17	17	42	1.88
8414362--8414415	18	2.9	18	88	5	72	51	3	18	25	1.62
8421055--8421108	21	2.7	20	82	5	63	44	12	12	29	1.80
8427676--8427732	26	2.1	27	87	9	82	26	24	15	33	1.95
8431516--8431618	35	2.9	36	78	5	111	43	17	15	23	1.87
8437440--8437509	33	2.2	30	80	9	77	32	12	11	42	1.79
8437458--8437509	15	3.3	15	75	5	50	32	15	9	42	1.79
8438822--8438917	35	2.7	35	88	0	138	34	14	20	30	1.93
8446102--8446168	34	1.9	35	87	3	100	46	8	8	35	1.67
8446570--8446615	24	1.9	24	100	0	92	21	43	13	21	1.86
8452926--8452957	9	3.6	9	95	0	55	50	0	3	46	1.17
8454348--8454433	39	2.2	38	79	6	93	66	1	1	31	1.07
8454805--8454929	58	2.1	59	94	1	216	36	21	7	34	1.81
8460177--8460228	23	2.3	23	80	3	61	34	19	3	42	1.69
8462858--8462917	22	2.7	23	73	19	63	66	6	0	26	1.16
8462867--8462900	4	8.0	4	90	9	50	73	2	0	23	0.97
8464254--8464306	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
8470865--8471042	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8470866--8471021	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
8470862--8471042	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
8479355--8479512	80	2.0	81	98	1	309	48	16	12	23	1.79
8487954--8488012	31	1.9	31	82	0	73	45	22	6	25	1.76
8493023--8493075	11	4.7	11	75	13	54	75	0	22	1	0.90
8493031--8493074	6	7.2	6	80	14	54	77	0	20	2	0.88
8493020--8493064	17	2.5	17	89	7	63	75	0	24	0	0.80
8493020--8493075	24	2.3	24	82	17	71	75	0	23	1	0.90
8495203--8495246	11	4.0	11	84	0	61	47	11	9	31	1.71
8495200--8495245	22	2.1	22	91	0	74	47	8	10	32	1.69
8495343--8495661	90	3.5	90	89	0	449	30	7	17	44	1.77
8495361--8495484	46	2.8	45	74	6	117	33	8	13	44	1.74
8497653--8497759	31	3.4	31	71	21	105	42	17	11	28	1.84
8497580--8497799	63	3.2	68	83	9	261	43	16	10	29	1.82
8497638--8497732	31	3.0	33	70	25	103	43	18	8	29	1.80
8497924--8498017	41	2.3	41	85	3	118	29	26	18	25	1.98
8498518--8498551	8	4.2	8	84	0	50	50	11	0	38	1.39
8501303--8501342	20	2.0	20	100	0	80	35	0	0	65	0.93
8503092--8503323	50	4.7	50	83	3	254	21	28	22	27	1.99
8509452--8509619	85	2.0	85	89	6	261	36	25	20	17	1.94
8510600--8510699	50	2.0	50	84	3	130	43	24	7	26	1.79
8515353--8515377	5	5.0	5	100	0	50	40	0	60	0	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8515799--8515865	29	2.3	29	73	0	71	50	5	2	40	1.42
8516158--8516211	27	1.9	29	88	7	85	61	11	0	27	1.30
8516158--8516219	27	2.3	26	83	13	72	59	11	0	29	1.32
8516182--8516224	18	2.3	18	80	4	50	58	11	0	30	1.34
8516449--8516793	169	2.0	169	98	0	672	25	16	19	38	1.92
8518462--8518505	21	2.1	21	83	8	54	25	9	2	63	1.35
8518735--8518765	7	4.4	7	95	0	53	29	12	9	48	1.73
8518819--8518874	27	2.1	27	96	0	103	35	12	17	33	1.88
8519690--8519752	23	2.6	24	71	19	58	30	1	4	63	1.24
8521123--8521193	21	3.2	21	71	11	61	35	2	5	56	1.38
8521211--8521255	22	2.1	21	84	8	56	42	2	4	51	1.34
8527291--8527325	15	2.3	15	85	0	52	62	11	0	25	1.28
8527623--8527659	11	3.5	11	85	14	51	75	0	2	21	0.92
8527696--8527746	26	2.1	24	89	10	77	64	3	1	29	1.22
8527696--8527757	26	2.6	24	82	12	74	62	3	3	30	1.26
8527764--8527803	19	2.1	19	95	0	71	57	5	2	35	1.34
8531851--8531915	20	3.1	21	72	12	62	58	3	1	36	1.23
8534691--8534764	27	2.8	27	79	2	87	28	16	12	43	1.83
8535680--8535753	27	2.8	27	79	2	87	28	16	12	43	1.83
8534102--8536079	989	2.0	989	100	0	3956	31	17	14	35	1.90
8547316--8547350	16	2.1	17	89	5	54	62	5	0	31	1.18
8551718--8551775	30	1.9	30	82	6	73	32	12	1	53	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8552297--8552329	15	2.2	15	94	0	57	15	6	9	69	1.34
8557080--8557123	18	2.6	17	86	10	63	45	2	11	40	1.53
8558289--8558335	23	2.0	24	87	4	69	2	17	53	27	1.55
8566581--8566628	22	2.2	23	85	11	73	27	29	0	43	1.55
8566587--8566628	22	2.0	22	95	4	77	28	28	0	42	1.56
8566603--8566715	51	2.2	51	90	3	174	28	26	1	43	1.65
8566716--8566781	10	6.5	10	75	3	60	34	0	0	65	0.93
8566717--8566781	31	2.1	31	100	0	130	33	0	0	66	0.92
8567576--8567600	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
8568774--8569241	29	17.2	28	76	14	353	46	25	0	28	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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