genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.24.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42799318

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  24  of  141  ( 16820 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7495402--7495433	16	2.0	16	93	0	55	59	9	0	31	1.29
7501252--7501303	22	2.3	23	83	12	72	30	13	28	26	1.94
7501294--7501390	22	4.4	22	77	5	99	36	17	25	20	1.94
7501295--7501386	44	2.1	44	82	11	109	36	17	25	20	1.94
7505426--7505450	13	1.9	13	100	0	50	8	32	32	28	1.86
7513170--7513209	19	2.1	19	86	9	55	60	5	0	35	1.19
7513571--7513711	22	6.8	21	67	23	77	41	2	1	54	1.21
7513656--7513716	16	3.7	17	75	14	56	42	1	0	55	1.09
7513596--7513711	59	1.9	59	86	8	164	40	2	1	55	1.24
7516040--7516071	3	10.7	3	93	0	55	0	31	0	68	0.90
7517268--7517318	19	2.7	20	84	9	70	50	1	0	47	1.12
7518794--7518838	21	2.1	21	95	0	81	51	4	28	15	1.63
7519519--7519560	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
7519528--7519569	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
7519755--7519800	16	2.9	16	78	12	51	52	2	0	45	1.13
7519755--7519809	15	3.7	15	79	13	53	52	1	0	45	1.11
7519735--7519923	59	3.2	58	69	19	172	50	4	3	41	1.39
7519517--7519934	120	3.5	120	94	2	723	50	5	2	42	1.38
7519875--7520157	91	3.0	93	84	7	317	48	3	3	44	1.35
7519975--7520035	28	2.2	28	85	5	81	50	3	0	45	1.17
7519982--7520125	47	3.1	46	65	23	113	49	4	2	44	1.33
7519950--7520157	91	2.3	90	90	4	326	46	4	3	45	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7519975--7520117	44	3.2	43	68	16	119	48	3	2	46	1.31
7520000--7520138	47	3.0	47	68	17	137	49	4	2	43	1.34
7521563--7521589	11	2.5	11	100	0	54	51	18	7	22	1.70
7532051--7532184	70	1.9	71	89	3	207	32	17	9	39	1.83
7539240--7539305	29	2.3	28	76	7	69	27	16	15	40	1.88
7539496--7539545	21	2.3	22	93	6	93	28	32	0	40	1.57
7539564--7539614	10	4.9	11	76	11	54	31	0	0	68	0.90
7539551--7539614	30	2.1	31	94	2	112	34	0	0	65	0.93
7539705--7539754	21	2.3	22	93	6	93	28	32	0	40	1.57
7539430--7539849	209	2.0	209	100	0	840	30	21	2	45	1.64
7539773--7539823	10	4.9	11	76	11	54	31	0	0	68	0.90
7539760--7539823	30	2.1	31	94	2	112	34	0	0	65	0.93
7540670--7540694	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
7541333--7541367	18	1.9	18	88	0	52	25	34	8	31	1.86
7541627--7541681	24	2.3	24	90	0	92	45	32	20	1	1.61
7543152--7543231	29	2.8	29	92	3	128	52	23	0	23	1.47
7543229--7543285	26	2.2	26	100	0	114	26	7	7	59	1.49
7547503--7547695	43	4.5	43	75	2	201	24	28	18	28	1.98
7547503--7547602	41	2.4	42	84	3	130	27	31	16	26	1.96
7547503--7547695	84	2.3	85	79	1	217	24	28	18	28	1.98
7548387--7548432	21	2.2	21	96	0	83	6	47	15	30	1.70
7550773--7550854	25	3.4	25	78	9	73	31	1	23	43	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7550773--7550970	9	23.1	9	65	23	81	33	2	20	43	1.63
7550874--7550937	25	2.5	25	79	2	74	39	0	18	42	1.51
7550893--7550958	16	3.8	16	69	18	51	33	0	18	48	1.48
7550899--7550970	37	1.9	37	97	0	135	33	0	18	48	1.48
7550970--7551198	57	3.9	57	76	14	221	42	3	10	43	1.55
7551031--7551128	30	2.8	36	73	20	100	40	3	10	45	1.53
7550955--7551326	124	2.9	127	83	7	464	40	2	11	45	1.55
7551148--7551259	37	3.0	37	92	0	179	41	2	9	45	1.51
7551199--7551270	20	3.8	20	70	17	71	37	4	6	51	1.48
7551070--7551245	94	1.9	92	88	4	257	42	2	10	44	1.50
7553755--7553796	19	2.2	19	86	0	57	23	2	45	28	1.66
7554719--7554783	14	4.6	14	73	7	60	47	29	1	21	1.60
7554731--7554786	21	2.6	22	80	8	71	46	32	0	21	1.52
7554864--7554907	22	2.0	21	91	4	70	52	29	2	15	1.55
7555362--7555697	114	3.0	112	74	2	321	24	19	24	30	1.98
7557249--7557274	11	2.4	11	100	0	52	38	7	0	53	1.30
7557272--7557338	9	6.4	9	75	24	53	28	1	0	70	0.96
7557234--7557395	40	3.7	43	80	15	167	32	2	0	64	1.12
7557306--7557361	29	1.9	29	82	7	69	32	3	1	62	1.23
7557234--7557395	86	1.9	84	86	10	229	32	2	0	64	1.12
7558247--7558321	13	5.8	13	69	12	55	32	6	24	37	1.81
7569172--7569259	40	2.2	40	97	0	167	25	20	28	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7570944--7570992	24	2.0	24	92	0	80	26	18	22	32	1.97
7572697--7572722	11	2.4	11	100	0	52	57	7	7	26	1.54
7575846--7575959	44	2.7	42	74	8	106	29	24	19	26	1.98
7582114--7582192	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
7582311--7582723	47	8.7	47	96	1	727	29	30	8	31	1.86
7588194--7588343	40	3.8	40	99	0	282	25	26	21	26	1.99
7588346--7588610	114	2.3	114	88	0	368	33	18	18	29	1.95
7589013--7589097	14	6.1	14	76	13	77	18	1	31	48	1.56
7589160--7589203	7	6.3	7	82	10	54	18	0	31	50	1.47
7589146--7589199	21	2.5	22	82	11	67	20	1	27	50	1.59
7589146--7589203	14	4.1	14	77	6	55	18	1	29	50	1.57
7589066--7589280	102	2.1	102	88	6	312	16	0	33	48	1.50
7589538--7589578	21	2.0	21	95	4	75	29	0	9	60	1.28
7590490--7590560	27	2.6	27	80	10	90	23	16	11	47	1.79
7594032--7594060	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
7594728--7594974	43	5.7	43	80	3	230	34	20	20	24	1.96
7594984--7595066	35	2.4	35	89	0	121	25	22	18	33	1.96
7596149--7596177	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
7596845--7597091	43	5.7	43	80	3	230	34	20	20	24	1.96
7597101--7597183	35	2.4	35	89	0	121	25	22	18	33	1.96
7601408--7601820	47	8.7	47	95	1	727	29	30	7	32	1.86
7602959--7603000	18	2.3	18	100	0	84	42	19	4	33	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7619819--7619843	11	2.3	11	100	0	50	40	0	8	52	1.31
7624840--7624905	27	2.4	27	82	5	89	33	16	18	31	1.93
7631852--7631917	27	2.4	27	84	0	96	31	16	19	31	1.94
7634079--7634117	14	2.6	14	92	8	60	12	7	2	76	1.09
7636194--7636235	22	1.9	22	85	9	59	61	7	2	28	1.35
7640860--7640901	13	3.2	13	80	16	50	21	0	4	73	1.01
7641255--7641294	18	2.3	18	86	4	55	85	5	0	10	0.75
7643843--7643876	13	2.5	13	90	4	50	64	2	0	32	1.08
7643861--7643985	11	12.4	11	74	19	96	57	0	2	39	1.17
7643861--7643985	59	2.1	60	91	7	200	57	0	2	39	1.17
7643870--7643961	16	5.0	17	73	18	53	58	1	1	39	1.12
7643920--7643998	40	2.0	40	92	5	133	59	0	2	37	1.11
7644403--7644547	72	2.0	72	87	0	209	32	15	18	33	1.92
7648617--7649485	27	32.4	27	83	2	944	41	21	18	18	1.91
7663249--7663321	7	10.1	7	80	16	60	35	1	47	15	1.54
7663263--7663293	16	1.9	16	100	0	62	38	3	45	12	1.59
7663260--7663321	7	8.1	8	83	15	62	35	1	48	14	1.54
7663260--7663321	23	2.7	21	79	16	61	35	1	48	14	1.54
7663265--7663309	16	2.8	16	86	6	56	37	2	44	15	1.59
7682231--7682262	6	5.3	6	100	0	64	15	31	34	18	1.93
7682614--7682656	21	2.1	21	86	4	61	25	4	4	65	1.32
7684417--7684488	23	3.1	23	87	2	81	15	6	29	48	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7684423--7684500	24	3.3	24	85	5	97	17	7	26	47	1.75
7684664--7684781	32	3.7	32	75	7	123	20	16	23	38	1.92
7690834--7690915	28	2.9	28	94	3	137	30	25	20	23	1.99
7691247--7691328	27	3.0	27	81	10	71	23	18	23	35	1.96
7691281--7691502	27	8.2	27	87	2	320	20	18	22	38	1.93
7692083--7692129	24	1.9	24	86	4	67	25	36	0	38	1.56
7694666--7694899	27	8.7	27	79	7	208	23	16	15	44	1.85
7694666--7694899	81	2.9	80	81	6	240	23	16	15	44	1.85
7699125--7699183	26	2.4	24	77	8	57	47	1	0	50	1.11
7705663--7705870	27	7.7	27	91	2	247	22	14	18	44	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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