genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42799318

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1478755--1479068	81	3.9	81	80	5	339	21	20	28	29	1.98
1478749--1479027	122	2.3	121	85	4	355	21	20	28	29	1.98
1478750--1479066	122	2.6	121	81	7	347	21	20	28	29	1.98
1479144--1479301	71	2.2	71	100	0	316	55	3	10	29	1.52
1479602--1479652	21	2.4	21	83	0	66	27	1	37	33	1.68
1479746--1479809	7	9.3	7	78	10	60	14	0	56	29	1.39
1479734--1479783	20	2.5	20	100	0	100	18	0	50	32	1.47
1479889--1479945	21	2.7	21	83	5	62	26	0	35	38	1.57
1482039--1482065	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
1484537--1484578	7	6.1	7	86	5	59	35	0	19	45	1.50
1484533--1484576	20	2.1	21	91	4	72	34	0	15	50	1.45
1484523--1484757	90	2.6	90	97	0	452	30	5	18	45	1.71
1485011--1485052	7	6.1	7	86	5	59	35	0	19	45	1.50
1485007--1485050	20	2.1	21	91	4	72	34	0	15	50	1.45
1485326--1485713	9	46.2	9	70	18	248	45	20	1	32	1.60
1485326--1485734	25	16.9	25	75	10	334	45	19	1	32	1.61
1485393--1485713	34	9.8	34	73	17	202	45	20	1	32	1.59
1485608--1485688	42	1.9	42	94	0	144	46	18	1	33	1.57
1485308--1485713	16	24.9	16	69	18	170	46	19	1	32	1.60
1487026--1487106	21	3.9	21	77	1	92	33	18	45	2	1.63
1487026--1487105	42	1.9	41	87	2	115	33	18	45	2	1.63
1487450--1487617	43	3.9	43	82	3	194	30	16	27	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1487411--1487632	86	2.6	86	81	2	257	31	17	24	27	1.97
1489411--1489511	35	2.9	35	80	0	112	16	11	33	37	1.86
1505740--1506302	44	12.8	44	87	0	793	28	20	24	25	1.99
1505739--1506302	88	6.4	88	96	0	1020	28	20	24	25	1.99
1510923--1510969	21	2.2	21	77	7	51	36	27	6	29	1.82
1510980--1511017	19	2.0	19	100	0	76	52	15	5	26	1.64
1511060--1511099	20	2.0	20	85	9	55	37	12	7	42	1.71
1512099--1512129	9	3.4	9	100	0	62	77	12	0	9	0.99
1518429--1518477	19	2.5	19	90	3	71	6	18	2	73	1.14
1520952--1521018	23	2.9	23	86	0	80	35	5	29	28	1.81
1521761--1521826	31	2.1	31	88	0	96	28	30	12	28	1.93
1521768--1521834	31	2.2	31	83	0	80	34	26	10	28	1.90
1522101--1522159	30	2.0	30	86	6	84	32	15	20	32	1.93
1522822--1522863	18	2.3	18	92	8	68	54	4	11	28	1.57
1522817--1522855	8	4.8	8	85	14	53	61	2	10	25	1.41
1525624--1525660	17	2.2	17	100	0	74	35	27	16	21	1.94
1526188--1526286	35	2.8	35	85	0	135	26	16	14	43	1.85
1528234--1528282	21	2.3	21	85	0	71	30	46	14	8	1.73
1528425--1528483	29	2.0	29	100	0	118	23	28	27	20	1.99
1530969--1531002	9	3.8	9	84	0	50	52	23	14	8	1.69
1536725--1536762	20	1.9	20	88	0	58	39	10	13	36	1.79
1539012--1539067	29	1.9	29	82	13	71	35	19	0	44	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1541282--1541341	27	2.2	28	82	8	79	36	18	25	20	1.94
1541326--1541383	27	2.1	27	81	6	64	37	13	27	20	1.91
1544519--1544568	23	2.1	23	81	7	55	62	4	18	16	1.48
1548088--1548156	36	1.9	35	91	2	111	18	14	53	13	1.72
1553759--1553813	18	2.8	20	75	13	69	27	23	21	27	1.99
1553929--1553973	22	2.1	22	91	4	74	31	22	24	22	1.99
1553935--1553982	21	2.2	22	85	3	62	41	25	16	16	1.89
1554091--1554155	34	1.9	34	90	0	103	32	12	13	41	1.82
1555473--1555511	21	2.0	21	85	10	55	46	2	2	48	1.29
1555784--1555850	34	2.0	34	96	0	125	37	40	11	10	1.77
1556362--1556387	12	2.2	12	100	0	52	50	7	7	34	1.60
1561049--1561144	6	15.8	6	80	10	54	71	6	6	15	1.26
1561079--1561125	7	6.4	7	85	11	60	82	2	2	12	0.84
1561048--1561146	12	8.2	12	71	14	69	72	6	6	15	1.24
1561109--1561212	44	2.4	43	79	8	111	72	3	13	10	1.25
1563283--1563411	43	3.0	43	93	1	206	28	20	27	23	1.99
1563592--1563696	44	2.4	43	79	6	113	27	19	20	32	1.97
1566525--1566563	11	3.5	11	92	0	69	46	0	0	53	1.00
1567904--1567970	21	3.2	20	74	14	64	61	5	0	32	1.20
1582617--1582682	20	3.3	20	91	0	96	40	13	6	39	1.69
1590070--1590233	86	1.9	85	88	1	247	32	20	15	31	1.94
1591817--1591858	22	1.9	22	100	0	84	45	4	23	26	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1595477--1595560	39	2.1	39	84	4	105	52	7	10	29	1.63
1597632--1597699	22	3.3	22	72	15	56	52	0	4	42	1.21
1597697--1597741	19	2.4	19	85	7	56	17	2	4	75	1.07
1597873--1597905	14	2.3	15	94	5	59	36	33	0	30	1.58
1598303--1598582	122	2.3	123	83	2	348	27	30	21	21	1.98
1598303--1598582	41	6.9	41	85	2	348	27	30	21	21	1.98
1598626--1598701	40	1.9	40	86	0	107	21	21	22	35	1.96
1599831--1599881	8	6.0	8	84	11	66	58	3	0	37	1.16
1599808--1599884	18	4.2	18	78	13	77	57	3	1	37	1.26
1599924--1599993	22	3.2	21	78	13	70	55	0	2	41	1.14
1599946--1600010	21	3.0	21	84	11	69	50	0	3	46	1.17
1603488--1603592	44	2.4	44	95	0	192	25	28	14	31	1.95
1603792--1603940	44	3.4	44	73	1	163	27	24	14	32	1.95
1603493--1603940	133	3.4	132	67	8	332	28	24	17	29	1.97
1603799--1603974	89	2.0	89	88	0	262	26	24	18	30	1.98
1608434--1608568	67	2.0	67	94	0	234	42	16	13	27	1.85
1609290--1609387	51	1.9	51	97	0	187	26	22	23	27	1.99
1612161--1612200	20	2.0	20	100	0	80	30	15	25	30	1.95
1616609--1616692	20	4.4	18	71	21	55	53	4	0	41	1.22
1616929--1617039	41	2.7	41	81	2	125	40	21	18	19	1.91
1622646--1622896	40	6.3	40	89	3	319	23	19	27	29	1.98
1626148--1626307	43	3.7	43	81	5	180	26	15	28	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1626150--1626311	86	1.9	86	88	2	245	25	16	27	30	1.96
1630313--1630381	31	2.2	31	84	0	84	28	10	11	49	1.72
1631017--1631057	19	2.1	20	90	4	66	70	4	2	21	1.18
1631010--1631060	19	2.8	17	80	16	57	70	5	1	21	1.18
1633450--1633497	19	2.6	18	83	6	51	45	2	33	18	1.61
1651351--1651466	43	2.7	43	77	10	112	28	26	18	25	1.98
1655933--1656042	41	2.7	41	98	0	211	21	28	20	30	1.98
1661854--1662093	82	2.9	83	88	4	346	23	27	19	30	1.98
1661854--1662039	41	4.5	41	95	1	320	22	28	19	29	1.98
1661853--1662093	123	2.0	123	85	8	330	23	26	19	30	1.98
1666277--1666383	20	5.8	18	68	22	53	52	3	3	40	1.37
1666309--1666386	37	2.1	36	81	13	97	53	2	2	41	1.28
1667676--1667801	28	4.4	28	82	7	144	28	23	23	23	2.00
1667676--1667801	60	2.2	56	81	8	146	28	23	23	23	2.00
1668703--1668734	15	2.1	15	94	0	55	68	9	6	15	1.36
1673448--1673587	72	2.0	71	89	1	217	31	22	27	19	1.98
1674076--1674106	15	2.1	15	100	0	62	19	0	32	48	1.49
1674181--1674581	100	4.0	100	98	0	748	40	13	21	23	1.90
1679105--1679148	17	2.5	18	88	3	63	47	0	11	40	1.39
1684237--1684270	18	1.9	18	88	5	52	44	2	20	32	1.67
1688157--1688203	2	23.5	2	100	0	94	51	0	48	0	1.00
1693398--1693442	22	2.0	22	91	0	72	33	2	15	48	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1695214--1695247	9	3.8	9	88	0	50	47	14	11	26	1.79
1695325--1695386	19	3.2	19	84	8	81	61	4	0	33	1.17
1695324--1695386	20	3.2	20	84	8	85	61	4	0	33	1.17
1695341--1695398	18	3.2	17	78	11	53	51	5	1	41	1.34
1695779--1695818	21	1.9	21	94	0	71	55	12	12	20	1.69
1711263--1711307	14	2.9	16	87	9	58	42	8	0	48	1.34
1711261--1711307	16	2.9	16	81	12	53	42	8	0	48	1.33
1713398--1713455	27	2.1	27	93	0	98	24	29	12	34	1.91
1713387--1713515	27	4.8	27	77	4	91	25	27	12	34	1.92
1713385--1713698	54	6.1	53	70	16	171	24	25	12	36	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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