genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42799318

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20552231--20552296	33	2.0	33	82	11	82	62	1	0	36	1.05
20554450--20554520	32	2.2	32	80	5	81	36	26	7	29	1.83
20556783--20556815	16	2.1	16	94	0	57	75	6	15	3	1.11
20557470--20557611	39	3.6	39	89	3	196	35	23	24	16	1.94
20557529--20557593	19	3.2	21	72	12	73	40	20	26	13	1.89
20565871--20565996	51	2.5	49	75	7	117	50	4	8	36	1.55
20570383--20570410	5	5.6	5	100	0	56	82	0	17	0	0.68
20570904--20570943	16	2.4	17	87	4	55	20	2	2	75	1.04
20579230--20579284	26	2.1	26	96	0	101	61	3	9	25	1.42
20584573--20584616	21	2.1	21	100	0	88	22	29	0	47	1.51
20585067--20585153	43	2.0	43	100	0	174	33	13	20	32	1.92
20587767--20587798	15	2.1	15	94	0	55	68	9	6	15	1.36
20588774--20588809	16	2.2	16	90	0	54	38	27	2	30	1.71
20588978--20589188	117	1.8	117	81	0	269	25	7	24	42	1.81
20589828--20589940	33	3.4	34	78	4	97	31	3	42	22	1.70
20590053--20590201	51	2.9	51	85	0	208	30	10	25	32	1.90
20592974--20593018	22	2.0	22	91	0	72	40	13	11	35	1.80
20595772--20595928	39	4.0	39	81	6	142	21	22	28	28	1.99
20598115--20598242	64	2.0	64	90	0	202	31	28	15	25	1.96
20599963--20600003	21	2.0	21	85	9	57	63	4	0	31	1.15
20603919--20604130	46	4.5	46	79	8	187	30	18	26	23	1.98
20605382--20605421	21	2.0	21	90	5	64	12	40	27	20	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20608387--20608618	48	4.9	48	76	10	217	27	24	20	27	1.99
20616396--20616422	13	2.1	13	100	0	54	29	0	7	62	1.22
20616522--20616663	50	2.8	50	93	0	230	25	22	31	20	1.98
20625139--20625235	43	2.3	42	81	1	104	39	18	23	18	1.92
20627594--20627620	13	2.1	13	100	0	54	62	7	0	29	1.22
20631921--20632059	50	2.8	50	82	1	161	22	29	22	25	1.99
20637509--20637614	55	1.9	55	88	0	158	26	25	13	34	1.93
20639148--20639490	102	3.4	102	99	0	677	35	14	18	31	1.92
20639147--20639495	51	6.8	51	90	0	554	35	14	18	30	1.91
20639460--20639545	41	2.1	41	88	0	127	36	17	13	32	1.89
20639595--20639747	44	3.4	44	79	4	144	32	17	19	30	1.95
20641358--20641536	3	59.7	3	100	0	358	0	0	32	67	0.91
20641644--20641695	25	2.1	25	82	7	61	34	5	0	59	1.21
20641777--20641868	42	2.2	42	78	3	96	25	4	6	64	1.36
20647304--20647352	7	7.1	7	82	17	59	75	0	24	0	0.80
20647301--20647341	19	2.2	19	91	8	66	80	0	19	0	0.71
20647305--20647348	14	3.3	14	84	9	65	77	0	22	0	0.77
20652000--20652064	30	2.2	29	81	8	76	30	27	6	35	1.81
20652007--20652064	30	1.9	30	85	0	80	31	24	6	37	1.82
20653968--20654015	24	2.0	25	84	12	64	54	10	10	25	1.66
20656329--20656593	103	2.6	104	90	3	417	29	29	20	19	1.97
20656921--20656985	30	2.2	29	81	8	76	30	27	6	35	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20656928--20656985	30	1.9	30	85	0	80	31	24	6	37	1.82
20664271--20664308	16	2.4	16	86	4	51	2	15	2	78	0.97
20669848--20670199	125	2.8	125	86	2	501	30	15	21	32	1.94
20672753--20672979	116	2.0	116	92	0	382	41	9	9	38	1.71
20672978--20673553	23	23.6	23	70	20	343	26	1	26	46	1.59
20673000--20673112	28	4.1	29	81	13	123	25	2	27	44	1.67
20673145--20673188	21	2.1	21	87	4	63	20	0	31	47	1.50
20673150--20673178	14	2.0	15	93	6	51	17	0	34	48	1.47
20673229--20673259	7	4.3	7	95	4	53	12	0	38	48	1.42
20673026--20673365	74	4.6	74	86	7	428	27	0	26	45	1.59
20673251--20673511	96	2.7	94	84	9	348	26	0	25	47	1.58
20673446--20673551	53	2.0	53	84	0	140	23	0	26	49	1.57
20673559--20673645	44	2.0	45	84	6	115	47	11	2	39	1.53
20674735--20674773	7	5.6	7	100	0	78	58	12	0	28	1.34
20675914--20676034	51	2.4	51	92	1	199	44	0	26	28	1.60
20676001--20676056	22	2.5	22	94	2	94	42	0	32	25	1.55
20676017--20676063	11	4.2	11	77	22	53	46	0	34	19	1.50
20676730--20676794	29	2.2	29	83	2	76	29	6	1	63	1.28
20678246--20678298	16	3.3	16	91	0	88	39	5	32	22	1.78
20678278--20678374	44	2.2	44	84	1	131	31	4	26	37	1.76
20678483--20678543	18	3.3	18	84	9	79	60	1	1	36	1.16
20680218--20680261	22	2.0	22	95	0	79	47	15	4	31	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20682382--20682411	14	2.1	14	100	0	60	20	6	13	60	1.55
20682524--20682849	90	3.6	90	87	0	465	26	6	15	51	1.67
20685924--20685990	25	2.7	25	83	4	82	32	20	26	19	1.97
20686078--20686125	25	1.9	25	95	0	87	41	18	20	18	1.90
20687178--20687210	17	1.9	17	88	11	50	30	12	12	45	1.78
20688394--20688461	23	3.0	22	80	6	75	17	20	0	61	1.34
20688407--20688639	5	43.4	5	69	21	66	25	15	0	57	1.44
20688410--20688461	11	4.6	11	81	13	61	19	23	0	57	1.40
20688407--20688460	28	1.9	28	88	7	83	16	22	0	61	1.35
20688457--20688513	18	3.1	18	80	14	62	24	10	0	64	1.24
20688402--20688509	23	4.9	21	69	13	74	21	15	0	62	1.32
20688619--20688669	14	3.1	17	78	18	54	25	13	0	60	1.33
20688786--20688828	21	2.0	21	82	8	52	32	6	0	60	1.23
20689171--20689733	114	4.9	112	75	10	421	30	18	23	26	1.98
20689402--20689692	113	2.6	112	78	11	281	29	18	22	29	1.97
20690246--20690397	81	1.9	82	80	6	184	28	3	22	45	1.70
20692957--20693005	13	3.8	12	82	15	53	44	10	2	42	1.49
20693253--20693454	16	12.1	16	63	26	64	47	18	2	31	1.62
20693346--20693583	9	27.4	9	70	15	146	45	21	2	30	1.64
20693389--20693527	34	4.1	34	73	17	99	46	23	0	30	1.58
20693377--20693548	94	1.8	93	80	7	204	45	22	1	29	1.62
20693495--20693599	51	2.1	50	83	5	131	44	20	2	31	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20699067--20699311	42	5.8	42	92	1	402	22	21	21	34	1.97
20699352--20699396	22	2.0	22	91	0	72	40	26	22	11	1.87
20699463--20699652	47	4.0	47	91	3	292	23	12	1	63	1.34
20699463--20699658	96	2.0	96	91	3	315	22	12	1	63	1.34
20699461--20699642	21	7.9	21	69	23	107	23	12	0	63	1.33
20699689--20699928	44	5.5	44	91	0	354	35	1	12	50	1.51
20703323--20703453	45	2.9	44	81	14	126	38	4	3	54	1.37
20703354--20703453	23	4.4	23	76	20	95	39	4	1	56	1.25
20703345--20703459	23	5.0	23	75	12	94	38	5	1	54	1.33
20703354--20703473	45	2.7	43	82	12	118	38	5	1	55	1.32
20703400--20703473	24	3.3	20	72	17	58	39	5	1	54	1.32
20703865--20703901	14	2.8	14	88	8	51	43	0	5	51	1.24
20705177--20705202	12	2.2	12	100	0	52	76	15	7	0	0.99
20705344--20705458	55	2.1	56	84	12	148	41	22	19	16	1.90
20712711--20712763	20	2.7	20	82	2	63	50	0	1	47	1.12
20713147--20713213	31	2.1	32	89	10	102	47	8	5	37	1.59
20716822--20716877	15	3.8	15	76	17	55	28	0	1	69	0.98
20716833--20716879	24	2.0	24	87	8	69	31	0	2	65	1.04
20722247--20722298	15	3.6	15	76	10	63	65	0	1	32	1.04
20722247--20722301	28	2.0	28	92	0	92	65	0	1	32	1.03
20724523--20724557	17	2.0	17	94	5	61	54	0	0	45	0.99
20731546--20731777	95	2.4	99	87	5	339	45	10	10	33	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20736980--20737071	22	4.0	22	76	9	87	39	18	25	17	1.92
20737026--20737107	25	3.3	25	87	0	119	39	19	24	17	1.92
20738052--20738094	5	8.6	5	100	0	86	58	0	0	41	0.98
20746790--20746841	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
20757068--20757101	16	2.1	16	88	0	50	55	0	0	44	0.99
20758609--20758674	29	2.3	29	81	0	78	22	16	19	40	1.91
20760402--20760507	54	2.0	54	92	0	176	27	9	15	48	1.75
20760298--20760578	128	2.2	124	88	3	402	30	12	13	43	1.81
20760458--20760651	71	2.7	72	86	4	273	28	17	13	40	1.87
20763924--20763995	19	3.7	19	85	7	65	61	4	1	33	1.24

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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