genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42799318

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21294685--21296094	705	2.0	705	98	0	2734	29	19	24	26	1.98
21296415--21296590	7	24.3	7	66	20	51	21	0	27	50	1.53
21296422--21297063	22	29.6	21	69	16	227	23	0	27	48	1.55
21296427--21296597	21	7.9	21	77	9	148	19	0	28	51	1.47
21296537--21296637	15	6.8	15	71	13	66	18	0	27	53	1.45
21296548--21296634	37	2.4	36	75	12	86	19	0	28	51	1.47
21296492--21296648	29	5.3	30	69	14	96	21	0	28	50	1.49
21296626--21296692	21	3.2	20	82	2	80	26	1	26	44	1.63
21296633--21296692	20	3.0	20	85	2	75	28	1	26	43	1.65
21296714--21296751	14	2.6	15	83	4	51	26	0	23	50	1.50
21296748--21296833	14	6.0	15	68	15	56	24	0	25	50	1.50
21296805--21296861	15	3.7	15	81	4	53	19	0	24	56	1.42
21296834--21296947	15	7.8	15	70	20	80	20	0	28	50	1.54
21296894--21296957	29	2.2	29	89	8	96	18	0	29	51	1.47
21296909--21296977	13	4.8	13	74	22	59	20	0	27	52	1.47
21297038--21297113	13	5.5	13	70	14	55	28	0	30	40	1.57
21297045--21297127	29	2.9	27	75	10	76	27	1	30	40	1.64
21297065--21297153	15	6.1	14	72	6	61	26	1	28	43	1.62
21297122--21297162	15	2.7	16	85	7	50	24	0	24	51	1.49
21296422--21296605	43	4.2	42	81	8	192	19	0	28	51	1.47
21297120--21297629	43	11.5	43	68	16	224	19	0	30	49	1.52
21296820--21297643	22	36.6	22	69	15	313	21	0	29	48	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21297310--21297355	15	3.0	15	87	3	56	15	0	34	50	1.44
21297421--21297455	15	2.3	15	95	0	61	17	0	25	57	1.40
21297462--21297504	13	3.2	13	87	6	59	16	0	32	51	1.45
21297467--21297511	7	6.6	7	89	5	65	11	0	40	48	1.39
21297509--21297629	21	5.7	21	74	13	95	19	0	28	50	1.54
21297571--21297643	21	3.4	21	79	5	76	19	0	31	49	1.48
21297685--21297752	22	3.1	22	85	4	93	17	0	26	55	1.42
21297668--21297723	29	1.9	29	81	0	67	21	0	26	51	1.48
21298245--21298284	18	2.2	18	90	0	62	42	7	30	20	1.79
21300185--21300239	11	4.8	12	85	14	73	43	0	32	23	1.54
21306939--21306990	24	2.2	24	86	6	72	63	7	0	28	1.22
21311105--21311154	18	2.9	17	80	11	50	62	8	2	28	1.35
21313142--21313203	30	2.1	30	90	0	97	25	3	14	56	1.53
21313327--21313357	11	2.8	11	90	0	53	67	0	0	32	0.91
21319520--21319580	31	2.0	30	87	3	86	50	11	1	36	1.48
21328279--21328319	12	3.5	12	80	6	57	9	14	0	75	1.04
21330433--21330484	27	1.9	27	92	0	86	25	7	11	55	1.61
21330516--21330560	23	2.0	23	86	0	63	40	11	17	31	1.85
21335724--21335784	29	2.1	30	96	3	115	26	13	18	42	1.86
21337112--21337156	6	7.5	6	89	0	54	62	0	22	15	1.33
21337300--21337371	26	2.8	26	89	2	110	41	9	16	31	1.81
21338848--21338911	12	5.6	11	74	18	60	18	1	1	78	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21338875--21338911	6	6.3	6	90	9	51	16	0	0	83	0.64
21339541--21339586	21	2.2	21	92	0	74	13	39	30	17	1.87
21342452--21342487	14	2.6	14	95	0	63	52	19	5	22	1.66
21351617--21351661	3	14.7	3	82	13	56	64	0	4	31	1.13
21351598--21351654	15	3.6	16	79	11	64	57	1	8	31	1.39
21353274--21353463	98	1.9	98	88	4	285	30	21	14	33	1.93
21353454--21354896	44	32.9	44	71	7	527	27	22	19	30	1.98
21353362--21355221	219	8.5	219	93	2	2875	28	21	18	31	1.97
21353773--21353968	87	2.3	87	79	8	197	26	22	20	30	1.99
21354815--21355123	129	2.4	129	89	3	451	28	21	19	30	1.97
21355031--21355496	98	4.8	98	99	0	905	29	19	16	34	1.94
21355467--21355938	44	10.8	44	72	8	232	28	22	20	29	1.98
21355467--21355955	87	5.6	88	72	10	272	28	22	19	29	1.98
21355605--21355889	85	3.3	85	73	8	295	30	22	18	28	1.97
21355515--21355955	175	2.5	174	91	0	693	28	22	19	29	1.98
21355424--21355938	131	3.9	130	70	10	307	28	22	19	29	1.98
21357174--21357220	7	7.0	7	85	9	71	14	17	0	68	1.22
21357177--21357219	13	3.3	13	87	6	61	13	16	0	69	1.19
21357174--21357220	20	2.3	20	96	0	85	14	17	0	68	1.22
21358084--21358146	16	3.8	16	73	10	63	6	9	7	76	1.16
21358078--21358126	22	2.2	23	85	10	66	4	12	6	77	1.09
21362664--21362708	3	14.7	3	82	13	56	64	0	4	31	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21362645--21362701	15	3.6	16	79	11	64	57	1	8	31	1.39
21363600--21363649	23	2.0	26	85	11	70	54	20	14	12	1.71
21366060--21366214	42	3.7	42	76	6	136	46	17	20	15	1.84
21366413--21366453	12	3.6	12	77	12	50	39	2	2	56	1.26
21367700--21367791	21	4.4	21	81	0	121	19	18	13	48	1.80
21367701--21367793	42	2.2	42	90	0	141	20	18	12	48	1.80
21367701--21367814	21	5.4	21	77	0	84	20	21	13	45	1.84
21371338--21371394	23	2.5	23	82	0	69	15	5	12	66	1.41
21371963--21372015	24	2.3	23	90	3	79	16	26	5	50	1.67
21377179--21377336	31	5.1	31	100	0	316	25	19	12	41	1.87
21386507--21386540	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
21387205--21387232	10	2.8	10	100	0	56	39	0	0	60	0.97
21388401--21388426	13	2.0	13	100	0	52	38	0	0	61	0.96
21390961--21391019	30	2.0	30	96	0	109	28	5	11	54	1.58
21391148--21391180	11	2.9	12	86	13	52	66	0	0	33	0.92
21391414--21391446	14	2.3	15	89	5	50	45	0	0	54	0.99
21393847--21393907	27	2.2	26	80	8	68	47	4	6	40	1.51
21399825--21399891	34	1.9	35	90	3	109	32	8	13	44	1.75
21401520--21401564	3	15.0	3	80	0	54	33	4	2	60	1.29
21414058--21414694	132	4.8	132	89	1	938	29	19	24	26	1.98
21414378--21414590	44	4.8	44	67	12	123	27	20	26	25	1.99
21416361--21416423	3	21.0	3	93	0	108	33	3	0	63	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21418970--21419012	3	13.7	3	85	9	59	69	0	0	30	0.88
21418964--21419012	12	4.0	12	87	10	64	71	0	0	28	0.86
21418970--21419013	19	2.3	19	92	0	70	70	0	0	29	0.88
21418970--21419009	16	2.5	15	92	8	62	70	0	0	30	0.88
21419047--21419106	29	2.1	28	84	9	77	28	20	8	43	1.80
21419465--21419519	26	2.1	26	89	0	83	45	1	1	50	1.22
21422547--21422584	16	2.4	16	90	0	58	31	0	34	34	1.58
21422563--21422657	45	2.1	44	88	1	136	32	6	27	33	1.82
21422818--21422852	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
21424299--21424325	11	2.5	11	100	0	54	51	18	7	22	1.70
21429592--21429652	19	3.4	19	75	13	74	77	3	8	11	1.11
21429688--21429757	28	2.4	29	83	2	88	18	15	8	57	1.64
21430314--21430372	20	3.0	20	82	12	77	71	1	0	27	0.96
21430578--21430624	19	2.4	20	82	10	62	27	2	6	63	1.30
21430827--21430875	21	2.6	18	77	20	55	22	4	2	71	1.13
21430891--21430922	16	2.0	16	93	0	55	25	3	0	71	1.00
21441266--21441377	25	4.5	24	75	11	93	19	27	18	33	1.96
21441264--21441377	50	2.3	49	86	1	156	20	28	18	33	1.96
21452802--21452838	18	2.2	18	85	9	51	45	5	0	48	1.25
21453055--21453105	22	2.3	22	83	6	59	23	9	9	56	1.61
21454939--21455022	42	2.0	42	95	0	150	32	16	17	33	1.93
21457246--21457296	20	2.5	20	80	0	66	60	5	0	33	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21457253--21457304	20	2.6	20	90	6	79	61	5	0	32	1.20
21461825--21461859	19	1.9	18	88	11	54	45	28	8	17	1.77
21462602--21462635	11	3.0	11	95	4	59	35	0	0	64	0.94
21462761--21462819	30	2.0	30	96	0	109	59	8	3	28	1.43
21465209--21465251	6	7.2	6	84	7	52	11	4	2	81	0.93
21465891--21465966	3	25.3	3	77	5	73	27	2	5	64	1.28
21466141--21466175	17	2.1	17	94	0	61	17	2	0	80	0.84
21467385--21467452	33	2.1	33	100	0	136	55	5	16	22	1.62
21467385--21467467	33	2.5	33	90	2	94	54	6	14	25	1.63
21467560--21467608	20	2.5	20	83	6	55	67	0	2	30	1.02

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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