genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42799318

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18886845--18886913	35	2.0	35	85	5	95	47	5	0	46	1.26
18892486--18892546	24	2.5	23	80	15	61	49	4	0	45	1.23
18892494--18892573	35	2.3	35	85	8	103	50	5	0	45	1.23
18894552--18894585	17	2.0	17	88	11	52	26	0	2	70	1.01
18895917--18895993	26	2.9	26	77	7	75	44	7	16	31	1.77
18901401--18901558	52	3.1	52	93	1	273	22	17	29	31	1.97
18906003--18906054	23	2.3	24	83	9	65	65	3	7	23	1.35
18906342--18906486	75	1.9	76	83	6	188	61	4	6	27	1.40
18906486--18906573	3	28.7	3	75	8	70	59	2	6	31	1.36
18918028--18918076	24	2.0	24	100	0	98	51	12	24	12	1.73
18919221--18919315	47	2.0	47	91	0	154	45	7	13	33	1.72
18924761--18924878	58	2.0	58	98	0	227	64	3	21	11	1.40
18929877--18929958	41	2.0	41	100	0	164	36	21	17	24	1.94
18933698--18933731	17	1.9	17	88	5	50	67	0	2	29	1.05
18940237--18940270	17	1.9	18	88	5	52	67	5	2	23	1.26
18940447--18940527	3	27.7	3	78	14	89	65	2	2	29	1.18
18950411--18950456	23	2.0	23	100	0	92	39	8	30	21	1.84
18954761--18954805	19	2.4	19	85	3	56	28	4	2	64	1.25
18964350--18964795	227	2.0	227	91	0	732	34	14	20	31	1.92
18969613--18969693	25	3.2	24	80	13	92	20	28	17	33	1.95
18976444--18976487	21	2.1	21	100	0	88	18	13	27	40	1.88
18979863--18979911	22	2.1	23	85	7	64	26	4	2	67	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18983479--18983554	32	2.5	31	83	10	93	32	2	9	55	1.46
18983493--18983554	32	1.9	32	90	6	99	33	3	11	51	1.54
18984181--18984221	19	2.1	19	86	4	55	63	0	2	34	1.08
18984159--18984223	20	3.2	21	78	18	59	63	0	1	35	1.04
18984482--18984524	20	2.2	20	91	0	68	58	2	2	37	1.24
18985100--18985161	32	1.9	32	83	6	81	29	3	4	62	1.31
18985823--18985883	22	2.7	22	87	2	77	49	1	1	47	1.21
18985859--18985898	16	2.5	16	91	0	62	47	2	7	42	1.45
18985909--18986087	59	2.9	60	90	7	261	39	5	9	45	1.58
18986154--18986197	24	1.9	24	90	9	74	61	2	0	36	1.09
18991100--18991180	28	2.8	28	82	16	87	67	2	3	25	1.19
18991100--18991180	29	2.8	28	80	14	85	67	2	3	25	1.19
18991214--18991261	17	2.7	18	80	9	62	58	2	6	33	1.35
18991249--18991282	9	3.7	9	88	4	50	61	0	0	38	0.96
18991355--18991403	21	2.4	21	82	3	55	71	6	4	18	1.23
18991724--18991793	19	3.7	19	67	16	56	25	5	1	67	1.21
18991724--18991849	38	3.3	39	72	13	111	26	3	3	66	1.24
18991723--18991830	28	3.9	27	77	12	85	25	3	3	67	1.23
19009764--19009922	85	1.9	84	88	1	237	33	12	10	44	1.76
19014896--19014940	13	3.2	14	87	9	65	26	0	0	73	0.84
19015589--19015630	21	2.0	21	81	9	50	11	21	4	61	1.48
19024016--19024055	2	20.0	2	100	0	80	50	0	50	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19029929--19029962	17	2.0	17	100	0	68	29	5	23	41	1.78
19031377--19031636	89	2.9	90	81	1	326	26	24	16	32	1.96
19034671--19034710	14	2.8	14	88	3	62	60	0	0	40	0.97
19036364--19036397	18	1.9	18	88	5	52	52	2	11	32	1.53
19036742--19036817	21	3.3	21	72	20	64	23	10	11	53	1.68
19037138--19037182	18	2.7	18	83	16	62	44	2	0	53	1.13
19038278--19038309	17	1.9	16	93	6	55	50	18	9	21	1.75
19038779--19038831	13	4.1	13	85	0	79	43	28	0	28	1.55
19042435--19042760	46	7.6	45	79	14	368	34	14	21	29	1.93
19042473--19042628	36	4.1	36	78	15	177	37	12	19	30	1.90
19042435--19042760	82	3.9	81	85	7	431	34	14	21	29	1.93
19042435--19042760	128	2.6	126	75	19	357	34	14	21	29	1.93
19045663--19045701	19	2.0	20	85	5	53	35	12	20	30	1.90
19060835--19060865	16	1.9	16	93	0	53	74	9	6	9	1.23
19061789--19061816	6	4.7	6	100	0	56	50	14	0	35	1.43
19062041--19062116	24	3.2	24	81	1	82	55	10	3	30	1.52
19065112--19065194	22	3.8	22	80	10	98	32	27	0	39	1.57
19065144--19065246	52	2.0	51	81	12	122	33	33	0	33	1.58
19065196--19065237	22	1.9	22	90	0	66	33	33	0	33	1.58
19065279--19065334	28	2.0	29	92	3	96	37	0	1	60	1.07
19065279--19065342	28	2.2	29	88	2	94	37	0	1	60	1.06
19065432--19065487	24	2.3	23	77	19	60	28	1	3	66	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19067618--19067653	18	2.1	18	89	5	56	50	19	0	30	1.48
19067629--19067741	23	4.7	23	78	11	111	49	20	0	30	1.49
19067639--19067732	28	3.5	28	79	16	110	47	20	0	31	1.50
19070851--19071052	83	2.4	84	95	0	379	31	24	20	23	1.98
19070963--19071241	124	2.3	123	84	5	366	32	24	15	28	1.95
19074069--19074118	18	2.8	18	78	0	55	46	4	12	38	1.60
19076059--19076154	41	2.3	41	89	0	147	35	19	16	28	1.94
19076433--19076586	65	2.3	67	81	9	172	41	14	4	39	1.66
19079239--19079268	6	5.0	6	100	0	60	50	0	0	50	1.00
19080350--19080390	21	2.0	21	95	0	73	39	14	26	19	1.90
19083753--19083820	34	2.0	34	85	5	93	20	26	23	29	1.99
19090879--19091036	67	2.4	67	95	0	280	28	24	24	22	1.99
19096241--19096278	5	7.8	5	94	5	69	0	15	0	84	0.63
19096780--19096813	7	4.9	7	92	7	52	0	14	0	85	0.60
19096780--19096824	14	3.0	15	83	9	56	4	15	0	80	0.87
19100750--19100782	5	7.0	5	86	13	52	21	0	0	78	0.75
19100750--19100796	24	2.0	24	87	4	69	25	2	0	72	0.96
19105234--19105711	239	2.0	239	99	0	947	29	17	20	32	1.96
19106920--19107036	62	1.9	59	86	5	162	41	5	4	48	1.45
19111909--19113235	132	10.1	131	90	2	1797	27	23	19	29	1.98
19112443--19112637	44	4.4	44	66	12	121	27	23	19	29	1.98
19112443--19112750	44	7.0	44	63	11	119	28	22	19	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19114584--19114616	7	4.7	7	85	14	50	12	15	0	72	1.12
19121236--19121324	42	2.1	42	97	0	169	38	24	8	28	1.86
19121442--19121580	49	2.8	48	90	4	215	32	25	15	27	1.95
19122766--19122909	23	6.3	23	90	1	236	31	27	21	19	1.97
19122766--19122908	68	2.1	69	93	1	243	32	27	21	18	1.97
19123127--19123165	18	2.2	17	86	13	53	48	20	0	30	1.50
19124470--19124542	19	3.6	19	68	20	58	53	4	2	39	1.34
19130790--19130823	18	1.9	17	88	5	50	70	0	0	29	0.87
19134166--19134236	35	2.0	35	97	0	133	38	15	9	36	1.81
19138022--19138054	16	2.0	17	94	5	59	39	0	0	60	0.97
19138029--19138106	40	2.0	40	100	0	156	33	2	0	64	1.08
19138087--19138126	21	1.9	21	89	0	62	37	2	0	60	1.11
19138086--19138144	22	2.8	21	80	14	59	40	1	3	54	1.27
19138522--19138564	18	2.5	17	92	3	68	58	6	2	32	1.38
19138429--19138660	111	2.1	111	84	6	299	47	6	6	40	1.54
19138777--19138832	20	2.6	22	83	5	71	44	3	3	48	1.37
19138905--19138937	17	1.9	17	88	11	50	60	0	0	39	0.97
19139561--19139622	26	2.3	27	83	2	90	43	1	3	51	1.27
19139663--19139767	48	2.2	48	91	3	167	25	4	11	58	1.53
19139823--19139880	26	2.1	28	87	6	84	44	0	5	50	1.24
19139967--19139995	15	2.0	15	93	6	51	24	6	6	62	1.45
19150102--19150152	23	2.2	23	89	0	75	27	7	21	43	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19150889--19150944	28	2.0	28	100	0	112	32	17	28	21	1.96
19151050--19151123	28	2.6	28	86	0	103	28	25	21	24	1.99
19151478--19151917	27	16.4	26	82	4	425	17	18	20	44	1.87
19151478--19151917	54	8.2	54	83	2	512	17	18	20	44	1.87
19151477--19151917	81	5.5	80	84	4	489	17	18	19	43	1.88
19157688--19157722	10	3.2	11	88	12	54	34	45	11	8	1.71
19159596--19159851	101	2.5	101	99	0	503	32	28	16	23	1.96
19160723--19160755	10	3.3	10	95	0	57	75	0	0	24	0.80
19167155--19167190	15	2.5	14	86	8	54	44	8	0	47	1.33
19168106--19168146	20	2.0	21	90	4	66	46	0	17	36	1.48

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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