genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.49.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42799318

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   

This is table  49  of  141  ( 16820 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14755074--14755261	19	9.7	19	70	22	117	53	13	0	32	1.40
14755095--14755188	46	2.2	40	88	11	134	54	13	0	31	1.40
14755074--14755178	27	4.1	27	89	7	150	53	13	0	33	1.40
14755098--14755249	67	2.4	60	81	10	153	55	13	0	31	1.38
14755257--14755323	27	2.5	27	95	0	116	13	32	22	31	1.92
14760248--14760454	106	2.0	106	94	0	360	32	16	15	34	1.91
14773554--14773598	22	2.0	22	100	0	90	22	17	13	46	1.83
14775549--14775591	19	2.4	18	81	11	61	65	0	9	25	1.22
14776717--14776774	24	2.3	26	85	8	75	5	3	34	56	1.38
14782196--14782365	20	9.1	19	64	24	58	62	1	2	33	1.18
14782252--14782363	38	3.0	39	79	10	119	61	2	3	32	1.27
14782182--14782365	9	20.0	9	68	15	101	63	1	2	32	1.16
14782536--14782672	9	14.6	9	69	16	64	29	5	2	62	1.28
14782546--14782606	19	3.2	18	84	9	68	29	4	1	63	1.24
14782535--14782606	28	2.5	30	80	14	82	29	5	1	63	1.25
14788269--14788321	24	2.2	24	87	12	74	54	0	0	45	0.99
14792235--14792283	16	3.1	16	91	5	73	20	34	4	40	1.71
14794308--14794354	12	4.2	12	84	10	64	0	19	12	68	1.21
14794806--14794887	32	2.6	32	96	0	146	41	13	6	39	1.69
14796296--14796358	28	2.3	28	86	5	85	44	0	0	55	0.99
14796209--14796468	117	2.3	105	86	10	301	43	1	4	50	1.30
14796415--14796448	17	2.0	17	100	0	68	41	0	0	58	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14796415--14796462	15	3.0	15	81	9	51	41	2	0	56	1.11
14801012--14801038	4	6.8	4	100	0	54	48	0	0	51	1.00
14805406--14805463	27	2.1	27	81	9	64	55	10	8	25	1.62
14812449--14812524	33	2.3	34	88	2	109	44	11	5	38	1.64
14814294--14814332	18	2.2	18	90	9	62	5	20	2	71	1.17
14816453--14816489	19	1.9	19	94	0	65	18	21	24	35	1.96
14821327--14821379	15	3.6	14	82	10	61	73	0	24	1	0.93
14821395--14821449	21	2.6	21	77	8	58	63	7	20	9	1.47
14833016--14833529	255	2.0	255	99	0	1010	42	15	15	26	1.86
14835137--14835197	23	2.5	24	76	5	61	21	8	3	67	1.32
14838160--14838238	28	2.8	26	74	11	68	25	22	20	31	1.98
14838205--14838349	56	2.6	56	84	2	175	26	25	16	31	1.96
14838174--14838349	28	6.3	27	75	5	120	26	24	16	32	1.96
14838385--14838457	24	3.0	23	80	11	67	31	31	15	21	1.94
14844276--14844314	14	2.7	14	84	4	51	71	0	2	25	0.98
14850540--14850957	81	5.2	81	95	0	737	21	21	21	35	1.96
14851056--14851248	84	2.3	84	85	3	255	19	22	15	43	1.88
14851056--14851287	84	2.8	84	82	6	231	20	21	15	42	1.88
14854776--14854817	20	2.0	21	86	4	59	45	9	11	33	1.73
14872446--14872665	94	2.3	94	82	6	241	32	15	21	29	1.95
14872632--14872761	46	2.8	46	80	3	136	32	17	25	24	1.97
14877621--14877683	31	2.2	29	83	13	78	42	0	0	57	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14877621--14877668	13	3.8	12	78	10	51	43	0	0	56	0.99
14880510--14880582	37	2.0	37	91	5	121	36	12	16	34	1.86
14880515--14880593	37	2.1	37	86	4	106	37	12	13	35	1.83
14882178--14882233	26	2.2	25	83	3	67	46	16	10	26	1.79
14886965--14887019	19	2.8	19	76	13	58	63	5	0	30	1.17
14887047--14887108	10	6.4	10	68	20	51	69	0	4	25	1.08
14887033--14887079	19	2.4	20	89	3	69	65	4	4	25	1.29
14887047--14887108	29	2.1	29	85	11	83	69	0	4	25	1.08
14887331--14887417	27	3.2	27	71	14	72	31	2	2	64	1.18
14888241--14888266	11	2.4	11	100	0	52	38	0	0	61	0.96
14889904--14889943	21	1.9	21	85	10	55	55	7	0	37	1.29
14889970--14890002	7	4.7	7	88	11	50	81	0	0	18	0.68
14889970--14890008	13	2.9	14	85	11	55	79	0	0	20	0.73
14890488--14890563	21	3.7	21	91	7	129	38	14	9	38	1.78
14890501--14890564	19	3.3	19	88	4	92	39	15	7	37	1.77
14890998--14891335	44	7.8	44	70	12	189	29	19	19	31	1.96
14890911--14891351	217	2.0	219	86	3	622	27	20	20	31	1.98
14891700--14891820	44	2.8	44	86	9	167	28	26	18	27	1.98
14892279--14892399	44	2.8	44	86	9	167	28	26	18	27	1.98
14892411--14892632	88	2.5	88	94	0	399	20	25	27	27	1.99
14891366--14892465	579	1.9	579	99	0	2182	26	25	20	27	1.99
14892433--14892576	44	3.3	44	65	3	119	23	26	27	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14892461--14892602	43	3.3	43	62	3	104	19	28	28	24	1.98
14893949--14893981	14	2.3	15	89	5	50	27	33	12	27	1.92
14899113--14899156	3	14.7	3	95	0	79	68	0	0	31	0.90
14899385--14899429	23	2.0	23	81	0	54	62	15	0	22	1.33
14907847--14907887	21	2.0	21	81	18	50	21	26	19	31	1.97
14912418--14912469	10	4.9	11	79	11	56	57	0	1	40	1.10
14912418--14912484	31	2.2	31	89	7	102	56	0	1	41	1.08
14915745--14915855	35	3.1	35	82	1	141	18	11	27	41	1.86
14919454--14919922	235	2.0	235	94	0	823	31	11	14	42	1.81
14926317--14926355	15	2.7	15	85	14	55	43	0	0	56	0.99
14938908--14938976	30	2.3	30	84	0	84	40	21	11	26	1.87
14942515--14942641	44	2.9	43	74	12	116	30	26	17	25	1.97
14943495--14943538	20	2.2	20	84	8	54	29	9	2	59	1.41
14954761--14954791	15	2.1	15	100	0	62	38	6	12	41	1.69
14961117--14961178	30	2.1	30	96	0	115	53	20	11	14	1.72
14961645--14961714	23	2.9	23	75	10	61	31	20	21	27	1.98
14966098--14966143	22	2.0	24	83	8	60	45	0	28	26	1.54
14971708--14971861	76	2.0	76	97	0	290	34	9	13	42	1.77
14978153--14978208	10	5.7	10	82	18	73	60	12	14	12	1.59
14978152--14978216	18	3.5	17	80	19	76	60	13	12	13	1.60
14979227--14979262	15	2.3	16	95	4	65	50	2	0	47	1.15
14993500--14993547	25	1.9	25	95	0	87	20	20	16	41	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14996655--14996852	50	3.8	50	82	4	207	22	27	20	29	1.99
15005813--15005893	35	2.3	35	85	8	101	38	2	9	49	1.49
15005786--15005992	112	1.8	112	93	0	360	39	7	8	44	1.63
15006039--15006110	21	2.9	27	72	23	93	26	2	27	43	1.69
15006061--15006622	21	26.4	21	83	4	637	27	0	27	44	1.57
15006061--15006622	43	13.2	43	83	4	642	27	0	27	44	1.57
15006061--15006622	64	8.8	64	83	6	631	27	0	27	44	1.57
15007809--15007889	35	2.3	35	85	8	101	38	2	9	49	1.49
15007782--15007988	112	1.8	112	93	0	360	39	7	8	44	1.63
15008035--15008106	21	2.9	27	72	23	93	26	2	27	43	1.69
15008057--15008660	21	28.4	21	84	4	712	27	0	27	44	1.57
15008057--15008660	85	7.1	85	85	5	733	27	0	27	44	1.57
15008057--15008654	106	5.6	106	85	4	724	27	0	27	44	1.57
15009710--15009735	7	3.7	7	100	0	52	57	15	0	26	1.38
15014389--15014681	120	2.4	120	94	2	500	41	3	4	50	1.39
15014514--15014555	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
15014643--15014684	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
15014634--15014675	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
15014618--15014934	157	2.0	157	94	1	555	47	5	3	43	1.41
15014986--15015076	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
15015057--15015111	16	3.4	16	95	5	101	36	40	0	23	1.55
15015381--15015426	17	2.6	18	86	6	58	6	21	6	65	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15015836--15015906	36	2.0	36	97	0	133	25	28	22	23	2.00
15015995--15016022	13	2.2	13	100	0	56	25	0	32	42	1.55
15018898--15019030	56	2.3	57	81	10	146	45	0	4	50	1.22
15019047--15019071	3	8.3	3	100	0	50	64	0	0	36	0.94
15019223--15019284	16	3.9	16	91	4	99	25	29	1	43	1.64
15049774--15049812	6	6.5	6	100	0	78	48	17	0	33	1.48
15051222--15051274	28	1.9	28	85	11	74	56	1	1	39	1.21
15054141--15054178	20	1.9	20	89	10	60	55	0	0	44	0.99
15058131--15058237	49	2.2	49	82	0	124	31	26	16	25	1.97
15060611--15060643	17	1.9	17	93	0	57	36	18	15	30	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141