genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.86.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42799318

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24572605--24572637	14	2.3	15	89	5	50	81	3	0	15	0.80
24575975--24576021	21	2.2	22	77	11	53	63	12	14	8	1.50
24579164--24579197	13	2.6	13	85	0	50	14	26	0	58	1.36
24583676--24584006	23	14.7	23	72	11	202	33	3	24	38	1.73
24585502--24585586	28	3.0	28	85	0	107	34	23	20	22	1.97
24585691--24585787	26	3.7	26	91	0	149	36	18	25	19	1.95
24585967--24586245	27	10.3	26	80	7	245	18	16	19	44	1.87
24585956--24586235	54	5.2	53	80	4	285	18	17	20	43	1.88
24585965--24586245	81	3.5	80	84	3	278	18	17	19	44	1.87
24589622--24589646	12	2.1	12	100	0	50	48	36	8	8	1.62
24592196--24592231	15	2.4	15	90	0	54	30	16	0	52	1.44
24593022--24593397	189	2.0	188	96	1	700	40	12	9	37	1.76
24594545--24594582	19	2.0	19	100	0	76	63	5	0	31	1.17
24598976--24599010	15	2.4	15	90	4	54	48	0	8	42	1.33
24603995--24604036	18	2.3	19	80	8	52	30	11	0	57	1.35
24603976--24604126	56	2.7	55	74	13	139	33	13	2	50	1.56
24606274--24606308	17	2.1	17	88	0	52	28	2	14	54	1.54
24607745--24607783	7	5.6	7	91	8	62	76	23	0	0	0.78
24607743--24607816	8	8.9	8	71	11	51	78	16	2	2	0.98
24607744--24607815	7	9.9	7	77	14	56	77	16	2	2	1.00
24608274--24608313	7	5.7	7	82	11	55	80	0	17	2	0.83
24608274--24608313	13	2.9	14	78	14	55	80	0	17	2	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24609362--24610078	44	16.4	43	73	8	443	27	15	27	30	1.96
24609332--24610132	131	6.1	131	91	0	1118	27	15	26	30	1.96
24610218--24610477	50	5.2	50	66	3	155	30	21	21	26	1.98
24610182--24610551	100	3.7	99	86	1	416	30	20	23	25	1.99
24610780--24611065	40	6.8	40	77	13	263	33	22	21	23	1.97
24610780--24611091	84	3.7	84	91	2	500	33	23	20	23	1.97
24610784--24611091	170	1.8	168	90	2	501	33	23	20	23	1.97
24614348--24614415	17	4.2	17	79	11	70	20	4	0	75	0.98
24614349--24614423	5	14.4	5	77	12	53	21	4	0	74	0.98
24614367--24614424	22	2.5	23	83	8	73	24	5	0	70	1.07
24614586--24614635	22	2.3	22	86	6	66	24	46	10	20	1.81
24615578--24615768	101	1.9	101	83	4	251	26	15	25	31	1.96
24616384--24616413	15	2.0	15	93	0	51	50	0	10	40	1.36
24617726--24617786	30	2.0	31	90	9	99	45	6	21	26	1.76
24622340--24622401	30	2.0	31	93	3	108	43	6	24	25	1.78
24623821--24623886	13	5.1	13	79	0	78	39	24	6	30	1.79
24627707--24627742	18	2.0	18	88	0	54	50	0	5	44	1.25
24628045--24628095	19	2.6	20	79	14	61	27	1	7	62	1.33
24635549--24635581	16	1.9	18	88	11	52	33	0	9	57	1.30
24635902--24636943	308	3.4	299	77	9	852	36	14	10	38	1.82
24645528--24645564	19	1.9	19	88	0	56	59	10	0	29	1.31
24648794--24648827	16	2.1	17	88	5	52	41	2	0	55	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24654455--24654491	19	1.9	19	88	0	56	54	13	10	21	1.69
24663476--24663571	9	11.0	9	72	8	74	34	3	18	43	1.66
24664691--24664745	22	2.9	17	76	23	65	52	21	10	14	1.72
24665842--24666138	126	2.4	125	81	6	352	30	18	17	33	1.94
24666429--24666670	7	33.4	7	68	13	89	45	33	1	19	1.61
24666712--24666772	7	8.7	7	87	0	68	44	42	1	11	1.50
24666817--24666883	7	9.6	7	70	6	55	44	28	1	25	1.63
24667199--24667286	40	2.2	40	83	0	104	26	18	15	39	1.90
24668357--24668986	315	2.0	315	98	0	1206	37	13	18	30	1.90
24669362--24669389	8	3.5	8	100	0	56	21	14	0	64	1.29
24680605--24680638	13	2.6	13	85	0	50	14	26	0	58	1.36
24686223--24686303	23	3.5	23	75	18	69	29	1	27	41	1.63
24686257--24686356	23	4.3	23	80	1	110	33	2	24	41	1.66
24687843--24687929	28	3.1	27	86	3	111	33	25	20	20	1.97
24688040--24688140	26	3.9	25	84	5	112	35	18	25	19	1.95
24688040--24688140	52	1.9	52	88	4	150	35	18	25	19	1.95
24688054--24688166	52	2.2	52	82	3	129	36	17	24	21	1.95
24688305--24688584	27	10.4	27	79	4	262	18	17	20	43	1.88
24692917--24692959	21	2.0	21	86	8	61	34	0	6	58	1.25
24692942--24693015	37	2.1	36	85	7	98	43	2	2	51	1.30
24693252--24693306	16	3.4	16	87	0	83	30	25	7	36	1.83
24694532--24694599	33	2.1	33	97	0	127	29	11	5	52	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24695552--24695606	25	2.2	25	93	6	94	32	1	0	65	1.03
24695559--24695612	25	2.2	25	86	6	74	29	1	0	68	1.00
24695558--24695623	26	2.6	26	87	2	89	27	1	3	68	1.13
24697862--24697934	29	2.5	29	95	0	128	52	8	12	27	1.67
24704791--24704848	29	2.0	29	80	9	66	44	18	15	20	1.86
24712453--24712533	12	6.8	12	72	25	66	35	0	2	61	1.09
24712453--24712533	5	17.0	5	82	14	100	35	0	2	61	1.09
24712600--24712643	20	2.2	20	84	12	54	75	0	25	0	0.81
24712603--24712632	16	1.9	15	93	6	51	73	0	26	0	0.84
24713187--24713270	21	3.9	22	83	9	111	16	21	25	36	1.94
24716961--24716990	13	2.3	13	94	0	51	50	6	13	30	1.67
24718552--24718586	18	2.0	18	94	5	63	42	0	0	57	0.99
24718559--24718604	18	2.8	17	83	9	51	45	0	0	54	0.99
24718571--24718748	26	7.2	25	65	16	77	40	1	3	55	1.24
24718674--24718709	18	2.0	18	100	0	72	33	0	0	66	0.92
24718700--24718757	13	4.3	13	79	16	64	41	1	0	56	1.09
24718678--24718717	18	2.2	18	86	0	53	42	0	0	57	0.98
24718475--24718782	121	2.6	120	94	1	528	40	1	4	52	1.32
24718963--24719053	45	2.0	44	85	2	119	35	28	5	30	1.80
24719032--24719101	16	4.4	16	90	0	113	31	35	1	31	1.67
24722061--24722110	19	2.5	20	74	6	57	24	4	8	64	1.38
24723714--24724159	126	3.6	125	90	1	653	30	15	23	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24725421--24725458	20	1.9	20	89	10	60	55	5	2	36	1.37
24726393--24726492	51	2.0	51	86	4	139	45	2	26	27	1.65
24726470--24726526	11	5.1	11	84	2	69	45	1	29	22	1.63
24726452--24726526	33	2.2	34	81	9	91	45	1	28	25	1.62
24726473--24726526	22	2.4	23	87	6	83	46	1	27	24	1.63
24726693--24726790	39	2.5	40	79	1	117	19	25	29	25	1.98
24728128--24728178	13	3.9	13	72	10	50	37	5	21	35	1.78
24729950--24730014	31	2.1	31	85	8	87	55	10	10	23	1.65
24731281--24732016	308	2.4	308	80	8	795	34	15	10	39	1.82
24738231--24738282	25	2.1	25	100	0	104	28	34	17	19	1.94
24738438--24738477	13	3.1	13	82	10	55	55	12	15	17	1.70
24741987--24742022	18	2.1	17	89	5	54	16	30	38	13	1.88
24742983--24743022	18	2.2	18	86	0	53	42	2	20	35	1.65
24747400--24747471	22	3.2	21	70	14	63	44	11	16	27	1.82
24747376--24747472	46	2.1	46	94	0	167	42	11	18	27	1.85
24747375--24747455	24	3.5	24	72	13	78	41	11	18	28	1.84
24747391--24747464	24	3.2	24	70	14	73	43	14	14	27	1.85
24748672--24748717	22	2.1	22	84	8	58	58	8	2	30	1.40
24750743--24750809	25	2.4	27	78	16	75	19	4	4	71	1.20
24751502--24751533	15	2.1	15	94	0	55	37	6	6	50	1.53
24752407--24752441	16	2.1	17	89	5	54	37	0	5	57	1.23
24760743--24760787	18	2.4	18	81	3	54	37	20	2	40	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24763119--24763147	12	2.4	12	100	0	58	41	0	0	58	0.98
24764682--24764769	45	2.0	45	86	8	126	22	14	18	44	1.86
24765466--24765499	17	1.9	18	88	5	52	38	0	26	35	1.57
24771715--24771792	21	3.7	21	87	0	111	52	15	15	16	1.75
24773856--24773880	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
24779207--24779239	13	2.6	13	90	4	50	81	0	12	6	0.85
24780218--24780521	132	2.3	132	88	3	441	28	18	25	27	1.98
24780593--24780687	44	2.2	44	86	3	129	28	17	26	27	1.98
24781685--24781726	16	2.6	16	100	0	84	11	54	28	4	1.57
24782149--24782206	3	19.3	3	96	0	107	32	1	0	65	1.03

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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